lunagen 0.1.0__tar.gz

lunagen-0.1.0/LICENSE

@@ -0,0 +1,21 @@
+MIT License
+
+Copyright (c) 2026 Metzli-Aislinn Alvarez-Molotla
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.

lunagen-0.1.0/MANIFEST.in

@@ -0,0 +1,4 @@
+include README.md LICENSE
+recursive-include docs *.md
+recursive-include examples *.py *.json
+recursive-include tests *.py

lunagen-0.1.0/PKG-INFO

@@ -0,0 +1,101 @@
+Metadata-Version: 2.1
+Name: lunagen
+Version: 0.1.0
+Summary: Simulación de cultivos basada en agentes: configurable, optimizable y con visualización en vivo.
+Author-email: Metzli-Aislinn Alvarez-Molotla <metzli.alvarez23ibi@nube.unadmexico.mx>
+License: MIT
+Project-URL: Homepage, https://satsh.org/lunagen/
+Project-URL: Documentation, https://satsh.org/lunagen/
+Keywords: simulación,simulation,agent-based,basada en agentes,bioprocess,bioprocesos,optimización,optimization,celulosa bacteriana,bacterial cellulose,Komagataeibacter xylinus,cultivo,fermentación
+Classifier: Development Status :: 3 - Alpha
+Classifier: Intended Audience :: Science/Research
+Classifier: Intended Audience :: Education
+Classifier: License :: OSI Approved :: MIT License
+Classifier: Natural Language :: Spanish
+Classifier: Operating System :: OS Independent
+Classifier: Programming Language :: Python :: 3
+Classifier: Programming Language :: Python :: 3 :: Only
+Classifier: Topic :: Scientific/Engineering
+Classifier: Topic :: Scientific/Engineering :: Bio-Informatics
+Classifier: Topic :: Scientific/Engineering :: Visualization
+Requires-Python: >=3.9
+Description-Content-Type: text/markdown
+Provides-Extra: all
+Provides-Extra: viz
+License-File: LICENSE
+
+# lunagen
+
+**Simulación de cultivos basada en agentes: configurable, optimizable y con visualización en vivo.**
+
+`lunagen` simula poblaciones de células una por una (metabolismo, crecimiento, división, muerte y
+producción de uno o varios compuestos) y busca las condiciones de cultivo que maximizan lo que te
+interese: celulosa bacteriana, etanol, otra biomasa, tiempo de vida, velocidad de reproducción…
+
+El motor no sabe nada de ningún organismo concreto: **todo lo específico se declara** (variables,
+respuestas al entorno, productos, qué medir). Incluye un preset de *Komagataeibacter xylinus*
+(celulosa bacteriana) y se pueden describir organismos nuevos en unas decenas de líneas.
+
+## Instalación
+
+```bash
+pip install lunagen                 # núcleo (solo requiere numpy)
+pip install "lunagen[viz]"          # + ventana en vivo (pygame y scipy)
+```
+
+También se puede instalar desde el archivo `.whl`:
+
+```bash
+pip install lunagen-0.1.0-py3-none-any.whl
+```
+
+## Inicio rápido
+
+```python
+import lunagen as lg
+
+if __name__ == "__main__":        # necesario si usas varios procesos (workers > 1)
+    organismo = lg.presets.komagataeibacter_xylinus()
+    estudio = lg.Study(organismo, objective="yield[cellulose]", workers=4)
+    resultado = estudio.optimize(samples=60, generations=8, population=16, viz=True)
+    print(resultado.best_conditions, resultado.best_value)
+```
+
+Imprime en consola todo lo que hace, anima cada simulación en una ventana (`viz=True`) y escribe
+`evaluations.csv`, `results.json` y `best_unity.xml` en la carpeta `output/`.
+
+## Qué puedes hacer con pocas líneas
+
+```python
+# Otra pregunta con el mismo organismo
+lg.Study(org, objective="mean_lifespan_h", space=["temperature_c", "ph"])      # tiempo de vida
+lg.Study(org, objective="doubling_time_h", direction="min")                    # reproducción
+lg.Study(org, objective={"yield[cellulose]": 1.0, "survival_fraction": 2.0},   # varios objetivos
+         constraints=[("final_population", ">=", 100)])                        # y restricciones
+
+# Operar solo con algunas variables
+lg.Study(org, space=["temperature_c", "ph"], fixed={"glucose_gl": 30})
+
+# Una métrica propia
+@lg.metric("viabilidad", unit="%")
+def viabilidad(result, cond, ctx):
+    return 100 * result.final_alive / max(1, result.peak_alive)
+
+# Sin escribir código: un archivo JSON
+lg.run("config.json")          # o en la terminal:  lunagen config.json
+```
+
+## Documentación
+
+La documentación completa en español (conceptos, referencia de la API, cómo describir un organismo
+nuevo, calibración, ventana en vivo, exportación y publicación) está en
+<https://satsh.org/lunagen/>.
+
+## Fiabilidad
+
+Las pruebas incluidas comparan la librería con el modelo original del que nació: con las mismas
+condiciones y semilla, los resultados son **idénticos bit a bit**. Ejecuta `python tests/test_regression.py`.
+
+## Licencia
+
+MIT (ver `LICENSE`).

lunagen-0.1.0/README.md

@@ -0,0 +1,75 @@
+# lunagen
+
+**Simulación de cultivos basada en agentes: configurable, optimizable y con visualización en vivo.**
+
+`lunagen` simula poblaciones de células una por una (metabolismo, crecimiento, división, muerte y
+producción de uno o varios compuestos) y busca las condiciones de cultivo que maximizan lo que te
+interese: celulosa bacteriana, etanol, otra biomasa, tiempo de vida, velocidad de reproducción…
+
+El motor no sabe nada de ningún organismo concreto: **todo lo específico se declara** (variables,
+respuestas al entorno, productos, qué medir). Incluye un preset de *Komagataeibacter xylinus*
+(celulosa bacteriana) y se pueden describir organismos nuevos en unas decenas de líneas.
+
+## Instalación
+
+```bash
+pip install lunagen                 # núcleo (solo requiere numpy)
+pip install "lunagen[viz]"          # + ventana en vivo (pygame y scipy)
+```
+
+También se puede instalar desde el archivo `.whl`:
+
+```bash
+pip install lunagen-0.1.0-py3-none-any.whl
+```
+
+## Inicio rápido
+
+```python
+import lunagen as lg
+
+if __name__ == "__main__":        # necesario si usas varios procesos (workers > 1)
+    organismo = lg.presets.komagataeibacter_xylinus()
+    estudio = lg.Study(organismo, objective="yield[cellulose]", workers=4)
+    resultado = estudio.optimize(samples=60, generations=8, population=16, viz=True)
+    print(resultado.best_conditions, resultado.best_value)
+```
+
+Imprime en consola todo lo que hace, anima cada simulación en una ventana (`viz=True`) y escribe
+`evaluations.csv`, `results.json` y `best_unity.xml` en la carpeta `output/`.
+
+## Qué puedes hacer con pocas líneas
+
+```python
+# Otra pregunta con el mismo organismo
+lg.Study(org, objective="mean_lifespan_h", space=["temperature_c", "ph"])      # tiempo de vida
+lg.Study(org, objective="doubling_time_h", direction="min")                    # reproducción
+lg.Study(org, objective={"yield[cellulose]": 1.0, "survival_fraction": 2.0},   # varios objetivos
+         constraints=[("final_population", ">=", 100)])                        # y restricciones
+
+# Operar solo con algunas variables
+lg.Study(org, space=["temperature_c", "ph"], fixed={"glucose_gl": 30})
+
+# Una métrica propia
+@lg.metric("viabilidad", unit="%")
+def viabilidad(result, cond, ctx):
+    return 100 * result.final_alive / max(1, result.peak_alive)
+
+# Sin escribir código: un archivo JSON
+lg.run("config.json")          # o en la terminal:  lunagen config.json
+```
+
+## Documentación
+
+La documentación completa en español (conceptos, referencia de la API, cómo describir un organismo
+nuevo, calibración, ventana en vivo, exportación y publicación) está en
+<https://satsh.org/lunagen/>.
+
+## Fiabilidad
+
+Las pruebas incluidas comparan la librería con el modelo original del que nació: con las mismas
+condiciones y semilla, los resultados son **idénticos bit a bit**. Ejecuta `python tests/test_regression.py`.
+
+## Licencia
+
+MIT (ver `LICENSE`).