masster 0.5.4__tar.gz → 0.5.6__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.

Potentially problematic release.


This version of masster might be problematic. Click here for more details.

Files changed (95) hide show
  1. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/PKG-INFO +1 -1
  2. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/pyproject.toml +1 -1
  3. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/_version.py +1 -1
  4. masster-0.5.6/src/masster/data/libs/hilic.csv +4812 -0
  5. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/adducts.py +1 -1
  6. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/helpers.py +17 -1
  7. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/plot.py +114 -22
  8. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/sample.py +6 -3
  9. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/save.py +61 -2
  10. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/spectrum.py +5 -2
  11. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/helpers.py +2 -2
  12. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/plot.py +144 -47
  13. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/processing.py +0 -3
  14. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/wizard/wizard.py +13 -24
  15. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/uv.lock +1 -1
  16. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/.github/workflows/publish.yml +0 -0
  17. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/.github/workflows/security.yml +0 -0
  18. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/.github/workflows/test.yml +0 -0
  19. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/.gitignore +0 -0
  20. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/.pre-commit-config.yaml +0 -0
  21. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/LICENSE +0 -0
  22. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/Makefile +0 -0
  23. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/README.md +0 -0
  24. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/TESTING.md +0 -0
  25. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/demo/example_batch_process.py +0 -0
  26. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/demo/example_sample_process.py +0 -0
  27. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/__init__.py +0 -0
  28. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/chromatogram.py +0 -0
  29. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/dda/20250530_VH_IQX_KW_RP_HSST3_100mm_12min_pos_v4_DDA_OT_C-MiLUT_QC_dil2_01_20250602151849.sample5 +0 -0
  30. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/dda/20250530_VH_IQX_KW_RP_HSST3_100mm_12min_pos_v4_DDA_OT_C-MiLUT_QC_dil3_01_20250602150634.sample5 +0 -0
  31. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/dda/20250530_VH_IQX_KW_RP_HSST3_100mm_12min_pos_v4_MS1_C-MiLUT_C008_v6_r38_01.sample5 +0 -0
  32. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/dda/20250530_VH_IQX_KW_RP_HSST3_100mm_12min_pos_v4_MS1_C-MiLUT_C008_v7_r37_01.sample5 +0 -0
  33. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/dda/20250530_VH_IQX_KW_RP_HSST3_100mm_12min_pos_v4_MS1_C-MiLUT_C017_v5_r99_01.sample5 +0 -0
  34. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/libs/aa.csv +0 -0
  35. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/libs/ccm.csv +0 -0
  36. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/libs/urine.csv +0 -0
  37. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/wiff/2025_01_14_VW_7600_LpMx_DBS_CID_2min_TOP15_030msecMS1_005msecReac_CE35_DBS-ON_3.timeseries.data +0 -0
  38. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/wiff/2025_01_14_VW_7600_LpMx_DBS_CID_2min_TOP15_030msecMS1_005msecReac_CE35_DBS-ON_3.wiff +0 -0
  39. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/wiff/2025_01_14_VW_7600_LpMx_DBS_CID_2min_TOP15_030msecMS1_005msecReac_CE35_DBS-ON_3.wiff.scan +0 -0
  40. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/data/wiff/2025_01_14_VW_7600_LpMx_DBS_CID_2min_TOP15_030msecMS1_005msecReac_CE35_DBS-ON_3.wiff2 +0 -0
  41. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/lib/__init__.py +0 -0
  42. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/lib/lib.py +0 -0
  43. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/logger.py +0 -0
  44. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/__init__.py +0 -0
  45. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/defaults/__init__.py +0 -0
  46. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/defaults/find_adducts_def.py +0 -0
  47. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/defaults/find_features_def.py +0 -0
  48. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/defaults/find_ms2_def.py +0 -0
  49. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/defaults/get_spectrum_def.py +0 -0
  50. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/defaults/sample_def.py +0 -0
  51. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/h5.py +0 -0
  52. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/lib.py +0 -0
  53. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/load.py +0 -0
  54. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/parameters.py +0 -0
  55. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/processing.py +0 -0
  56. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/quant.py +0 -0
  57. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/sample5_schema.json +0 -0
  58. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/sample/sciex.py +0 -0
  59. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/__init__.py +0 -0
  60. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/analysis.py +0 -0
  61. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/__init__.py +0 -0
  62. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/align_def.py +0 -0
  63. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/export_def.py +0 -0
  64. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/fill_def.py +0 -0
  65. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/find_consensus_def.py +0 -0
  66. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/find_ms2_def.py +0 -0
  67. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/identify_def.py +0 -0
  68. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/integrate_chrom_def.py +0 -0
  69. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/integrate_def.py +0 -0
  70. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/merge_def.py +0 -0
  71. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/defaults/study_def.py +0 -0
  72. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/export.py +0 -0
  73. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/h5.py +0 -0
  74. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/id.py +0 -0
  75. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/load.py +0 -0
  76. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/merge.py +0 -0
  77. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/parameters.py +0 -0
  78. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/save.py +0 -0
  79. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/study.py +0 -0
  80. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/study/study5_schema.json +0 -0
  81. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/wizard/README.md +0 -0
  82. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/wizard/__init__.py +0 -0
  83. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/src/masster/wizard/example.py +0 -0
  84. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/conftest.py +0 -0
  85. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_chromatogram.py +0 -0
  86. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_defaults.py +0 -0
  87. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_imports.py +0 -0
  88. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_integration.py +0 -0
  89. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_logger.py +0 -0
  90. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_parameters.py +0 -0
  91. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_sample.py +0 -0
  92. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_spectrum.py +0 -0
  93. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_study.py +0 -0
  94. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tests/test_version.py +0 -0
  95. {masster-0.5.4 → masster-0.5.6}/tox.ini +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: masster
3
- Version: 0.5.4
3
+ Version: 0.5.6
4
4
  Summary: Mass spectrometry data analysis package
5
5
  Project-URL: homepage, https://github.com/zamboni-lab/masster
6
6
  Project-URL: repository, https://github.com/zamboni-lab/masster
@@ -1,7 +1,7 @@
1
1
 
2
2
  [project]
3
3
  name = "masster"
4
- version = "0.5.4"
4
+ version = "0.5.6"
5
5
  description = "Mass spectrometry data analysis package"
6
6
  authors = [
7
7
  { name = "Zamboni Lab" }
@@ -1,7 +1,7 @@
1
1
  from __future__ import annotations
2
2
 
3
3
 
4
- __version__ = "0.5.5"
4
+ __version__ = "0.5.6"
5
5
 
6
6
 
7
7
  def get_version():