labdata 0.1.18__tar.gz → 0.1.19__tar.gz

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
Files changed (62) hide show
  1. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/PKG-INFO +1 -1
  2. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/__init__.py +1 -1
  3. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/__init__.py +2 -1
  4. labdata-0.1.19/labdata/compute/pose.py +670 -0
  5. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/utils.py +10 -10
  6. labdata-0.1.19/labdata/dashboard/activity.py +680 -0
  7. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/drift.py +46 -30
  8. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/index.py +15 -3
  9. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/procedures.py +49 -60
  10. labdata-0.1.19/labdata/dashboard/segmentation.py +1374 -0
  11. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/sorting.py +20 -24
  12. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/video.py +409 -34
  13. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/writes.py +51 -14
  14. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/s3.py +120 -1
  15. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/general.py +144 -48
  16. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/video.py +336 -13
  17. labdata-0.1.19/labdata/stacks.py +771 -0
  18. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/utils.py +19 -0
  19. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata.egg-info/PKG-INFO +1 -1
  20. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata.egg-info/SOURCES.txt +1 -0
  21. labdata-0.1.18/labdata/compute/pose.py +0 -336
  22. labdata-0.1.18/labdata/dashboard/segmentation.py +0 -1014
  23. labdata-0.1.18/labdata/stacks.py +0 -303
  24. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/LICENSE +0 -0
  25. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/README.md +0 -0
  26. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/cli.py +0 -0
  27. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/caiman.py +0 -0
  28. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/ec2.py +0 -0
  29. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/ephys.py +0 -0
  30. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/schedulers.py +0 -0
  31. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/singularity.py +0 -0
  32. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/suite2p.py +0 -0
  33. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/copy.py +0 -0
  34. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/__init__.py +0 -0
  35. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/admin.py +0 -0
  36. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/ai_utils.py +0 -0
  37. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/compute.py +0 -0
  38. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/console.py +0 -0
  39. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/decisiontask.py +0 -0
  40. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/docstrings.py +0 -0
  41. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/notes.py +0 -0
  42. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/dashboard/schema_graph.py +0 -0
  43. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/export.py +0 -0
  44. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/rules/__init__.py +0 -0
  45. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/rules/ephys.py +0 -0
  46. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/rules/imaging.py +0 -0
  47. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/rules/utils.py +0 -0
  48. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/__init__.py +0 -0
  49. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/ephys.py +0 -0
  50. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/histology.py +0 -0
  51. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/onephoton.py +0 -0
  52. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/procedures.py +0 -0
  53. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/tasks.py +0 -0
  54. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/twophoton.py +0 -0
  55. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/schema/utils.py +0 -0
  56. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/widgets.py +0 -0
  57. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  58. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata.egg-info/entry_points.txt +0 -0
  59. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata.egg-info/requires.txt +0 -0
  60. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata.egg-info/top_level.txt +0 -0
  61. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/pyproject.toml +0 -0
  62. {labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/setup.cfg +0 -0
{labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: labdata
3
- Version: 0.1.18
3
+ Version: 0.1.19
4
4
  Summary: Package to manage data in experimental neuroscience labs
5
5
  Author-email: Joao Couto <jpcouto@gmail.com>
6
6
  Project-URL: Homepage, https://github.com/jcouto/labdata
{labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/__init__.py RENAMED
@@ -1,4 +1,4 @@
1
- VERSION = "0.1.18"
1
+ VERSION = "0.1.19"
2
2
 
3
3
  from .utils import *
4
4
  from .copy import copy_to_upload_server
{labdata-0.1.18 → labdata-0.1.19}/labdata/compute/__init__.py RENAMED
@@ -6,6 +6,7 @@ Tasks can be scheduled and run on dedicated containers using job schedulers.
6
6
  Available compute tasks:
7
7
  - SpksCompute: Spike sorting using Kilosort/Phy via SPKS
8
8
  - DeeplabcutCompute: Animal pose estimation using DeepLabCut
9
+ - LightningPoseCompute: Animal pose estimation using Lightning Pose
9
10
 
10
11
  Each compute task can be:
11
12
  - Scheduled to run on compute clusters via SLURM/PBS
@@ -24,6 +25,6 @@ The compute tasks handle:
24
25
  from .utils import *
25
26
  from .singularity import build_singularity_container
26
27
  from .ephys import SpksCompute
27
- from .pose import DeeplabcutCompute
28
+ from .pose import DeeplabcutCompute, LightningPoseCompute
28
29
  from .caiman import CaimanCompute
29
30
  from .suite2p import Suite2pCompute