nerdd-module 0.3.35__tar.gz → 0.3.36__tar.gz
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/simple_model.py +1 -1
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/write_output_step.py +6 -4
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/pyproject.toml +1 -1
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/LICENSE +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/README.md +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/cli.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/output/writer_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/problem.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/py.typed +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/setup.cfg +0 -0
- {nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/tests/test_features.py +0 -0
|
@@ -64,7 +64,7 @@ class SimpleModel(Model):
|
|
|
64
64
|
return [
|
|
65
65
|
EnforceSchemaStep(self.config, output_format),
|
|
66
66
|
ConvertRepresentationsStep(self.config, output_format, **kwargs),
|
|
67
|
-
WriteOutputStep(output_format, **kwargs),
|
|
67
|
+
WriteOutputStep(output_format, config=self.config, **kwargs),
|
|
68
68
|
]
|
|
69
69
|
|
|
70
70
|
def _preprocess(self, mol: Mol) -> Tuple[Optional[Mol], List[Problem]]:
|
|
@@ -1,5 +1,6 @@
|
|
|
1
1
|
from typing import Any, Iterator
|
|
2
2
|
|
|
3
|
+
from ..config import Module
|
|
3
4
|
from ..output import Writer
|
|
4
5
|
from ..steps import OutputStep
|
|
5
6
|
|
|
@@ -7,16 +8,17 @@ __all__ = ["WriteOutputStep"]
|
|
|
7
8
|
|
|
8
9
|
|
|
9
10
|
class WriteOutputStep(OutputStep):
|
|
10
|
-
def __init__(self, output_format: str, **kwargs: Any) -> None:
|
|
11
|
+
def __init__(self, output_format: str, config: Module, **kwargs: Any) -> None:
|
|
11
12
|
super().__init__()
|
|
12
13
|
self._output_format = output_format
|
|
13
|
-
self.
|
|
14
|
+
self._config = config
|
|
15
|
+
self._kwargs = kwargs
|
|
14
16
|
|
|
15
17
|
def _get_result(self, source: Iterator[dict]) -> Any:
|
|
16
18
|
# get the correct output writer
|
|
17
|
-
writer = Writer.get_writer(self._output_format, **self.
|
|
19
|
+
writer = Writer.get_writer(self._output_format, config=self._config, **self._kwargs)
|
|
18
20
|
result = writer.write(source)
|
|
19
21
|
return result
|
|
20
22
|
|
|
21
23
|
def __repr__(self) -> str:
|
|
22
|
-
return f"WriteOutputStep(output_format={self._output_format}, kwargs={self.
|
|
24
|
+
return f"WriteOutputStep(output_format={self._output_format}, kwargs={self._kwargs})"
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/representation_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.35 → nerdd_module-0.3.36}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|