moleditpy 0.1.3__tar.gz → 0.1.4__tar.gz

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moleditpy-0.1.4/PKG-INFO ADDED
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1
+ Metadata-Version: 2.4
2
+ Name: moleditpy
3
+ Version: 0.1.4
4
+ Summary: A program to edit molecular structures using Python.
5
+ Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
6
+ Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
7
+ Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
8
+ Classifier: Programming Language :: Python :: 3
9
+ Classifier: Operating System :: OS Independent
10
+ Classifier: Intended Audience :: Science/Research
11
+ Classifier: Topic :: Scientific/Engineering :: Chemistry
12
+ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.8
13
+ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.9
14
+ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.10
15
+ Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
16
+ Classifier: License :: OSI Approved :: Apache Software License
17
+ Requires-Python: >=3.8
18
+ Description-Content-Type: text/markdown
19
+ Requires-Dist: PyQt6
20
+ Requires-Dist: rdkit
21
+ Requires-Dist: numpy
22
+ Requires-Dist: pyvista
23
+ Requires-Dist: pyvistaqt
24
+
25
+ # moleditpy -- Python Molecular Editor
26
+
27
+ Pythonで構築された、シンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化をサポートします。
28
+
29
+ 作者: HiroYokoyama
30
+ ライセンス: Apache-2.0
31
+ リポジトリ: [https://github.com/HiroYokoyama/python\_molecular\_editor](https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor)
32
+
33
+ ![](img/screenshot.png)
34
+
35
+ -----
36
+
37
+ ## 概要
38
+
39
+ このアプリケーションは、化学者や学生が分子構造を容易に描き、その3次元的な形状を視覚的に確認するためのツールです。PyQt6によるモダンなGUI、RDKitによる強力な化学計算、PyVistaによる高性能な3Dレンダリングを組み合わせています。
40
+
41
+ -----
42
+
43
+ ## 主な機能
44
+
45
+ * **直感的な2D描画**
46
+
47
+ * マウスのクリック＆ドラッグで原子や結合を簡単に追加・編集
48
+ * 原子（C, N, O, Hなど）や結合（単結合、二重結合、三重結合）のツールバーからの選択
49
+ * 周期表ダイアログから任意の元素を選択可能
50
+ * Undo/Redo、選択、全選択、削除
51
+
52
+ * **テンプレートプレビューと配置**
53
+
54
+ * ベンゼン環や3〜9員環のテンプレートをプレビューして配置可能
55
+ * 既存の原子や結合にスナップして配置できる
56
+
57
+ * **キーボードショートカットと操作性の改善**
58
+
59
+ * `Space`: 選択モード切替 / 選択モードで全選択
60
+ * `1`/`2`/`3`: カーソル下または選択中の結合の結合次数を変更
61
+ * `Delete` / `Backspace`: 選択項目の削除
62
+ * 原子上でキー入力（`C`, `N`, `O`, `S`, `F`, `B`, `I`, `H`, `Shift+C`=Cl, `Shift+B`=Br）で元素を即時切替
63
+
64
+ * **2D構造の最適化**
65
+
66
+ * RDKit の `Compute2DCoords` を使った自動レイアウト（Optimize 2D）
67
+
68
+ * **高品質な3D可視化**
69
+
70
+ * RDKit で 3D 座標を生成し MMFF94 ベースで最適化
71
+ * PyVista / pyvistaqt によるインタラクティブな3D表示（原子は球、結合は円柱で表現）
72
+ * 3Dビューをクリックすると2Dにフォーカスを戻す動作など、操作性の改善
73
+
74
+ * **ファイル入出力**
75
+
76
+ * 2D を MOL 形式で保存
77
+ * 3D を MOL / XYZ 形式で保存
78
+ * MOL/SDF の読み込み
79
+ * プロジェクトファイル（`.pmeraw`）で編集状態の保存/読み込み
80
+
81
+ -----
82
+
83
+ ## 実行とインストール
84
+
85
+ #### 必要ライブラリ
86
+
87
+ `PyQt6`, `RDKit`, `NumPy`, `PyVista`, `pyvistaqt`
88
+
89
+ #### インストール例
90
+
91
+ **pip を使う場合:**
92
+
93
+ ```bash
94
+ pip install moleditpy
95
+ ```
96
+
97
+ > **Note**
98
+ > RDKit は `conda` を使ってインストールすることが推奨されます。
99
+
100
+ #### アプリの起動
101
+
102
+ ```bash
103
+ moleditpy
104
+ ```
105
+
106
+ -----
107
+
108
+ ## 技術的な仕組み
109
+
110
+ * **GUI と 2D 描画 (PyQt6)**
111
+
112
+ * アプリの骨格と 2D 描画キャンバスは PyQt6 の Graphics View Framework を利用しています。
113
+ * `QGraphicsScene` 上にカスタムの `AtomItem`（原子）と `BondItem`（結合）を配置し、マウス/キー入力で対話的に操作します。
114
+ * テンプレートのプレビューは専用の `TemplatePreviewItem` で描画されます。
115
+
116
+ * **化学計算 (RDKit)**
117
+
118
+ * 2D 描画データから MOL ブロックを生成し、RDKit に渡して 3D 座標生成（`AllChem.EmbedMolecule`）と最適化（`AllChem.MMFFOptimizeMolecule`）を実行します。
119
+ * 2D の自動レイアウト（`Compute2DCoords`）にも RDKit を使用します。
120
+ * 計算は別スレッド（`QThread`）で行い、GUI の応答性を維持しています。
121
+
122
+ * **3D 可視化 (PyVista / pyvistaqt)**
123
+
124
+ * RDKit のコンフォーマ座標から PyVista のメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。
125
+ * ボンドの種類（単結合/二重結合/三重結合）に応じた複数円柱のレンダリングを実装しています。
126
+
127
+ -----
128
+
129
+ ## ライセンス
130
+
131
+ このプロジェクトは Apache-2.0 License のもとで公開されています。詳細は `LICENSE` ファイルを参照してください。
moleditpy-0.1.4/README.md ADDED
@@ -0,0 +1,107 @@
1
+ # moleditpy -- Python Molecular Editor
2
+
3
+ Pythonで構築された、シンプルで直感的な分子構造エディターです。2Dでの分子描画と、3D構造可視化をサポートします。
4
+
5
+ 作者: HiroYokoyama
6
+ ライセンス: Apache-2.0
7
+ リポジトリ: [https://github.com/HiroYokoyama/python\_molecular\_editor](https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor)
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+
9
+ ![](img/screenshot.png)
10
+
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+ -----
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+
13
+ ## 概要
14
+
15
+ このアプリケーションは、化学者や学生が分子構造を容易に描き、その3次元的な形状を視覚的に確認するためのツールです。PyQt6によるモダンなGUI、RDKitによる強力な化学計算、PyVistaによる高性能な3Dレンダリングを組み合わせています。
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+
17
+ -----
18
+
19
+ ## 主な機能
20
+
21
+ * **直感的な2D描画**
22
+
23
+ * マウスのクリック＆ドラッグで原子や結合を簡単に追加・編集
24
+ * 原子（C, N, O, Hなど）や結合（単結合、二重結合、三重結合）のツールバーからの選択
25
+ * 周期表ダイアログから任意の元素を選択可能
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+ * Undo/Redo、選択、全選択、削除
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+
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+
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32
+
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+
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+ * `Space`: 選択モード切替 / 選択モードで全選択
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+ * `1`/`2`/`3`: カーソル下または選択中の結合の結合次数を変更
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+
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+ * **2D構造の最適化**
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+
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+
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+ * RDKit で 3D 座標を生成し MMFF94 ベースで最適化
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+
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+
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+ * 3D を MOL / XYZ 形式で保存
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60
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+ moleditpy
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+ -----
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+
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+ ## 技術的な仕組み
85
+
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+ * **GUI と 2D 描画 (PyQt6)**
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+ * `QGraphicsScene` 上にカスタムの `AtomItem`（原子）と `BondItem`（結合）を配置し、マウス/キー入力で対話的に操作します。
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+ * **化学計算 (RDKit)**
93
+
94
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98
+ * **3D 可視化 (PyVista / pyvistaqt)**
99
+
100
+ * RDKit のコンフォーマ座標から PyVista のメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。
101
+ * ボンドの種類（単結合/二重結合/三重結合）に応じた複数円柱のレンダリングを実装しています。
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+
103
+ -----
104
+
105
+ ## ライセンス
106
+
107
+ このプロジェクトは Apache-2.0 License のもとで公開されています。詳細は `LICENSE` ファイルを参照してください。
{moleditpy-0.1.3 → moleditpy-0.1.4}/pyproject.toml RENAMED
@@ -5,7 +5,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
5
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9
 
10
10
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11
11
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+ Metadata-Version: 2.4
2
+ Name: moleditpy
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+ Version: 0.1.4
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+ Summary: A program to edit molecular structures using Python.
5
+ Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
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+ Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
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+ Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
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+ Classifier: Programming Language :: Python :: 3
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+ Description-Content-Type: text/markdown
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27
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29
+ 作者: HiroYokoyama
30
+ ライセンス: Apache-2.0
31
+ リポジトリ: [https://github.com/HiroYokoyama/python\_molecular\_editor](https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor)
32
+
33
+ ![](img/screenshot.png)
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35
+ -----
36
+
37
+ ## 概要
38
+
39
+ このアプリケーションは、化学者や学生が分子構造を容易に描き、その3次元的な形状を視覚的に確認するためのツールです。PyQt6によるモダンなGUI、RDKitによる強力な化学計算、PyVistaによる高性能な3Dレンダリングを組み合わせています。
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+ ## 主な機能
44
+
45
+ * **直感的な2D描画**
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47
+ * マウスのクリック＆ドラッグで原子や結合を簡単に追加・編集
48
+ * 原子（C, N, O, Hなど）や結合（単結合、二重結合、三重結合）のツールバーからの選択
49
+ * 周期表ダイアログから任意の元素を選択可能
50
+ * Undo/Redo、選択、全選択、削除
51
+
52
+ * **テンプレートプレビューと配置**
53
+
54
+ * ベンゼン環や3〜9員環のテンプレートをプレビューして配置可能
55
+ * 既存の原子や結合にスナップして配置できる
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57
+ * **キーボードショートカットと操作性の改善**
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+
59
+ * `Space`: 選択モード切替 / 選択モードで全選択
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+ * `1`/`2`/`3`: カーソル下または選択中の結合の結合次数を変更
61
+ * `Delete` / `Backspace`: 選択項目の削除
62
+ * 原子上でキー入力（`C`, `N`, `O`, `S`, `F`, `B`, `I`, `H`, `Shift+C`=Cl, `Shift+B`=Br）で元素を即時切替
63
+
64
+ * **2D構造の最適化**
65
+
66
+ * RDKit の `Compute2DCoords` を使った自動レイアウト（Optimize 2D）
67
+
68
+ * **高品質な3D可視化**
69
+
70
+ * RDKit で 3D 座標を生成し MMFF94 ベースで最適化
71
+ * PyVista / pyvistaqt によるインタラクティブな3D表示（原子は球、結合は円柱で表現）
72
+ * 3Dビューをクリックすると2Dにフォーカスを戻す動作など、操作性の改善
73
+
74
+ * **ファイル入出力**
75
+
76
+ * 2D を MOL 形式で保存
77
+ * 3D を MOL / XYZ 形式で保存
78
+ * MOL/SDF の読み込み
79
+ * プロジェクトファイル（`.pmeraw`）で編集状態の保存/読み込み
80
+
81
+ -----
82
+
83
+ ## 実行とインストール
84
+
85
+ #### 必要ライブラリ
86
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87
+ `PyQt6`, `RDKit`, `NumPy`, `PyVista`, `pyvistaqt`
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+ #### インストール例
90
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91
+ **pip を使う場合:**
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93
+ ```bash
94
+ pip install moleditpy
95
+ ```
96
+
97
+ > **Note**
98
+ > RDKit は `conda` を使ってインストールすることが推奨されます。
99
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100
+ #### アプリの起動
101
+
102
+ ```bash
103
+ moleditpy
104
+ ```
105
+
106
+ -----
107
+
108
+ ## 技術的な仕組み
109
+
110
+ * **GUI と 2D 描画 (PyQt6)**
111
+
112
+ * アプリの骨格と 2D 描画キャンバスは PyQt6 の Graphics View Framework を利用しています。
113
+ * `QGraphicsScene` 上にカスタムの `AtomItem`（原子）と `BondItem`（結合）を配置し、マウス/キー入力で対話的に操作します。
114
+ * テンプレートのプレビューは専用の `TemplatePreviewItem` で描画されます。
115
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116
+ * **化学計算 (RDKit)**
117
+
118
+ * 2D 描画データから MOL ブロックを生成し、RDKit に渡して 3D 座標生成（`AllChem.EmbedMolecule`）と最適化（`AllChem.MMFFOptimizeMolecule`）を実行します。
119
+ * 2D の自動レイアウト（`Compute2DCoords`）にも RDKit を使用します。
120
+ * 計算は別スレッド（`QThread`）で行い、GUI の応答性を維持しています。
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122
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125
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+ ## ライセンス
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+ このプロジェクトは Apache-2.0 License のもとで公開されています。詳細は `LICENSE` ファイルを参照してください。
{moleditpy-0.1.3 → moleditpy-0.1.4}/src/moleditpy.egg-info/SOURCES.txt RENAMED
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moleditpy-0.1.3/PKG-INFO DELETED
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1
- Metadata-Version: 2.4
2
- Name: moleditpy
3
- Version: 0.1.3
4
- Summary: A program to edit molecular structures using Python.
5
- Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
6
- Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
7
- Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
8
- Classifier: Programming Language :: Python :: 3
9
- Classifier: Operating System :: OS Independent
10
- Classifier: Intended Audience :: Science/Research
11
- Classifier: Topic :: Scientific/Engineering :: Chemistry
12
- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.8
13
- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.9
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- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.10
15
- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
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- Classifier: License :: OSI Approved :: Apache Software License
17
- Requires-Python: >=3.8
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- Requires-Dist: PyQt6
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- Requires-Dist: rdkit
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moleditpy-0.1.3/src/moleditpy.egg-info/PKG-INFO DELETED
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1
- Metadata-Version: 2.4
2
- Name: moleditpy
3
- Version: 0.1.3
4
- Summary: A program to edit molecular structures using Python.
5
- Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
6
- Project-URL: Homepage, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
7
- Project-URL: Issues, https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor/issues
8
- Classifier: Programming Language :: Python :: 3
9
- Classifier: Operating System :: OS Independent
10
- Classifier: Intended Audience :: Science/Research
11
- Classifier: Topic :: Scientific/Engineering :: Chemistry
12
- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.8
13
- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.9
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- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.10
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- Classifier: Programming Language :: Python :: 3.11
16
- Classifier: License :: OSI Approved :: Apache Software License
17
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File without changes