napistu 0.4.6__tar.gz → 0.4.7__tar.gz

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@@ -1,6 +1,6 @@
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1
  Metadata-Version: 2.4
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  Name: napistu
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- Version: 0.4.6
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+ Version: 0.4.7
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  Summary: Connecting high-dimensional data to curated pathways
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  Home-page: https://github.com/napistu/napistu-py
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  Author: Sean Hackett
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1
1
  [metadata]
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  name = napistu
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- version = 0.4.6
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+ version = 0.4.7
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  description = Connecting high-dimensional data to curated pathways
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  long_description = file: README.md
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  long_description_content_type = text/markdown
@@ -10,8 +10,14 @@ from napistu.constants import SBOTERM_NAMES
10
10
 
11
11
  NAPISTU_GRAPH = SimpleNamespace(VERTICES="vertices", EDGES="edges", METADATA="metadata")
12
12
 
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- NAPISTU_GRAPH_DIRECTEDNESS = SimpleNamespace(
14
- DIRECTED="directed", UNDIRECTED="undirected"
13
+ GRAPH_DIRECTEDNESS = SimpleNamespace(DIRECTED="directed", UNDIRECTED="undirected")
14
+
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+ GRAPH_RELATIONSHIPS = SimpleNamespace(
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+ ANCESTORS="ancestors",
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+ CHILDREN="children",
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+ DESCENDANTS="descendants",
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+ FOCAL="focal",
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+ PARENTS="parents",
15
21
  )
16
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17
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@@ -230,4 +236,17 @@ NEIGHBORHOOD_DICT_KEYS = SimpleNamespace(
230
236
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  EDGES="edges",
232
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  REACTION_SOURCES="reaction_sources",
239
+ NEIGHBORHOOD_PATH_ENTITIES="neighborhood_path_entities",
240
+ )
241
+
242
+ DISTANCES = SimpleNamespace(
243
+ # core attributes of precomputed distances
244
+ SC_ID_ORIGIN="sc_id_origin",
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+ SC_ID_DEST="sc_id_dest",
246
+ PATH_LENGTH="path_length",
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+ PATH_UPSTREAM_WEIGHTS="path_upstream_weights",
248
+ PATH_WEIGHTS="path_weights",
249
+ # other attributes associated with paths/distances
250
+ FINAL_FROM="final_from",
251
+ FINAL_TO="final_to",
233
252
  )