moleditpy 0.3.6__tar.gz → 0.3.8__tar.gz

{moleditpy-0.3.6 → moleditpy-0.3.8}/PKG-INFO

@@ -1,7 +1,7 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: moleditpy
-Version: 0.3.6
-Summary: A program to edit molecular structures using Python.
+Version: 0.3.8
+Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
@@ -22,7 +22,11 @@ Requires-Dist: numpy
 Requires-Dist: pyvista
 Requires-Dist: pyvistaqt
 
-# moleditpy -- Python Molecular Editor
+# MoleditPy -- Python Molecular Editor
+
+[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268532.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268532)
+[![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
+
 
 Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
 
@@ -115,7 +119,7 @@ moleditpy
 
 -----
 
-## Windows ショートカットとファイル関連付けガイド
+## Windows: ショートカットとファイル関連付けガイド
 
 Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリックで開いたり、アイコン付きのショートカットからアプリケーションを起動したりするための詳細な設定手順です。
 
@@ -146,7 +150,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 1.  **新規ショートカットの作成:** デスクトップなどの任意の場所を右クリックし、「新規作成」→\*\*「ショートカット」\*\*を選択します。
 2.  **実行ファイルのパスを入力:** 「項目の場所を入力してください」に、上記の実行ファイルのパスを入力し、「次へ」をクリックします。
-3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `moleditpy`）を付けて、「完了」をクリックします。
+3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `MoleditPy`）を付けて、「完了」をクリックします。
 4.  **アイコンの変更:**
       * 作成されたショートカットを右クリックし、\*\*「プロパティ」\*\*を選択します。
       * 「ショートカット」タブの\*\*「アイコンの変更...」\*\*ボタンをクリックします。
@@ -160,12 +164,12 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 1.  **スタートメニューフォルダのパスを確認:** エクスプローラーのアドレスバーに以下のいずれかのパスを入力し、Enterキーを押します。
       * **現在のユーザー専用 (推奨):** `%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
       * **すべてのユーザー共通 (管理者権限が必要):** `%ALLUSERSPROFILE%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
-2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `moleditpy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
+2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `MoleditPy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
 3.  **確認:** スタートボタンをクリックし、プログラム一覧からショートカットに付けた名前が追加されていることを確認してください。
 
 -----
 
-## macOS向け：Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法（moleditpy）
+## macOS: Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法
 
 この手順では、`pip install moleditpy` でインストールしたPythonアプリをmacOS上で\*\*.appアプリケーション\*\*として使えるようにし、独自アイコンを設定します。
 
@@ -195,7 +199,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 ### 4\. アプリとして保存
 
 1.  メニューから\*\*「ファイル」\*\* → **「保存」** を選択します。
-2.  名前を **`moleditpy.app`** にします。
+2.  名前を **`MoleditPy.app`** にします。
 3.  保存場所は一時的にデスクトップなど任意で構いません。
 
 ### 5\. アプリケーションフォルダーへ移動
@@ -204,14 +208,14 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 **Finderからコピーする場合**
 
-1.  Finderで `moleditpy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
+1.  Finderで `MoleditPy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
 2.  Finderメニューの「移動」→\*\*「アプリケーション」\*\* を開きます。
 3.  `⌘ + V` で貼り付けます。
 
 **ターミナルからコピーする場合**
 
 ```bash
-sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
+sudo cp -R ~/Desktop/MoleditPy.app /Applications/
 ```
 
 ### 6\. アイコンを設定
@@ -226,7 +230,7 @@ sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
 
 1.  Finderで上記の `icon.png` を開きます。
 2.  「プレビュー」で画像を開いた状態で `⌘ + A` で**全選択**、`⌘ + C` で**コピー**します。
-3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `moleditpy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
+3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `MoleditPy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
 4.  左上の小さいアイコンをクリック（枠が出る） → `⌘ + V` で**貼り付け**ます。
     これでアプリのアイコンが変更されます。
 
@@ -240,7 +244,7 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
 
 ### 8\. 完了
 
-これで `/Applications` にインストールされた **`moleditpy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
+これで `/Applications` にインストールされた **`MoleditPy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
 
 -----
 

{moleditpy-0.3.6 → moleditpy-0.3.8}/README.md

@@ -1,4 +1,8 @@
-# moleditpy -- Python Molecular Editor
+# MoleditPy -- Python Molecular Editor
+
+[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268532.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268532)
+[![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
+
 
 Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
 
@@ -91,7 +95,7 @@ moleditpy
 
 -----
 
-## Windows ショートカットとファイル関連付けガイド
+## Windows: ショートカットとファイル関連付けガイド
 
 Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリックで開いたり、アイコン付きのショートカットからアプリケーションを起動したりするための詳細な設定手順です。
 
@@ -122,7 +126,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 1.  **新規ショートカットの作成:** デスクトップなどの任意の場所を右クリックし、「新規作成」→\*\*「ショートカット」\*\*を選択します。
 2.  **実行ファイルのパスを入力:** 「項目の場所を入力してください」に、上記の実行ファイルのパスを入力し、「次へ」をクリックします。
-3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `moleditpy`）を付けて、「完了」をクリックします。
+3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `MoleditPy`）を付けて、「完了」をクリックします。
 4.  **アイコンの変更:**
       * 作成されたショートカットを右クリックし、\*\*「プロパティ」\*\*を選択します。
       * 「ショートカット」タブの\*\*「アイコンの変更...」\*\*ボタンをクリックします。
@@ -136,12 +140,12 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 1.  **スタートメニューフォルダのパスを確認:** エクスプローラーのアドレスバーに以下のいずれかのパスを入力し、Enterキーを押します。
       * **現在のユーザー専用 (推奨):** `%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
       * **すべてのユーザー共通 (管理者権限が必要):** `%ALLUSERSPROFILE%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
-2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `moleditpy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
+2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `MoleditPy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
 3.  **確認:** スタートボタンをクリックし、プログラム一覧からショートカットに付けた名前が追加されていることを確認してください。
 
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-## macOS向け：Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法（moleditpy）
+## macOS: Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法
 
 この手順では、`pip install moleditpy` でインストールしたPythonアプリをmacOS上で\*\*.appアプリケーション\*\*として使えるようにし、独自アイコンを設定します。
 
@@ -171,7 +175,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 ### 4\. アプリとして保存
 
 1.  メニューから\*\*「ファイル」\*\* → **「保存」** を選択します。
-2.  名前を **`moleditpy.app`** にします。
+2.  名前を **`MoleditPy.app`** にします。
 3.  保存場所は一時的にデスクトップなど任意で構いません。
 
 ### 5\. アプリケーションフォルダーへ移動
@@ -180,14 +184,14 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 **Finderからコピーする場合**
 
-1.  Finderで `moleditpy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
+1.  Finderで `MoleditPy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
 2.  Finderメニューの「移動」→\*\*「アプリケーション」\*\* を開きます。
 3.  `⌘ + V` で貼り付けます。
 
 **ターミナルからコピーする場合**
 
 ```bash
-sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
+sudo cp -R ~/Desktop/MoleditPy.app /Applications/
 ```
 
 ### 6\. アイコンを設定
@@ -202,7 +206,7 @@ sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
 
 1.  Finderで上記の `icon.png` を開きます。
 2.  「プレビュー」で画像を開いた状態で `⌘ + A` で**全選択**、`⌘ + C` で**コピー**します。
-3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `moleditpy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
+3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `MoleditPy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
 4.  左上の小さいアイコンをクリック（枠が出る） → `⌘ + V` で**貼り付け**ます。
     これでアプリのアイコンが変更されます。
 
@@ -216,7 +220,7 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
 
 ### 8\. 完了
 
-これで `/Applications` にインストールされた **`moleditpy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
+これで `/Applications` にインストールされた **`MoleditPy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
 
 -----
 

{moleditpy-0.3.6 → moleditpy-0.3.8}/pyproject.toml

@@ -5,13 +5,13 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
 [project]
 name = "moleditpy"
 
-version = "0.3.6"
+version = "0.3.8"
 
 authors = [
   { name="HiroYokoyama", email="titech.yoko.hiro@gmail.com" },
 ]
 
-description = "A program to edit molecular structures using Python."
+description = "A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software."
 
 readme = "README.md"
 

{moleditpy-0.3.6 → moleditpy-0.3.8}/src/moleditpy/main.py

@@ -1,13 +1,18 @@
 #!/usr/bin/env python3
 # -*- coding: utf-8 -*-
+
 """
-moleditpy — simple molecule editor
-Short: Atom/bond edit, template preview, keyboard shortcuts).
+MoleditPy — A Python-based molecular editing software
+
 Author: HiroYokoyama
 License: Apache-2.0 license
 Repo: https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
+DOI 10.5281/zenodo.17268532
 """
 
+#Version
+VERSION = "0.3.8"
+
 import sys
 import numpy as np
 import pickle
@@ -83,7 +88,7 @@ VDW_RADII = {pt.GetElementSymbol(i): pt.GetRvdw(i) * 0.3 for i in range(1, 119)}
 def main():
     # --- Windows タスクバーアイコンのための追加処理 ---
     if sys.platform == 'win32':
-        myappid = 'hyoko.moleditpy.0.2' # アプリケーション固有のID（任意）
+        myappid = 'hyoko.moleditpy.0.3' # アプリケーション固有のID（任意）
         ctypes.windll.shell32.SetCurrentProcessExplicitAppUserModelID(myappid)
 
     app = QApplication(sys.argv)
@@ -1586,7 +1591,7 @@ class MainWindow(QMainWindow):
     start_calculation = pyqtSignal(str)
     def __init__(self, initial_file=None):
         super().__init__()
-        self.setWindowTitle("moleditpy -- Python Molecular Editor by HY"); self.setGeometry(100, 100, 1400, 800)
+        self.setWindowTitle("MoleditPy -- Python Molecular Editor Ver. " + VERSION); self.setGeometry(100, 100, 1400, 800)
         self.data = MolecularData(); self.current_mol = None
         self.current_3d_style = 'ball_and_stick'
         self.show_chiral_labels = False
@@ -2291,6 +2296,8 @@ class MainWindow(QMainWindow):
                  for atom_id, data in self.data.atoms.items()}
         bonds = {key: {'order': data['order'], 'stereo': data.get('stereo', 0)} for key, data in self.data.bonds.items()}
         state = {'atoms': atoms, 'bonds': bonds, '_next_atom_id': self.data._next_atom_id}
+
+        state['version'] = VERSION 
         
         if self.current_mol: state['mol_3d'] = self.current_mol.ToBinary()
             
@@ -2300,6 +2307,26 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         self.clear_2d_editor(push_to_undo=False)
         
         loaded_data = copy.deepcopy(state_data)
+
+        # ファイルのバージョンを取得（存在しない場合は '0.0.0' とする）
+        file_version_str = loaded_data.get('version', '0.0.0')
+
+        try:
+            app_version_parts = tuple(map(int, VERSION.split('.')))
+            file_version_parts = tuple(map(int, file_version_str.split('.')))
+
+            # ファイルのバージョンがアプリケーションのバージョンより新しい場合に警告
+            if file_version_parts > app_version_parts:
+                QMessageBox.warning(
+                    self,
+                    "Version Mismatch",
+                    f"The file you are opening was saved with a newer version of MoleditPy (ver. {file_version_str}).\n\n"
+                    f"Your current version is {VERSION}.\n\n"
+                    "Some features may not load or work correctly."
+                )
+        except (ValueError, AttributeError):
+            pass
+
         raw_atoms = loaded_data.get('atoms', {})
         raw_bonds = loaded_data.get('bonds', {})
 
@@ -2577,7 +2604,7 @@ class MainWindow(QMainWindow):
             try:
                 conf=self.current_mol.GetConformer(); num_atoms=self.current_mol.GetNumAtoms()
                 xyz_lines=[str(num_atoms)]; smiles=Chem.MolToSmiles(Chem.RemoveHs(self.current_mol))
-                xyz_lines.append(f"Generated by moleditpy. SMILES: {smiles}")
+                xyz_lines.append(f"Generated by MoleditPy Ver. {VERSION}. SMILES: {smiles}")
                 for i in range(num_atoms):
                     pos=conf.GetAtomPosition(i); symbol=self.current_mol.GetAtomWithIdx(i).GetSymbol()
                     xyz_lines.append(f"{symbol} {pos.x:.6f} {pos.y:.6f} {pos.z:.6f}")
@@ -2828,8 +2855,11 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         edge_color = '#505050'
         self.plotter.add_mesh(glyphs, scalars='colors', rgb=True, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3, line_width=0.1)
         
-        # Ball & Stick スタイルの時のみ結合を描画
+
         if self.current_3d_style == 'ball_and_stick':
+            # 結合メッシュを一時的に格納するリストを作成
+            bond_meshes = []
+
             for bond in mol.GetBonds():
                 sp = np.array(conf.GetAtomPosition(bond.GetBeginAtomIdx()))
                 ep = np.array(conf.GetAtomPosition(bond.GetEndAtomIdx()))
@@ -2838,11 +2868,13 @@ class MainWindow(QMainWindow):
                 d = ep - sp
                 h = np.linalg.norm(d)
                 if h == 0: continue
-                color = [0.5, 0.5, 0.5]
+
+                # この時点では add_mesh しない
                 if bt == Chem.rdchem.BondType.SINGLE or bt == Chem.rdchem.BondType.AROMATIC:
                     cyl = pv.Cylinder(center=c, direction=d, radius=0.1, height=h)
-                    self.plotter.add_mesh(cyl, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
+                    bond_meshes.append(cyl)
                 else:
+                    # (二重結合・三重結合のロジックも同様に、生成したメッシュをリストに追加する)
                     v1 = d / h
                     v_arb = np.array([0, 0, 1])
                     if np.allclose(np.abs(np.dot(v1, v_arb)), 1.0): v_arb = np.array([0, 1, 0])
@@ -2853,19 +2885,28 @@ class MainWindow(QMainWindow):
                         s = 0.20
                         c1 = c + off_dir * (s / 2)
                         c2 = c - off_dir * (s / 2)
-                        cyl1 = pv.Cylinder(center=c1, direction=d, radius=r, height=h)
-                        cyl2 = pv.Cylinder(center=c2, direction=d, radius=r, height=h)
-                        self.plotter.add_mesh(cyl1, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
-                        self.plotter.add_mesh(cyl2, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c1, direction=d, radius=r, height=h))
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c2, direction=d, radius=r, height=h))
                     elif bt == Chem.rdchem.BondType.TRIPLE:
                         r = 0.08
                         s = 0.20
-                        cc = pv.Cylinder(center=c, direction=d, radius=r, height=h)
-                        c1 = pv.Cylinder(center=c + off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h)
-                        c2 = pv.Cylinder(center=c - off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h)
-                        self.plotter.add_mesh(cc, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
-                        self.plotter.add_mesh(c1, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
-                        self.plotter.add_mesh(c2, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c, direction=d, radius=r, height=h))
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c + off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h))
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c - off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h))
+
+            # ループが終わった後、リストに溜めた全メッシュを1つに統合
+            if bond_meshes:
+                combined_bonds = pv.merge(bond_meshes)
+                # 最後に一度だけ add_mesh を呼び出す
+                self.plotter.add_meshedge_color = '#505050'
+                self.plotter.add_mesh(
+                    combined_bonds, 
+                    color=[0.5, 0.5, 0.5], 
+                    smooth_shading=True, 
+                    show_edges=True, 
+                    edge_color=edge_color, 
+                    edge_opacity=0.3
+                )
 
         # chiral labels: 3D コンフォマーを持つ場合はここで R/S を表示
         if getattr(self, 'show_chiral_labels', False):

{moleditpy-0.3.6 → moleditpy-0.3.8}/src/moleditpy.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,7 +1,7 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: moleditpy
-Version: 0.3.6
-Summary: A program to edit molecular structures using Python.
+Version: 0.3.8
+Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
@@ -22,7 +22,11 @@ Requires-Dist: numpy
 Requires-Dist: pyvista
 Requires-Dist: pyvistaqt
 
-# moleditpy -- Python Molecular Editor
+# MoleditPy -- Python Molecular Editor
+
+[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268532.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268532)
+[![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
+
 
 Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
 
@@ -115,7 +119,7 @@ moleditpy
 
 -----
 
-## Windows ショートカットとファイル関連付けガイド
+## Windows: ショートカットとファイル関連付けガイド
 
 Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリックで開いたり、アイコン付きのショートカットからアプリケーションを起動したりするための詳細な設定手順です。
 
@@ -146,7 +150,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 1.  **新規ショートカットの作成:** デスクトップなどの任意の場所を右クリックし、「新規作成」→\*\*「ショートカット」\*\*を選択します。
 2.  **実行ファイルのパスを入力:** 「項目の場所を入力してください」に、上記の実行ファイルのパスを入力し、「次へ」をクリックします。
-3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `moleditpy`）を付けて、「完了」をクリックします。
+3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `MoleditPy`）を付けて、「完了」をクリックします。
 4.  **アイコンの変更:**
       * 作成されたショートカットを右クリックし、\*\*「プロパティ」\*\*を選択します。
       * 「ショートカット」タブの\*\*「アイコンの変更...」\*\*ボタンをクリックします。
@@ -160,12 +164,12 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 1.  **スタートメニューフォルダのパスを確認:** エクスプローラーのアドレスバーに以下のいずれかのパスを入力し、Enterキーを押します。
       * **現在のユーザー専用 (推奨):** `%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
       * **すべてのユーザー共通 (管理者権限が必要):** `%ALLUSERSPROFILE%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
-2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `moleditpy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
+2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `MoleditPy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
 3.  **確認:** スタートボタンをクリックし、プログラム一覧からショートカットに付けた名前が追加されていることを確認してください。
 
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-## macOS向け：Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法（moleditpy）
+## macOS: Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法
 
 この手順では、`pip install moleditpy` でインストールしたPythonアプリをmacOS上で\*\*.appアプリケーション\*\*として使えるようにし、独自アイコンを設定します。
 
@@ -195,7 +199,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 ### 4\. アプリとして保存
 
 1.  メニューから\*\*「ファイル」\*\* → **「保存」** を選択します。
-2.  名前を **`moleditpy.app`** にします。
+2.  名前を **`MoleditPy.app`** にします。
 3.  保存場所は一時的にデスクトップなど任意で構いません。
 
 ### 5\. アプリケーションフォルダーへ移動
@@ -204,14 +208,14 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 **Finderからコピーする場合**
 
-1.  Finderで `moleditpy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
+1.  Finderで `MoleditPy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
 2.  Finderメニューの「移動」→\*\*「アプリケーション」\*\* を開きます。
 3.  `⌘ + V` で貼り付けます。
 
 **ターミナルからコピーする場合**
 
 ```bash
-sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
+sudo cp -R ~/Desktop/MoleditPy.app /Applications/
 ```
 
 ### 6\. アイコンを設定
@@ -226,7 +230,7 @@ sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
 
 1.  Finderで上記の `icon.png` を開きます。
 2.  「プレビュー」で画像を開いた状態で `⌘ + A` で**全選択**、`⌘ + C` で**コピー**します。
-3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `moleditpy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
+3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `MoleditPy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
 4.  左上の小さいアイコンをクリック（枠が出る） → `⌘ + V` で**貼り付け**ます。
     これでアプリのアイコンが変更されます。
 
@@ -240,7 +244,7 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
 
 ### 8\. 完了
 
-これで `/Applications` にインストールされた **`moleditpy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
+これで `/Applications` にインストールされた **`MoleditPy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
 
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