hpc-task 0.1.2__tar.gz → 0.1.3__tar.gz

{hpc_task-0.1.2 → hpc_task-0.1.3}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: hpc_task
-Version: 0.1.2
+Version: 0.1.3
 Summary: HPC Task python library.
 Home-page: https://gitee.com/pjren/hpc_task
 Author: Renpj
@@ -61,13 +61,14 @@ hpc.close()  # 此时可以关闭 ssh 通道
 # 在运行时候再重新构造和连接 hpc
 hpc = HPCTask(jobid=jobid)  # workdir 会根据 jobid 提取得到
 hpc.connect(target_host)
-
+hpc.get_workdir()
 # 结构、计算参数设置
 atoms = ase.Atoms('N2', positions=[(0., 0., 0.), (1.4, 0., 0.)],
                   cell=[10, 10, 10], pbc=True)
 # calc 设置
 calc = hpc_Vasp(  
             xc='pbe',
+            directory=hpc.workdir,  # 必须设置, 会新建文件夹，并进入文件夹执行命令
             command='mpirun -np 8 vasp544_std',  # 必须设置，或者提供了 ASE vasp 的相关设置
             hpctask=hpc,  # 这个非常关键，必须提供
             gamma=True,

{hpc_task-0.1.2 → hpc_task-0.1.3}/README.md

@@ -1,63 +1,64 @@
-# HPC Task
- 
-Python package for easy HPC task management based on paramiko.
-
-## Installation
-
-pip install -U hpc_task
-
-**Requirements**
-* paramiko
-* ase
-
-## Usage
-
-```
-import ase
-from hpc_task.hpc import HPCTask
-from hpc_task.hpc_calculator.vasp import Vasp as hpc_Vasp  # 必须导入hpc_Vasp 而非原生的 ase 的 Vasp
-
-target_host = {
-    'hostname': "TARGET HOST IP",
-    'port': 22, 
-    'username': "YOUR_USERNAME",
-    'password': "YOUR_PASSWD", 
-}
-
-workdir = 'test_vasp_calc'
-hpc = HPCTask(workdir=workdir)
-hpc.scriptdir = '/data/bin/remote.job'  # 提交作业的脚本
-hpc.connect(target_host)
-# 启动队列，得到 jobid
-hpc.prerun()
-jobid = hpc.jobid
-hpc.close()  # 此时可以关闭 ssh 通道
-
-# 在运行时候再重新构造和连接 hpc
-hpc = HPCTask(jobid=jobid)  # workdir 会根据 jobid 提取得到
-hpc.connect(target_host)
-
-# 结构、计算参数设置
-atoms = ase.Atoms('N2', positions=[(0., 0., 0.), (1.4, 0., 0.)],
-                  cell=[10, 10, 10], pbc=True)
-# calc 设置
-calc = hpc_Vasp(  
-            xc='pbe',
-            command='mpirun -np 8 vasp544_std',  # 必须设置，或者提供了 ASE vasp 的相关设置
-            hpctask=hpc,  # 这个非常关键，必须提供
-            gamma=True,
-            encut=400,
-            lwave=False,
-            lcharg=False,
-            )
-# 计算
-atoms.calc = calc
-e = atoms.get_potential_energy()
-print(f"Energy of N2 is {e} eV.")
-# finish job，结束节点任务
-hpc.postrun()
-# 关闭通道
-hpc.close()
-```
-
-## TODO
+# HPC Task
+ 
+Python package for easy HPC task management based on paramiko.
+
+## Installation
+
+pip install -U hpc_task
+
+**Requirements**
+* paramiko
+* ase
+
+## Usage
+
+```
+import ase
+from hpc_task.hpc import HPCTask
+from hpc_task.hpc_calculator.vasp import Vasp as hpc_Vasp  # 必须导入hpc_Vasp 而非原生的 ase 的 Vasp
+
+target_host = {
+    'hostname': "TARGET HOST IP",
+    'port': 22, 
+    'username': "YOUR_USERNAME",
+    'password': "YOUR_PASSWD", 
+}
+
+workdir = 'test_vasp_calc'
+hpc = HPCTask(workdir=workdir)
+hpc.scriptdir = '/data/bin/remote.job'  # 提交作业的脚本
+hpc.connect(target_host)
+# 启动队列，得到 jobid
+hpc.prerun()
+jobid = hpc.jobid
+hpc.close()  # 此时可以关闭 ssh 通道
+
+# 在运行时候再重新构造和连接 hpc
+hpc = HPCTask(jobid=jobid)  # workdir 会根据 jobid 提取得到
+hpc.connect(target_host)
+hpc.get_workdir()
+# 结构、计算参数设置
+atoms = ase.Atoms('N2', positions=[(0., 0., 0.), (1.4, 0., 0.)],
+                  cell=[10, 10, 10], pbc=True)
+# calc 设置
+calc = hpc_Vasp(  
+            xc='pbe',
+            directory=hpc.workdir,  # 必须设置, 会新建文件夹，并进入文件夹执行命令
+            command='mpirun -np 8 vasp544_std',  # 必须设置，或者提供了 ASE vasp 的相关设置
+            hpctask=hpc,  # 这个非常关键，必须提供
+            gamma=True,
+            encut=400,
+            lwave=False,
+            lcharg=False,
+            )
+# 计算
+atoms.calc = calc
+e = atoms.get_potential_energy()
+print(f"Energy of N2 is {e} eV.")
+# finish job，结束节点任务
+hpc.postrun()
+# 关闭通道
+hpc.close()
+```
+
+## TODO

{hpc_task-0.1.2 → hpc_task-0.1.3}/hpc_task/hpc.py

@@ -79,7 +79,7 @@ class HPCTask:
             abs_workdir = stdout.read().decode('utf-8').strip().split()[-1]
             workdir = Path(abs_workdir).relative_to(Path(self._remote_parent_workdir))
             if self.workdir is None:
-                self.workdir = str(workdir)
+                self.workdir = workdir.as_posix()
         return self.workdir
 
     @property
@@ -292,7 +292,6 @@ class HPCTask:
                 print(f"Waiting for the queue 10 seconds...")
                 sleep(10)
                 status = self.status
-                need_sync = False
             elif status in ('SUSPENDED', 'DONE'):
                 output = ''
                 err = f"Job {self.jobid} status: {status}"
@@ -327,12 +326,12 @@ class HPCTask:
             rel_path = Path(root).relative_to(local_path)
             remote_dir = remote_path / rel_path
             if str(rel_path) != ".":
-                _ensure_remote_dir_exists(sftp_client, str(remote_dir))
+                _ensure_remote_dir_exists(sftp_client, remote_dir.as_posix())
             # 上传文件
             for file in files:
                 local_file = Path(root) / file
                 remote_file = remote_dir / file
-                sftp_client.put(str(local_file), str(remote_file), confirm=False)
+                sftp_client.put(local_file.as_posix(), remote_file.as_posix(), confirm=False)
 
         return None
 
@@ -365,13 +364,14 @@ def _ensure_remote_dir_exists(sftp, remote_dir):
     except FileNotFoundError:
         # 递归创建目录
         parts = Path(remote_dir).parts
-        current_path = parts[0]
+        current_path = Path(parts[0])
         for part in parts[1:]:  # 跳过根目录
-            current_path = os.path.join(current_path, part)
+            # current_path = os.path.join(current_path, part)
+            current_path = current_path / part
             try:
-                sftp.stat(current_path)
+                sftp.stat(current_path.as_posix())
             except FileNotFoundError:
-                sftp.mkdir(current_path)
+                sftp.mkdir(current_path.as_posix())
 
 def _download_dir(sftp, remote, local):
     os.makedirs(local, exist_ok=True)

{hpc_task-0.1.2 → hpc_task-0.1.3}/hpc_task.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: hpc_task
-Version: 0.1.2
+Version: 0.1.3
 Summary: HPC Task python library.
 Home-page: https://gitee.com/pjren/hpc_task
 Author: Renpj
@@ -61,13 +61,14 @@ hpc.close()  # 此时可以关闭 ssh 通道
 # 在运行时候再重新构造和连接 hpc
 hpc = HPCTask(jobid=jobid)  # workdir 会根据 jobid 提取得到
 hpc.connect(target_host)
-
+hpc.get_workdir()
 # 结构、计算参数设置
 atoms = ase.Atoms('N2', positions=[(0., 0., 0.), (1.4, 0., 0.)],
                   cell=[10, 10, 10], pbc=True)
 # calc 设置
 calc = hpc_Vasp(  
             xc='pbe',
+            directory=hpc.workdir,  # 必须设置, 会新建文件夹，并进入文件夹执行命令
             command='mpirun -np 8 vasp544_std',  # 必须设置，或者提供了 ASE vasp 的相关设置
             hpctask=hpc,  # 这个非常关键，必须提供
             gamma=True,

{hpc_task-0.1.2 → hpc_task-0.1.3}/setup.py

@@ -10,7 +10,7 @@ install_requires = [
 
 setup(
     name='hpc_task',
-    version='0.1.2',
+    version='0.1.3',
     url='https://gitee.com/pjren/hpc_task',
     license='MIT',
     author='Renpj',