mlmm-toolkit 0.2.4.dev0__tar.gz → 0.2.5__tar.gz

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/.github/workflows/release.yml

@@ -21,6 +21,13 @@ jobs:
           fetch-depth: 0
           fetch-tags: true
 
+      - name: Set version from tag
+        run: |
+          TAG="${{ github.event.release.tag_name }}"
+          VERSION="${TAG#v}"
+          echo "SETUPTOOLS_SCM_PRETEND_VERSION=$VERSION" >> "$GITHUB_ENV"
+          echo "Building version: $VERSION"
+
       - name: Setup Python
         uses: actions/setup-python@v5
         with:

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/.gitignore

@@ -32,6 +32,8 @@ tests/smoke/*_smoke.pdb
 tests/smoke/*_smoke_refactor.pdb
 tests/smoke/test_*.png
 
+mlmm/_version.py
+
 # Sphinx documentation
 docs/_build/
 docs/_static/*.css.map

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/CHANGELOG.md

@@ -4,7 +4,7 @@ All notable changes to **mlmm-toolkit** will be documented in this file.
 
 The format follows [Keep a Changelog](https://keepachangelog.com/).
 
-## [0.2.3] — 2026-03-18
+## [0.2.4] — 2026-03-18
 
 ### Added
 - GitHub Pages deployment and PyPI release workflows.

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: mlmm-toolkit
-Version: 0.2.4.dev0
+Version: 0.2.5
 Summary: mlmm - ML/MM toolkit for enzyme reaction analysis
 Author-email: Takuto Ohmura <ohmura.takuto@gmail.com>
 License:                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE

mlmm_toolkit-0.2.5/docs/_static/theme_toggle.js

@@ -0,0 +1,34 @@
+// Override Furo's 3-state theme toggle (light/dark/auto) with 2-state (light ↔ dark).
+(function () {
+  "use strict";
+
+  function resolveAuto() {
+    return window.matchMedia("(prefers-color-scheme: dark)").matches ? "dark" : "light";
+  }
+
+  function applyTheme(theme) {
+    document.body.dataset.theme = theme;
+    localStorage.setItem("theme", theme);
+  }
+
+  function toggle() {
+    var current = document.body.dataset.theme;
+    if (current !== "light" && current !== "dark") current = resolveAuto();
+    applyTheme(current === "dark" ? "light" : "dark");
+  }
+
+  // Intercept all theme-toggle buttons (header + sidebar)
+  document.addEventListener("click", function (e) {
+    var btn = e.target.closest("button.theme-toggle");
+    if (!btn) return;
+    e.preventDefault();
+    e.stopImmediatePropagation();
+    toggle();
+  }, true);
+
+  // On load: resolve "auto" to explicit light/dark
+  var stored = localStorage.getItem("theme");
+  if (!stored || stored === "auto") {
+    applyTheme(resolveAuto());
+  }
+})();

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/all.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 ## Overview
 
-> **Summary:** End-to-end enzymatic reaction workflow -- active-site extraction, ML/MM layer assignment, MM topology preparation, optional staged scan, MEP search (GSM) on full-system layered PDBs, with optional TS optimization, pseudo-IRC, thermochemistry, DFT, and DFT//MLIP diagrams.
+> **Summary:** End-to-end enzymatic reaction workflow -- active-site extraction, ML/MM layer assignment, MM topology preparation, optional staged scan, MEP search (GSM) on full-system layered PDBs, with optional TS optimization, EulerPC IRC, thermochemistry, DFT, and DFT//MLIP diagrams.
 
 `mlmm all` runs a one-shot pipeline that operates on full-system layered PDBs with ML/MM. It supports three modes:
 
@@ -10,7 +10,7 @@
 - **Single-structure + staged scan** -- Provide one PDB plus `--scan-lists`. The scan generates intermediate/product candidates that become MEP endpoints.
   - One `--scan-lists` literal runs a single scan stage.
   - Multiple stages are passed as multiple values after a single `--scan-lists` flag.
-- **TSOPT-only** -- Provide a single PDB, omit `--scan-lists`, and set `--tsopt`. The tool runs TS optimization on the layered full-system PDB, performs pseudo-IRC, minimizes both ends, and builds energy diagrams.
+- **TSOPT-only** -- Provide a single PDB, omit `--scan-lists`, and set `--tsopt`. The tool runs TS optimization on the layered full-system PDB, performs EulerPC IRC, minimizes both ends, and builds energy diagrams.
 
 ```{important}
 `--tsopt` produces **TS candidates**. `all` automatically runs IRC and freq for validation, but always inspect the results (imaginary mode + endpoint connectivity) before mechanistic interpretation.
@@ -123,7 +123,7 @@ mlmm all -i A.pdb -c "GPP,MMT" -l "GPP:-3,MMT:-1" \
    - When you have ample VRAM available, setting `--hessian-calc-mode` to `Analytical` is strongly recommended.
 
 6. **TSOPT-only mode** (single input, `--tsopt`, no `--scan-lists`)
-   - Skips steps (4)-(5) and runs `tsopt` on the layered full-system PDB, does a pseudo-IRC and minimizes both ends, builds ML/MM energy diagrams for R-TS-P, and optionally adds Gibbs, DFT, and DFT//MLIP diagrams.
+   - Skips steps (4)-(5) and runs `tsopt` on the layered full-system PDB, performs EulerPC IRC and minimizes both ends, builds ML/MM energy diagrams for R-TS-P, and optionally adds Gibbs, DFT, and DFT//MLIP diagrams.
    - In this mode only, the IRC endpoint with **higher energy** is adopted as the reactant (R).
 
 ### Charge and spin precedence
@@ -175,7 +175,7 @@ mlmm all -i A.pdb -c "GPP,MMT" -l "GPP:-3,MMT:-1" \
 | `-r, --radius FLOAT` | Pocket inclusion cutoff (Å). | `2.6` |
 | `--radius-het2het FLOAT` | Independent hetero-hetero cutoff (Å). | `0.0` |
 | `--include-H2O/--no-include-H2O` | Include water molecules (HOH/WAT/TIP3/SOL). | `True` |
-| `--exclude-backbone/--no-exclude-backbone` | Remove backbone atoms on non-substrate amino acids. | `True` |
+| `--exclude-backbone/--no-exclude-backbone` | Remove backbone atoms on non-substrate amino acids. | `False` |
 | `--add-linkH/--no-add-linkH` | Add link hydrogens for severed bonds. | `False` |
 | `--selected-resn TEXT` | Residues to force include. | `""` |
 | `--verbose/--no-verbose` | Enable INFO-level extractor logging. | `True` |
@@ -205,6 +205,7 @@ mlmm all -i A.pdb -c "GPP,MMT" -l "GPP:-3,MMT:-1" \
 | `-b, --backend CHOICE` | MLIP backend for the ML region: `uma` (default), `orb`, `mace`, `aimnet2`. | `uma` |
 | `--embedcharge/--no-embedcharge` | Enable xTB point-charge embedding correction for MM-to-ML environmental effects. | `False` |
 | `--embedcharge-cutoff FLOAT` | Cutoff radius (Å) for embed-charge MM atoms. | `12.0` |
+| `--cmap/--no-cmap` | Enable CMAP (backbone cross-map dihedral correction) in model parm7. Default: disabled (consistent with Gaussian ONIOM). | `--no-cmap` |
 | `--hessian-calc-mode CHOICE` | ML/MM Hessian mode (`Analytical` or `FiniteDifference`). | `FiniteDifference` |
 | `--detect-layer/--no-detect-layer` | Detect ML/MM layers from input PDB B-factors (B=0/10/20) in downstream tools. If disabled, downstream tools require `--model-pdb` or `--model-indices`. | `True` |
 
@@ -227,7 +228,7 @@ TSOPT optimizer selection order: `--opt-mode-post` (if set) -> `--opt-mode` (onl
 
 | Option | Description | Default |
 | --- | --- | --- |
-| `--tsopt/--no-tsopt` | Run TS optimization + pseudo-IRC per reactive segment. | `False` |
+| `--tsopt/--no-tsopt` | Run TS optimization + EulerPC IRC per reactive segment. | `False` |
 | `--thermo/--no-thermo` | Run vibrational analysis (`freq`) on R/TS/P. | `False` |
 | `--dft/--no-dft` | Run single-point DFT on R/TS/P. | `False` |
 | `--flatten/--no-flatten` | Enable extra-imaginary-mode flattening in `tsopt`. | `False` |
@@ -358,7 +359,7 @@ mlmm:
  backend: uma                    # MLIP backend: uma | orb | mace | aimnet2
  embedcharge: false              # xTB point-charge embedding correction
  uma_model: uma-s-1p1            # uma-s-1p1 | uma-m-1p1
- ml_hessian_mode: Analytical     # recommended when VRAM permits
+ hessian_calc_mode: Analytical     # recommended when VRAM permits
 gs:
  max_nodes: 12
  climb: true

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/concepts.md

@@ -96,6 +96,73 @@ When `--embedcharge` is enabled, an xTB point-charge embedding correction is app
 
 ---
 
+## Link atoms
+
+When the ML/MM boundary cuts a covalent bond, a **link hydrogen atom** is inserted to cap the dangling bond in the model (ML) system. Two placement methods are available via `--link-atom-method`:
+
+| Method | Placement | Jacobian |
+|--------|-----------|----------|
+| **scaled** (g-factor) | `r_L = r_QM + g·(r_MM − r_QM)` where `g = (CR_QM + CR_H)/(CR_QM + CR_MM)` | Constant: `[(1−g)I₃; gI₃]` |
+| **fixed** | `r_L = r_QM + d·û` where `d` = 1.09 Å (C) / 1.01 Å (N), `û` = unit vector toward MM | Geometry-dependent; B-matrix correction needed |
+
+The default is **scaled** (Morokuma–Dapprich g-factor), the same method used in Gaussian ONIOM. The link atom position scales linearly with the QM–MM distance, producing a smooth PES and a constant Jacobian (no second-derivative correction needed). The **fixed** method places the link hydrogen at a fixed distance along the bond axis regardless of QM–MM distance.
+
+Forces on the link atom are redistributed back to the QM and MM host atoms via the Jacobian:
+
+```
+F_QM += (1−g) · F_link    (scaled)
+F_MM += g · F_link
+```
+
+The same transformation applies to the Hessian: `H_redistributed = Jᵀ H_link J`.
+
+---
+
+## Microiteration
+
+For systems with many movable MM atoms, simultaneous optimization of all coordinates is expensive because the high-level (MLIP) gradient must be evaluated at every step — even when only the MM environment is relaxing.
+
+**Microiteration** (Gaussian 16-style) splits the optimization into alternating macro and micro steps:
+
+```
+repeat until converged:
+    MACRO step  — 1 RFO step on ML atoms + link-atom MM parents (full ONIOM force)
+    MICRO step  — L-BFGS relaxation of remaining MM atoms (MM-only force)
+```
+
+| | Macro step | Micro step |
+|---|---|---|
+| **Calculator** | Full ONIOM (`E_MM_real + E_ML − E_MM_model`) | MM force field only (`E_MM_real`) |
+| **Coordinates optimized** | ML atoms + link-atom MM parents | Movable MM (excluding link-atom MM parents) |
+| **Optimizer** | RFO (explicit Hessian, BFGS-updated) | L-BFGS (Hessian-free, from scratch each cycle) |
+| **Convergence** | `--thresh` (default: `gau`) | `--micro-thresh` (default: same as `--thresh`) |
+
+### Why link-atom MM parents move in the macro step
+
+Link-atom MM parent atoms are included in the macro optimization set to maintain consistency at the ML/MM boundary. When using the scaled (g-factor) link atom method, `r_L = (1−g)·r_QM + g·r_MM` couples the link atom position to **both** the QM and MM parents. If the MM parent moved during the micro step (under MM-only forces with no ML contribution), the link atom position would shift between cycles, creating energy oscillation in the macro step. Freezing the MM parents during the micro step and moving them with the ML atoms in the macro step eliminates this coupling mismatch.
+
+### Convergence thresholds
+
+pysisyphus provides several preset thresholds (units: Hartree/Bohr for forces, Bohr for steps):
+
+| Preset | max(force) | rms(force) | max(step) | rms(step) |
+|--------|-----------|-----------|----------|----------|
+| `gau_loose` | 2.5×10⁻³ | 1.7×10⁻³ | 1.0×10⁻² | 6.7×10⁻³ |
+| `gau` | 4.5×10⁻⁴ | 3.0×10⁻⁴ | 1.8×10⁻³ | 1.2×10⁻³ |
+| `gau_tight` | 1.5×10⁻⁵ | 1.0×10⁻⁵ | 6.0×10⁻⁵ | 4.0×10⁻⁵ |
+| `baker` | 3.0×10⁻⁴ | 2.0×10⁻⁴ | 3.0×10⁻⁴ | 2.0×10⁻⁴ |
+
+When gradient criteria are exceeded by `overachieve_factor` (default 3), convergence is declared regardless of step criteria.
+
+Enable microiteration with `--microiter` (default for `--opt-mode hess`):
+
+```bash
+mlmm opt -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 --opt-mode hess --microiter
+mlmm opt -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 --opt-mode hess --no-microiter  # disable
+```
+
+---
+
 ## hessian_ff: the MM engine
 
 `hessian_ff` is a C++ native extension that evaluates Amber force field energies, forces, and analytical Hessians. It reads Amber parm7/rst7 topology files and supports:

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/conf.py

@@ -104,6 +104,9 @@ html_short_title = 'mlmm-toolkit'
 # Static files path
 html_static_path = ['_static']
 
+# Custom JS — override Furo 3-state toggle to 2-state (light ↔ dark)
+html_js_files = ['theme_toggle.js']
+
 # Custom CSS
 html_css_files = ['custom.css']
 

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/dft.md

@@ -72,13 +72,14 @@ mlmm dft -i enzyme.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 | `--func-basis TEXT` | Functional/basis pair as `"FUNC/BASIS"`. | `wb97m-v/def2-tzvpd` |
 | `--max-cycle INT` | Maximum SCF iterations. | `100` |
 | `--conv-tol FLOAT` | SCF convergence tolerance (Hartree). | `1e-9` |
-| `--grid-level INT` | DFT integration grid level (0=coarse, 3=default, 9=ultrafine). | `3` |
+| `--grid-level INT` | DFT integration grid level (0=coarse, 3=default, 5=fine, 9=very fine). | `3` |
 | `-o, --out-dir DIR` | Output directory. | `./result_dft/` |
 | `--config FILE` | Base YAML configuration file applied before explicit CLI options. | _None_ |
 | `--show-config/--no-show-config` | Print resolved configuration and continue execution. | `False` |
 | `-b, --backend CHOICE` | MLIP backend used for the low-level ONIOM recombination: `uma` (default), `orb`, `mace`, `aimnet2`. | `uma` |
 | `--embedcharge/--no-embedcharge` | Enable electrostatic embedding: MM point charges from the Amber topology are added to the PySCF QM Hamiltonian so the DFT wavefunction is polarized by the MM environment. | `False` |
 | `--embedcharge-cutoff FLOAT` | Cutoff radius (Å) for embed-charge MM atoms. | `12.0` |
+| `--cmap/--no-cmap` | Enable CMAP (backbone cross-map dihedral correction) in model parm7. Default: disabled (consistent with Gaussian ONIOM). | `--no-cmap` |
 | `--dry-run/--no-dry-run` | Validate options and print execution plan without running DFT. Shown in `--help-advanced`. | `False` |
 | `--convert-files/--no-convert-files` | Toggle XYZ/TRJ to PDB companions when a PDB template is available. | `True` |
 

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/extract.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 ## Overview
 
-> **Summary:** Extract a cluster model (active-site pocket) from a protein-ligand PDB. Specify substrates with `-c` by residue name, residue ID, or a PDB path. Link hydrogens are added to cap cut bonds when `--add-linkH` is enabled. Use `--ligand-charge` for non-standard residue charges.
+> **Summary:** Extract a cluster model (active-site pocket) from a protein-ligand PDB. Specify substrates with `-c` by residue name, residue ID, or a PDB path. Link hydrogens are added to cap cut bonds when `--add-linkh` is enabled. Use `--ligand-charge` for non-standard residue charges.
 
 `mlmm extract` creates an active-site pocket (cluster model) from a protein-ligand PDB. It selects residues near the substrate, truncates the model according to backbone/side-chain rules, optionally caps severed bonds with link hydrogens, and can process single structures or ensembles.
 
@@ -49,9 +49,9 @@ mlmm extract -i COMPLEX.pdb [COMPLEX2.pdb...]
  -c SUBSTRATE_SPEC
  [-o POCKET.pdb [POCKET2.pdb...]]
  [--radius Å] [--radius-het2het Å]
- [--include-H2O/--no-include-H2O]
+ [--include-h2o/--no-include-h2o]
  [--exclude-backbone/--no-exclude-backbone]
- [--add-linkH/--no-add-linkH]
+ [--add-linkh/--no-add-linkh]
  [--selected-resn LIST]
  [-l, --ligand-charge MAP_OR_NUMBER]
  [--verbose/--no-verbose]
@@ -83,7 +83,7 @@ mlmm extract -i complex1.pdb complex2.pdb -c 'GPP,SAM' -o pocket1.pdb pocket2.pd
  - When `--no-exclude-backbone`, any atom within the cutoff qualifies a residue.
  - When `--exclude-backbone`, amino-acid residues must contact the substrate with a **non-backbone** atom (not N/H*/CA/HA*/C/O). Non-amino acids use any atom.
 - **Independent hetero-hetero cutoff (`--radius-het2het`):** adds residues when a substrate hetero atom (non C/H) lies within the specified Å of a protein hetero atom. With backbone exclusion enabled the protein atom must be non-backbone.
-- **Water handling:** HOH/WAT/H2O/DOD/TIP/TIP3/SOL are included by default (`--include-H2O`).
+- **Water handling:** HOH/WAT/H2O/DOD/TIP/TIP3/SOL are included by default (`--include-h2o`).
 - **Forced inclusion:** `--selected-resn` accepts IDs with chains/insertion codes (e.g., `A:123A`).
 - **Neighbor safeguards:**
  - When backbone exclusion is off and a residue contacts the substrate with a backbone atom, auto-include the peptide-adjacent N/C neighbors (C-N <= 1.9 Å). Termini keep caps (N/H* or C/O/OXT).
@@ -96,7 +96,7 @@ mlmm extract -i complex1.pdb complex2.pdb -c 'GPP,SAM' -o pocket1.pdb pocket2.pd
 - With `--exclude-backbone`, main-chain atoms on all **non-substrate** amino acids are stripped (subject to PRO/HYP safeguards and PRO neighbor retention).
 - Non-amino-acid residues never lose atoms named like backbone (N/CA/HA/H/H1/H2/H3).
 
-### Link hydrogens (`--add-linkH`)
+### Link hydrogens (`--add-linkh`)
 - Adds carbon-only link hydrogens at 1.09 Å along severed bond vectors (CB-CA, CA-N, CA-C; PRO/HYP use CA-C only).
 - Inserted after a `TER` as contiguous `HETATM` records named `HL` in residue `LKH` (chain `L`). Serial numbers continue from the main block.
 - In multi-structure mode the same bonds are capped across all models; coordinates remain model-specific.
@@ -130,9 +130,9 @@ mlmm extract -i complex1.pdb complex2.pdb -c 'GPP,SAM' -o pocket1.pdb pocket2.pd
 | `-o, --output PATH...` | Pocket PDB output(s). One path => multi-MODEL, N paths => per input. | Auto (`pocket.pdb` or `pocket_<input>.pdb`) |
 | `-r, --radius FLOAT` | Atom-atom distance cutoff (Å) for inclusion. | `2.6` |
 | `--radius-het2het FLOAT` | Independent hetero-hetero cutoff (Å, non C/H). | `0.0` |
-| `--include-H2O/--no-include-H2O` | Include HOH/WAT/H2O/DOD/TIP/TIP3/SOL waters. | `True` |
-| `--exclude-backbone/--no-exclude-backbone` | Remove backbone atoms on non-substrate amino acids (PRO/HYP safeguards). | `True` |
-| `--add-linkH/--no-add-linkH` | Add carbon-only link hydrogens at 1.09 Å along severed bonds. | `False` |
+| `--include-h2o/--no-include-h2o` | Include HOH/WAT/H2O/DOD/TIP/TIP3/SOL waters. | `True` |
+| `--exclude-backbone/--no-exclude-backbone` | Remove backbone atoms on non-substrate amino acids (PRO/HYP safeguards). | `False` |
+| `--add-linkh/--no-add-linkh` | Add carbon-only link hydrogens at 1.09 Å along severed bonds. | `False` |
 | `--selected-resn TEXT` | Force-include residues (IDs with optional chains/insertion codes). | `""` |
 | `-l, --ligand-charge TEXT` | Total charge or per-resname mapping (e.g., `GPP:-3,SAM:1`). | _None_ |
 | `-v, --verbose/--no-verbose` | Emit INFO-level logging (`True`) or keep warnings only (`False`). | `True` |
@@ -220,7 +220,7 @@ A dictionary mapping ion residue names to their formal charges. Recognized ions
 
 ### `WATER_RES`
 
-A set of residue names recognized as water molecules. Waters are included by default (`--include-H2O`) and assigned zero charge:
+A set of residue names recognized as water molecules. Waters are included by default (`--include-h2o`) and assigned zero charge:
 
 ```
 HOH, WAT, H2O, DOD, TIP, TIP3, SOL

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/freq.md

@@ -67,7 +67,7 @@ mlmm freq -i pocket.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 | `-l, --ligand-charge TEXT` | Per-resname charge mapping (e.g., `GPP:-3,SAM:1`). Derives total charge when `-q` is omitted. | _None_ |
 | `-m, --multiplicity INT` | Spin multiplicity (2S+1). | `1` |
 | `--freeze-atoms TEXT` | 1-based comma-separated frozen atom indices. | _None_ |
-| `--hess-cutoff FLOAT` | Cutoff distance for MovableMM atoms. | _None_ |
+| `--hess-cutoff FLOAT` | Cutoff distance for Hessian-target MM atoms. | _None_ |
 | `--movable-cutoff FLOAT` | Cutoff distance for movable-MM layer. | _None_ |
 | `--hessian-calc-mode CHOICE` | Hessian mode (`Analytical` or `FiniteDifference`). | `FiniteDifference` |
 | `--max-write INT` | Number of modes to export. | `10` |
@@ -81,12 +81,14 @@ mlmm freq -i pocket.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 | `-o, --out-dir TEXT` | Output directory. | `./result_freq/` |
 | `--active-dof-mode CHOICE` | Active DOF selection: `all`, `ml-only`, `partial`, `unfrozen`. | `partial` |
 | `--hess-device CHOICE` | Device for Hessian assembly/diagonalization: `auto`, `cuda`, `cpu`. Use `cpu` to avoid VRAM issues with large systems. | `auto` |
+| `--dump-hess PATH` | Save computed Hessian to a compressed `.npz` file. Can be loaded by `mlmm irc --read-hess`. | _None_ |
 | `--ref-pdb FILE` | Reference PDB topology for non-PDB inputs. | _None_ |
 | `--config FILE` | Base YAML configuration applied before explicit CLI options. | _None_ |
 | `--show-config/--no-show-config` | Print resolved YAML layers/config and continue. | `False` |
 | `-b, --backend CHOICE` | MLIP backend for the ML region: `uma` (default), `orb`, `mace`, `aimnet2`. | `uma` |
 | `--embedcharge/--no-embedcharge` | Enable xTB point-charge embedding correction for MM-to-ML environmental effects. | `False` |
 | `--embedcharge-cutoff FLOAT` | Cutoff radius (Å) for embed-charge MM atoms. | `12.0` |
+| `--cmap/--no-cmap` | Enable CMAP (backbone cross-map dihedral correction) in model parm7. Default: disabled (consistent with Gaussian ONIOM). | `--no-cmap` |
 | `--dry-run/--no-dry-run` | Validate and print execution plan without running frequency analysis. Shown in `--help-advanced`. | `False` |
 
 ## Outputs
@@ -121,7 +123,7 @@ mlmm:
  uma_model: uma-s-1p1              # uma-s-1p1 | uma-m-1p1
  uma_task_name: omol                # UMA task name (UMA backend only)
  ml_device: auto                   # ML backend device selection
- ml_hessian_mode: Analytical         # Hessian mode selection
+ hessian_calc_mode: Analytical         # Hessian mode selection
  out_hess_torch: true              # request torch-form Hessian
  mm_fd: true                       # MM finite-difference toggle
  return_partial_hessian: true      # allow partial Hessians (PHVA default)

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/index.md

@@ -1,6 +1,6 @@
 # mlmm-toolkit Documentation
 
-*Version: v0.2.3*
+*Version: v0.2.5*
 
 **mlmm-toolkit** is a Python CLI toolkit for automated enzymatic reaction-path modeling using ML/MM (machine-learning / molecular mechanics) methods.
 
@@ -108,6 +108,18 @@ ja/glossary
 ```
 
 
+---
+
+## Documentation Guide
+
+| Topic | Page |
+|-------|------|
+| **Installation & first run** | [Getting Started](getting_started.md) |
+| **Key terms & workflow overview** | [Concepts & Workflow](concepts.md) |
+| **Symptom-first failure routing** | [Common Error Recipes](recipes_common_errors.md) |
+| **Common errors & fixes** | [Troubleshooting](troubleshooting.md) |
+| **CLI conventions & input requirements** | [CLI Conventions](cli_conventions.md) |
+
 ---
 
 ## Quick Start by Goal
@@ -127,7 +139,7 @@ ja/glossary
 | Search for minimum energy path | `mlmm path-search` | [path_search.md](path_search.md) |
 | Run IRC from a transition state | `mlmm irc` | [irc.md](irc.md) |
 | Visualize energy profile | `mlmm trj2fig` | [trj2fig.md](trj2fig.md) |
-| Export to Gaussian ONIOM / ORCA QM/MM | `mlmm oniom-export --mode g16\|orca` | [oniom_export.md](oniom_export.md) |
+| Export to Gaussian ONIOM / ORCA QM/MM | `mlmm oniom-export` | [oniom_export.md](oniom_export.md) |
 | Rebuild XYZ/layered PDB from ONIOM input | `mlmm oniom-import` | [oniom_import.md](oniom_import.md) |
 | Draw state energy diagram from numeric values | `mlmm energy-diagram` | [energy_diagram.md](energy_diagram.md) |
 | Follow worked tutorials | -- | [Tutorial](getting_started.md) |
@@ -138,18 +150,6 @@ ja/glossary
 
 ---
 
-## Documentation Guide
-
-| Topic | Page |
-|-------|------|
-| **Installation & first run** | [Getting Started](getting_started.md) |
-| **Key terms & workflow overview** | [Concepts & Workflow](concepts.md) |
-| **Symptom-first failure routing** | [Common Error Recipes](recipes_common_errors.md) |
-| **Common errors & fixes** | [Troubleshooting](troubleshooting.md) |
-| **CLI conventions & input requirements** | [CLI Conventions](cli_conventions.md) |
-
----
-
 ## CLI Subcommands
 
 ### Main Workflow
@@ -197,7 +197,7 @@ ja/glossary
 ### Export
 | Subcommand | Description |
 |------------|-------------|
-| [`oniom-export`](oniom_export.md) | Export to Gaussian ONIOM / ORCA QM/MM (`--mode g16|orca`) |
+| [`oniom-export`](oniom_export.md) | Export to Gaussian ONIOM / ORCA QM/MM (`--mode g16` or `orca`) |
 | [`oniom-import`](oniom_import.md) | Import Gaussian/ORCA ONIOM input and reconstruct XYZ + layered PDB |
 
 ---

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/irc.md

@@ -66,7 +66,7 @@ mlmm irc -i ts.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 | `-l, --ligand-charge TEXT` | Per-resname charge mapping (e.g., `GPP:-3,SAM:1`). Derives total charge when `-q` is omitted. | _None_ |
 | `-m, --multiplicity INT` | Spin multiplicity (2S+1); overrides `calc.spin`. | `1` |
 | `--max-cycles INT` | Max number of IRC steps; overrides `irc.max_cycles`. | `125` |
-| `--step-size FLOAT` | Step length in mass-weighted coordinates; overrides `irc.step_length`. | `0.10` |
+| `--step-size FLOAT` | Step length in Bohr (unweighted Cartesian); overrides `irc.step_length`. | `0.10` |
 | `--root INT` | Imaginary mode index for the initial displacement; overrides `irc.root`. | `0` |
 | `--forward/--no-forward` | Run the forward IRC; overrides `irc.forward`. | `True` |
 | `--backward/--no-backward` | Run the backward IRC; overrides `irc.backward`. | `True` |
@@ -79,6 +79,9 @@ mlmm irc -i ts.pdb --parm real.parm7 --model-pdb ml_region.pdb \
 | `-b, --backend CHOICE` | MLIP backend for the ML region: `uma` (default), `orb`, `mace`, `aimnet2`. | `uma` |
 | `--embedcharge/--no-embedcharge` | Enable xTB point-charge embedding correction for MM-to-ML environmental effects. | `False` |
 | `--embedcharge-cutoff FLOAT` | Cutoff radius (Å) for embed-charge MM atoms. | `12.0` |
+| `--cmap/--no-cmap` | Enable CMAP (backbone cross-map dihedral correction) in model parm7. Default: disabled (consistent with Gaussian ONIOM). | `--no-cmap` |
+| `--hess-device CHOICE` | Device for initial Hessian storage and IRC operations: `auto`, `cuda`, `cpu`. Use `cpu` for large unfrozen systems. | `auto` |
+| `--read-hess PATH` | Read initial Hessian from a `.npz` file (from `mlmm freq --dump-hess`). Takes priority over hessian_cache and fresh computation. | _None_ |
 | `--dry-run/--no-dry-run` | Validate and print execution plan without running IRC. Shown in `--help-advanced`. | `False` |
 
 ## Outputs
@@ -115,7 +118,7 @@ Shared sections reuse [YAML Reference](yaml_reference.md) for geometry/calculato
 | `--forward` | `irc.forward` |
 | `--backward` | `irc.backward` |
 | `--out-dir` | `irc.out_dir` |
-| `--hessian-calc-mode` | `calc.hessian_calc_mode` (alias: `calc.ml_hessian_mode`) |
+| `--hessian-calc-mode` | `calc.hessian_calc_mode` |
 
 ### Example YAML
 
@@ -134,7 +137,7 @@ mlmm:
  uma_model: uma-s-1p1              # uma-s-1p1 | uma-m-1p1
  uma_task_name: omol                # UMA task name (UMA backend only)
  ml_device: auto                   # ML backend device selection
- hessian_calc_mode: Analytical        # Hessian mode (alias: ml_hessian_mode)
+ hessian_calc_mode: Analytical        # Hessian mode
  return_partial_hessian: true      # forced true for irc (partial Hessian with active-DOF processing)
 irc:
  step_length: 0.1                  # integration step length

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/ja/all.md

@@ -2,7 +2,7 @@
 
 ## 概要
 
-> **要約:** end-to-endの酵素反応ワークフロー -- 活性部位抽出、ML/MM レイヤー割り当て、MM トポロジー準備、任意の段階的スキャン、全系レイヤード PDB での MEP 探索（GSM）、任意の TS 最適化、擬似 IRC、熱化学、DFT、DFT//UMA ダイアグラム。
+> **要約:** end-to-endの酵素反応ワークフロー -- 活性部位抽出、ML/MM レイヤー割り当て、MM トポロジー準備、任意の段階的スキャン、全系レイヤード PDB での MEP 探索（GSM）、任意の TS 最適化、EulerPC IRC、熱化学、DFT、DFT//MLIP ダイアグラム。
 
 `mlmm all` は全系レイヤード PDB 上で ML/MM を用いるワンショットパイプラインを実行します。以下の 3 つのモードをサポートしています:
 
@@ -10,7 +10,7 @@
 - **単一構造 + 段階的スキャン** -- 1 つの PDB と `--scan-lists` を提供します。スキャンで中間体/生成物候補を生成し、MEP の端点として使用します。
   - 1 つの `--scan-lists` リテラルで単一のスキャンステージを実行します。
   - 複数ステージは 1 つの `--scan-lists` フラグの後に複数の値として渡します（フラグ自体は繰り返せません）。
-- **TSOPT のみ** -- 1 つの PDB を提供し、`--scan-lists` を省略して `--tsopt` を設定します。レイヤード全系 PDB で TS 最適化を実行し、擬似 IRC、両端の極小化、エネルギーダイアグラムの構築を行います。
+- **TSOPT のみ** -- 1 つの PDB を提供し、`--scan-lists` を省略して `--tsopt` を設定します。レイヤード全系 PDB で TS 最適化を実行し、EulerPC IRC、両端の極小化、エネルギーダイアグラムの構築を行います。
 
 ```{important}
 `--tsopt` は **TS 候補**を生成します。`all` は検証のために IRC と freq を自動実行しますが、機構解釈の前に必ず結果（虚振動数モード + 端点の結合性）を確認してください。
@@ -118,12 +118,12 @@ mlmm all -i A.pdb -c "GPP,MMT" -l "GPP:-3,MMT:-1" \
    - セグメントごとの軌跡、全 MEP 軌跡、`summary.yaml` が `<out-dir>/path_search/` に書き出されます。
    - `--tsopt`: 各 HEI で TS を最適化し、EulerPC IRC を実行し、セグメントエネルギーダイアグラムを描画します。
    - `--thermo`: (R, TS, P) で ML/MM 熱化学を計算し、Gibbs ダイアグラムを追加します。
-   - `--dft`: (R, TS, P) で DFT 一点計算を実行し、DFT ダイアグラムを追加します。`--thermo` と組み合わせると、DFT//UMA Gibbs ダイアグラムも生成されます。
+   - `--dft`: (R, TS, P) で DFT 一点計算を実行し、DFT ダイアグラムを追加します。`--thermo` と組み合わせると、DFT//MLIP Gibbs ダイアグラムも生成されます。
    - 共有の上書き: `--opt-mode`、`--opt-mode-post`（TSOPT と IRC 後 endpoint-opt のモード上書き）、`--flatten/--no-flatten`、`--hessian-calc-mode`、`--tsopt-max-cycles`、`--tsopt-out-dir`、`--freq-*`、`--dft-*`。
    - VRAM に余裕がある場合は `--hessian-calc-mode` を `Analytical` に設定することを強く推奨します。
 
 6. **TSOPT のみモード**（単一入力、`--tsopt`、`--scan-lists` なし）
-   - ステップ (4)-(5) をスキップし、レイヤード全系 PDB で `tsopt` を実行し、擬似 IRC と両端の極小化を行い、R-TS-P の ML/MM エネルギーダイアグラムを構築し、任意で Gibbs、DFT、DFT//UMA ダイアグラムを追加します。
+   - ステップ (4)-(5) をスキップし、レイヤード全系 PDB で `tsopt` を実行し、EulerPC IRC と両端の極小化を行い、R-TS-P の ML/MM エネルギーダイアグラムを構築し、任意で Gibbs、DFT、DFT//MLIP ダイアグラムを追加します。
    - このモードでのみ、**より高いエネルギー**の IRC 端点が反応物 (R) として採用されます。
 
 ### 電荷とスピンの優先順位
@@ -175,7 +175,7 @@ mlmm all -i A.pdb -c "GPP,MMT" -l "GPP:-3,MMT:-1" \
 | `-r, --radius FLOAT` | ポケット包含カットオフ (Å)。 | `2.6` |
 | `--radius-het2het FLOAT` | 独立したヘテロ-ヘテロカットオフ (Å)。 | `0.0` |
 | `--include-H2O/--no-include-H2O` | 水分子（HOH/WAT/TIP3/SOL）を含める。 | `True` |
-| `--exclude-backbone/--no-exclude-backbone` | 非基質アミノ酸の主鎖原子を除去。 | `True` |
+| `--exclude-backbone/--no-exclude-backbone` | 非基質アミノ酸の主鎖原子を除去。 | `False` |
 | `--add-linkH/--no-add-linkH` | 切断結合にリンク水素を付加。 | `False` |
 | `--selected-resn TEXT` | 強制包含する残基。 | `""` |
 | `--verbose/--no-verbose` | INFO レベルの抽出器ログを有効化。 | `True` |
@@ -196,6 +196,7 @@ mlmm all -i A.pdb -c "GPP,MMT" -l "GPP:-3,MMT:-1" \
 | `-b, --backend CHOICE` | ML バックエンド: `uma`（デフォルト）、`orb`、`mace`、`aimnet2`。全計算サブコマンドに転送。 | `uma` |
 | `--embedcharge/--no-embedcharge` | xTB 点電荷埋め込み補正の有効化。MM 環境から ML 領域への静電的影響を考慮。 | `False` |
 | `--embedcharge-cutoff FLOAT` | xTB 埋め込み用 MM 原子のカットオフ半径（Å）。 | `12.0` |
+| `--cmap/--no-cmap` | model parm7 に CMAP（骨格クロスマップ二面角補正）を含めるかどうか。デフォルト: 無効（Gaussian ONIOM と同一）。 | `--no-cmap` |
 | `--max-nodes INT` | セグメント GSM の内部ノード数。 | `20` |
 | `--max-cycles INT` | GSM マクロサイクルの最大数。 | `300` |
 | `--climb/--no-climb` | セグメント GSM の TS 精密化を有効化。 | `True` |
@@ -227,7 +228,7 @@ TSOPT の最適化モード選択順: `--opt-mode-post`（設定時）-> `--opt-
 
 | オプション | 説明 | デフォルト |
 | --- | --- | --- |
-| `--tsopt/--no-tsopt` | 反応セグメントごとに TS 最適化 + 擬似 IRC を実行。 | `False` |
+| `--tsopt/--no-tsopt` | 反応セグメントごとに TS 最適化 + EulerPC IRC を実行。 | `False` |
 | `--thermo/--no-thermo` | R/TS/P で振動解析 (`freq`) を実行。 | `False` |
 | `--dft/--no-dft` | R/TS/P で DFT 一点計算を実行。 | `False` |
 | `--flatten/--no-flatten` | `tsopt` での余分な虚振動数モードフラットニングを有効化。 | `False` |
@@ -316,7 +317,7 @@ TSOPT の最適化モード選択順: `--opt-mode-post`（設定時）-> `--opt-
 ログは番号付きセクションで構成されています:
 - **[1] グローバル MEP 概要** -- イメージ/セグメント数、MEP 軌跡プロットパス、集約 MEP エネルギーダイアグラム。
 - **[2] セグメントレベル MEP サマリー（UMA 経路）** -- セグメントごとの障壁、反応エネルギー、結合変化サマリー。
-- **[3] セグメントごとの後処理（TSOPT / Thermo / DFT）** -- セグメントごとの TS 虚数振動数チェック、IRC 出力、エネルギーテーブル。
+- **[3] セグメントごとの後処理（TSOPT / Thermo / DFT）** -- セグメントごとの TS 虚振動数チェック、IRC 出力、エネルギーテーブル。
 - **[4] エネルギーダイアグラム（概要）** -- MEP/UMA/Gibbs/DFT シリーズのダイアグラムテーブルと任意のクロスメソッドサマリーテーブル。
 - **[5] 出力ディレクトリ構造** -- インラインアノテーション付きの生成ファイルのコンパクトツリー。
 
@@ -357,7 +358,7 @@ mlmm:
  backend: uma                    # ML バックエンド (uma/orb/mace/aimnet2)
  embedcharge: false              # xTB 点電荷埋め込み補正
  uma_model: uma-s-1p1            # uma-s-1p1 | uma-m-1p1
- ml_hessian_mode: Analytical     # VRAM に余裕がある場合に推奨
+ hessian_calc_mode: Analytical     # VRAM に余裕がある場合に推奨
 gs:
  max_nodes: 12
  climb: true

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/ja/cli_conventions.md

@@ -261,7 +261,7 @@ PDB 入力の場合、`--ligand-charge` で非標準残基（基質、補因子
 | オプション | 説明 | デフォルト |
 |----------|------|----------|
 | `-b, --backend` | ML 領域の MLIP バックエンド: `uma`、`orb`、`mace`、`aimnet2` | `uma` |
-| `--embedcharge/--no-embedcharge` | xTB ポイントチャージ埋め込み補正の有効化 | `--no-embedcharge` |
+| `--embedcharge/--no-embedcharge` | xTB 点電荷埋め込み補正の有効化 | `--no-embedcharge` |
 
 代替バックエンドはオプション依存グループでインストールします:
 

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/ja/concepts.md

@@ -78,7 +78,7 @@ E(ML/MM) = E_MM(real) + E_ML(model) - E_MM(model)
 
 MLIP バックエンドは `-b/--backend`（デフォルト: `uma`）で選択します。代替バックエンド（`orb`、`mace`、`aimnet2`）はオプション依存としてインストールします（例: `pip install "mlmm-toolkit[orb]"`）。
 
-`--embedcharge` を有効にすると、MM 環境が ML 領域に及ぼす静電影響を考慮するための xTB ポイントチャージ埋め込み補正が適用されます。
+`--embedcharge` を有効にすると、MM 環境が ML 領域に及ぼす静電影響を考慮するための xTB 点電荷埋め込み補正が適用されます。
 
 ### 従来の QM/MM との比較
 
@@ -87,11 +87,78 @@ MLIP バックエンドは `-b/--backend`（デフォルト: `uma`）で選択
 | 高レベル手法 | DFT、HF、post-HF | MLIP（UMA, ORB, MACE, AIMNet2） |
 | 低レベル手法 | OpenMM / Amber | hessian_ff（C++ ネイティブ拡張） |
 | リンク原子 | 通常必要 | 共有結合境界で自動生成 |
-| 静電埋め込み | 一般的 | デフォルトでは不使用（ONIOM 減算による機械的埋め込み）。`--embedcharge` で xTB ポイントチャージ埋め込みを有効化可能 |
+| 静電埋め込み | 一般的 | デフォルトでは不使用（ONIOM 減算による機械的埋め込み）。`--embedcharge` で xTB 点電荷埋め込みを有効化可能 |
 | 速度 | 低速（QM がボトルネック） | 高速（GPU 上の ML 推論） |
 
 ---
 
+## リンクアトム
+
+ML/MM 境界で共有結合が切断される場合、モデル（ML）系のダングリングボンドをキャップするために**リンク水素原子**が挿入されます。`--link-atom-method` で配置方式を選択できます:
+
+| 方式 | 配置 | ヤコビアン |
+|------|------|-----------|
+| **scaled** (g-factor) | `r_L = r_QM + g·(r_MM − r_QM)`, `g = (CR_QM + CR_H)/(CR_QM + CR_MM)` | 定数: `[(1−g)I₃; gI₃]` |
+| **fixed** | `r_L = r_QM + d·û`, `d` = 1.09 Å (C) / 1.01 Å (N), `û` = MM方向の単位ベクトル | 座標依存; B行列補正が必要 |
+
+デフォルトは **scaled**（Morokuma–Dapprich g-factor法）で、Gaussian ONIOM と同じ方式です。リンクアトムの位置が QM–MM 距離に線形に比例し、滑らかな PES と定数ヤコビアンを生み出します（二次微分補正不要）。**fixed** 方式は QM–MM 距離に依存せず一定の距離でリンク水素を配置します。
+
+リンクアトムに作用する力はヤコビアンを介して QM/MM 親原子に再分配されます:
+
+```
+F_QM += (1−g) · F_link    (scaled の場合)
+F_MM += g · F_link
+```
+
+ヘシアンにも同様の変換が適用されます: `H_再分配 = Jᵀ H_link J`。
+
+---
+
+## マイクロイテレーション
+
+可動 MM 原子が多い系では、全座標の同時最適化は高コストです。高レベル（MLIP）の勾配が毎ステップ必要なため、MM 環境の緩和中も不必要な MLIP 計算が発生します。
+
+**マイクロイテレーション**（Gaussian 16 方式）は最適化をマクロ/マイクロステップに分割します:
+
+```
+収束するまで繰り返す:
+    マクロステップ — ML原子 + リンクアトムMM親原子を1 RFOステップ（全ONIOM力）
+    マイクロステップ — 残りのMM原子をL-BFGSで緩和（MM力のみ）
+```
+
+| | マクロステップ | マイクロステップ |
+|---|---|---|
+| **Calculator** | 全 ONIOM (`E_MM_real + E_ML − E_MM_model`) | MM 力場のみ (`E_MM_real`) |
+| **最適化座標** | ML原子 + リンクアトムMM親原子 | 可動MM（リンクアトムMM親を除く） |
+| **オプティマイザー** | RFO（陽的ヘシアン、BFGS更新） | L-BFGS（ヘシアン不要、毎回初期化） |
+| **収束判定** | `--thresh`（デフォルト: `gau`） | `--micro-thresh`（デフォルト: `--thresh` と同じ） |
+
+### リンクアトム MM 親原子をマクロステップに含める理由
+
+scaled (g-factor) 法では `r_L = (1−g)·r_QM + g·r_MM` により、リンクアトムの位置が QM と MM 両方の親原子に結合しています。マイクロステップで MM 親原子が（ML 寄与なしの MM 力のみで）移動すると、次のマクロステップでリンク H の位置がずれ、ML エネルギー面に不連続が生じてエネルギーが振動します。MM 親原子をマイクロステップで凍結し、マクロステップで ML と一緒に動かすことで、この結合の不整合を解消します。
+
+### 収束判定基準
+
+pysisyphus は複数のプリセット閾値を提供します（単位: 力は Hartree/Bohr、ステップは Bohr）:
+
+| プリセット | max(force) | rms(force) | max(step) | rms(step) |
+|-----------|-----------|-----------|----------|----------|
+| `gau_loose` | 2.5×10⁻³ | 1.7×10⁻³ | 1.0×10⁻² | 6.7×10⁻³ |
+| `gau` | 4.5×10⁻⁴ | 3.0×10⁻⁴ | 1.8×10⁻³ | 1.2×10⁻³ |
+| `gau_tight` | 1.5×10⁻⁵ | 1.0×10⁻⁵ | 6.0×10⁻⁵ | 4.0×10⁻⁵ |
+| `baker` | 3.0×10⁻⁴ | 2.0×10⁻⁴ | 3.0×10⁻⁴ | 2.0×10⁻⁴ |
+
+勾配基準が `overachieve_factor`（デフォルト 3）倍を超えて達成された場合、ステップ基準にかかわらず収束と判定されます。
+
+マイクロイテレーションは `--microiter` で有効化します（`--opt-mode hess` 時のデフォルト）:
+
+```bash
+mlmm opt -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 --opt-mode hess --microiter
+mlmm opt -i layered.pdb --parm system.parm7 -q 0 --opt-mode hess --no-microiter  # 無効化
+```
+
+---
+
 ## hessian_ff: MM エンジン
 
 `hessian_ff` は Amber 力場パラメータ（parm7）をベースとした C++ ネイティブ拡張の力場計算エンジンです。主な特徴:
@@ -218,7 +285,7 @@ mlmm -i ts_guess.pdb -c 'SAM,GPP' --tsopt
 ### 主要サブコマンド
 | サブコマンド | 用途 | ドキュメント |
 |------------|------|-------------|
-| `all` | end-to-endワークフロー | [all.md](all.md) |
+| `all` | 一気通貫ワークフロー | [all.md](all.md) |
 | `extract` | ポケット抽出 | [extract.md](extract.md) |
 | `mm-parm` | Amber トポロジー構築 | [mm_parm.md](mm_parm.md) |
 | `define-layer` | 3 層 ML/MM 領域定義 | [define_layer.md](define_layer.md) |

{mlmm_toolkit-0.2.4.dev0 → mlmm_toolkit-0.2.5}/docs/ja/define_layer.md

@@ -73,4 +73,4 @@ mlmm define-layer -i system.pdb --model-pdb ml_region.pdb \
 
 - [mm_parm](mm_parm.md) -- レイヤー定義前に AMBER トポロジー（parm7/rst7）を構築
 - [opt](opt.md) -- レイヤー化されたシステムを使用した単一構造最適化
-- [all](all.md) -- 自動レイヤー定義を含むend-to-endワークフロー
+- [all](all.md) -- 自動レイヤー定義を含む一気通貫ワークフロー