nerdd-module 0.3.26__tar.gz → 0.3.27__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (99) hide show
  1. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/PKG-INFO +2 -3
  2. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +2 -3
  3. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +1 -3
  4. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/pyproject.toml +2 -7
  5. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/LICENSE +0 -0
  6. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/README.md +0 -0
  7. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
  8. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/cli.py +0 -0
  9. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
  10. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
  11. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
  12. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
  13. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
  14. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
  15. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
  16. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
  17. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
  18. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
  19. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
  20. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
  21. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
  22. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
  23. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -0
  24. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
  25. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/source_list_converter.py +0 -0
  26. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
  27. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
  28. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
  29. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
  30. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
  31. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
  32. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
  33. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
  34. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
  35. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
  36. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
  37. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
  38. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
  39. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
  40. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
  41. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
  42. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
  43. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
  44. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
  45. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
  46. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
  47. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
  48. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/simple_model.py +0 -0
  49. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
  50. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
  51. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
  52. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
  53. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
  54. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
  55. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
  56. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
  57. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
  58. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/output/writer_config.py +0 -0
  59. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
  60. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
  61. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
  62. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
  63. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
  64. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
  65. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
  66. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
  67. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
  68. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
  69. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
  70. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
  71. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
  72. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
  73. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
  74. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
  75. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/problem.py +0 -0
  76. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/py.typed +0 -0
  77. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
  78. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
  79. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
  80. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
  81. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
  82. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
  83. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
  84. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
  85. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
  86. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
  87. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
  88. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
  89. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
  90. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
  91. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
  92. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
  93. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
  94. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module/version.py +0 -0
  95. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  96. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  97. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
  98. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/setup.cfg +0 -0
  99. {nerdd_module-0.3.26 → nerdd_module-0.3.27}/tests/test_features.py +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.2
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.26
3
+ Version: 0.3.27
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -51,6 +51,7 @@ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
51
51
  Classifier: Programming Language :: Python :: 3.12
52
52
  Description-Content-Type: text/markdown
53
53
  License-File: LICENSE
54
+ Requires-Dist: rdkit>=2020.09.1
54
55
  Requires-Dist: pandas>=1.2.1
55
56
  Requires-Dist: pyyaml>=6.0
56
57
  Requires-Dist: filetype~=1.2.0
@@ -70,8 +71,6 @@ Requires-Dist: types-PyYAML; extra == "dev"
70
71
  Requires-Dist: types-decorator; extra == "dev"
71
72
  Requires-Dist: types-setuptools; extra == "dev"
72
73
  Requires-Dist: pre-commit>=2; extra == "dev"
73
- Provides-Extra: rdkit
74
- Requires-Dist: rdkit>=2022.3.3; extra == "rdkit"
75
74
  Provides-Extra: csp
76
75
  Requires-Dist: chembl_structure_pipeline>=1.0.0; extra == "csp"
77
76
  Provides-Extra: test
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.2
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.26
3
+ Version: 0.3.27
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -51,6 +51,7 @@ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
51
51
  Classifier: Programming Language :: Python :: 3.12
52
52
  Description-Content-Type: text/markdown
53
53
  License-File: LICENSE
54
+ Requires-Dist: rdkit>=2020.09.1
54
55
  Requires-Dist: pandas>=1.2.1
55
56
  Requires-Dist: pyyaml>=6.0
56
57
  Requires-Dist: filetype~=1.2.0
@@ -70,8 +71,6 @@ Requires-Dist: types-PyYAML; extra == "dev"
70
71
  Requires-Dist: types-decorator; extra == "dev"
71
72
  Requires-Dist: types-setuptools; extra == "dev"
72
73
  Requires-Dist: pre-commit>=2; extra == "dev"
73
- Provides-Extra: rdkit
74
- Requires-Dist: rdkit>=2022.3.3; extra == "rdkit"
75
74
  Provides-Extra: csp
76
75
  Requires-Dist: chembl_structure_pipeline>=1.0.0; extra == "csp"
77
76
  Provides-Extra: test
@@ -1,3 +1,4 @@
1
+ rdkit>=2020.09.1
1
2
  pandas>=1.2.1
2
3
  pyyaml>=6.0
3
4
  filetype~=1.2.0
@@ -33,9 +34,6 @@ mkdocs
33
34
  mkdocs-material
34
35
  mkdocstrings
35
36
 
36
- [rdkit]
37
- rdkit>=2022.3.3
38
-
39
37
  [test]
40
38
  pytest
41
39
  pytest-sugar
@@ -4,13 +4,14 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
4
4
 
5
5
  [project]
6
6
  name = "nerdd-module"
7
- version = "0.3.26"
7
+ version = "0.3.27"
8
8
  description = "Base package to create NERDD modules"
9
9
  readme = "README.md"
10
10
  license = { file = "LICENSE" }
11
11
  authors = [{ name = "Steffen Hirte", email = "steffen.hirte@univie.ac.at" }]
12
12
  maintainers = [{ name = "Steffen Hirte", email = "steffen.hirte@univie.ac.at" }]
13
13
  dependencies = [
14
+ "rdkit>=2020.09.1",
14
15
  "pandas>=1.2.1",
15
16
  "pyyaml>=6.0",
16
17
  "filetype~=1.2.0",
@@ -59,12 +60,6 @@ dev = [
59
60
  "types-setuptools",
60
61
  "pre-commit>=2",
61
62
  ]
62
- rdkit = [
63
- # Some old RDKit versions are not recognized by setuptools. For that reason,
64
- # let the user install rdkit explicitly using an extra dependency.
65
- # Note: rdkit 2022.3.3 is the oldest (working) version of rdkit on pypi.
66
- "rdkit>=2022.3.3",
67
- ]
68
63
  csp = [
69
64
  # Note 1: Version 1.0.0 of chembl_structure_pipeline is not available on
70
65
  # pypi, but maybe it was already installed in the current environment
File without changes
File without changes
File without changes