nerdd-module 0.3.19__tar.gz → 0.3.20__tar.gz
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/package_configuration.py +10 -4
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/simple_model.py +6 -1
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/pyproject.toml +1 -1
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/LICENSE +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/README.md +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/cli.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/assign_mol_id_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/problem.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/py.typed +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/setup.cfg +0 -0
- {nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/tests/test_features.py +0 -0
|
@@ -11,23 +11,29 @@ logger = logging.getLogger(__name__)
|
|
|
11
11
|
|
|
12
12
|
|
|
13
13
|
class PackageConfiguration(Configuration):
|
|
14
|
-
def __init__(self, package: str) -> None:
|
|
14
|
+
def __init__(self, package: str, filename: str = "nerdd.yml") -> None:
|
|
15
15
|
super().__init__()
|
|
16
16
|
|
|
17
|
+
package_path = package.split(".")
|
|
18
|
+
package_root = package_path[0]
|
|
19
|
+
remaining_path = package_path[1:]
|
|
20
|
+
|
|
17
21
|
# get the resource directory
|
|
18
22
|
try:
|
|
19
|
-
root_dir = files(
|
|
23
|
+
root_dir = files(package_root)
|
|
20
24
|
except ModuleNotFoundError:
|
|
21
25
|
root_dir = None
|
|
22
26
|
|
|
23
27
|
self.config: Configuration = DictConfiguration({})
|
|
24
28
|
if root_dir is not None:
|
|
25
29
|
# navigate to the config file
|
|
26
|
-
config_file = root_dir
|
|
30
|
+
config_file = root_dir.joinpath(*remaining_path, filename)
|
|
27
31
|
|
|
28
32
|
if config_file is not None and config_file.is_file():
|
|
29
33
|
logger.info(f"Found configuration file in package: {config_file}")
|
|
30
|
-
self.config = YamlConfiguration(
|
|
34
|
+
self.config = YamlConfiguration(
|
|
35
|
+
config_file.open(), base_path=root_dir.joinpath(*remaining_path)
|
|
36
|
+
)
|
|
31
37
|
else:
|
|
32
38
|
self.config = DictConfiguration({})
|
|
33
39
|
|
|
@@ -170,7 +170,12 @@ class SimpleModel(Model):
|
|
|
170
170
|
]
|
|
171
171
|
|
|
172
172
|
default_properties_end = [
|
|
173
|
-
{
|
|
173
|
+
{
|
|
174
|
+
"name": "problems",
|
|
175
|
+
"visible_name": "Problems",
|
|
176
|
+
"type": "problem_list",
|
|
177
|
+
"visible": False,
|
|
178
|
+
},
|
|
174
179
|
]
|
|
175
180
|
|
|
176
181
|
configs = [
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/representation_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.19 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|