nerdd-module 0.3.10__tar.gz → 0.3.11__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (91) hide show
  1. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/PKG-INFO +2 -1
  2. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/models.py +3 -1
  3. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/reader_config.py +3 -1
  4. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/polyfills/__init__.py +2 -0
  5. nerdd_module-0.3.11/nerdd_module/polyfills/literal.py +8 -0
  6. nerdd_module-0.3.11/nerdd_module/polyfills/typed_dict.py +8 -0
  7. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module.egg-info/PKG-INFO +2 -1
  8. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module.egg-info/SOURCES.txt +2 -0
  9. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module.egg-info/requires.txt +3 -0
  10. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/pyproject.toml +10 -9
  11. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/LICENSE +0 -0
  12. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/README.md +0 -0
  13. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/__init__.py +0 -0
  14. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/cli.py +0 -0
  15. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/__init__.py +0 -0
  16. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/configuration.py +0 -0
  17. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/default_configuration.py +0 -0
  18. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/dict_configuration.py +0 -0
  19. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/merged_configuration.py +0 -0
  20. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/package_configuration.py +0 -0
  21. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/search_yaml_configuration.py +0 -0
  22. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/config/yaml_configuration.py +0 -0
  23. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/converters/__init__.py +0 -0
  24. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/converters/converter.py +0 -0
  25. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/converters/identity_converter.py +0 -0
  26. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/__init__.py +0 -0
  27. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/depth_first_explorer.py +0 -0
  28. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/explorer.py +0 -0
  29. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/file_reader.py +0 -0
  30. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/gzip_reader.py +0 -0
  31. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/inchi_reader.py +0 -0
  32. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/list_reader.py +0 -0
  33. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/mol_reader.py +0 -0
  34. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/reader.py +0 -0
  35. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/sdf_reader.py +0 -0
  36. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/smiles_reader.py +0 -0
  37. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/string_reader.py +0 -0
  38. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/tar_reader.py +0 -0
  39. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/input/zip_reader.py +0 -0
  40. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/__init__.py +0 -0
  41. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/assign_mol_id_step.py +0 -0
  42. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/assign_name_step.py +0 -0
  43. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/convert_representations_step.py +0 -0
  44. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/enforce_schema_step.py +0 -0
  45. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/model.py +0 -0
  46. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/read_input_step.py +0 -0
  47. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/simple_model.py +0 -0
  48. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/model/write_output_step.py +0 -0
  49. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/__init__.py +0 -0
  50. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/csv_writer.py +0 -0
  51. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/file_writer.py +0 -0
  52. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/iterator_writer.py +0 -0
  53. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/pandas_writer.py +0 -0
  54. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/record_list_writer.py +0 -0
  55. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/sdf_writer.py +0 -0
  56. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/output/writer.py +0 -0
  57. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/polyfills/files.py +0 -0
  58. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py +0 -0
  59. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/polyfills/types.py +0 -0
  60. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/polyfills/version.py +0 -0
  61. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/__init__.py +0 -0
  62. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/check_valid_smiles.py +0 -0
  63. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/chembl_structure_pipeline.py +0 -0
  64. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_element.py +0 -0
  65. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/filter_by_weight.py +0 -0
  66. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/preprocessing_step.py +0 -0
  67. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/remove_stereochemistry.py +0 -0
  68. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/preprocessing/sanitize.py +0 -0
  69. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/problem.py +0 -0
  70. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/py.typed +0 -0
  71. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/steps/__init__.py +0 -0
  72. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/steps/map_step.py +0 -0
  73. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/steps/output_step.py +0 -0
  74. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/steps/step.py +0 -0
  75. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/__init__.py +0 -0
  76. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/checks.py +0 -0
  77. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/models/AtomicMassModel.py +0 -0
  78. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/models/MolWeightModel.py +0 -0
  79. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/models/__init__.py +0 -0
  80. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/predictions.py +0 -0
  81. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/preprocessing/DummyPreprocessingStep.py +0 -0
  82. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/preprocessing/__init__.py +0 -0
  83. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/tests/representations.py +0 -0
  84. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/util/__init__.py +0 -0
  85. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/util/call_with_mappings.py +0 -0
  86. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/util/package.py +0 -0
  87. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module/version.py +0 -0
  88. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  89. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/nerdd_module.egg-info/top_level.txt +0 -0
  90. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/setup.cfg +0 -0
  91. {nerdd_module-0.3.10 → nerdd_module-0.3.11}/tests/test_features.py +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.10
3
+ Version: 0.3.11
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -60,6 +60,7 @@ Requires-Dist: decorator>=5.1.1
60
60
  Requires-Dist: pydantic>=2
61
61
  Requires-Dist: importlib-resources>=5; python_version < "3.9"
62
62
  Requires-Dist: importlib-metadata>=4.6; python_version < "3.10"
63
+ Requires-Dist: typing_extensions>=4.0.1; python_version < "3.8"
63
64
  Provides-Extra: dev
64
65
  Requires-Dist: mypy==1.13.0; extra == "dev"
65
66
  Requires-Dist: ruff==0.7.1; extra == "dev"
@@ -1,7 +1,9 @@
1
- from typing import Any, List, Literal, Optional, Union
1
+ from typing import Any, List, Optional, Union
2
2
 
3
3
  from pydantic import BaseModel, model_validator
4
4
 
5
+ from ..polyfills import Literal
6
+
5
7
 
6
8
  class Partner(BaseModel):
7
9
  name: str
@@ -1,4 +1,6 @@
1
- from typing import List, TypedDict
1
+ from typing import List
2
+
3
+ from ..polyfills import TypedDict
2
4
 
3
5
  __all__ = ["ReaderConfig"]
4
6
 
@@ -1,4 +1,6 @@
1
1
  from .files import *
2
2
  from .get_entry_points import *
3
+ from .literal import *
4
+ from .typed_dict import *
3
5
  from .types import *
4
6
  from .version import *
@@ -0,0 +1,8 @@
1
+ import sys
2
+
3
+ __all__ = ["Literal"]
4
+
5
+ if sys.version_info < (3, 8):
6
+ from typing_extensions import Literal
7
+ else:
8
+ from typing import Literal
@@ -0,0 +1,8 @@
1
+ import sys
2
+
3
+ __all__ = ["TypedDict"]
4
+
5
+ if sys.version_info < (3, 8):
6
+ from typing_extensions import TypedDict
7
+ else:
8
+ from typing import TypedDict
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: nerdd-module
3
- Version: 0.3.10
3
+ Version: 0.3.11
4
4
  Summary: Base package to create NERDD modules
5
5
  Author-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
6
6
  Maintainer-email: Steffen Hirte <steffen.hirte@univie.ac.at>
@@ -60,6 +60,7 @@ Requires-Dist: decorator>=5.1.1
60
60
  Requires-Dist: pydantic>=2
61
61
  Requires-Dist: importlib-resources>=5; python_version < "3.9"
62
62
  Requires-Dist: importlib-metadata>=4.6; python_version < "3.10"
63
+ Requires-Dist: typing_extensions>=4.0.1; python_version < "3.8"
63
64
  Provides-Extra: dev
64
65
  Requires-Dist: mypy==1.13.0; extra == "dev"
65
66
  Requires-Dist: ruff==0.7.1; extra == "dev"
@@ -58,6 +58,8 @@ nerdd_module/output/writer.py
58
58
  nerdd_module/polyfills/__init__.py
59
59
  nerdd_module/polyfills/files.py
60
60
  nerdd_module/polyfills/get_entry_points.py
61
+ nerdd_module/polyfills/literal.py
62
+ nerdd_module/polyfills/typed_dict.py
61
63
  nerdd_module/polyfills/types.py
62
64
  nerdd_module/polyfills/version.py
63
65
  nerdd_module/preprocessing/__init__.py
@@ -9,6 +9,9 @@ pydantic>=2
9
9
  [:python_version < "3.10"]
10
10
  importlib-metadata>=4.6
11
11
 
12
+ [:python_version < "3.8"]
13
+ typing_extensions>=4.0.1
14
+
12
15
  [:python_version < "3.9"]
13
16
  importlib-resources>=5
14
17
 
@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
4
4
 
5
5
  [project]
6
6
  name = "nerdd-module"
7
- version = "0.3.10"
7
+ version = "0.3.11"
8
8
  description = "Base package to create NERDD modules"
9
9
  readme = "README.md"
10
10
  license = { file = "LICENSE" }
@@ -21,6 +21,7 @@ dependencies = [
21
21
  # install importlib-resources and importlib-metadata for old Python versions
22
22
  "importlib-resources>=5; python_version<'3.9'",
23
23
  "importlib-metadata>=4.6; python_version<'3.10'",
24
+ "typing_extensions>=4.0.1; python_version<'3.8'",
24
25
  ]
25
26
  keywords = ["science", "research", "development", "nerdd"]
26
27
  classifiers = [
@@ -112,22 +113,22 @@ extend-exclude = ["tests", "nerdd_module/tests"]
112
113
 
113
114
  [tool.ruff.lint]
114
115
  select = [
115
- "E", # pycodestyle errors
116
- "W", # pycodestyle warnings
117
- "F", # pyflakes
118
- "I", # isort
119
- "B", # flake8-bugbear
116
+ "E", # pycodestyle errors
117
+ "W", # pycodestyle warnings
118
+ "F", # pyflakes
119
+ "I", # isort
120
+ "B", # flake8-bugbear
120
121
  "C4", # flake8-comprehensions
121
- "T20" # no print statements
122
+ "T20", # no print statements
122
123
  ]
123
124
  ignore = [
124
125
  "F403", # I often use 'from .submodule import *' in __init__.py files
125
- "C408" # I prefer dict(a=5) over {'a': 5}
126
+ "C408", # I prefer dict(a=5) over {'a': 5}
126
127
  ]
127
128
 
128
129
  [tool.mypy]
129
130
  # type stubs of packages lacking types are in the "typings" directory
130
- mypy_path="typings"
131
+ mypy_path = "typings"
131
132
  # strict=true
132
133
  disallow_untyped_defs = true
133
134
  # disallow_any_unimported = true
File without changes
File without changes
File without changes