nerdd-module 0.3.18__tar.gz → 0.3.20__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (99) hide show
  1. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/PKG-INFO +1 -1
  2. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/package_configuration.py +10 -4
  3. nerdd_module-0.3.20/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +39 -0
  4. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/simple_model.py +6 -1
  5. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
  6. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/pyproject.toml +1 -1
  7. nerdd_module-0.3.18/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -21
  8. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/LICENSE +0 -0
  9. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/README.md +0 -0
  10. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
  11. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/cli.py +0 -0
  12. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
  13. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
  14. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
  15. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
  16. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
  17. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
  18. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
  19. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
  20. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
  21. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
  22. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
  23. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
  24. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
  25. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
  26. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
  27. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
  28. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
  29. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
  30. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
  31. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
  32. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
  33. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
  34. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
  35. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
  36. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
  37. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
  38. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
  39. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
  40. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
  41. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
  42. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
  43. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/assign_mol_id_step.py +0 -0
  44. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
  45. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
  46. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
  47. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
  48. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
  49. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
  50. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
  51. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
  52. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
  53. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
  54. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
  55. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
  56. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
  57. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
  58. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
  59. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +0 -0
  60. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
  61. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
  62. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
  63. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
  64. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
  65. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
  66. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
  67. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
  68. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
  69. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
  70. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
  71. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
  72. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
  73. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
  74. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/problem.py +0 -0
  75. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/py.typed +0 -0
  76. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
  77. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
  78. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
  79. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
  80. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
  81. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
  82. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
  83. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
  84. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
  85. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
  86. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
  87. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
  88. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
  89. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
  90. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
  91. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
  92. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
  93. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module/version.py +0 -0
  94. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  95. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  96. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
  97. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
  98. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/setup.cfg +0 -0
  99. {nerdd_module-0.3.18 → nerdd_module-0.3.20}/tests/test_features.py +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.18
3
+ Version: 0.3.20
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -11,23 +11,29 @@ logger = logging.getLogger(__name__)
11
11
 
12
12
 
13
13
  class PackageConfiguration(Configuration):
14
- def __init__(self, package: str) -> None:
14
+ def __init__(self, package: str, filename: str = "nerdd.yml") -> None:
15
15
  super().__init__()
16
16
 
17
+ package_path = package.split(".")
18
+ package_root = package_path[0]
19
+ remaining_path = package_path[1:]
20
+
17
21
  # get the resource directory
18
22
  try:
19
- root_dir = files(package)
23
+ root_dir = files(package_root)
20
24
  except ModuleNotFoundError:
21
25
  root_dir = None
22
26
 
23
27
  self.config: Configuration = DictConfiguration({})
24
28
  if root_dir is not None:
25
29
  # navigate to the config file
26
- config_file = root_dir / "nerdd.yml"
30
+ config_file = root_dir.joinpath(*remaining_path, filename)
27
31
 
28
32
  if config_file is not None and config_file.is_file():
29
33
  logger.info(f"Found configuration file in package: {config_file}")
30
- self.config = YamlConfiguration(config_file.open(), base_path=root_dir)
34
+ self.config = YamlConfiguration(
35
+ config_file.open(), base_path=root_dir.joinpath(*remaining_path)
36
+ )
31
37
  else:
32
38
  self.config = DictConfiguration({})
33
39
 
@@ -0,0 +1,39 @@
1
+ import logging
2
+ from typing import Any, List, Union, cast
3
+
4
+ from ..problem import Problem
5
+ from .converter import Converter
6
+ from .converter_config import ConverterConfig
7
+
8
+ __all__ = ["ProblemListIdentityConverter", "ProblemListConverter"]
9
+
10
+ logger = logging.getLogger(__name__)
11
+
12
+
13
+ class ProblemListIdentityConverter(Converter):
14
+ def _convert(self, input: Any, context: dict) -> Any:
15
+ return input
16
+
17
+ config = ConverterConfig(
18
+ data_types="problem_list",
19
+ output_formats=["pandas", "iterator", "record_list"],
20
+ )
21
+
22
+
23
+ class ProblemListConverter(Converter):
24
+ def _convert(self, input: Any, context: dict) -> Any:
25
+ problem_list: List[Union[Problem, str]] = cast(List[Union[Problem, str]], input)
26
+
27
+ def _represent(problem: Union[Problem, str]) -> str:
28
+ if isinstance(problem, Problem):
29
+ return f"{problem.type}: {problem.message}"
30
+ else:
31
+ logger.warning("Item is not an instance of Problem: %s", problem)
32
+ return problem
33
+
34
+ return "; ".join([_represent(problem) for problem in problem_list])
35
+
36
+ config = ConverterConfig(
37
+ data_types="problem_list",
38
+ output_formats=["csv", "sdf"],
39
+ )
@@ -170,7 +170,12 @@ class SimpleModel(Model):
170
170
  ]
171
171
 
172
172
  default_properties_end = [
173
- {"name": "problems", "type": "problem_list"},
173
+ {
174
+ "name": "problems",
175
+ "visible_name": "Problems",
176
+ "type": "problem_list",
177
+ "visible": False,
178
+ },
174
179
  ]
175
180
 
176
181
  configs = [
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.18
3
+ Version: 0.3.20
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
4
4
 
5
5
  [project]
6
6
  name = "nerdd-module"
7
- version = "0.3.18"
7
+ version = "0.3.20"
8
8
  description = "Base package to create NERDD modules"
9
9
  readme = "README.md"
10
10
  license = { file = "LICENSE" }
@@ -1,21 +0,0 @@
1
- from typing import Any, List, cast
2
-
3
- from ..problem import Problem
4
- from .converter import Converter
5
- from .converter_config import ALL, ConverterConfig
6
-
7
- __all__ = ["ProblemListConverter"]
8
-
9
-
10
- class ProblemListConverter(Converter):
11
- def _convert(self, input: Any, context: dict) -> Any:
12
- if self.output_format in ["pandas", "iterator", "record_list"]:
13
- return input
14
- else:
15
- problem_list: List[Problem] = cast(List[Problem], input)
16
- return "; ".join([f"{problem.type}: {problem.message}" for problem in problem_list])
17
-
18
- config = ConverterConfig(
19
- data_types="problem_list",
20
- output_formats=ALL,
21
- )
File without changes
File without changes
File without changes