mlspace-plugin 0.3.0__tar.gz → 0.3.2__tar.gz

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/INSTALL.md

@@ -21,7 +21,7 @@ mlspace-plugin setup
 ```
 
 Если пакет уже установлен: `uv tool install --force .`.
-При установке из wheel: `uv tool install /путь/к/mlspace_plugin-0.3.0-py3-none-any.whl`.
+При установке из wheel: `uv tool install /путь/к/mlspace_plugin-0.3.2-py3-none-any.whl`.
 Не используйте editable-установку из `/tmp` для постоянной работы.
 Далее команды показаны для PyPI. После установки исходников или wheel через
 `uv tool install` заменяйте `uvx mlspace-plugin@latest` на `mlspace-plugin`,
@@ -84,8 +84,27 @@ uvx mlspace-plugin@latest setup --force --client-path opencode=/полный/п
 `--force` повторяет настройку с сохранёнными ключами на прежнем endpoint.
 `--replace-credentials` запрашивает новые. При смене endpoint ключи запрашиваются
 заново, если источник явно не выбран. `--client` можно повторять.
-Существующие посторонние MCP, комментарии JSONC и изменённые пользователем скиллы
-не перезаписываются молча; конфликт показывает путь для разбора.
+Посторонние MCP, комментарии JSONC и дополнительные пользовательские скиллы сохраняются.
+Если в OpenCode уже есть другое подключение `mcp.mlspace` или отличающиеся скиллы
+с именами из пакета, мастер **до ввода ключей** покажет все эти конфликты вместе.
+Для подключения выберите `r`, чтобы сохранить резервную копию конфига и заменить
+только `mcp.mlspace`. Для каждого конфликтующего скилла доступны:
+
+- `k` — оставить свою версию активной и исключить её из обновлений плагина.
+  Этот выбор сохраняется для последующих запусков setup. Проверка сообщит,
+  что пользовательская версия не проверялась на совпадение с релизом.
+- `r` — сохранить весь каталог скилла, включая вспомогательные файлы, в резервной
+  копии и установить пакетный `SKILL.md`.
+- Enter — отменить настройку без замены конфликтующих файлов.
+
+Резервные копии находятся в `backups/setup-*` рядом с `install-state.json`
+в каталоге настроек MLSpace, **вне каталогов скиллов**; мастер печатает точный путь.
+Они создаются перед заменой после проверки credentials. Если резервное копирование
+не удалось, конфликтующие файлы не заменяются. Отличие от пакета само по себе
+не означает ручное редактирование: это может быть файл от старой установки.
+`--force` не разрешает замену конфликтов. В `--non-interactive` мастер перечисляет
+их и останавливается; для выбора запустите ту же команду в своём терминале без этого флага.
+
 Уже установленный `mlspace@mlspace` из этого репозитория переиспользуется.
 Если имя marketplace занято другим источником или есть отдельная прямая регистрация
 MLSpace в Claude/Codex, мастер остановится до ввода ключей. Разберите указанное
@@ -126,7 +145,9 @@ uvx mlspace-plugin@latest setup --force
 
 Claude Code и Codex обновляют нативный плагин через свой менеджер; MCP и скиллы
 приходят из одного релиза. OpenCode обновляет команду MCP и свои скиллы.
-Изменённые вручную конфиги и скиллы OpenCode вызывают конфликт, а не перезапись.
+Для отличающихся конфигов и скиллов OpenCode мастер предлагает выбор, описанный выше.
+Дополнительные скиллы с отдельными именами, в том числе `mlspace-*`, не мешают
+установке и проверке. Скиллы, оставленные через `k`, не обновляются плагином.
 Кеш нативного плагина принадлежит менеджеру клиента: свои правки храните отдельно.
 
 Для постоянной установки сначала `uv tool upgrade mlspace-plugin`, затем

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/INSTALL_AGENT.md

@@ -30,8 +30,17 @@
    Попросите открыть новую сессию клиента (при необходимости перезапустить).
    После появления MCP выполните read-only запрос списка выбранных workspace.
    До этого не заявляйте, что клиент уже загрузил MCP и скиллы.
-6. Если возник конфликт с существующим плагином или изменённым скиллом,
-   разберите названный несекретный путь. Не удаляйте чужую интеграцию автоматически.
+6. При существующей настройке объясните выбор до отправки человека в терминал:
+   мастер покажет конфликты OpenCode одним списком перед вводом ключей.
+   `k` оставляет пользовательский скилл активным и исключает из обновлений;
+   `r` сохраняет резервную копию и заменяет конфликтующий файл; Enter отменяет.
+   Новые скиллы пользователя с отдельными именами сохраняются автоматически.
+   Не удаляйте каталоги `mlspace-*` и не считайте отличие от пакета доказательством
+   ручного изменения. Не заменяйте выбор человека флагом `--force` — он этого не делает.
+   В неинтерактивном режиме конфликты перечисляются без изменений: предложите человеку
+   запустить ту же команду без `--non-interactive`, сохранив endpoint, путь и выбор клиентов.
+   Для конфликта нативного плагина Claude/Codex разберите указанный несекретный путь;
+   не удаляйте чужую интеграцию автоматически.
    При частичном успехе сообщите, какие этапы завершены, и используйте команду `Retry`
    из ошибки: она сохраняет выбор незавершённых подключений. Для автоматизации
    добавьте прежние `--non-interactive` и `--workspace`.

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.5
 Name: mlspace-plugin
-Version: 0.3.0
+Version: 0.3.2
 Summary: Cloud.ru MLSpace plugin: MCP server, agent skills and setup
 Project-URL: Repository, https://github.com/noesskeetit/mlspace-plugin
 Project-URL: Issues, https://github.com/noesskeetit/mlspace-plugin/issues

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/RELEASE.md

@@ -7,11 +7,11 @@
    `uv lock` и `uv run python scripts/gen_plugin.py`. Обновите примеры имён wheel/ZIP
    в инструкциях, если версия присутствует в имени файла.
 2. Выполните проверки из `CONTRIBUTING.md` на Linux и macOS.
-3. Соберите пакет (в командах ниже замените 0.3.0 на выпускаемую версию):
+3. Соберите пакет (в командах ниже замените 0.3.2 на выпускаемую версию):
 
 ```sh
-uv build --out-dir dist/release-0.3.0
-uv run python scripts/build_plugin.py --output dist/plugin-release-0.3.0
+uv build --out-dir dist/release-0.3.2
+uv run python scripts/build_plugin.py --output dist/plugin-release-0.3.2
 ```
 
 4. Просмотрите содержимое wheel, sdist и ZIP. В них не должно быть credentials,
@@ -23,11 +23,11 @@ uv run python scripts/build_plugin.py --output dist/plugin-release-0.3.0
    `UV_PUBLISH_TOKEN` средствами вашего хранилища секретов, не аргументом команды:
 
 ```sh
-uv publish --trusted-publishing never dist/release-0.3.0/mlspace_plugin-0.3.0-py3-none-any.whl dist/release-0.3.0/mlspace_plugin-0.3.0.tar.gz
+uv publish --trusted-publishing never dist/release-0.3.2/mlspace_plugin-0.3.2-py3-none-any.whl dist/release-0.3.2/mlspace_plugin-0.3.2.tar.gz
 ```
 
 6. Проверьте версию и SHA256 обоих файлов через PyPI JSON API; проверьте установку
-   `uvx --from mlspace-plugin==0.3.0 mlspace-plugin --version` из нового кеша.
+   `uvx --from mlspace-plugin==0.3.2 mlspace-plugin --version` из нового кеша.
 7. Только после проверки точной версии в PyPI обновите рабочую ветку GitHub
    marketplace и создайте тег релиза. До этого проверяйте изменения на отдельной
    release-ветке или локальном Git marketplace: main не должен ссылаться на

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/plugin/.claude-plugin/plugin.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "mlspace",
-  "version": "0.3.0",
+  "version": "0.3.2",
   "description": "Cloud.ru MLSpace: training jobs, inference, notebooks, data transfer, registry and compute catalog — an MCP server plus skills.",
   "author": {
     "name": "Cloud.ru"

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/plugin/.codex-plugin/plugin.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "mlspace",
-  "version": "0.3.0",
+  "version": "0.3.2",
   "description": "Cloud.ru MLSpace: training jobs, inference, notebooks, data transfer, registry and compute catalog — an MCP server plus skills.",
   "author": {
     "name": "Cloud.ru"

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/plugin/.mcp.json

@@ -5,7 +5,7 @@
       "command": "uvx",
       "args": [
         "--from",
-        "mlspace-plugin==0.3.0",
+        "mlspace-plugin==0.3.2",
         "mlspace-plugin",
         "--transport",
         "stdio"

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/plugin/mcp.json

@@ -6,7 +6,7 @@
       "command": "uvx",
       "args": [
         "--from",
-        "mlspace-plugin==0.3.0",
+        "mlspace-plugin==0.3.2",
         "mlspace-plugin",
         "--transport",
         "stdio"

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/plugin/plugin.json

@@ -1,7 +1,7 @@
 {
   "$schema": "https://agent-plugins.org/schemas/1.0.0/plugin.schema.json",
   "name": "mlspace",
-  "version": "0.3.0",
+  "version": "0.3.2",
   "description": "Cloud.ru MLSpace: training jobs, inference, notebooks, data transfer, registry and compute catalog — an MCP server plus skills.",
   "author": {
     "name": "Cloud.ru"

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/pyproject.toml

@@ -1,6 +1,6 @@
 [project]
 name = "mlspace-plugin"
-version = "0.3.0"
+version = "0.3.2"
 description = "Cloud.ru MLSpace plugin: MCP server, agent skills and setup"
 keywords = ["mlspace", "mcp", "agent-skills", "cloudru"]
 classifiers = [

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/src/mlspace_mcp/__init__.py

@@ -1,3 +1,4 @@
 """mlspace_mcp — MCP server for the Cloud.ru MLSpace public API v2."""
 
-__version__ = "0.3.0"
+__version__ = "0.3.2"
+USER_AGENT = f"mlspace-plugin/{__version__}"

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/src/mlspace_mcp/client_setup.py

@@ -18,6 +18,7 @@ from .config import credential_pointer_file
 from .jsonc import loads as load_jsonc
 from .jsonc import set_member as set_jsonc_member
 from .native_plugins import inspect_native, install_native
+from .setup_conflicts import Conflict, Resolutions, backup_replacements, conflict_message
 
 CLIENTS = {'claude-code': 'claude', 'codex': 'codex', 'opencode': 'opencode'}
 
@@ -142,13 +143,36 @@ def managed_clients(overrides: dict[str, str] | None = None) -> dict[str, str]:
     return result
 
 
-def prepare_clients(clients: dict[str, str], env_file: Path, command: list[str]) -> dict[str, Any]:
+def prepare_clients(clients: dict[str, str], env_file: Path, command: list[str], *,
+                    collect_conflicts: bool = False, resolutions: Resolutions | None = None) -> dict[str, Any]:
     """Check client capabilities and conflicts before setup saves credentials."""
     state_path = install_state_file()
     state = json.loads(state_path.read_text()) if state_path.exists() else {}
     clients = managed_clients(clients) | clients
     sources = _skill_sources()
     writes: dict[Path, str] = {}
+    conflicts: list[Conflict] = []
+    replacements: list[Conflict] = []
+    overrides = set(state.get('skill_overrides', []))
+    decisions = resolutions or {}
+    examined: set[str] = set()
+
+    def resolve(path: Path, kind: str) -> str:
+        item = Conflict.inspect(path, kind)
+        decision = decisions.get(str(path))
+        if decision is None:
+            conflicts.append(item)
+            return ''
+        action, approved = decision
+        examined.add(str(path))
+        if item.fingerprint != approved:
+            raise ValueError(f'File changed after your choice; run setup again: {path}')
+        if action == 'replace':
+            replacements.append(item)
+        elif action != 'keep' or kind != 'skill':
+            raise ValueError(f'Invalid conflict choice for {path}')
+        return action
+
     registrations: list[tuple[str, str, Path, dict[str, Any] | None, Any]] = []
     for client, executable in clients.items():
         if client not in CLIENTS:
@@ -179,27 +203,47 @@ def prepare_clients(clients: dict[str, str], env_file: Path, command: list[str])
             comparable = dict(current)
             comparable.pop('type', None) if client != 'opencode' else None
             if comparable != entry and _hash(json.dumps(current, sort_keys=True)) != previous:
-                raise ValueError(f'Existing mlspace entry differs in {config}; it was not overwritten.')
+                resolve(config, 'connection')
         registrations.append((client, executable, config, entry, current))
         skills_root = Path(os.environ.get('XDG_CONFIG_HOME', str(Path.home() / '.config'))) / 'opencode/skills'
         for name, content in sources.items():
             target = skills_root / name / 'SKILL.md'
+            # A kept override belongs to the user, including their subsequent edits.
+            if str(target) in overrides and target.is_file():
+                state.get('skills', {}).pop(str(target), None)
+                continue
+            overrides.discard(str(target))
             if target.is_symlink() or target.parent.is_symlink():
                 if target.is_file() and target.read_text() == content:
                     continue
                 raise ValueError(f'Existing skill symlink differs: {target}')
             if target.exists() and target.read_text() != content:
                 if state.get('skills', {}).get(str(target)) != _hash(target.read_text()):
-                    raise ValueError(f'Existing skill has local changes: {target}')
+                    if resolve(target, 'skill') == 'keep':
+                        overrides.add(str(target))
+                        state.get('skills', {}).pop(str(target), None)
+                        continue
             writes[target] = content
+    if set(decisions) != examined:
+        raise ValueError('Conflicting files changed after your choice; run setup again.')
+    if conflicts and not collect_conflicts:
+        raise ValueError(conflict_message(conflicts))
+    state['skill_overrides'] = sorted(overrides)
     return {'state_path': state_path, 'state': state, 'writes': writes,
-            'registrations': registrations}
+            'registrations': registrations, 'conflicts': conflicts, 'replacements': replacements}
 
 
-def install_clients(clients: dict[str, str], env_file: Path, command: list[str]) -> list[str]:
+def install_clients(clients: dict[str, str], env_file: Path, command: list[str], *,
+                    resolutions: Resolutions | None = None) -> list[str]:
     # Revalidate after human input: files may have changed since the preflight.
-    plan = prepare_clients(clients, env_file, command)
+    plan = prepare_clients(clients, env_file, command, resolutions=resolutions)
     state, state_path = plan['state'], plan['state_path']
+    try:
+        backup_replacements(plan['replacements'], state_path.parent / 'backups')
+    except OSError as exc:
+        raise ValueError(f'Could not back up conflicting files in {state_path.parent / "backups"}. '
+                         'Originals were not replaced. Check permissions and free space, then retry setup.') from exc
+    replacements = {item.path: item for item in plan['replacements']}
     retry = ['uvx', 'mlspace-plugin@latest', 'setup', '--force']
     for client, executable, *_ in plan['registrations']:
         retry.extend(['--client-path', f'{client}={executable}'])
@@ -211,6 +255,8 @@ def install_clients(clients: dict[str, str], env_file: Path, command: list[str])
                 text = config.read_text() if config.exists() else '{}\n'
                 updated = set_jsonc_member(text, ['mcp', 'mlspace'], entry)
                 if updated != text:
+                    if config in replacements:
+                        replacements[config].verify_unchanged()
                     atomic_write(config, updated)
                 saved = _read_config(config).get('mcp', {}).get('mlspace')
                 if saved != entry:
@@ -236,11 +282,14 @@ def install_clients(clients: dict[str, str], env_file: Path, command: list[str])
     try:
         for target, content in plan['writes'].items():
             if not target.exists() or target.read_text() != content:
+                if target in replacements:
+                    replacements[target].verify_unchanged()
                 atomic_write(target, content, 0o644)
             state.setdefault('skills', {})[str(target)] = _hash(content)
             atomic_write(state_path, json.dumps(state, indent=2))
     except (OSError, ValueError) as exc:
+        reason = str(exc) if type(exc) is ValueError else 'Check permissions in the skills directory.'
         raise ValueError(f'MCP registered: {", ".join(installed)}. Skill installation incomplete; '
-                         'check permissions in the skills directory and rerun setup --force. '
+                         f'{reason} Rerun setup --force. '
                          'Verified credentials remain saved.') from exc
     return installed

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/src/mlspace_mcp/init_cli.py

@@ -15,6 +15,7 @@ from urllib.parse import urlsplit
 
 import httpx
 
+from . import USER_AGENT
 from .client_setup import (
     CLIENTS,
     atomic_write,
@@ -33,6 +34,7 @@ from .config import (
     read_dotenv_file,
     user_config_file,
 )
+from .setup_conflicts import Resolutions, choose_resolutions
 from .setup_ui import choose_workspaces, display, masked_prompt
 from .setup_verification import verify_client
 from .tls import safe_error as _safe_error
@@ -64,7 +66,9 @@ def _fetch_workspaces(key_id: str, key_secret: str, *, base_url: str,
     from .client import MLSpaceClient
 
     async def fetch() -> Any:
-        async with httpx.AsyncClient(timeout=30, verify=tls_context(ca_file)) as http:
+        async with httpx.AsyncClient(
+            timeout=30, verify=tls_context(ca_file), headers={"User-Agent": USER_AGENT},
+        ) as http:
             tokens = TokenManager(http, base_url=base_url, client_id=key_id, client_secret=key_secret)
             client = MLSpaceClient(http, tokens, base_url=base_url, api_key='', workspace_id='')
             return await client.request('GET', '/public/v2/workspaces/v3/')
@@ -147,7 +151,10 @@ def _verify(values: dict[str, str], *, base_url: str) -> str | None:
                 workspaces=json.loads(values.get("WORKSPACES", "[]")),
                 namespace="",
             )
-            async with httpx.AsyncClient(timeout=30, verify=tls_context(values.get("CA_FILE", ""))) as http:
+            async with httpx.AsyncClient(
+                timeout=30, verify=tls_context(values.get("CA_FILE", "")),
+                headers={"User-Agent": USER_AGENT},
+            ) as http:
                 tokens = TokenManager(
                     http, base_url=base_url, client_id=values["CLIENT_ID"],
                     client_secret=values["CLIENT_SECRET"],
@@ -251,7 +258,7 @@ def run_init(path: Path | None = None, *, force: bool = False, verify: bool = Tr
     except (ValueError, OSError, httpx.HTTPError) as exc:
         # Only our own ValueErrors carry displayable text. Third-party errors may echo keys.
         message = str(exc) if type(exc) is ValueError else _safe_error(exc)
-        print('Setup failed: ' + display(message), file=sys.stderr)
+        print('Setup failed: ' + '\n'.join(display(line) for line in message.splitlines()), file=sys.stderr)
         return 1
 
 
@@ -284,8 +291,10 @@ def _run_init(path: Path | None, **options: Any) -> int:
     selected_clients = {} if options['config_only'] or listing else _clients(
         options['clients'], options['client_paths'], non_interactive)
     command = server_command() if selected_clients and 'opencode' in selected_clients | managed_clients(selected_clients) else []
+    resolutions: Resolutions = {}
     if selected_clients:
-        plan = prepare_clients(selected_clients, target, command)
+        plan = prepare_clients(selected_clients, target, command, collect_conflicts=True)
+        resolutions = choose_resolutions(plan.get('conflicts', []), non_interactive=non_interactive)
         print('MCP and skills will be kept together for: ' +
               ', '.join(row[0] for row in plan['registrations']), file=sys.stderr)
     if not listing:
@@ -385,11 +394,11 @@ def _run_init(path: Path | None, **options: Any) -> int:
     if selected_clients:
         print('[4/4] Connecting MCP and installing skills…', file=sys.stderr)
         try:
-            install_clients(selected_clients, target, command)
+            install_clients(selected_clients, target, command, resolutions=resolutions)
             for client, executable, *_ in plan['registrations']:
                 print(f'  {client}: installed; checking skills and MCP process…', file=sys.stderr)
                 verify_client(client, executable, target, command)
-                print(f'  {client}: skills and MCP process verified.', file=sys.stderr)
+                print(f'  {client}: packaged skills checked (kept user overrides excluded); MCP process verified.', file=sys.stderr)
         except (OSError, ValueError) as exc:
             reason = str(exc) if type(exc) is ValueError else _safe_error(exc)
             raise ValueError('Credentials saved; client setup is incomplete. ' + reason) from exc

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/src/mlspace_mcp/server.py

@@ -14,6 +14,7 @@ from mcp.server.fastmcp import FastMCP
 from mcp.server.transport_security import TransportSecuritySettings
 from mcp.types import ToolAnnotations
 
+from . import USER_AGENT
 from .auth import TokenManager
 from .config import Settings
 from .overview import register_overviews
@@ -149,7 +150,10 @@ def build_server(settings: Settings) -> FastMCP:
 
     @asynccontextmanager
     async def lifespan(_server: FastMCP):
-        async with httpx.AsyncClient(timeout=settings.timeout, verify=tls_context(settings.ca_file)) as http:
+        async with httpx.AsyncClient(
+            timeout=settings.timeout, verify=tls_context(settings.ca_file),
+            headers={"User-Agent": USER_AGENT},
+        ) as http:
             tokens = TokenManager(
                 http,
                 settings.base_url,

mlspace_plugin-0.3.2/src/mlspace_mcp/setup_conflicts.py

@@ -0,0 +1,105 @@
+"""Explicit choices and recoverable backups for existing OpenCode files."""
+from __future__ import annotations
+
+import hashlib
+import json
+import shutil
+import sys
+import tempfile
+from dataclasses import dataclass
+from pathlib import Path
+
+from .setup_ui import display
+
+Resolutions = dict[str, tuple[str, str]]
+
+
+def fingerprint(path: Path) -> str:
+    """Include supporting skill files; never follow symlinks while inspecting them."""
+    rows = []
+    paths = [path, *sorted(path.rglob('*'))] if path.is_dir() and not path.is_symlink() else [path]
+    for item in paths:
+        name = str(item.relative_to(path))
+        if item.is_symlink():
+            value = 'link:' + str(item.readlink())
+        elif item.is_file():
+            value = hashlib.sha256(item.read_bytes()).hexdigest()
+        elif item.is_dir():
+            value = 'directory'
+        else:
+            raise ValueError(f'Unsupported or missing setup file: {item}')
+        rows.append((name, value))
+    return hashlib.sha256(json.dumps(rows).encode()).hexdigest()
+
+
+@dataclass(frozen=True)
+class Conflict:
+    path: Path
+    kind: str
+    fingerprint: str
+
+    @property
+    def source(self) -> Path:
+        return self.path.parent if self.kind == 'skill' else self.path
+
+    def verify_unchanged(self) -> None:
+        if fingerprint(self.source) != self.fingerprint:
+            raise ValueError(f'File changed after your choice; run setup again: {self.path}')
+
+    @classmethod
+    def inspect(cls, path: Path, kind: str) -> Conflict:
+        source = path.parent if kind == 'skill' else path
+        return cls(path, kind, fingerprint(source))
+
+
+def conflict_message(conflicts: list[Conflict]) -> str:
+    lines = ['Existing MLSpace files differ; nothing was overwritten:']
+    lines.extend(f'  {item.kind}: {item.path}' for item in conflicts)
+    lines.append('Run setup in your terminal to keep custom skills or back up and replace conflicting files. '
+                 '--force does not approve replacing them.')
+    return '\n'.join(lines)
+
+
+def choose_resolutions(conflicts: list[Conflict], *, non_interactive: bool) -> Resolutions:
+    if not conflicts:
+        return {}
+    if non_interactive:
+        raise ValueError(conflict_message(conflicts))
+    for line in conflict_message(conflicts).splitlines():
+        print(display(line), file=sys.stderr)
+    print('Replacement saves a backup outside the skills directory. '
+          'Other connections and additional user skills are preserved.', file=sys.stderr)
+    choices = {}
+    for item in conflicts:
+        print(display(str(item.path)), file=sys.stderr)
+        prompt = ('[k] Keep my skill (exclude from plugin updates), [r] Back up and replace, '
+                  '[Enter] Cancel: ' if item.kind == 'skill' else
+                  '[r] Back up config and replace only mcp.mlspace, [Enter] Cancel: ')
+        while True:
+            choice = input(prompt).strip().lower()
+            if not choice:
+                raise ValueError('Setup cancelled; no conflicting files were changed.')
+            if choice == 'r' or (choice == 'k' and item.kind == 'skill'):
+                choices[str(item.path)] = ('keep' if choice == 'k' else 'replace', item.fingerprint)
+                break
+            print('Choose one of the displayed options or press Enter to cancel.', file=sys.stderr)
+    return choices
+
+
+def backup_replacements(conflicts: list[Conflict], root: Path) -> Path | None:
+    if not conflicts:
+        return None
+    root.mkdir(parents=True, exist_ok=True, mode=0o700)
+    backup = Path(tempfile.mkdtemp(prefix='setup-', dir=root))
+    print(f'Backup directory: {display(str(backup))}', file=sys.stderr)
+    for item in conflicts:
+        item.verify_unchanged()
+        destination = backup / 'skills' / item.path.parent.name if item.kind == 'skill' else backup / item.path.name
+        if item.kind == 'skill':
+            shutil.copytree(item.source, destination, symlinks=True)
+        else:
+            shutil.copy2(item.source, destination)
+            destination.chmod(0o600)
+        if fingerprint(destination) != item.fingerprint or fingerprint(item.source) != item.fingerprint:
+            raise ValueError(f'File changed during backup; originals were not replaced: {item.path}')
+    return backup

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/src/mlspace_mcp/setup_verification.py

@@ -5,6 +5,7 @@ import asyncio
 import json
 import logging
 import os
+import sys
 from pathlib import Path
 from typing import Any
 
@@ -13,10 +14,11 @@ from mcp import ClientSession, StdioServerParameters
 from mcp.client.stdio import stdio_client
 
 from . import __version__
-from .client_setup import _config, _read_config, _skill_sources
+from .client_setup import _config, _read_config, _skill_sources, install_state_file
 from .config import Settings, read_dotenv_file
 from .native_plugins import inspect_native
 from .server import build_server
+from .setup_ui import display
 from .workspace_context import environment_id, normalized_endpoint, selected_workspaces
 
 
@@ -73,11 +75,15 @@ def verify_runtime(command: list[str], credentials: Path, *, direct: bool = Fals
 
 def verify_client(client: str, executable: str, credentials: Path, command: list[str]) -> None:
     sources = _skill_sources()
+    overrides: set[str] = set()
     if client == 'opencode':
         config = _read_config(_config(client)).get('mcp', {}).get('mlspace', {})
         if config.get('command') != command or config.get('enabled') is not True:
             raise ValueError('opencode: installed MCP configuration differs; retry setup.')
         root = Path(os.environ.get('XDG_CONFIG_HOME', str(Path.home() / '.config'))) / 'opencode/skills'
+        state_path = install_state_file()
+        if state_path.exists():
+            overrides = set(json.loads(state_path.read_text()).get('skill_overrides', []))
         cwd = None
     else:
         status = inspect_native(client, executable)
@@ -89,7 +95,12 @@ def verify_client(client: str, executable: str, credentials: Path, command: list
         command = ['uvx', '--from', f'mlspace-plugin=={__version__}', 'mlspace-plugin', '--transport', 'stdio']
         if config != {'type': 'stdio', 'command': command[0], 'args': command[1:]}:
             raise ValueError(f'{client}: installed runtime command differs from this release.')
-    installed = {p.parent.name: p.read_text() for p in root.glob('mlspace-*/SKILL.md')}
-    if installed != sources:
-        raise ValueError(f'{client}: installed skills differ from this release; retry setup.')
+    for name, content in sources.items():
+        path = root / name / 'SKILL.md'
+        if not path.is_file():
+            raise ValueError(f'{client}: installed skills missing: {path}; retry setup.')
+        if client == 'opencode' and str(path) in overrides:
+            print(f'  User skill preserved (not verified against release): {display(str(path))}', file=sys.stderr)
+        elif path.read_text() != content:
+            raise ValueError(f'{client}: installed skills differ from this release: {path}; retry setup.')
     verify_runtime(command, credentials, direct=client == 'opencode', cwd=cwd)

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/tests/test_client_setup.py

@@ -239,7 +239,7 @@ def test_modified_previously_connected_client_blocks_shared_update(tmp_path, mon
     client_setup.install_clients({'opencode': '/usr/bin/true'}, tmp_path / '.env', ['runtime-v1'])
     config = tmp_path / '.config/opencode/opencode.json'
     config.write_text(config.read_text().replace('runtime-v1', 'user-edited'))
-    with pytest.raises(ValueError, match='was not overwritten'):
+    with pytest.raises(ValueError, match='nothing was overwritten'):
         client_setup.prepare_clients({'codex': '/usr/bin/true'}, tmp_path / '.env', ['runtime-v2'])
 
 

{mlspace_plugin-0.3.0 → mlspace_plugin-0.3.2}/tests/test_onboarding_init.py

@@ -10,6 +10,62 @@ from mlspace_mcp.init_cli import run_init
 BASE = 'https://setup.example'
 
 
+def conflicting_opencode(tmp_path, monkeypatch):
+    import sys
+
+    from mlspace_mcp import init_cli
+    monkeypatch.setattr(sys.stdin, 'isatty', lambda: True)
+    monkeypatch.setattr(init_cli, 'detect_clients', lambda: {'opencode': '/usr/bin/true'})
+    monkeypatch.setattr(init_cli, 'server_command', lambda: [sys.executable, '-m', 'mlspace_mcp', '--transport', 'stdio'])
+    root = tmp_path / '.config/opencode'
+    skill = root / 'skills/mlspace-list-running-jobs/SKILL.md'
+    skill.parent.mkdir(parents=True)
+    skill.write_text('custom workflow')
+    config = root / 'opencode.jsonc'
+    config.write_text('{"mcp":{"mlspace":{"command":["old-wrapper"]}}}')
+    return skill, config
+
+
+@respx.mock
+def test_interactive_setup_resolves_wrapper_and_keeps_custom_skill(tmp_path, monkeypatch, capsys):
+    routes()
+    skill, config = conflicting_opencode(tmp_path, monkeypatch)
+    answers = iter(['r', 'k'])
+    monkeypatch.setattr('builtins.input', lambda *a: next(answers))
+    target = tmp_path / 'new.env'
+    assert run_init(target, base_url=BASE, from_env=True, clients=['opencode'], workspace_ids=['ws2']) == 0
+    assert skill.read_text() == 'custom workflow'
+    assert 'old-wrapper' not in config.read_text()
+    assert read_dotenv_file(target)['MLSPACE_WORKSPACE_ID'] == 'ws2'
+    output = capsys.readouterr().err
+    assert str(config) in output and str(skill) in output
+    assert output.index(str(skill)) < output.index('[1/4]')
+    assert 'not verified against release' in output
+
+
+def test_cancel_conflicts_preserves_configuration_and_credentials(tmp_path, monkeypatch, capsys):
+    skill, config = conflicting_opencode(tmp_path, monkeypatch)
+    before = config.read_bytes()
+    monkeypatch.setattr('builtins.input', lambda *a: '')
+    target = tmp_path / 'new.env'
+    assert run_init(target, base_url=BASE, from_env=True, clients=['opencode'], workspace_ids=['ws2']) == 1
+    assert not target.exists()
+    assert config.read_bytes() == before and skill.read_text() == 'custom workflow'
+    assert 'cancelled' in capsys.readouterr().err.lower()
+
+
+def test_noninteractive_conflicts_list_all_paths_without_prompt_even_with_force(tmp_path, monkeypatch, capsys):
+    skill, config = conflicting_opencode(tmp_path, monkeypatch)
+    monkeypatch.setattr('builtins.input', lambda *a: pytest.fail('unexpected prompt'))
+    target = tmp_path / 'existing.env'
+    target.write_text('MLSPACE_CLIENT_SECRET=old-secret\n')
+    assert run_init(target, base_url=BASE, from_env=True, clients=['opencode'], workspace_ids=['ws2'],
+                    non_interactive=True, force=True) == 1
+    output = capsys.readouterr().err
+    assert str(skill) in output and str(config) in output
+    assert target.read_text() == 'MLSPACE_CLIENT_SECRET=old-secret\n'
+
+
 @pytest.fixture(autouse=True)
 def isolate(monkeypatch, tmp_path):
     import os
@@ -163,7 +219,7 @@ def test_client_install_failure_keeps_verified_credentials_for_retry(tmp_path, m
     target.write_text(original)
     monkeypatch.setattr('mlspace_mcp.init_cli._clients', lambda *a: {'opencode': '/bin/true'})
     monkeypatch.setattr('mlspace_mcp.init_cli.server_command', lambda: ['/bin/echo'])
-    monkeypatch.setattr('mlspace_mcp.init_cli.prepare_clients', lambda *a: {'registrations': [('opencode',)]})
+    monkeypatch.setattr('mlspace_mcp.init_cli.prepare_clients', lambda *a, **kw: {'registrations': [('opencode',)]})
     def fail(*a, **kw):
         raise ValueError('Client installation failed')
     monkeypatch.setattr('mlspace_mcp.init_cli.install_clients', fail)