napistu 0.4.6__tar.gz → 0.4.7__tar.gz
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@@ -10,8 +10,14 @@ from napistu.constants import SBOTERM_NAMES
|
|
10
10
|
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11
11
|
NAPISTU_GRAPH = SimpleNamespace(VERTICES="vertices", EDGES="edges", METADATA="metadata")
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12
12
|
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13
|
-
|
14
|
-
|
13
|
+
GRAPH_DIRECTEDNESS = SimpleNamespace(DIRECTED="directed", UNDIRECTED="undirected")
|
14
|
+
|
15
|
+
GRAPH_RELATIONSHIPS = SimpleNamespace(
|
16
|
+
ANCESTORS="ancestors",
|
17
|
+
CHILDREN="children",
|
18
|
+
DESCENDANTS="descendants",
|
19
|
+
FOCAL="focal",
|
20
|
+
PARENTS="parents",
|
15
21
|
)
|
16
22
|
|
17
23
|
NAPISTU_GRAPH_VERTICES = SimpleNamespace(
|
@@ -230,4 +236,17 @@ NEIGHBORHOOD_DICT_KEYS = SimpleNamespace(
|
|
230
236
|
VERTICES="vertices",
|
231
237
|
EDGES="edges",
|
232
238
|
REACTION_SOURCES="reaction_sources",
|
239
|
+
NEIGHBORHOOD_PATH_ENTITIES="neighborhood_path_entities",
|
240
|
+
)
|
241
|
+
|
242
|
+
DISTANCES = SimpleNamespace(
|
243
|
+
# core attributes of precomputed distances
|
244
|
+
SC_ID_ORIGIN="sc_id_origin",
|
245
|
+
SC_ID_DEST="sc_id_dest",
|
246
|
+
PATH_LENGTH="path_length",
|
247
|
+
PATH_UPSTREAM_WEIGHTS="path_upstream_weights",
|
248
|
+
PATH_WEIGHTS="path_weights",
|
249
|
+
# other attributes associated with paths/distances
|
250
|
+
FINAL_FROM="final_from",
|
251
|
+
FINAL_TO="final_to",
|
233
252
|
)
|