moleditpy 0.3.8__tar.gz → 1.1.0__tar.gz

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  1. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/PKG-INFO +33 -13
  2. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/README.md +30 -11
  3. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/pyproject.toml +3 -2
  4. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy/main.py +496 -124
  5. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy.egg-info/PKG-INFO +33 -13
  6. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy.egg-info/requires.txt +1 -0
  7. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/setup.cfg +0 -0
  8. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy/__init__.py +0 -0
  9. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy/assets/icon.ico +0 -0
  10. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy/assets/icon.png +0 -0
  11. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  12. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  13. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy.egg-info/entry_points.txt +0 -0
  14. {moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/src/moleditpy.egg-info/top_level.txt +0 -0
{moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: moleditpy
3
- Version: 0.3.8
3
+ Version: 1.1.0
4
4
  Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
5
5
  Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
6
6
  Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
@@ -14,25 +14,24 @@ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.9
14
14
  Classifier: Programming Language :: Python :: 3.10
15
15
  Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
16
16
  Classifier: License :: OSI Approved :: Apache Software License
17
- Requires-Python: >=3.8
17
+ Requires-Python: >=3.6
18
18
  Description-Content-Type: text/markdown
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  Requires-Dist: PyQt6
20
20
  Requires-Dist: rdkit
21
21
  Requires-Dist: numpy
22
22
  Requires-Dist: pyvista
23
23
  Requires-Dist: pyvistaqt
24
+ Requires-Dist: openbabel-wheel
24
25
 
25
26
  # MoleditPy -- Python Molecular Editor
26
27
 
27
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  [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268532.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268532)
28
29
  [![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
29
30
 
30
-
31
31
  Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
32
32
 
33
33
  A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
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34
 
35
-
36
35
  作者: HiroYokoyama
37
36
  ライセンス: Apache-2.0
38
37
  リポジトリ: [https://github.com/HiroYokoyama/python\_molecular\_editor](https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor)
@@ -70,8 +69,9 @@ A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Pyth
70
69
  | `+`/`-` | 電荷を増減 | 形式電荷の変更 |
71
70
  | `C`, `N`, `O` など | 原子記号を変更 | カーソル下または選択中の原子に適用 |
72
71
  | `4` | ベンゼン環の配置 | カーソル下の原子/結合にワンショットで配置 |
73
- | `Ctrl+K` | 2D最適化を実行 | |
74
- | `Ctrl+L` | 3D変換を実行 | |
72
+ | `Ctrl+J` | 2D最適化を実行 | |
73
+ | `Ctrl+K` | 3D変換を実行 | |
74
+ | `Ctrl+L` | 3D最適化を実行 | |
75
75
 
76
76
  ### 3\. 2D構造の最適化
77
77
 
@@ -80,10 +80,11 @@ A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Pyth
80
80
 
81
81
  ### 4\. 高品質な3D可視化と分析
82
82
 
83
- * **3D変換:** RDKit で 3D 座標を生成し MMFF94 ベースで最適化（**Convert to 3D**）します。
83
+ * **3D変換:** RDKit で 3D 座標を生成し MMFF94 ベースで最適化（**Convert to 3D**）します。RDKitでの生成に失敗した場合、**Open Babelによるフォールバック**を実行し、堅牢性を高めています。
84
84
  * **インタラクティブ表示:** PyVista / pyvistaqt によるインタラクティブな3D表示（Ball & Stick / CPK スタイル）を提供します。
85
+ * **インタラクティブ3D編集:** 3D編集モードを有効にすると、3Dビュー内の原子を**マウスで直接ドラッグして位置を微調整**できます。
85
86
  * **キラルラベル表示:** 3D変換後、キラル中心に R/S ラベルを自動で付与し、**3Dビュー**に表示します。
86
- * **分子分析ウィンドウ:** 分子量、SMILES、LogP、TPSAなど、RDKitベースの**主要な分子特性を一覧表示**する専用ウィンドウがあります。
87
+ * **分子分析ウィンドウ:** 分子式、分子量、SMILES、LogP、TPSAなど、RDKitベースの**主要な分子特性を一覧表示**する専用ウィンドウがあります。
87
88
 
88
89
  ### 5\. ファイル入出力
89
90
 
@@ -98,7 +99,7 @@ A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Pyth
98
99
 
99
100
  #### 必要ライブラリ
100
101
 
101
- `PyQt6`, `RDKit`, `NumPy`, `PyVista`, `pyvistaqt`
102
+ `PyQt6`, `RDKit`, `NumPy`, `PyVista`, `pyvistaqt`, `openbabel`
102
103
 
103
104
  #### インストール例
104
105
 
@@ -109,13 +110,30 @@ pip install moleditpy
109
110
  ```
110
111
 
111
112
  > **Note**
112
- > RDKit は特に科学計算ディストリビューションである `conda` を使ってインストールすることが推奨されます。
113
+ > RDKit と Open Babel は、科学計算ディストリビューションである `conda` を使ってインストールすることが推奨されます。Open Babelは3D構造変換のフォールバック機能に必要です。
113
114
 
114
115
  #### アプリの起動
115
116
 
116
117
  ```bash
117
118
  moleditpy
118
119
  ```
120
+ ご要望に応じて、READMEから**開発環境**の表セクションのみを抽出して表示します。
121
+
122
+ ## 開発環境
123
+
124
+ MoleditPyの動作確認および推奨される開発・実行環境は以下の通りです。
125
+
126
+ | コンポーネント | バージョン |
127
+ | :--- | :--- |
128
+ | **Python** | `3.13.7` |
129
+ | **numpy** | `2.3.3` |
130
+ | **openbabel-wheel** | `3.1.1.22` |
131
+ | **PyQt6** | `6.9.1` |
132
+ | **QtPy** | `2.4.3` |
133
+ | **rdkit** | `2025.3.6` |
134
+ | **vtk** | `9.5.2` |
135
+ | **pyvista** | `0.46.3` |
136
+ | **pyvistaqt** | `0.11.3` |
119
137
 
120
138
  -----
121
139
 
@@ -131,7 +149,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
131
149
  | **関連付けたい拡張子** | `.pmeraw` |
132
150
  | **アイコンファイルのパス (Icon)** | `C:\Users\%USERNAME%\AppData\Local\Programs\Python\PythonXX\Lib\site-packages\moleditpy\assets\icon.ico` |
133
151
 
134
- > **注意:** `%USERNAME%` はお使いのユーザー名、`PythonXX` はインストールされているPythonのバージョンディレクトリ名（例: `Python313`）に置き換えてください。
152
+ > **注意:** `%USERNAME%` はお使いのユーザー名、`PythonXX` はインストールされているPythonのバージョンディレクトリ名（例: `Python311`）に置き換えてください。
135
153
 
136
154
  ### 2\. ファイルの関連付け手順 (.pmeraw をダブルクリックで開く)
137
155
 
@@ -253,11 +271,13 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
253
271
  * **GUI と 2D 描画 (PyQt6):**
254
272
  * `QGraphicsScene` 上にカスタムの `AtomItem`（原子）と `BondItem`（結合）を配置し、対話的に操作します。
255
273
  * Undo/Redo機能は、アプリケーションの状態を丸ごと `pickle` でシリアライズしてスタックに保存することで実現しています。
256
- * **化学計算 (RDKit):**
274
+ * **化学計算 (RDKit / Open Babel):**
257
275
  * 2D データから RDKit 分子オブジェクトを生成し、3D 座標生成（`AllChem.EmbedMolecule`）や分子特性計算を実行します。
276
+ * RDKitでの3D座標生成が失敗した際は、**Open Babel**にフォールバックして計算を試みます。
258
277
  * 計算は別スレッド（`QThread`）で行い、GUI の応答性を維持しています。
259
278
  * **3D 可視化 (PyVista / pyvistaqt):**
260
- * RDKit のコンフォーマ座標から PyVista のメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。CPKカラーや3D結合のマルチレンダリングに対応しています。
279
+ * RDKit のコンフォーマ座標から PyVista のメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。
280
+ * カスタムの`vtkInteractorStyle`を実装し、3Dビュー内での原子の直接的なドラッグ＆ドロップ編集を可能にしています。
261
281
 
262
282
  -----
263
283
 
{moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/README.md RENAMED
@@ -3,12 +3,10 @@
3
3
  [![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268532.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268532)
4
4
  [![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
5
5
 
6
-
7
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  Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
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7
 
9
8
  A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
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9
 
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-
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  作者: HiroYokoyama
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11
  ライセンス: Apache-2.0
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12
  リポジトリ: [https://github.com/HiroYokoyama/python\_molecular\_editor](https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor)
@@ -46,8 +44,9 @@ A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Pyth
46
44
  | `+`/`-` | 電荷を増減 | 形式電荷の変更 |
47
45
  | `C`, `N`, `O` など | 原子記号を変更 | カーソル下または選択中の原子に適用 |
48
46
  | `4` | ベンゼン環の配置 | カーソル下の原子/結合にワンショットで配置 |
49
- | `Ctrl+K` | 2D最適化を実行 | |
50
- | `Ctrl+L` | 3D変換を実行 | |
47
+ | `Ctrl+J` | 2D最適化を実行 | |
48
+ | `Ctrl+K` | 3D変換を実行 | |
49
+ | `Ctrl+L` | 3D最適化を実行 | |
51
50
 
52
51
  ### 3\. 2D構造の最適化
53
52
 
@@ -56,10 +55,11 @@ A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Pyth
56
55
 
57
56
  ### 4\. 高品質な3D可視化と分析
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59
- * **3D変換:** RDKit で 3D 座標を生成し MMFF94 ベースで最適化（**Convert to 3D**）します。
58
+ * **3D変換:** RDKit で 3D 座標を生成し MMFF94 ベースで最適化（**Convert to 3D**）します。RDKitでの生成に失敗した場合、**Open Babelによるフォールバック**を実行し、堅牢性を高めています。
60
59
  * **インタラクティブ表示:** PyVista / pyvistaqt によるインタラクティブな3D表示（Ball & Stick / CPK スタイル）を提供します。
60
+ * **インタラクティブ3D編集:** 3D編集モードを有効にすると、3Dビュー内の原子を**マウスで直接ドラッグして位置を微調整**できます。
61
61
  * **キラルラベル表示:** 3D変換後、キラル中心に R/S ラベルを自動で付与し、**3Dビュー**に表示します。
62
- * **分子分析ウィンドウ:** 分子量、SMILES、LogP、TPSAなど、RDKitベースの**主要な分子特性を一覧表示**する専用ウィンドウがあります。
62
+ * **分子分析ウィンドウ:** 分子式、分子量、SMILES、LogP、TPSAなど、RDKitベースの**主要な分子特性を一覧表示**する専用ウィンドウがあります。
63
63
 
64
64
  ### 5\. ファイル入出力
65
65
 
@@ -74,7 +74,7 @@ A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Pyth
74
74
 
75
75
  #### 必要ライブラリ
76
76
 
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- `PyQt6`, `RDKit`, `NumPy`, `PyVista`, `pyvistaqt`
77
+ `PyQt6`, `RDKit`, `NumPy`, `PyVista`, `pyvistaqt`, `openbabel`
78
78
 
79
79
  #### インストール例
80
80
 
@@ -85,13 +85,30 @@ pip install moleditpy
85
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  ```
86
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87
87
  > **Note**
88
- > RDKit は特に科学計算ディストリビューションである `conda` を使ってインストールすることが推奨されます。
88
+ > RDKit と Open Babel は、科学計算ディストリビューションである `conda` を使ってインストールすることが推奨されます。Open Babelは3D構造変換のフォールバック機能に必要です。
89
89
 
90
90
  #### アプリの起動
91
91
 
92
92
  ```bash
93
93
  moleditpy
94
94
  ```
95
+ ご要望に応じて、READMEから**開発環境**の表セクションのみを抽出して表示します。
96
+
97
+ ## 開発環境
98
+
99
+ MoleditPyの動作確認および推奨される開発・実行環境は以下の通りです。
100
+
101
+ | コンポーネント | バージョン |
102
+ | :--- | :--- |
103
+ | **Python** | `3.13.7` |
104
+ | **numpy** | `2.3.3` |
105
+ | **openbabel-wheel** | `3.1.1.22` |
106
+ | **PyQt6** | `6.9.1` |
107
+ | **QtPy** | `2.4.3` |
108
+ | **rdkit** | `2025.3.6` |
109
+ | **vtk** | `9.5.2` |
110
+ | **pyvista** | `0.46.3` |
111
+ | **pyvistaqt** | `0.11.3` |
95
112
 
96
113
  -----
97
114
 
@@ -107,7 +124,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
107
124
  | **関連付けたい拡張子** | `.pmeraw` |
108
125
  | **アイコンファイルのパス (Icon)** | `C:\Users\%USERNAME%\AppData\Local\Programs\Python\PythonXX\Lib\site-packages\moleditpy\assets\icon.ico` |
109
126
 
110
- > **注意:** `%USERNAME%` はお使いのユーザー名、`PythonXX` はインストールされているPythonのバージョンディレクトリ名（例: `Python313`）に置き換えてください。
127
+ > **注意:** `%USERNAME%` はお使いのユーザー名、`PythonXX` はインストールされているPythonのバージョンディレクトリ名（例: `Python311`）に置き換えてください。
111
128
 
112
129
  ### 2\. ファイルの関連付け手順 (.pmeraw をダブルクリックで開く)
113
130
 
@@ -229,11 +246,13 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
229
246
  * **GUI と 2D 描画 (PyQt6):**
230
247
  * `QGraphicsScene` 上にカスタムの `AtomItem`（原子）と `BondItem`（結合）を配置し、対話的に操作します。
231
248
  * Undo/Redo機能は、アプリケーションの状態を丸ごと `pickle` でシリアライズしてスタックに保存することで実現しています。
232
- * **化学計算 (RDKit):**
249
+ * **化学計算 (RDKit / Open Babel):**
233
250
  * 2D データから RDKit 分子オブジェクトを生成し、3D 座標生成（`AllChem.EmbedMolecule`）や分子特性計算を実行します。
251
+ * RDKitでの3D座標生成が失敗した際は、**Open Babel**にフォールバックして計算を試みます。
234
252
  * 計算は別スレッド（`QThread`）で行い、GUI の応答性を維持しています。
235
253
  * **3D 可視化 (PyVista / pyvistaqt):**
236
- * RDKit のコンフォーマ座標から PyVista のメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。CPKカラーや3D結合のマルチレンダリングに対応しています。
254
+ * RDKit のコンフォーマ座標から PyVista のメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。
255
+ * カスタムの`vtkInteractorStyle`を実装し、3Dビュー内での原子の直接的なドラッグ＆ドロップ編集を可能にしています。
237
256
 
238
257
  -----
239
258
 
{moleditpy-0.3.8 → moleditpy-1.1.0}/pyproject.toml RENAMED
@@ -5,7 +5,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
5
5
  [project]
6
6
  name = "moleditpy"
7
7
 
8
- version = "0.3.8"
8
+ version = "1.1.0"
9
9
 
10
10
  authors = [
11
11
  { name="HiroYokoyama", email="titech.yoko.hiro@gmail.com" },
@@ -15,7 +15,7 @@ description = "A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure edito
15
15
 
16
16
  readme = "README.md"
17
17
 
18
- requires-python = ">=3.8"
18
+ requires-python = ">=3.6"
19
19
 
20
20
  classifiers = [
21
21
  "Programming Language :: Python :: 3",
@@ -35,6 +35,7 @@ dependencies = [
35
35
  "numpy",
36
36
  "pyvista",
37
37
  "pyvistaqt",
38
+ "openbabel-wheel",
38
39
  ]
39
40
 
40
41
  [project.urls]