nerdd-module 0.3.44__tar.gz → 0.3.45__tar.gz
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/file_writer.py +23 -2
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/pyproject.toml +1 -1
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/LICENSE +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/README.md +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/cli.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/stream_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/prediction_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/output/writer_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/remove_small_fragments.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/problem.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/py.typed +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/setup.cfg +0 -0
- {nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/tests/test_features.py +0 -0
|
@@ -1,5 +1,6 @@
|
|
|
1
1
|
import codecs
|
|
2
2
|
from abc import abstractmethod
|
|
3
|
+
from io import BufferedIOBase, TextIOBase, TextIOWrapper
|
|
3
4
|
from pathlib import Path
|
|
4
5
|
from typing import IO, Any, BinaryIO, Iterable, TextIO, Union
|
|
5
6
|
|
|
@@ -14,6 +15,13 @@ __all__ = ["FileWriter", "FileLike"]
|
|
|
14
15
|
FileLike = Union[str, Path, TextIO, BinaryIO]
|
|
15
16
|
|
|
16
17
|
|
|
18
|
+
def is_bytes_stream(stream: Union[TextIO, BinaryIO]) -> bool:
|
|
19
|
+
if hasattr(stream, "buffer"):
|
|
20
|
+
return False
|
|
21
|
+
else:
|
|
22
|
+
return True
|
|
23
|
+
|
|
24
|
+
|
|
17
25
|
class FileWriter(Writer):
|
|
18
26
|
"""Abstract class for writers."""
|
|
19
27
|
|
|
@@ -28,8 +36,21 @@ class FileWriter(Writer):
|
|
|
28
36
|
with open(self._output_file, mode) as f:
|
|
29
37
|
self._write(f, entries)
|
|
30
38
|
else:
|
|
31
|
-
self.
|
|
32
|
-
|
|
39
|
+
if self._writes_bytes == is_bytes_stream(self._output_file):
|
|
40
|
+
stream = self._output_file
|
|
41
|
+
elif self._writes_bytes:
|
|
42
|
+
# underlying writer expects str (but the writer wants to write bytes)
|
|
43
|
+
assert isinstance(self._output_file, TextIOBase) and hasattr(
|
|
44
|
+
self._output_file, "buffer"
|
|
45
|
+
)
|
|
46
|
+
stream = self._output_file.buffer
|
|
47
|
+
elif not self._writes_bytes:
|
|
48
|
+
# underlying writer expects bytes (but the writer wants to write str)
|
|
49
|
+
assert isinstance(self._output_file, BufferedIOBase)
|
|
50
|
+
stream = TextIOWrapper(self._output_file, encoding="utf-8")
|
|
51
|
+
|
|
52
|
+
self._write(stream, entries)
|
|
53
|
+
stream.flush()
|
|
33
54
|
|
|
34
55
|
@abstractmethod
|
|
35
56
|
def _write(self, output: IO[Any], entries: Iterable[dict]) -> None:
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/representation_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/remove_small_fragments.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.44 → nerdd_module-0.3.45}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|