moleditpy 0.3.5__tar.gz → 0.3.7__tar.gz

{moleditpy-0.3.5 → moleditpy-0.3.7}/PKG-INFO

@@ -1,7 +1,7 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: moleditpy
-Version: 0.3.5
-Summary: A program to edit molecular structures using Python.
+Version: 0.3.7
+Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
@@ -22,7 +22,11 @@ Requires-Dist: numpy
 Requires-Dist: pyvista
 Requires-Dist: pyvistaqt
 
-# moleditpy -- Python Molecular Editor
+# MoleditPy -- Python Molecular Editor
+
+[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268533.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268533)
+[![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
+
 
 Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
 
@@ -115,7 +119,7 @@ moleditpy
 
 -----
 
-## Windows ショートカットとファイル関連付けガイド
+## Windows: ショートカットとファイル関連付けガイド
 
 Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリックで開いたり、アイコン付きのショートカットからアプリケーションを起動したりするための詳細な設定手順です。
 
@@ -146,7 +150,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 1.  **新規ショートカットの作成:** デスクトップなどの任意の場所を右クリックし、「新規作成」→\*\*「ショートカット」\*\*を選択します。
 2.  **実行ファイルのパスを入力:** 「項目の場所を入力してください」に、上記の実行ファイルのパスを入力し、「次へ」をクリックします。
-3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `moleditpy`）を付けて、「完了」をクリックします。
+3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `MoleditPy`）を付けて、「完了」をクリックします。
 4.  **アイコンの変更:**
       * 作成されたショートカットを右クリックし、\*\*「プロパティ」\*\*を選択します。
       * 「ショートカット」タブの\*\*「アイコンの変更...」\*\*ボタンをクリックします。
@@ -160,12 +164,12 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 1.  **スタートメニューフォルダのパスを確認:** エクスプローラーのアドレスバーに以下のいずれかのパスを入力し、Enterキーを押します。
       * **現在のユーザー専用 (推奨):** `%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
       * **すべてのユーザー共通 (管理者権限が必要):** `%ALLUSERSPROFILE%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
-2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `moleditpy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
+2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `MoleditPy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
 3.  **確認:** スタートボタンをクリックし、プログラム一覧からショートカットに付けた名前が追加されていることを確認してください。
 
 -----
 
-## macOS向け：Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法（moleditpy）
+## macOS: Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法
 
 この手順では、`pip install moleditpy` でインストールしたPythonアプリをmacOS上で\*\*.appアプリケーション\*\*として使えるようにし、独自アイコンを設定します。
 
@@ -195,7 +199,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 ### 4\. アプリとして保存
 
 1.  メニューから\*\*「ファイル」\*\* → **「保存」** を選択します。
-2.  名前を **`moleditpy.app`** にします。
+2.  名前を **`MoleditPy.app`** にします。
 3.  保存場所は一時的にデスクトップなど任意で構いません。
 
 ### 5\. アプリケーションフォルダーへ移動
@@ -204,14 +208,14 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 **Finderからコピーする場合**
 
-1.  Finderで `moleditpy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
+1.  Finderで `MoleditPy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
 2.  Finderメニューの「移動」→\*\*「アプリケーション」\*\* を開きます。
 3.  `⌘ + V` で貼り付けます。
 
 **ターミナルからコピーする場合**
 
 ```bash
-sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
+sudo cp -R ~/Desktop/MoleditPy.app /Applications/
 ```
 
 ### 6\. アイコンを設定
@@ -226,7 +230,7 @@ sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
 
 1.  Finderで上記の `icon.png` を開きます。
 2.  「プレビュー」で画像を開いた状態で `⌘ + A` で**全選択**、`⌘ + C` で**コピー**します。
-3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `moleditpy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
+3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `MoleditPy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
 4.  左上の小さいアイコンをクリック（枠が出る） → `⌘ + V` で**貼り付け**ます。
     これでアプリのアイコンが変更されます。
 
@@ -240,7 +244,7 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
 
 ### 8\. 完了
 
-これで `/Applications` にインストールされた **`moleditpy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
+これで `/Applications` にインストールされた **`MoleditPy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
 
 -----
 

{moleditpy-0.3.5 → moleditpy-0.3.7}/README.md

@@ -1,4 +1,8 @@
-# moleditpy -- Python Molecular Editor
+# MoleditPy -- Python Molecular Editor
+
+[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268533.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268533)
+[![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
+
 
 Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
 
@@ -91,7 +95,7 @@ moleditpy
 
 -----
 
-## Windows ショートカットとファイル関連付けガイド
+## Windows: ショートカットとファイル関連付けガイド
 
 Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリックで開いたり、アイコン付きのショートカットからアプリケーションを起動したりするための詳細な設定手順です。
 
@@ -122,7 +126,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 1.  **新規ショートカットの作成:** デスクトップなどの任意の場所を右クリックし、「新規作成」→\*\*「ショートカット」\*\*を選択します。
 2.  **実行ファイルのパスを入力:** 「項目の場所を入力してください」に、上記の実行ファイルのパスを入力し、「次へ」をクリックします。
-3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `moleditpy`）を付けて、「完了」をクリックします。
+3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `MoleditPy`）を付けて、「完了」をクリックします。
 4.  **アイコンの変更:**
       * 作成されたショートカットを右クリックし、\*\*「プロパティ」\*\*を選択します。
       * 「ショートカット」タブの\*\*「アイコンの変更...」\*\*ボタンをクリックします。
@@ -136,12 +140,12 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 1.  **スタートメニューフォルダのパスを確認:** エクスプローラーのアドレスバーに以下のいずれかのパスを入力し、Enterキーを押します。
       * **現在のユーザー専用 (推奨):** `%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
       * **すべてのユーザー共通 (管理者権限が必要):** `%ALLUSERSPROFILE%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
-2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `moleditpy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
+2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `MoleditPy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
 3.  **確認:** スタートボタンをクリックし、プログラム一覧からショートカットに付けた名前が追加されていることを確認してください。
 
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-## macOS向け：Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法（moleditpy）
+## macOS: Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法
 
 この手順では、`pip install moleditpy` でインストールしたPythonアプリをmacOS上で\*\*.appアプリケーション\*\*として使えるようにし、独自アイコンを設定します。
 
@@ -171,7 +175,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 ### 4\. アプリとして保存
 
 1.  メニューから\*\*「ファイル」\*\* → **「保存」** を選択します。
-2.  名前を **`moleditpy.app`** にします。
+2.  名前を **`MoleditPy.app`** にします。
 3.  保存場所は一時的にデスクトップなど任意で構いません。
 
 ### 5\. アプリケーションフォルダーへ移動
@@ -180,14 +184,14 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 **Finderからコピーする場合**
 
-1.  Finderで `moleditpy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
+1.  Finderで `MoleditPy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
 2.  Finderメニューの「移動」→\*\*「アプリケーション」\*\* を開きます。
 3.  `⌘ + V` で貼り付けます。
 
 **ターミナルからコピーする場合**
 
 ```bash
-sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
+sudo cp -R ~/Desktop/MoleditPy.app /Applications/
 ```
 
 ### 6\. アイコンを設定
@@ -202,7 +206,7 @@ sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
 
 1.  Finderで上記の `icon.png` を開きます。
 2.  「プレビュー」で画像を開いた状態で `⌘ + A` で**全選択**、`⌘ + C` で**コピー**します。
-3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `moleditpy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
+3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `MoleditPy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
 4.  左上の小さいアイコンをクリック（枠が出る） → `⌘ + V` で**貼り付け**ます。
     これでアプリのアイコンが変更されます。
 
@@ -216,7 +220,7 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
 
 ### 8\. 完了
 
-これで `/Applications` にインストールされた **`moleditpy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
+これで `/Applications` にインストールされた **`MoleditPy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
 
 -----
 

{moleditpy-0.3.5 → moleditpy-0.3.7}/pyproject.toml

@@ -5,13 +5,13 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
 [project]
 name = "moleditpy"
 
-version = "0.3.5"
+version = "0.3.7"
 
 authors = [
   { name="HiroYokoyama", email="titech.yoko.hiro@gmail.com" },
 ]
 
-description = "A program to edit molecular structures using Python."
+description = "A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software."
 
 readme = "README.md"
 

{moleditpy-0.3.5 → moleditpy-0.3.7}/src/moleditpy/main.py

@@ -1,13 +1,18 @@
 #!/usr/bin/env python3
 # -*- coding: utf-8 -*-
+
 """
-moleditpy — simple molecule editor
-Short: Atom/bond edit, template preview, keyboard shortcuts).
+MoleditPy — A Python-based molecular editing software
+
 Author: HiroYokoyama
 License: Apache-2.0 license
 Repo: https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
+DOI 10.5281/zenodo.17268532
 """
 
+#Version
+VERSION = "0.3.7"
+
 import sys
 import numpy as np
 import pickle
@@ -83,7 +88,7 @@ VDW_RADII = {pt.GetElementSymbol(i): pt.GetRvdw(i) * 0.3 for i in range(1, 119)}
 def main():
     # --- Windows タスクバーアイコンのための追加処理 ---
     if sys.platform == 'win32':
-        myappid = 'hyoko.moleditpy.0.2' # アプリケーション固有のID（任意）
+        myappid = 'hyoko.moleditpy.0.3' # アプリケーション固有のID（任意）
         ctypes.windll.shell32.SetCurrentProcessExplicitAppUserModelID(myappid)
 
     app = QApplication(sys.argv)
@@ -1332,7 +1337,79 @@ class MoleculeScene(QGraphicsScene):
                (b.atom1 is atom2 and b.atom2 is atom1):
                 return b
         return None
-    
+
+
+class ZoomableView(QGraphicsView):
+    """ マウスホイールでのズームと中ボタンでのパン機能を追加したQGraphicsView """
+    def __init__(self, scene, parent=None):
+        super().__init__(scene, parent)
+        self.setTransformationAnchor(QGraphicsView.ViewportAnchor.AnchorUnderMouse)
+        self.setResizeAnchor(QGraphicsView.ViewportAnchor.AnchorViewCenter)
+        self.setVerticalScrollBarPolicy(Qt.ScrollBarPolicy.ScrollBarAlwaysOn)
+        self.setHorizontalScrollBarPolicy(Qt.ScrollBarPolicy.ScrollBarAlwaysOn)
+        self.setDragMode(QGraphicsView.DragMode.NoDrag) # デフォルトはドラッグなし
+
+        self._is_panning = False
+        self._pan_start_pos = QPointF()
+
+    def wheelEvent(self, event):
+        """ マウスホイールを回した際のイベント """
+        if event.modifiers() & Qt.KeyboardModifier.ControlModifier:
+            zoom_in_factor = 1.1
+            zoom_out_factor = 1 / zoom_in_factor
+
+            transform = self.transform()
+            current_scale = transform.m11()
+            min_scale, max_scale = 0.05, 20.0
+
+            if event.angleDelta().y() > 0:
+                if max_scale > current_scale:
+                    self.scale(zoom_in_factor, zoom_in_factor)
+            else:
+                if min_scale < current_scale:
+                    self.scale(zoom_out_factor, zoom_out_factor)
+            
+            event.accept() 
+        else:
+            super().wheelEvent(event)
+
+    def mousePressEvent(self, event):
+        """ 中ボタンが押されたらパン（視点移動）モードを開始 """
+        if event.button() == Qt.MouseButton.MiddleButton:
+            self._is_panning = True
+            self._pan_start_pos = event.pos()
+            self.setCursor(Qt.CursorShape.SizeAllCursor)
+            event.accept()
+        else:
+            super().mousePressEvent(event)
+
+    def mouseMoveEvent(self, event):
+        """ パンモード中にマウスを動かしたら、その分だけ視点を移動させる """
+        if self._is_panning:
+            delta = self.mapToScene(event.pos()) - self.mapToScene(self._pan_start_pos)
+            self.translate(delta.x(), delta.y())
+            self._pan_start_pos = event.pos()
+            event.accept()
+        else:
+            super().mouseMoveEvent(event)
+
+    def mouseReleaseEvent(self, event):
+        """ 中ボタンを離したらパンモードを終了 """
+        if event.button() == Qt.MouseButton.MiddleButton:
+            self._is_panning = False
+            # 現在の描画モードに応じたカーソルに戻す
+            current_mode = self.scene().mode if self.scene() else 'select'
+            if current_mode == 'select':
+                self.setCursor(Qt.CursorShape.ArrowCursor)
+            elif current_mode.startswith(('atom', 'bond', 'template')):
+                self.setCursor(Qt.CursorShape.CrossCursor)
+            elif current_mode.startswith(('charge', 'radical')):
+                self.setCursor(Qt.CursorShape.PointingHandCursor)
+            else:
+                self.setCursor(Qt.CursorShape.ArrowCursor)
+            event.accept()
+        else:
+            super().mouseReleaseEvent(event)
 
 class CalculationWorker(QObject):
     # --- 変更点1: 新しいシグナルを追加 ---
@@ -1514,7 +1591,7 @@ class MainWindow(QMainWindow):
     start_calculation = pyqtSignal(str)
     def __init__(self, initial_file=None):
         super().__init__()
-        self.setWindowTitle("moleditpy -- Python Molecular Editor by HY"); self.setGeometry(100, 100, 1400, 800)
+        self.setWindowTitle("MoleditPy -- Python Molecular Editor Ver. " + VERSION); self.setGeometry(100, 100, 1400, 800)
         self.data = MolecularData(); self.current_mol = None
         self.current_3d_style = 'ball_and_stick'
         self.show_chiral_labels = False
@@ -1559,7 +1636,7 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         self.scene.setSceneRect(-4000,-4000,4000,4000)
         self.scene.setBackgroundBrush(QColor("#FFFFFF"))
 
-        self.view_2d=QGraphicsView(self.scene)
+        self.view_2d=ZoomableView(self.scene)
         self.view_2d.setRenderHint(QPainter.RenderHint.Antialiasing)
         self.view_2d.setSizePolicy(
             QSizePolicy.Policy.Expanding, QSizePolicy.Policy.Expanding
@@ -1830,7 +1907,7 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         menu_bar = self.menuBar()
         
         file_menu = menu_bar.addMenu("&File")
-        load_mol_action = QAction("Open MOL/SDF...", self); load_mol_action.triggered.connect(self.load_mol_file)
+        load_mol_action = QAction("Import MOL...", self); load_mol_action.triggered.connect(self.load_mol_file)
         file_menu.addAction(load_mol_action)
         file_menu.addSeparator()
         save_mol_action = QAction("Save 2D as MOL...", self); save_mol_action.triggered.connect(self.save_as_mol)
@@ -1900,6 +1977,29 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         clear_all_action.triggered.connect(self.clear_all); edit_menu.addAction(clear_all_action)
 
         view_menu = menu_bar.addMenu("&View")
+
+        zoom_in_action = QAction("Zoom In", self)
+        zoom_in_action.setShortcut(QKeySequence.StandardKey.ZoomIn) # Ctrl +
+        zoom_in_action.triggered.connect(self.zoom_in)
+        view_menu.addAction(zoom_in_action)
+
+        zoom_out_action = QAction("Zoom Out", self)
+        zoom_out_action.setShortcut(QKeySequence.StandardKey.ZoomOut) # Ctrl -
+        zoom_out_action.triggered.connect(self.zoom_out)
+        view_menu.addAction(zoom_out_action)
+
+        reset_zoom_action = QAction("Reset Zoom", self)
+        reset_zoom_action.setShortcut(QKeySequence("Ctrl+0"))
+        reset_zoom_action.triggered.connect(self.reset_zoom)
+        view_menu.addAction(reset_zoom_action)
+        
+        fit_action = QAction("Fit to View", self)
+        fit_action.setShortcut(QKeySequence("Ctrl+9"))
+        fit_action.triggered.connect(self.fit_to_view)
+        view_menu.addAction(fit_action)
+
+        view_menu.addSeparator()
+
         self.toggle_chiral_action = QAction("Show Chiral Labels", self, checkable=True)
         self.toggle_chiral_action.setChecked(self.show_chiral_labels)
         self.toggle_chiral_action.triggered.connect(self.toggle_chiral_labels_display)
@@ -2196,6 +2296,8 @@ class MainWindow(QMainWindow):
                  for atom_id, data in self.data.atoms.items()}
         bonds = {key: {'order': data['order'], 'stereo': data.get('stereo', 0)} for key, data in self.data.bonds.items()}
         state = {'atoms': atoms, 'bonds': bonds, '_next_atom_id': self.data._next_atom_id}
+
+        state['version'] = VERSION 
         
         if self.current_mol: state['mol_3d'] = self.current_mol.ToBinary()
             
@@ -2205,6 +2307,26 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         self.clear_2d_editor(push_to_undo=False)
         
         loaded_data = copy.deepcopy(state_data)
+
+        # ファイルのバージョンを取得（存在しない場合は '0.0.0' とする）
+        file_version_str = loaded_data.get('version', '0.0.0')
+
+        try:
+            app_version_parts = tuple(map(int, VERSION.split('.')))
+            file_version_parts = tuple(map(int, file_version_str.split('.')))
+
+            # ファイルのバージョンがアプリケーションのバージョンより新しい場合に警告
+            if file_version_parts > app_version_parts:
+                QMessageBox.warning(
+                    self,
+                    "Version Mismatch",
+                    f"The file you are opening was saved with a newer version of MoleditPy (ver. {file_version_str}).\n\n"
+                    f"Your current version is {VERSION}.\n\n"
+                    "Some features may not load or work correctly."
+                )
+        except (ValueError, AttributeError):
+            pass
+
         raw_atoms = loaded_data.get('atoms', {})
         raw_bonds = loaded_data.get('bonds', {})
 
@@ -2362,33 +2484,50 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         if push_to_undo:
             self.push_undo_state()
 
-
     def load_mol_file(self):
         options = QFileDialog.Option.DontUseNativeDialog
-        file_path, _ = QFileDialog.getOpenFileName(self, "Open MOL/SDF File", "", "Chemical Files (*.mol *.sdf);;All Files (*)", options=options)
+        file_path, _ = QFileDialog.getOpenFileName(self, "Import MOL File", "", "Chemical Files (*.mol *.sdf);;All Files (*)", options=options)
         if not file_path: return
         try:
-            suppl = Chem.SDMolSupplier(file_path, removeHs=False)
+            suppl = Chem.SDMolSupplier(file_path, removeHs=True)
             mol = next(suppl, None)
             if mol is None: raise ValueError("Failed to read molecule from file.")
+
+            Chem.Kekulize(mol)
+            
             self.clear_2d_editor(push_to_undo=False)
             self.current_mol = None; self.plotter.clear(); self.analysis_action.setEnabled(False)
             
-            if mol.GetNumConformers() == 0: AllChem.Compute2DCoords(mol)
+            if mol.GetNumConformers() == 0: 
+                AllChem.Compute2DCoords(mol)
 
             conf = mol.GetConformer(); SCALE_FACTOR = 50.0
-            rdkit_idx_to_my_id = {}
+            
+            view_center = self.view_2d.mapToScene(self.view_2d.viewport().rect().center())
+
             positions = [conf.GetAtomPosition(i) for i in range(mol.GetNumAtoms())]
-            center_x = sum(p.x for p in positions)/len(positions) if positions else 0
-            center_y = sum(p.y for p in positions)/len(positions) if positions else 0
+            if positions:
+                mol_center_x = sum(p.x for p in positions) / len(positions)
+                mol_center_y = sum(p.y for p in positions) / len(positions)
+            else:
+                mol_center_x, mol_center_y = 0.0, 0.0
+
+            rdkit_idx_to_my_id = {}
             for i in range(mol.GetNumAtoms()):
-                atom = mol.GetAtomWithIdx(i); pos = conf.GetAtomPosition(i)
+                atom = mol.GetAtomWithIdx(i)
+                pos = conf.GetAtomPosition(i)
                 charge = atom.GetFormalCharge()
-                scene_x=(pos.x-center_x)*SCALE_FACTOR; scene_y=-(pos.y-center_y)*SCALE_FACTOR
+                
+                relative_x = pos.x - mol_center_x
+                relative_y = pos.y - mol_center_y
+                
+                scene_x = (relative_x * SCALE_FACTOR) + view_center.x()
+                scene_y = (-relative_y * SCALE_FACTOR) + view_center.y()
+                
                 atom_id = self.scene.create_atom(atom.GetSymbol(), QPointF(scene_x, scene_y), charge=charge)
                 rdkit_idx_to_my_id[i] = atom_id
+                        
             for bond in mol.GetBonds():
-                # (以降のBond読み込み部分は変更なし)
                 b_idx,e_idx=bond.GetBeginAtomIdx(),bond.GetEndAtomIdx()
                 b_type = bond.GetBondTypeAsDouble(); b_dir = bond.GetBondDir()
                 stereo = 0
@@ -2465,7 +2604,7 @@ class MainWindow(QMainWindow):
             try:
                 conf=self.current_mol.GetConformer(); num_atoms=self.current_mol.GetNumAtoms()
                 xyz_lines=[str(num_atoms)]; smiles=Chem.MolToSmiles(Chem.RemoveHs(self.current_mol))
-                xyz_lines.append(f"Generated by moleditpy. SMILES: {smiles}")
+                xyz_lines.append(f"Generated by MoleditPy Ver. {VERSION}. SMILES: {smiles}")
                 for i in range(num_atoms):
                     pos=conf.GetAtomPosition(i); symbol=self.current_mol.GetAtomWithIdx(i).GetSymbol()
                     xyz_lines.append(f"{symbol} {pos.x:.6f} {pos.y:.6f} {pos.z:.6f}")
@@ -2716,8 +2855,11 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         edge_color = '#505050'
         self.plotter.add_mesh(glyphs, scalars='colors', rgb=True, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3, line_width=0.1)
         
-        # Ball & Stick スタイルの時のみ結合を描画
+
         if self.current_3d_style == 'ball_and_stick':
+            # 結合メッシュを一時的に格納するリストを作成
+            bond_meshes = []
+
             for bond in mol.GetBonds():
                 sp = np.array(conf.GetAtomPosition(bond.GetBeginAtomIdx()))
                 ep = np.array(conf.GetAtomPosition(bond.GetEndAtomIdx()))
@@ -2726,11 +2868,13 @@ class MainWindow(QMainWindow):
                 d = ep - sp
                 h = np.linalg.norm(d)
                 if h == 0: continue
-                color = [0.5, 0.5, 0.5]
+
+                # この時点では add_mesh しない
                 if bt == Chem.rdchem.BondType.SINGLE or bt == Chem.rdchem.BondType.AROMATIC:
                     cyl = pv.Cylinder(center=c, direction=d, radius=0.1, height=h)
-                    self.plotter.add_mesh(cyl, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
+                    bond_meshes.append(cyl)
                 else:
+                    # (二重結合・三重結合のロジックも同様に、生成したメッシュをリストに追加する)
                     v1 = d / h
                     v_arb = np.array([0, 0, 1])
                     if np.allclose(np.abs(np.dot(v1, v_arb)), 1.0): v_arb = np.array([0, 1, 0])
@@ -2741,19 +2885,28 @@ class MainWindow(QMainWindow):
                         s = 0.20
                         c1 = c + off_dir * (s / 2)
                         c2 = c - off_dir * (s / 2)
-                        cyl1 = pv.Cylinder(center=c1, direction=d, radius=r, height=h)
-                        cyl2 = pv.Cylinder(center=c2, direction=d, radius=r, height=h)
-                        self.plotter.add_mesh(cyl1, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
-                        self.plotter.add_mesh(cyl2, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c1, direction=d, radius=r, height=h))
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c2, direction=d, radius=r, height=h))
                     elif bt == Chem.rdchem.BondType.TRIPLE:
                         r = 0.08
                         s = 0.20
-                        cc = pv.Cylinder(center=c, direction=d, radius=r, height=h)
-                        c1 = pv.Cylinder(center=c + off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h)
-                        c2 = pv.Cylinder(center=c - off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h)
-                        self.plotter.add_mesh(cc, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
-                        self.plotter.add_mesh(c1, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
-                        self.plotter.add_mesh(c2, color=color, smooth_shading=True, show_edges=True, edge_color=edge_color, edge_opacity=0.3)
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c, direction=d, radius=r, height=h))
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c + off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h))
+                        bond_meshes.append(pv.Cylinder(center=c - off_dir * s, direction=d, radius=r, height=h))
+
+            # ループが終わった後、リストに溜めた全メッシュを1つに統合
+            if bond_meshes:
+                combined_bonds = pv.merge(bond_meshes)
+                # 最後に一度だけ add_mesh を呼び出す
+                self.plotter.add_meshedge_color = '#505050'
+                self.plotter.add_mesh(
+                    combined_bonds, 
+                    color=[0.5, 0.5, 0.5], 
+                    smooth_shading=True, 
+                    show_edges=True, 
+                    edge_color=edge_color, 
+                    edge_opacity=0.3
+                )
 
         # chiral labels: 3D コンフォマーを持つ場合はここで R/S を表示
         if getattr(self, 'show_chiral_labels', False):
@@ -2896,6 +3049,43 @@ class MainWindow(QMainWindow):
         else:
             event.ignore()
 
+    def zoom_in(self):
+        """ ビューを 20% 拡大する """
+        self.view_2d.scale(1.2, 1.2)
+
+    def zoom_out(self):
+        """ ビューを 20% 縮小する """
+        self.view_2d.scale(1/1.2, 1/1.2)
+        
+    def reset_zoom(self):
+        """ ビューの拡大率をデフォルト (50%) にリセットする """
+        transform = QTransform()
+        transform.scale(0.5, 0.5)
+        self.view_2d.setTransform(transform)
+
+    def fit_to_view(self):
+        """ シーン上のすべてのアイテムがビューに収まるように調整する """
+        if not self.scene.items():
+            self.reset_zoom()
+            return
+            
+        bounds = self.scene.itemsBoundingRect()
+        visible_items_rect = QRectF()
+        for item in self.scene.items():
+            if item.isVisible() and not isinstance(item, TemplatePreviewItem):
+                 if visible_items_rect.isEmpty():
+                     visible_items_rect = item.sceneBoundingRect()
+                 else:
+                     visible_items_rect = visible_items_rect.united(item.sceneBoundingRect())
+        
+        if not visible_items_rect.isEmpty():
+             self.view_2d.fitInView(visible_items_rect, Qt.AspectRatioMode.KeepAspectRatio)
+             self.view_2d.scale(0.6, 0.6)
+        else:
+             self.reset_zoom()
+
+
 # --- Application Execution ---
 if __name__ == '__main__':
     main()
+

{moleditpy-0.3.5 → moleditpy-0.3.7}/src/moleditpy.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,7 +1,7 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: moleditpy
-Version: 0.3.5
-Summary: A program to edit molecular structures using Python.
+Version: 0.3.7
+Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
@@ -22,7 +22,11 @@ Requires-Dist: numpy
 Requires-Dist: pyvista
 Requires-Dist: pyvistaqt
 
-# moleditpy -- Python Molecular Editor
+# MoleditPy -- Python Molecular Editor
+
+[![DOI](https://zenodo.org/badge/DOI/10.5281/zenodo.17268533.svg)](https://doi.org/10.5281/zenodo.17268533)
+[![Powered by RDKit](https://img.shields.io/badge/Powered%20by-RDKit-3838ff.svg?logo=data:image/png;base64,iVBORw0KGgoAAAANSUhEUgAAABAAAAAQBAMAAADt3eJSAAAABGdBTUEAALGPC/xhBQAAACBjSFJNAAB6JgAAgIQAAPoAAACA6AAAdTAAAOpgAAA6mAAAF3CculE8AAAAFVBMVEXc3NwUFP8UPP9kZP+MjP+0tP////9ZXZotAAAAAXRSTlMAQObYZgAAAAFiS0dEBmFmuH0AAAAHdElNRQfmAwsPGi+MyC9RAAAAQElEQVQI12NgQABGQUEBMENISUkRLKBsbGwEEhIyBgJFsICLC0iIUdnExcUZwnANQWfApKCK4doRBsKtQFgKAQC5Ww1JEHSEkAAAACV0RVh0ZGF0ZTpjcmVhdGUAMjAyMi0wMy0xMVQxNToyNjo0NyswMDowMDzr2J4AAAAldEVYdGRhdGU6bW9kaWZ5ADIwMjItMDMtMTFUMTU6MjY6NDcrMDA6MDBNtmAiAAAAAElFTkSuQmCC)](https://www.rdkit.org/)
+
 
 Pythonで構築された、クロスプラットフォームかつシンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化ができます。DFT計算ソフト用のインプット用に構造ファイルのエクスポートをサポートします。
 
@@ -115,7 +119,7 @@ moleditpy
 
 -----
 
-## Windows ショートカットとファイル関連付けガイド
+## Windows: ショートカットとファイル関連付けガイド
 
 Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリックで開いたり、アイコン付きのショートカットからアプリケーションを起動したりするための詳細な設定手順です。
 
@@ -146,7 +150,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 1.  **新規ショートカットの作成:** デスクトップなどの任意の場所を右クリックし、「新規作成」→\*\*「ショートカット」\*\*を選択します。
 2.  **実行ファイルのパスを入力:** 「項目の場所を入力してください」に、上記の実行ファイルのパスを入力し、「次へ」をクリックします。
-3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `moleditpy`）を付けて、「完了」をクリックします。
+3.  **名前を指定:** ショートカットに任意の名前（例: `MoleditPy`）を付けて、「完了」をクリックします。
 4.  **アイコンの変更:**
       * 作成されたショートカットを右クリックし、\*\*「プロパティ」\*\*を選択します。
       * 「ショートカット」タブの\*\*「アイコンの変更...」\*\*ボタンをクリックします。
@@ -160,12 +164,12 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 1.  **スタートメニューフォルダのパスを確認:** エクスプローラーのアドレスバーに以下のいずれかのパスを入力し、Enterキーを押します。
       * **現在のユーザー専用 (推奨):** `%APPDATA%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
       * **すべてのユーザー共通 (管理者権限が必要):** `%ALLUSERSPROFILE%\Microsoft\Windows\Start Menu\Programs`
-2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `moleditpy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
+2.  **ショートカットのコピーまたは移動:** 上記で開いたスタートメニューフォルダに、作成したショートカット（例: デスクトップ上の `MoleditPy` ショートカット）を**コピーまたは移動**します。（Ctrlキーを押しながらドラッグするとコピーされます。）
 3.  **確認:** スタートボタンをクリックし、プログラム一覧からショートカットに付けた名前が追加されていることを確認してください。
 
 -----
 
-## macOS向け：Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法（moleditpy）
+## macOS: Python CLIアプリをAutomator経由で.app化する方法
 
 この手順では、`pip install moleditpy` でインストールしたPythonアプリをmacOS上で\*\*.appアプリケーション\*\*として使えるようにし、独自アイコンを設定します。
 
@@ -195,7 +199,7 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 ### 4\. アプリとして保存
 
 1.  メニューから\*\*「ファイル」\*\* → **「保存」** を選択します。
-2.  名前を **`moleditpy.app`** にします。
+2.  名前を **`MoleditPy.app`** にします。
 3.  保存場所は一時的にデスクトップなど任意で構いません。
 
 ### 5\. アプリケーションフォルダーへ移動
@@ -204,14 +208,14 @@ Windows環境でプロジェクトファイル（`.pmeraw`）をダブルクリ
 
 **Finderからコピーする場合**
 
-1.  Finderで `moleditpy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
+1.  Finderで `MoleditPy.app` を選択し、`⌘ + C` でコピーします。
 2.  Finderメニューの「移動」→\*\*「アプリケーション」\*\* を開きます。
 3.  `⌘ + V` で貼り付けます。
 
 **ターミナルからコピーする場合**
 
 ```bash
-sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
+sudo cp -R ~/Desktop/MoleditPy.app /Applications/
 ```
 
 ### 6\. アイコンを設定
@@ -226,7 +230,7 @@ sudo cp -R ~/Desktop/moleditpy.app /Applications/
 
 1.  Finderで上記の `icon.png` を開きます。
 2.  「プレビュー」で画像を開いた状態で `⌘ + A` で**全選択**、`⌘ + C` で**コピー**します。
-3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `moleditpy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
+3.  Finderで `/Applications` フォルダー内の `MoleditPy.app` を選択 → `⌘ + I`（情報を見る）を押します。
 4.  左上の小さいアイコンをクリック（枠が出る） → `⌘ + V` で**貼り付け**ます。
     これでアプリのアイコンが変更されます。
 
@@ -240,7 +244,7 @@ chmod +x /Users/<username>/Library/Python/<python_version>/bin/moleditpy
 
 ### 8\. 完了
 
-これで `/Applications` にインストールされた **`moleditpy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
+これで `/Applications` にインストールされた **`MoleditPy.app`** をダブルクリックするだけでPythonアプリが実行できます。
 
 -----