ion-CSP 2.0.8__tar.gz → 2.1.2__tar.gz

ion_csp-2.1.2/.github/workflows/bump-version.yml

@@ -0,0 +1,28 @@
+name: Bump Version
+
+on:
+  workflow_dispatch:
+    inputs:
+      version_type:
+        description: "Version Type"
+        required: true
+        default: "patch"
+        type: choice
+        options: ["patch", "minor", "major"]
+
+jobs:
+  bump:
+    runs-on: ubuntu-latest
+    steps:
+      - uses: actions/checkout@v4
+      - uses: actions/setup-python@v5
+        with:
+          python-version: "3.11"
+      - name: Install bumpversion
+        run: pip install bumpversion
+      - name: Update version
+        run: |
+          bumpversion ${{ github.event.inputs.version_type }}
+          git config --global user.name "GitHub Actions"
+          git config --global user.email "actions@github.com"
+          git push --follow-tags

ion_csp-2.0.8/.github/workflows/python-package-conda.yml → ion_csp-2.1.2/.github/workflows/conda-env-build.yml

@@ -1,12 +1,15 @@
-name: Python Package using Conda
+name: Conda Environment Build
 
-on: [push]
+on: [push, pull_request]
 
 jobs:
   build-linux:
     runs-on: ubuntu-latest
     strategy:
       max-parallel: 5
+    permissions: 
+      contents: read
+      pull-requests: write
 
     steps:
     - uses: actions/checkout@v4
@@ -34,14 +37,8 @@ jobs:
     - name: Build package
       run: |
         conda run --name ion-csp-env python -m build
-
-    - name: Lint with flake8
-      run: |
-        conda run --name ion-csp-env conda install -y flake8
-        flake8 . --count --select=E9,F63,F7,F82 --show-source --statistics
-        flake8 . --count --exit-zero --max-complexity=10 --max-line-length=127 --statistics
-        
+        conda run --name ion-csp-env pip install -e .
+  
     - name: Test with pytest
       run: |
-        conda run --name ion-csp-env conda install -y pytest
-        pytest
+        conda run --name ion-csp-env pytest

ion_csp-2.0.8/.github/workflows/python-publish.yml → ion_csp-2.1.2/.github/workflows/pypi-publish.yml

@@ -28,8 +28,7 @@ jobs:
 
       - name: Build release distributions
         env:
-          TWINE_USERNAME: ${{ secrets.PYPI_USERNAME }}
-          TWINE_PASSWORD: ${{ secrets.PYPI_PASSWORD }}
+          TWINE_API_TOKEN: ${{ secrets.PYPI_API_TOKEN }}
         run: |
           # NOTE: put your own distribution build steps here.
           python -m pip install build
@@ -54,7 +53,7 @@ jobs:
     environment:
       name: pypi
       # OPTIONAL: uncomment and update to include your PyPI project URL in the deployment status:
-      # url: https://pypi.org/p/YOURPROJECT
+      url: https://pypi.org/project/ion-CSP
       #
       # ALTERNATIVE: if your GitHub Release name is the PyPI project version string
       # ALTERNATIVE: exactly, uncomment the following line instead:
@@ -71,3 +70,6 @@ jobs:
         uses: pypa/gh-action-pypi-publish@release/v1
         with:
           packages-dir: dist/
+          repository-url: https://upload.pypi.org/legacy/
+          password: ${{ secrets.PYPI_API_TOKEN}}
+          skip-existing: true

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/.gitignore

@@ -15,7 +15,6 @@ __pycache__/
 *results*
 *test/
 *outputs/
-example_*/
 data/
 POSCAR_*
 ori_POSCAR_*
@@ -31,6 +30,11 @@ OUTCAR_*
 slurm-*.out
 server_config
 *.yaml
+!simple_config.yaml
+!complete_config.yaml
+!examples/server/*
+!examples/example_1/*
+!examples/example_2/*
 model_ori.pt
 logs/*
 dist/*

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/MANIFEST.in

@@ -1,2 +1,3 @@
 include README.md
 include LICENSE
+include src/run/*.py

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/PKG-INFO

@@ -1,12 +1,12 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: ion_CSP
-Version: 2.0.8
+Version: 2.1.2
 Summary: Crystal Structure Design Software Based on Molecular/Ionic Configuration.
 Home-page: https://github.com/bagabaga007/ion_CSP
 Author: Ze Yang
 Author-email: Ze Yang <yangze1995007@163.com>
-License-Expression: MIT
-Keywords: ion_crystal, crystal_structure_prediction
+License: MIT
+Keywords: Ion_Crystal, Crystal_Structure_Prediction
 Classifier: Programming Language :: Python :: 3
 Classifier: Operating System :: OS Independent
 Requires-Python: >=3.11
@@ -27,10 +27,10 @@ Dynamic: home-page
 Dynamic: license-file
 Dynamic: requires-python
 
-# Crystal Structure Design Software V2.0
+# Crystal Structure Design Software V2.1
 
 ## 项目概述
-基于分子/离子构型的晶体结构设计软件通过结合经验公式、机器学习势函数微调、第一性原理分步优化和分子/离子识别技术，实现了从分子/离子构型出发的高效晶体结构筛选。该软件采用模块化设计，支持全流程自动化材料筛选，在保证预测精度的同时显著提升计算效率。
+基于分子/离子构型的晶体结构设计软件通过结合经验公式、机器学习势函数微调、第一性原理分步优化和分子/离子识别技术，实现了从分子/离子构型出发的高效晶体结构设计。该软件采用模块化设计，支持全流程自动化材料筛选，在保证预测精度的同时显著提升计算效率。
 
 ## 功能特性
 ### 核心功能
@@ -76,7 +76,9 @@ python -m venv venv
 source venv/bin/activate  # Linux/Mac
 
 # 安装依赖
-pip install ion-csp
+git clone https://github.com/Bagabaga007/ion_CSP.git
+cd ion_CSP
+pip install -e .
 ```
 
 ## 快速入门
@@ -127,15 +129,15 @@ graph TD
 
 ## 技术支持
 - **文档更新**：2025年5月
-- **最新版本**：v2.0.4
+- **最新版本**：v2.1.0
 - **问题追踪**：https://github.com/bagabaga007/ion_CSP/issues
 
 ---
 
-# Crystal Structure Design Software V2.0
+# Crystal Structure Design Software V2.1
 
 ## Project Overview
-This software enables efficient crystal structure screening from molecular/ion configurations by integrating empirical formulas, tuned machine learning potentials, stepwise first-principles optimization, and molecular/ion recognition techniques. The modular architecture ensures extensibility and maintainability while maintaining prediction accuracy.
+This software enables efficient crystal structure design from molecular/ion configurations by integrating empirical formulas, tuned machine learning potentials, stepwise first-principles optimization, and molecular/ion recognition techniques. The modular architecture ensures extensibility and maintainability while maintaining prediction accuracy.
 
 ## Key Features
 ### Core Functionalities
@@ -181,7 +183,9 @@ python -m venv venv
 source venv/bin/activate  # Linux/Mac
 
 # Install dependencies
-pip install ion-csp
+git clone https://github.com/Bagabaga007/ion_CSP.git
+cd ion_CSP
+pip install -e .
 ```
 
 ## Quick Start
@@ -232,5 +236,5 @@ MIT License, see LICENSE file.
 
 ## Support
 - Documentation last updated: May 2025
-- Latest version: v2.0.4
+- Latest version: v2.1.0
 - Issue tracker: https://github.com/bagabaga007/ion_CSP/issues

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/README.md

@@ -1,7 +1,7 @@
-# Crystal Structure Design Software V2.0
+# Crystal Structure Design Software V2.1
 
 ## 项目概述
-基于分子/离子构型的晶体结构设计软件通过结合经验公式、机器学习势函数微调、第一性原理分步优化和分子/离子识别技术，实现了从分子/离子构型出发的高效晶体结构筛选。该软件采用模块化设计，支持全流程自动化材料筛选，在保证预测精度的同时显著提升计算效率。
+基于分子/离子构型的晶体结构设计软件通过结合经验公式、机器学习势函数微调、第一性原理分步优化和分子/离子识别技术，实现了从分子/离子构型出发的高效晶体结构设计。该软件采用模块化设计，支持全流程自动化材料筛选，在保证预测精度的同时显著提升计算效率。
 
 ## 功能特性
 ### 核心功能
@@ -47,7 +47,9 @@ python -m venv venv
 source venv/bin/activate  # Linux/Mac
 
 # 安装依赖
-pip install ion-csp
+git clone https://github.com/Bagabaga007/ion_CSP.git
+cd ion_CSP
+pip install -e .
 ```
 
 ## 快速入门
@@ -98,15 +100,15 @@ graph TD
 
 ## 技术支持
 - **文档更新**：2025年5月
-- **最新版本**：v2.0.4
+- **最新版本**：v2.1.0
 - **问题追踪**：https://github.com/bagabaga007/ion_CSP/issues
 
 ---
 
-# Crystal Structure Design Software V2.0
+# Crystal Structure Design Software V2.1
 
 ## Project Overview
-This software enables efficient crystal structure screening from molecular/ion configurations by integrating empirical formulas, tuned machine learning potentials, stepwise first-principles optimization, and molecular/ion recognition techniques. The modular architecture ensures extensibility and maintainability while maintaining prediction accuracy.
+This software enables efficient crystal structure design from molecular/ion configurations by integrating empirical formulas, tuned machine learning potentials, stepwise first-principles optimization, and molecular/ion recognition techniques. The modular architecture ensures extensibility and maintainability while maintaining prediction accuracy.
 
 ## Key Features
 ### Core Functionalities
@@ -152,7 +154,9 @@ python -m venv venv
 source venv/bin/activate  # Linux/Mac
 
 # Install dependencies
-pip install ion-csp
+git clone https://github.com/Bagabaga007/ion_CSP.git
+cd ion_CSP
+pip install -e .
 ```
 
 ## Quick Start
@@ -203,5 +207,5 @@ MIT License, see LICENSE file.
 
 ## Support
 - Documentation last updated: May 2025
-- Latest version: v2.0.4
+- Latest version: v2.1.0
 - Issue tracker: https://github.com/bagabaga007/ion_CSP/issues

ion_csp-2.1.2/config/complete_config.yaml

@@ -0,0 +1,38 @@
+convert_SMILES:
+  csv_file: 'ions.csv'          # 离子数据集csv文件名
+  screen: True                  # 是否要额外进行筛选
+  charge_screen: -1             # 对于电荷的筛选
+  group_screen: '[N+](=O)[O-]'  # 对于官能团SMILES码的筛选
+  group_screen_invert: False    # 对官能团的反选与否，默认为否
+  group_name: 'nitro'           # 自定义官能团的名字
+  machine: '/your/cpu/machine/config/path'       # 进行Gaussian优化计算的机器参数
+  resources: '/your/cpu/resources/config/path'   # 进行Gaussian优化计算的资源参数
+  nodes: 2                                       # 占用CPU节点数
+  
+empirical_estimate:
+  folders: ['charge_-1', 'charge_2']  # 工作目录下存放各离子的文件夹名
+  ratios: [2, 1]               # 要用于经验公式预测密度的离子配比
+  sort_by: 'density'           # 对离子组合的排序依据，目前只有密度（density）与氮含量（nitrogen）
+  make_combo_dir: True         # 是否根据密度排序生成对应组合文件夹（包含gjf文件）
+  target_dir: '../2_density_combos'     # 生成组合文件夹的目标目录
+  num_combos: 50              # 要生成文件夹的组合个数
+  ion_numbers: [4, 2]          # 在对应的文件夹中生成config.yaml中的gen_opt所需的参数
+  update: True                 # 默认每次运行都会更新组合文件夹
+
+gen_opt:
+  num_per_group: 10                             # 每个空间群要生成的晶体结构数量
+  space_groups_limit: 15                         # 空间群搜索的限制
+  machine: '/your/gpu/machine/config/path'       # 进行机器学习势优化计算的机器参数，建议GPU
+  resources: '/your/gpu/resources/config/path'   # 进行机器学习势优化计算的资源参数
+  nodes: 1  # 占用GPU节点数
+
+read_mlp_density:
+  n_screen: 2            # 筛选机器学习势优化后密度最大的n个CONTCAR与对应的OUTCAR
+  molecules_screen: True  # 是否排除离子改变的晶体结构
+  detail_log: False       # 是否额外生成详细的筛选日志文件
+
+vasp_processing:
+  machine: '/your/cpu/machine/config/path'       # 进行VASP分步优化计算的机器参数
+  resources: '/your/cpu/resources/config/path'   # 进行VASP分步优化计算的资源参数
+  nodes: 2                                       # 占用CPU节点数
+  molecules_prior: True                          # 是否检查离子晶体结构中所有离子的结构

ion_csp-2.1.2/config/simple_config.yaml

@@ -0,0 +1,21 @@
+convert_SMILES:
+  csv_file: 'ions.csv'         # 离子数据集csv文件名
+  machine: '/your/cpu/machine/config/path'       # 进行Gaussian优化计算的机器参数
+  resources: '/your/cpu/resources/config/path'   # 进行Gaussian优化计算的资源参数
+  nodes: 2                                       # 占用CPU节点数
+  
+empirical_estimate:
+  folders: ['charge_-1', 'charge_2']  # 工作目录下存放各离子的文件夹名
+  ratios: [2, 1]               # 要用于经验公式预测密度的离子配比
+  sort_by: 'nitrogen'          # 对离子组合的排序依据，目前只有密度（density）与氮含量（nitrogen）
+  ion_numbers: [4, 2]          # 在对应的文件夹中生成config.yaml中的gen_opt所需的参数
+
+gen_opt:
+  machine: '/your/gpu/machine/config/path'       # 进行机器学习势优化计算的机器参数，建议GPU
+  resources: '/your/gpu/resources/config/path'   # 进行机器学习势优化计算的资源参数
+  nodes: 1                                       # 占用GPU节点数
+
+vasp_processing:
+  machine: '/your/cpu/machine/config/path'       # 进行VASP分步优化计算的机器参数
+  resources: '/your/cpu/resources/config/path'   # 进行VASP分步优化计算的资源参数
+  nodes: 2                                       # 占用CPU节点数

ion_csp-2.1.2/config/usage.md

@@ -0,0 +1,11 @@
+## 模板配置文件使用
+
+- 在项目根目录下的config文件夹中存放有complete_config.yaml与simple_config.yaml两个模板配置文件，分别为完整版的参数配置与最简的参数配置。
+
+- 在实际使用时，根据自己的计算集群信息修改后，需要把文件名重命名为config.yaml再放到所需的工作路径下。
+
+## Template configuration file usage
+
+- In the config folder under the root directory of the project, there are two template configuration files, complete_config.yaml and simple_config. yaml, which are the complete version of parameter configuration and the simplest parameter configuration, respectively.
+
+- In practical use, after modifying the computing cluster information based on oneself, it is necessary to rename the file name to 'config.yaml' and place it in the desired working path.

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/docs/example_usage_CSP.py

@@ -22,6 +22,7 @@ DEFAULT_CONFIG = {
         "target_dir": "",  # 默认目标目录
         "num_combos": 100,  # 默认组合数量
         "ion_numbers": [],  # 默认离子数量
+        "update": True,  # 默认每次运行都会更新组合文件夹
     },
     "gen_opt": {
         "num_per_group": 500,  # 每个空间群要生成的晶体结构数量

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/environment.yml

@@ -13,7 +13,7 @@ dependencies:
   - paramiko=3.5.1
   - pyxtal=1.0.4
   - phonopy=2.28.0
-  - rdkit=2023.03.3
+  - rdkit=2024.03.3
   - pip:
     - torch==2.5.0
     - deepmd-kit==3.0.1

ion_csp-2.1.2/examples/example_1/config.yaml

@@ -0,0 +1,35 @@
+convert_SMILES:
+  csv_file: 'ions.csv'          # 离子数据集csv文件名
+  screen: True                  # 是否要额外进行筛选
+  charge_screen: -1             # 对于电荷的筛选
+  group_screen: '[N+](=O)[O-]'  # 对于官能团SMILES码的筛选
+  group_screen_invert: False    # 对官能团的反选与否，默认为否
+  group_name: 'nitro'           # 自定义官能团的名字
+  machine: '/workplace/yz/ion_CSP/server_config/JLU_184/JLU_184_machine.yaml'       # 进行Gaussian优化计算的机器参数
+  resources: '/workplace/yz/ion_CSP/server_config/JLU_184/JLU_184_resources.yaml'   # 进行Gaussian优化计算的资源参数
+  nodes: 2                                       # 占用CPU节点数
+
+empirical_estimate:
+  folders: ['charge_2', 'charge_-1']        # 工作目录下存放各离子的文件夹名
+  ratios: [1, 2]                            # 要用于经验公式预测密度的离子配比
+  make_combo_dir: True                      # 是否根据密度排序生成对应组合文件夹（包含gjf文件）
+  num_combos: 20                            # 要生成文件夹的组合个数
+  ion_numbers: [2, 4]                            # 各离子在晶体中的数量
+
+gen_opt:
+  num_per_group: 10                             # 每个空间群要生成的晶体结构数量
+  space_groups_limit: 15                         # 空间群搜索的限制
+  machine: '/workplace/yz/ion_CSP/server_config/6001_local/6001_local_machine.yaml'       # 进行机器学习势优化计算的机器参数，建议GPU
+  resources: '/workplace/yz/ion_CSP/server_config/6001_local/6001_local_resources.yaml'   # 进行机器学习势优化计算的资源参数
+  nodes: 1  # 占用GPU节点数
+
+read_mlp_density:
+  n_screen: 2            # 筛选机器学习势优化后密度最大的n个CONTCAR与对应的OUTCAR
+  molecules_screen: True  # 是否排除离子改变的晶体结构
+  detail_log: False       # 是否额外生成详细的筛选日志文件
+
+vasp_processing:
+  machine: '/workplace/yz/ion_CSP/server_config/JLU_184/JLU_184_machine.yaml'       # 进行VASP分步优化计算的机器参数
+  resources: '/workplace/yz/ion_CSP/server_config/JLU_184/JLU_184_resources.yaml'   # 进行VASP分步优化计算的资源参数
+  nodes: 2                                       # 占用CPU节点数
+  molecules_prior: True                          # 是否检查离子晶体结构中所有离子的结构

ion_csp-2.1.2/examples/example_1/ions.csv

@@ -0,0 +1,8 @@
+SMILES,Refcode,Charge
+[NH3+]CC(=O)NCC(=O)NCCCNC(=O)CNC(=O)C[NH3+],ACEGUL,2
+[NH3+]CC(=O)NCC(=O)NCCCCNC(=O)CNC(=O)C[NH3+],ACEHAS,2
+Nc1cc[nH]c(=O)[nH+]1,ACITEM,1
+[NH3+]C1(C(=O)O)CCCC1,ACPABR,1
+O=C([O-])C(O)C(O)C(=O)O,ACTART11,-1
+COC(=O)c1nn[nH]c1[C-]([N+](=O)[O-])[N+](=O)[O-],AGIDOM,-1
+O=C([O-])c1[nH]nnc1[C-]([N+](=O)[O-])[N+](=O)[O-],AGIDUS,-2

ion_csp-2.1.2/examples/server/example_local_machine.yaml

@@ -0,0 +1,13 @@
+# （必须）批处理作业系统类型。选项：LSF、Bohrium、DistributedShell、JH_UniScheduler、Slurm、Fugaku、SGE、Torque、OpenAPI、PBS、Shell、SlurmJobArray
+batch_type: "Shell"
+# （必须）任务和相关文件所在的目录。通常是项目目录。
+local_root: "./"
+# （必须）在远程计算机上执行任务的目录，且必须是绝对路径。只有当上下文不是lazy-local时才需要。
+remote_root: "/your/remote/workplace"
+# （必须）用于远程机器的连接。可能的选择：LazyLocalContext、BohriumContext、OpenAPIContext、SSHContext、HDFS Context、LocalContext
+context_type: "LocalContext"
+# （必须）用于保持本地计算机的信息。
+remote_profile: 
+  # 是否使用符号链接替换副本。如果批处理系统上无法访问本地目录，则应关闭此选项。
+  symlink: false
+

ion_csp-2.1.2/examples/server/example_local_resources.yaml

@@ -0,0 +1,11 @@
+# （必须）每个作业所需的节点数。
+number_node: 1
+# （必须）分配给每个作业的每个节点的CPU数量。
+cpu_per_node: 6
+# （必须）分配给每个作业的每个节点的GPU数量。
+gpu_per_node: 1
+# （必须）每个作业中的任务数。0表示无穷大。
+group_size: 1
+# （可选）批处理作业调度系统的队列名称。
+queue_name: "local"
+

ion_csp-2.1.2/examples/server/example_remote_machine.yaml

@@ -0,0 +1,28 @@
+# （必须）批处理作业系统类型。选项：LSF、Bohrium、DistributedShell、JH_UniScheduler、Slurm、Fugaku、SGE、Torque、OpenAPI、PBS、Shell、SlurmJobArray
+batch_type: "LSF"
+# （必须）任务和相关文件所在的目录。通常是项目目录。
+local_root: "./"
+# （必须）在远程计算机上执行任务的目录，且必须是绝对路径。当上下文不是lazy-local时就需要。
+remote_root: "/your/remote/workplace"
+# （必须）用于远程机器的连接。可能的选择：LazyLocalContext、BohriumContext、OpenAPIContext、SSHContext、HDFS Context、LocalContext
+context_type: "SSHContext"
+# 用于保持与远程计算机连接的信息。
+remote_profile:
+  # （必须）ssh连接的主机名或ip。
+  hostname: "202.198.21.184"
+  # （必须）目标linux系统的用户名。
+  username: "your_username"
+  # （可选，新版本已弃用）linux系统的密码。建议改用SSH密钥以提高安全性。
+  password: "your_password"
+  # （可选，默认为22）ssh连接端口。
+  port: 22
+  # （可选，默认为True）是否启用在~/.ssh/中搜索可发现的私钥文件，如果使用密码登录则应设False。
+  look_for_keys: False
+  # （可选，默认为22）ssh连接使用的密钥文件名。如果保留为None，请在~/.ssh中查找密钥或使用密码登录。
+  key_filename: "~/.ssh/id_rsa"
+  # （可选，默认为10）ssh连接超时限制。
+  timeout: 10
+  # （可选，默认为None）ssh连接建立后执行的命令。
+  execute_command: "pwd"
+
+# 更详细的参数说明文档： https://docs.deepmodeling.com/projects/dpdispatcher/en/latest/machine.html

ion_csp-2.1.2/examples/server/example_remote_resources.yaml

@@ -0,0 +1,21 @@
+# （必须）每个作业所需的节点数。
+number_node: 1
+# （必须）分配给每个作业的每个节点的CPU数量。
+cpu_per_node: 56
+# （必须）分配给每个作业的每个节点的GPU数量。
+gpu_per_node: 0
+# （必须）每个作业中的任务数。0表示无穷大。
+group_size: 1
+# （必须）批处理作业调度系统的队列名称。
+queue_name: "normal"
+# （可选）在执行命令之前要进行source命令的文件。以List[str]形式给出路径。
+source_list: ["/data/env/inteloneapi2021"]
+# （可选）提交作业前要导出的环境变量。以dict形式分别给出变量名与变量内容。
+envs: 
+  PATH: "/data/home/username/soft/vasp.6.3.0/bin:$PATH"
+# （可选）提交作业前要加载到HPC系统上的模块。以List[str]形式给出路径后，执行module load命令。
+module_list: ["intel/parallelstudio/2021.1.1"]
+# （可选）额外的命令行传递给作业提交脚本头部，建议添加-J参数用于指定JOB_NAME
+# SLURM队列系统中通过 #SBATCH -J your_job_name 指定，LSF队列系统中通过#BSUB -J your_job_name 指定
+custom_flags: ["#BSUB -J Stepwise_VASP"]
+# 更详细的参数说明文档：https://docs.deepmodeling.com/projects/dpdispatcher/en/latest/resources.html

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/param/INCAR_0

@@ -1,4 +1,4 @@
-SYSTEM = VAG
+SYSTEM = ION_CSP
 NPAR = 4
 PREC = Accurate 
 ENCUT = 800

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/param/INCAR_1

@@ -1,4 +1,4 @@
-SYSTEM = VAG
+SYSTEM = ION_CSP
 NPAR = 4
 PREC = Accurate 
 ENCUT = 600  # 800

{ion_csp-2.0.8 → ion_csp-2.1.2}/param/INCAR_2

@@ -1,4 +1,4 @@
-SYSTEM = VAG
+SYSTEM = ION_CSP
 NPAR = 4
 PREC = Accurate 
 ENCUT = 800

ion_csp-2.1.2/param/INCAR_3

@@ -0,0 +1,19 @@
+SYSTEM = ION_CSP
+NPAR = 4
+PREC = Accurate 
+ENCUT = 800
+EDIFF = 1e-6
+IBRION = 2 
+ISIF = 3 
+NSW = 300  # 200
+ISMEAR = 0 ; SIGMA = 0.05 
+POTIM = 0.05 
+#No writing charge density and wavefunction 
+LCHARG = FALSE 
+LWAVE = FALSE 
+#Target Pressure 
+#PSTRESS = 100 
+#Finer optimization 
+EDIFFG = -0.02
+KSPACING = 0.5
+IVDW = 12

ion_csp-2.1.2/param/sub_final.sh

@@ -0,0 +1,91 @@
+#!/bin/bash
+
+# 设置变量
+BASE_DIR="./"
+INCAR_1="INCAR_1"
+INCAR_2="INCAR_2"
+INCAR_3="INCAR_3"
+POTCAR_H="POTCAR_H"
+POTCAR_C="POTCAR_C"
+POTCAR_N="POTCAR_N"
+POTCAR_O="POTCAR_O"
+
+# 检查必要文件是否存在
+if [[ ! -f "$INCAR_1" || ! -f "$INCAR_2" || ! -f "$INCAR_3" || ! -f "$POTCAR_H" || ! -f "$POTCAR_C" || ! -f "$POTCAR_N" || ! -f "$POTCAR_O" ]]; then
+    echo "Necessary files are missing, please check the path."
+    exit 1
+fi
+
+# 创建 POTCAR 文件
+create_potcar_from_poscar() {
+    poscar_file="$1"
+    output_file="POTCAR"
+    > "$output_file"  # 清空文件
+
+    # 读取 POSCAR 文件的第六行（元素行）
+    read -r element_line < <(sed -n '6p' "$poscar_file")
+
+    # 将元素转换为数组
+    IFS=' ' read -r -a elements <<< "$element_line"
+
+    # 根据元素拼接 POTCAR
+    for element in "${elements[@]}"; do
+        case $element in
+            H) cat "$POTCAR_H" >> "$output_file" ;;
+            C) cat "$POTCAR_C" >> "$output_file" ;;
+            N) cat "$POTCAR_N" >> "$output_file" ;;
+            O) cat "$POTCAR_O" >> "$output_file" ;;
+            *) echo "Warning: POTCAR for element $element not found." ;;
+        esac
+    done
+}
+
+# 提交第一步优化任务
+for contcar in ${BASE_DIR}/CONTCAR_*; do
+    if [[ $contcar =~ CONTCAR_(.*) ]]; then
+        sample=${BASH_REMATCH[1]}
+        sample_dir="${BASE_DIR}/${sample}"
+        mkdir -p "$sample_dir"
+        cp "$contcar" "${sample_dir}/POSCAR"
+        cp "$INCAR_1" "${sample_dir}/INCAR"
+        create_potcar_from_poscar "${sample_dir}/POSCAR"  # 根据 POSCAR 创建 POTCAR
+        mv "POTCAR" "${sample_dir}/"  # 使用自动生成的 POTCAR
+        original_dir=$(pwd)  # 保存当前目录
+        cd "${sample_dir}" && mpirun -n ${DPDISPATCHER_CPU_PER_NODE} vasp_std > vasp.log 2>&1
+        cd $original_dir  # 返回原始工作目录
+    fi
+done
+
+echo "All first step tasks have been submitted."
+
+# 提交第二步优化任务
+for sample in $(ls ${BASE_DIR}); do
+    if [ -f "${BASE_DIR}/${sample}/CONTCAR" ]; then
+        sample_dir="${BASE_DIR}/${sample}"
+        mkdir -p "${sample_dir}/fine"
+        cp "${sample_dir}/CONTCAR" "${sample_dir}/fine/POSCAR"
+        cp "$INCAR_2" "${sample_dir}/fine/INCAR"
+        cp "${sample_dir}/POTCAR" "${sample_dir}/fine/POTCAR"
+        original_dir=$(pwd)  # 保存当前目录
+        cd "${sample_dir}/fine" && mpirun -n ${DPDISPATCHER_CPU_PER_NODE} vasp_std > vasp.log 2>&1
+        cd $original_dir  # 返回原始工作目录
+    fi
+done
+
+echo "All second step tasks have been submitted."
+
+# 提交第三步优化任务
+for sample in $(ls ${BASE_DIR}); do
+    if [ -f "${BASE_DIR}/${sample}/fine/CONTCAR" ]; then
+        sample_dir="${BASE_DIR}/${sample}"
+        mkdir -p "${sample_dir}/fine/final"
+        cp "${sample_dir}/fine/CONTCAR" "${sample_dir}/fine/final/POSCAR"
+        cp "$INCAR_3" "${sample_dir}/fine/final/INCAR"
+        cp "${sample_dir}/fine/POTCAR" "${sample_dir}/fine/final/POTCAR"
+        original_dir=$(pwd)  # 保存当前目录
+        cd "${sample_dir}/fine/final" && mpirun -n ${DPDISPATCHER_CPU_PER_NODE} vasp_std > vasp.log 2>&1
+        cd $original_dir  # 返回原始工作目录
+    fi
+done
+
+echo "All third step tasks have been submitted."