nerdd-module 0.3.17__tar.gz → 0.3.19__tar.gz
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/PKG-INFO +1 -1
- nerdd_module-0.3.19/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +39 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/block_logs.py +2 -1
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +1 -1
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/pyproject.toml +1 -1
- nerdd_module-0.3.17/nerdd_module/converters/problem_list_converter.py +0 -21
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/LICENSE +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/README.md +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/cli.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/models.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/basic_type_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/converter_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/mol_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/representation_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/void_converter.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/reader_config.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/assign_mol_id_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/simple_model.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/literal.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/problem.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/py.typed +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/files.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/version.py +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/setup.cfg +0 -0
- {nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/tests/test_features.py +0 -0
|
@@ -0,0 +1,39 @@
|
|
|
1
|
+
import logging
|
|
2
|
+
from typing import Any, List, Union, cast
|
|
3
|
+
|
|
4
|
+
from ..problem import Problem
|
|
5
|
+
from .converter import Converter
|
|
6
|
+
from .converter_config import ConverterConfig
|
|
7
|
+
|
|
8
|
+
__all__ = ["ProblemListIdentityConverter", "ProblemListConverter"]
|
|
9
|
+
|
|
10
|
+
logger = logging.getLogger(__name__)
|
|
11
|
+
|
|
12
|
+
|
|
13
|
+
class ProblemListIdentityConverter(Converter):
|
|
14
|
+
def _convert(self, input: Any, context: dict) -> Any:
|
|
15
|
+
return input
|
|
16
|
+
|
|
17
|
+
config = ConverterConfig(
|
|
18
|
+
data_types="problem_list",
|
|
19
|
+
output_formats=["pandas", "iterator", "record_list"],
|
|
20
|
+
)
|
|
21
|
+
|
|
22
|
+
|
|
23
|
+
class ProblemListConverter(Converter):
|
|
24
|
+
def _convert(self, input: Any, context: dict) -> Any:
|
|
25
|
+
problem_list: List[Union[Problem, str]] = cast(List[Union[Problem, str]], input)
|
|
26
|
+
|
|
27
|
+
def _represent(problem: Union[Problem, str]) -> str:
|
|
28
|
+
if isinstance(problem, Problem):
|
|
29
|
+
return f"{problem.type}: {problem.message}"
|
|
30
|
+
else:
|
|
31
|
+
logger.warning("Item is not an instance of Problem: %s", problem)
|
|
32
|
+
return problem
|
|
33
|
+
|
|
34
|
+
return "; ".join([_represent(problem) for problem in problem_list])
|
|
35
|
+
|
|
36
|
+
config = ConverterConfig(
|
|
37
|
+
data_types="problem_list",
|
|
38
|
+
output_formats=["csv", "sdf"],
|
|
39
|
+
)
|
|
@@ -1,21 +0,0 @@
|
|
|
1
|
-
from typing import Any, List, cast
|
|
2
|
-
|
|
3
|
-
from ..problem import Problem
|
|
4
|
-
from .converter import Converter
|
|
5
|
-
from .converter_config import ALL, ConverterConfig
|
|
6
|
-
|
|
7
|
-
__all__ = ["ProblemListConverter"]
|
|
8
|
-
|
|
9
|
-
|
|
10
|
-
class ProblemListConverter(Converter):
|
|
11
|
-
def _convert(self, input: Any, context: dict) -> Any:
|
|
12
|
-
if self.output_format in ["pandas", "iterator", "record_list"]:
|
|
13
|
-
return input
|
|
14
|
-
else:
|
|
15
|
-
problem_list: List[Problem] = cast(List[Problem], input)
|
|
16
|
-
return "; ".join([f"{problem.type}: {problem.message}" for problem in problem_list])
|
|
17
|
-
|
|
18
|
-
config = ConverterConfig(
|
|
19
|
-
data_types="problem_list",
|
|
20
|
-
output_formats=ALL,
|
|
21
|
-
)
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/converters/representation_converter.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py
RENAMED
|
File without changes
|
{nerdd_module-0.3.17 → nerdd_module-0.3.19}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py
RENAMED
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|
|
File without changes
|