geoseeq 0.6.12.dev2__tar.gz → 0.6.13.dev0__tar.gz

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  3. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/upload_download_manager.py +6 -7
  4. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq.egg-info/PKG-INFO +1 -1
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  18. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/cli/get_eula.py +0 -0
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  29. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/cli/shared_params/obj_getters.py +0 -0
  30. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/cli/shared_params/opts_and_args.py +0 -0
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  34. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/cli/upload/upload_reads.py +0 -0
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  42. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/contrib/ncbi/bioproject.py +0 -0
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  45. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/file_system_cache.py +0 -0
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  50. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/id_constructors/from_uuids.py +0 -0
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  52. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/id_constructors/utils.py +0 -0
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  89. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq/work_orders.py +0 -0
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  94. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/geoseeq.egg-info/top_level.txt +0 -0
  95. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/setup.cfg +0 -0
  96. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/setup.py +0 -0
  97. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/tests/__init__.py +0 -0
  98. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/tests/test_api_client.py +0 -0
  99. {geoseeq-0.6.12.dev2 → geoseeq-0.6.13.dev0}/tests/test_plotting.py +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.2
2
2
  Name: geoseeq
3
- Version: 0.6.12.dev2
3
+ Version: 0.6.13.dev0
4
4
  Summary: GeoSeeq command line tools and python API
5
5
  Author: David C. Danko
6
6
  Author-email: "David C. Danko" <dcdanko@biotia.io>
@@ -54,7 +54,7 @@ def version():
54
54
  Use of this tool implies acceptance of the GeoSeeq End User License Agreement.
55
55
  Run `geoseeq eula show` to view the EULA.
56
56
  """
57
- click.echo('0.6.12dev2') # remember to update pyproject.toml
57
+ click.echo('0.6.13dev0') # remember to update pyproject.toml
58
58
 
59
59
 
60
60
  @main.group('advanced')
@@ -127,17 +127,16 @@ class GeoSeeqUploadManager:
127
127
 
128
128
 
129
129
  def _download_one_file(args):
130
- original_url, file_path, key, callback, pbar, ignore_errors, head, log_level, parallel_downloads = args
130
+ url, file_path, key, callback, pbar, ignore_errors, head, log_level, parallel_downloads = args
131
131
  if parallel_downloads:
132
132
  _make_in_process_logger(log_level)
133
- if isinstance(original_url, ResultFile):
134
- url = original_url.get_download_url()
133
+ if dirname(file_path):
134
+ makedirs(dirname(file_path), exist_ok=True)
135
+ if isinstance(url, ResultFile):
136
+ local_path = url.download(filename=file_path, progress_tracker=pbar, head=head)
135
137
  else:
136
- url = original_url
137
- try:
138
- if dirname(file_path):
139
- makedirs(dirname(file_path), exist_ok=True)
140
138
  local_path = download_url(url, filename=file_path, progress_tracker=pbar, head=head)
139
+ try:
141
140
  if callback is not None:
142
141
  callback_result = callback(local_path)
143
142
  else:
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.2
2
2
  Name: geoseeq
3
- Version: 0.6.12.dev2
3
+ Version: 0.6.13.dev0
4
4
  Summary: GeoSeeq command line tools and python API
5
5
  Author: David C. Danko
6
6
  Author-email: "David C. Danko" <dcdanko@biotia.io>
@@ -4,7 +4,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
4
4
 
5
5
  [project]
6
6
  name = "geoseeq"
7
- version = "0.6.12dev2"
7
+ version = "0.6.13dev0"
8
8
  authors = [
9
9
  { name="David C. Danko", email="dcdanko@biotia.io" },
10
10
  ]
File without changes
File without changes
File without changes
File without changes