dnakit 0.1.0.dev0__tar.gz → 0.1.1__tar.gz

dnakit-0.1.1/CHANGELOG.md

@@ -0,0 +1,11 @@
+# Changelog。
+
+## [0.1.1] - 2026-08-29
+
+- 发布首个不含开发版本后缀的 DNAKit 版本。
+- 精简仓库根目录文件，将第三方声明合并到 `DISCLAIMER.md`，将引用信息移至 `README.md`。
+- 更新 README、安装文档、打包配置和 GitHub 发布工作流。
+
+## [0.1.0.dev0] - 2026-08-28
+
+初始版本

dnakit-0.1.0.dev0/THIRD_PARTY_NOTICES.md → dnakit-0.1.1/DISCLAIMER.md

@@ -1,6 +1,33 @@
-# DNAKit Third-Party Notices
+# DNAKit 免责声明 / Disclaimer
 
-Last reviewed: 2026-08-23.
+## 中文
+
+DNAKit 是研究与教学用途的软件，不是医疗器械，也不用于临床诊断、治疗、患者管理、实验安全决策或其他高风险用途。软件输出可能不完整、不准确或不适用于特定实验；使用者必须独立验证计算、参数、输入数据和实验结论。
+
+DNAKit 按仓库 `LICENSE` 中的 MIT 许可证提供。该许可证已经包含“按原样提供”、无明示或默示担保以及责任限制条款。本文件用于进一步说明使用边界，不替代、缩减或修改 MIT 许可证，也不构成法律、医疗或合规意见。
+
+DNAKit 自身采用 MIT 许可证，允许研究和商业使用。因此，“本项目仅供学术研究”只是当前开发目的说明，不能被解释为对下游使用者施加非商业限制，也不能自动免除作者或使用者的法律责任。
+
+使用者负责：
+
+- 确认其提供的数据、参数表、数据库和外部程序具有适用的访问、使用与再分发权限；
+- 遵守第三方许可证、订阅条款、署名/引用要求、出口管制、隐私、伦理、生物安全及所在司法辖区的法律法规；
+- 在论文、软件或服务中准确披露实际使用的方法、版本、参数、限制和第三方来源；
+- 在依赖结果开展实验、发表、部署或商业活动前完成独立验证和必要的专业审查。
+
+DNAKit 不保证任何第三方资源免费、持续可用、适合商业用途或允许再分发。第三方条款和费用可能变化；请在使用时核对其官方许可证和价格页面。详见下文“第三方声明”章节。
+
+## English
+
+DNAKit is research and educational software. It is not a medical device and is not intended for clinical diagnosis, treatment, patient management, laboratory-safety decisions, or other high-risk uses. Results may be incomplete, inaccurate, or unsuitable for a particular experiment and must be independently validated.
+
+DNAKit is provided under the MIT License in `LICENSE`, including its “AS IS” warranty disclaimer and limitation of liability. This document clarifies scope; it does not replace, narrow, or modify the MIT License and is not legal, medical, or regulatory advice.
+
+Users are responsible for verifying their rights to all supplied data, parameter tables, databases, and external software; complying with applicable third-party terms, citation requirements, privacy, ethics, biosafety, export-control, and other laws; and independently validating results before publication, deployment, experimentation, or commercial use. DNAKit does not warrant that third-party resources are free, continuously available, commercially usable, or redistributable. See the Third-Party Notices section below.
+
+# DNAKit 第三方声明 / Third-Party Notices
+
+Last reviewed: 2026-08-29.
 
 This file is an engineering compliance inventory, not legal advice. DNAKit itself is licensed under MIT. A dependency, external executable, database, paper, or user-supplied parameter table keeps its own terms; citing a paper does not by itself grant permission to redistribute its software or data.
 

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/MANIFEST.in

@@ -1,10 +1,7 @@
 include README.md
 include CHANGELOG.md
-include CITATION.cff
-include CONTRIBUTING.md
 include LICENSE
 include DISCLAIMER.md
-include THIRD_PARTY_NOTICES.md
 include pyproject.toml
 include environment-dev.yml
 recursive-include src *.py py.typed

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/PKG-INFO

@@ -1,11 +1,11 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: dnakit
-Version: 0.1.0.dev0
+Version: 0.1.1
 Summary: Deterministic tools for DNA sequence analysis
 Author: DNAKit contributors
 License-Expression: MIT
 Project-URL: Homepage, https://github.com/mapengsen/DNAKit
-Project-URL: Documentation, https://github.com/mapengsen/DNAKit/tree/main/docs
+Project-URL: Documentation, https://mapengsen.github.io/DNAKit/
 Project-URL: Repository, https://github.com/mapengsen/DNAKit
 Project-URL: Issues, https://github.com/mapengsen/DNAKit/issues
 Project-URL: Changelog, https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CHANGELOG.md
@@ -24,7 +24,6 @@ Requires-Python: >=3.10
 Description-Content-Type: text/markdown
 License-File: LICENSE
 License-File: DISCLAIMER.md
-License-File: THIRD_PARTY_NOTICES.md
 Requires-Dist: PyYAML>=6.0
 Requires-Dist: rich>=13.7
 Requires-Dist: tomli>=2.0; python_version < "3.11"
@@ -71,29 +70,36 @@ Dynamic: license-file
 
 <p align="center">
   <a href="https://pypi.org/project/dnakit/">
-    <img src="https://img.shields.io/pypi/v/dnakit?include_prereleases&amp;label=PyPI" alt="PyPI version">
+    <img src="https://img.shields.io/pypi/v/dnakit?include_prereleases=true&amp;label=PyPI&amp;cacheSeconds=300" alt="PyPI version">
   </a>
   <a href="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml">
-    <img src="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml/badge.svg" alt="CI status">
+    <img src="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml/badge.svg?branch=main&amp;event=push" alt="CI status">
   </a>
-  <a href="https://pypi.org/project/dnakit/">
-    <img src="https://img.shields.io/pypi/pyversions/dnakit" alt="Supported Python versions">
+  <a href="https://mapengsen.github.io/DNAKit/">
+    <img src="https://img.shields.io/badge/docs-GitHub%20Pages-4051b5" alt="Documentation">
+  </a>
+  <a href="https://www.python.org/downloads/">
+    <img src="https://img.shields.io/badge/Python-3.10%2B-3776AB" alt="Python 3.10+">
   </a>
   <a href="https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/LICENSE">
     <img src="https://img.shields.io/github/license/mapengsen/DNAKit" alt="MIT license">
   </a>
 </p>
 
+<p align="center">
+  <strong>DNAkit: A Comprehensive Toolkit for Efficient DNA Research</strong>
+</p>
+
 # DNAKit 是什么？
 
-DNAKit 是面向 DNA 序列的可复现 Python 工具包，定位类似“DNA 领域的 RDKit”。它覆盖标准化、文件与注释格式、基础操作、描述符、模式扫描、热力学、指纹、相似度、聚类与数据划分、综合评价、分子生物学模拟和可视化，并可选用 DNA 基础模型提取 rep 后进行 k-means 聚类；不集成启动子活性、表达量、TF 结合强度或 CRISPR 编辑效率等任务型深度学习预测模型。
+DNAKit 是面向 DNA 序列的可复现 Python 工具包，定位类似“DNA 领域的 RDKit”。它覆盖标准化、文件与注释格式、基础操作、描述符、模式扫描、热力学、指纹、相似度、聚类与数据划分、综合评价、分子生物学模拟和可视化，并可选用 DNA 基础模型提取 rep 后进行 k-means 聚类等各种各样的操作。
 
 # 安装与快速入门
 
-安装当前开发预览版：
+安装当前版本：
 
 ```bash
-pip install dnakit==0.1.0.dev0
+pip install dnakit==0.1.1
 ```
 
 如果需要参与开发，克隆仓库后通过 Conda 创建完整环境：
@@ -103,24 +109,33 @@ conda env create -f environment-dev.yml
 conda activate dnakit-dev
 ```
 
-随后可以阅读 [Python 快速入门指南](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/quickstart.md)。
-
-更详细的依赖、可选后端和安装说明见 [安装文档](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/installation.md)。
+随后可以阅读 [Python 快速入门指南](https://mapengsen.github.io/DNAKit/quickstart/)。
 
 # 文档
 
-完整文档位于 [DNAKit 文档首页](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/index.md) 和仓库的 [`docs`](https://github.com/mapengsen/DNAKit/tree/main/docs) 目录。
-
-所有功能模块可在 [功能树总览](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/api/features/function_tree.md) 中查看，常见问题见 [FAQ](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/faq.md)。
+完整文档位于 [DNAKit 文档首页](https://mapengsen.github.io/DNAKit/)，所有功能模块可在 [功能树总览](https://mapengsen.github.io/DNAKit/api/features/function_tree/) 中查看，常见问题见 [FAQ](https://mapengsen.github.io/DNAKit/faq/)。
 
 # 支持与社区
 
+**Github仓库：**
+
+[github.com/mapengsen/DNAKit](https://github.com/mapengsen/DNAKit)
+
 如果有问题、意见或建议，可以先查看：
 
-- [常见问题](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/faq.md)
-- [贡献指南](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CONTRIBUTING.md)
+- [常见问题](https://mapengsen.github.io/DNAKit/faq/)
 - [GitHub Issues](https://github.com/mapengsen/DNAKit/issues)
 
-如果发现缺陷或希望增加功能，请按照 [贡献指南](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CONTRIBUTING.md) 中的要求记录问题和复现信息。
+# 更新日志
+
+详细版本更新记录请查看 [CHANGELOG.md](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CHANGELOG.md)。
+
+# 引用
+
+DNAKit 的项目论文尚未发表。当前版本可引用为：
+
+```text
+DNAKit contributors. DNAKit 0.1.1, 2026. https://github.com/mapengsen/DNAKit
+```
 
-DNAKit 当前处于开发预览阶段，公开接口在正式版本发布前可能调整。
+正式论文发表后，此处将更新为论文引用信息。使用具体算法、数据库或可选后端时，还应引用其对应来源。

dnakit-0.1.1/README.md

@@ -0,0 +1,75 @@
+<p align="center">
+  <img alt="DNAKit logo" src="https://raw.githubusercontent.com/mapengsen/DNAKit/main/docs/assets/images/DNAKit-icon.png" width="40%">
+</p>
+
+<p align="center">
+  <a href="https://pypi.org/project/dnakit/">
+    <img src="https://img.shields.io/pypi/v/dnakit?include_prereleases=true&amp;label=PyPI&amp;cacheSeconds=300" alt="PyPI version">
+  </a>
+  <a href="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml">
+    <img src="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml/badge.svg?branch=main&amp;event=push" alt="CI status">
+  </a>
+  <a href="https://mapengsen.github.io/DNAKit/">
+    <img src="https://img.shields.io/badge/docs-GitHub%20Pages-4051b5" alt="Documentation">
+  </a>
+  <a href="https://www.python.org/downloads/">
+    <img src="https://img.shields.io/badge/Python-3.10%2B-3776AB" alt="Python 3.10+">
+  </a>
+  <a href="https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/LICENSE">
+    <img src="https://img.shields.io/github/license/mapengsen/DNAKit" alt="MIT license">
+  </a>
+</p>
+
+<p align="center">
+  <strong>DNAkit: A Comprehensive Toolkit for Efficient DNA Research</strong>
+</p>
+
+# DNAKit 是什么？
+
+DNAKit 是面向 DNA 序列的可复现 Python 工具包，定位类似“DNA 领域的 RDKit”。它覆盖标准化、文件与注释格式、基础操作、描述符、模式扫描、热力学、指纹、相似度、聚类与数据划分、综合评价、分子生物学模拟和可视化，并可选用 DNA 基础模型提取 rep 后进行 k-means 聚类等各种各样的操作。
+
+# 安装与快速入门
+
+安装当前版本：
+
+```bash
+pip install dnakit==0.1.1
+```
+
+如果需要参与开发，克隆仓库后通过 Conda 创建完整环境：
+
+```bash
+conda env create -f environment-dev.yml
+conda activate dnakit-dev
+```
+
+随后可以阅读 [Python 快速入门指南](https://mapengsen.github.io/DNAKit/quickstart/)。
+
+# 文档
+
+完整文档位于 [DNAKit 文档首页](https://mapengsen.github.io/DNAKit/)，所有功能模块可在 [功能树总览](https://mapengsen.github.io/DNAKit/api/features/function_tree/) 中查看，常见问题见 [FAQ](https://mapengsen.github.io/DNAKit/faq/)。
+
+# 支持与社区
+
+**Github仓库：**
+
+[github.com/mapengsen/DNAKit](https://github.com/mapengsen/DNAKit)
+
+如果有问题、意见或建议，可以先查看：
+
+- [常见问题](https://mapengsen.github.io/DNAKit/faq/)
+- [GitHub Issues](https://github.com/mapengsen/DNAKit/issues)
+
+# 更新日志
+
+详细版本更新记录请查看 [CHANGELOG.md](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CHANGELOG.md)。
+
+# 引用
+
+DNAKit 的项目论文尚未发表。当前版本可引用为：
+
+```text
+DNAKit contributors. DNAKit 0.1.1, 2026. https://github.com/mapengsen/DNAKit
+```
+
+正式论文发表后，此处将更新为论文引用信息。使用具体算法、数据库或可选后端时，还应引用其对应来源。

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/acknowledgements.md

@@ -120,7 +120,7 @@ checkpoint 包含加载所需 Python 代码。DNAKit 默认拒绝执行；只有
 
 进程隔离和“由用户安装”可减少捆绑分发风险，但不能自动证明所有用途合法。商业部署、托管服务、源码/二进制再分发或期刊补充材料归档时，应按实际提交的文件重新审查。
 
-完整英文清单随源码和安装包保存为 `THIRD_PARTY_NOTICES.md`；科学方法、论文和网站见[致谢与主要来源](#acknowledgements)，一般使用风险见[免责声明](#disclaimer)。
+完整英文清单随源码和安装包保存在根目录 `DISCLAIMER.md` 的“第三方声明”章节；科学方法、论文和网站见[致谢与主要来源](#acknowledgements)，一般使用风险见[免责声明](#disclaimer)。
 
 ## 免责声明 {#disclaimer}
 
@@ -144,19 +144,19 @@ DNAKit 不保证第三方资源免费、持续可用、适合商业用途或允
 
 ### 引用 DNAKit {#citing-dnakit}
 
-仓库根目录的 `CITATION.cff` 提供机器可读元数据。DNAKit 尚未发布论文或 DOI；当前开发预览版可引用为：
+DNAKit 尚未发布论文或 DOI；当前版本的引用信息保存在仓库 `README.md` 中，可引用为：
 
 ```text
-DNAKit contributors. DNAKit 0.1.0.dev0 (development preview), 2026.
+DNAKit contributors. DNAKit 0.1.1, 2026.
 ```
 
 引用 DNAKit 不能替代对实际算法、参数集、后端和参考数据库的引用。项目使用的方法、论文、数据库和网站统一列在[致谢与主要来源](#acknowledgements)中；结果中的 `Provenance`、`BackendInfo`、`ReferenceLibrary` 和 `RunManifest` 用于保留这些信息。
 
 ### 项目许可证 {#project-license}
 
-DNAKit 自身采用 MIT 许可证，版权人为 Pengsen Ma，完整文本见仓库根目录的 `LICENSE`。SPDX 标识符为 `MIT`。安装包同时包含 `THIRD_PARTY_NOTICES.md` 和 `DISCLAIMER.md`；网页版本见[第三方声明](#third-party-notices)和[免责声明](#disclaimer)。
+DNAKit 自身采用 MIT 许可证，版权人为 Pengsen Ma，完整文本见仓库根目录的 `LICENSE`。SPDX 标识符为 `MIT`。安装包包含合并了第三方声明的 `DISCLAIMER.md`；网页版本见[第三方声明](#third-party-notices)和[免责声明](#disclaimer)。
 
-项目仍处于 `0.1.0.dev0` 开发预览阶段，依赖兼容性和外部后端仍需按实际环境复核。
+项目当前版本为 `0.1.1`，仍处于早期开发阶段；依赖兼容性和外部后端仍需按实际环境复核。
 
 第三方包的许可证不会自动成为 DNAKit 的许可证。
 

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/api/features/14_engineering.md

@@ -269,7 +269,7 @@ print(provenance.platform)
 - **示例结果：**
 
 ```text
-0.1.0.dev0
+0.1.1
 3.10.16
 Linux-6.18.33.2-microsoft-standard-WSL2-x86_64-with-glibc2.39
 ```

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/changelog.md

@@ -1,6 +1,14 @@
 # 更新日志
 
-本项目遵循语义化版本。`0.1.0.dev0` 是开发预览版，公开接口在首个正式版本前可能调整。
+本项目遵循语义化版本。当前仍处于早期开发阶段，公开接口可能继续调整。
+
+## [0.1.1] - 2026-08-29
+
+### Changed
+
+- 发布首个不含开发版本后缀的 DNAKit 版本。
+- 将第三方声明合并到 `DISCLAIMER.md`，将项目引用信息移至 `README.md`。
+- 精简根目录文件并同步更新安装、打包和发布配置。
 
 ## [0.1.0.dev0] - 2026-08-28
 
@@ -14,7 +22,7 @@
 - MkDocs 文档站启用中文站内搜索框、搜索建议和结果关键词高亮。
 - `ValidationConfig(sequence_length=...)`、`dnakit validate --sequence-length` 和工作流 `validate` 步骤现可按标准化后的精确 `symbol_length` 判定序列是否合法。
 - 根目录新增 MIT 许可证文件，版权人标注为 Pengsen Ma，并将许可证纳入发行归档。
-- 新增 `THIRD_PARTY_NOTICES.md`、`DISCLAIMER.md` 及文档站“致谢与引用”合并页，明确外部工具、用户数据、费用和非临床使用边界。
+- 新增 `DISCLAIMER.md`（含第三方声明）及文档站“致谢与引用”合并页，明确外部工具、用户数据、费用和非临床使用边界。
 - 有界 GenBank 子集、GFF3、BED3–6、AGP 2.1、普通 FASTA/严格四行 FASTQ 持久索引、坐标提取、分块迭代和元数据管理。
 - 以显式 `TableSchema` 有界读写 CSV/TSV/JSON/Parquet 的 `read_table()`、`export_table()` 和不可变审计结果。
 - 复杂度/重复描述符，motif/PWM、ORF、限制酶、PAM、CpG island、回文、倒置重复、串联重复、STR 和低复杂度扫描。

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/index.md

@@ -5,6 +5,8 @@
 DNAKit 是面向 DNA 序列的可复现分析工具包。它提供统一对象、序列/注释 I/O、标准化、操作、描述符、模式扫描、热力学、指纹、相似度、数据集整理、综合评价、分子生物学模拟和可视化，并可选用 DNA 基础模型提取 rep 后进行 k-means 聚类；不包含启动子活性、表达量、TF 结合强度或 CRISPR 编辑效率等任务型深度学习预测模型。
 
 
+# 支持与社区
 
+**Github仓库：**
 
 [github.com/mapengsen/DNAKit](https://github.com/mapengsen/DNAKit)

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/installation.md

@@ -4,10 +4,10 @@ DNAKit 要求 Python 3.10 或更高版本。
 
 ## 从 PyPI 安装
 
-安装 `0.1.0.dev0` 开发预览版：
+安装 `0.1.1`：
 
 ```bash
-pip install dnakit==0.1.0.dev0
+pip install dnakit==0.1.1
 ```
 
 验证安装：
@@ -27,3 +27,7 @@ conda activate dnakit-dev
 
 开发环境包含测试、类型检查、文档和构建工具。可选功能的额外依赖见
 [`pyproject.toml`](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/pyproject.toml)。
+
+# 仓库地址
+
+[github.com/mapengsen/DNAKit](https://github.com/mapengsen/DNAKit)

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/planning/02_architecture_design.md

@@ -16,9 +16,7 @@ dnakit/
 ├── pyproject.toml
 ├── README.md
 ├── LICENSE
-├── CITATION.cff
 ├── CHANGELOG.md
-├── CONTRIBUTING.md
 ├── environment-dev.yml
 ├── mkdocs.yml
 ├── src/

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/planning/03_dependency_validation_development_plan.md

@@ -224,7 +224,7 @@ NUPACK 自动差分验证只有两种可接受路径：取得允许本项目用
 - 本地构建 MkDocs 和固定输入的只读演示。
 - 从单一版本源生成包版本、`dnakit --version`、构建元数据和文档版本，并验证语义化版本一致。
 - 完成根 README、安装、快速入门、每个主要模块 API 示例、可执行 Notebook 和完整工作流。
-- 核对 LICENSE、CITATION.cff、CHANGELOG、CONTRIBUTING、引用/许可证清单和已完成/部分/不可用功能文档的一致性。
+- 核对 LICENSE、CHANGELOG、README 引用信息、许可证清单和已完成/部分/不可用功能文档的一致性。
 - 输出性能 benchmark 和论文复现实验的固定数据、配置、seed、命令与结果清单。
 - 在本地审查 GitHub Actions 的 Linux 测试、构建、TestPyPI、正式 PyPI 和 Pages workflow；发布 job 保持手动审批/环境保护，当前不触发。
 

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/planning/05_mvp_delivery_report.md

@@ -78,8 +78,6 @@ DNAKit 已完成需求审查、架构设计和阶段 3 MVP 基线的本地实现
 .gitignore
 .github/workflows/ci.yml
 CHANGELOG.md
-CITATION.cff
-CONTRIBUTING.md
 MANIFEST.in
 README.md
 environment-dev.yml

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/planning/06_stage4_stage5_delivery_report.md

@@ -169,8 +169,6 @@ Primer3 不再进入正式验证器。CLI adapter 只用临时受控假可执行
 .gitignore
 .github/workflows/{ci.yml,release.yml,testpypi.yml}
 CHANGELOG.md
-CITATION.cff
-CONTRIBUTING.md
 MANIFEST.in
 README.md
 environment-dev.yml

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/docs/quickstart.md

@@ -19,7 +19,7 @@ dataset = dnakit.DNA(["ACGT", "TTAA"])
 edited = delete(dna, 1, 2)
 reversed_dna = reverse_complement(edited)
 
-print(dnakit.__version__)  # 0.1.0.dev0
+print(dnakit.__version__)  # 0.1.1
 print(dna.symbols)         # ACG
 print(dataset.ids)         # ('sequence_1', 'sequence_2')
 print(reversed_dna.symbols)

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/mkdocs.yml

@@ -1,4 +1,5 @@
 site_name: DNAKit
+site_url: https://mapengsen.github.io/DNAKit/
 site_description: 面向 DNA 序列的确定性分析工具包
 site_author: DNAKit contributors
 copyright: Support by Pengsen Ma (Hunan University, Yuelushan Laboratory)

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/notebooks/00_skeleton_check.ipynb

@@ -36,7 +36,7 @@
     ")\n",
     "\n",
     "assert sys.version_info >= (3, 10)\n",
-    "assert dnakit.__version__ == \"0.1.0.dev0\"\n",
+    "assert dnakit.__version__ == \"0.1.1\"\n",
     "print(f\"DNAKit {dnakit.__version__} on Python {sys.version.split()[0]}\")"
    ]
   },

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/notebooks/01_advanced_workflow.ipynb

@@ -70,7 +70,7 @@
     "    save_svg,\n",
     ")\n",
     "\n",
-    "assert dnakit.__version__ == \"0.1.0.dev0\""
+    "assert dnakit.__version__ == \"0.1.1\""
    ]
   },
   {

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/pyproject.toml

@@ -8,7 +8,7 @@ dynamic = ["version"]
 description = "Deterministic tools for DNA sequence analysis"
 readme = "README.md"
 license = "MIT"
-license-files = ["LICENSE", "DISCLAIMER.md", "THIRD_PARTY_NOTICES.md"]
+license-files = ["LICENSE", "DISCLAIMER.md"]
 authors = [{ name = "DNAKit contributors" }]
 requires-python = ">=3.10"
 classifiers = [
@@ -33,7 +33,7 @@ dependencies = [
 
 [project.urls]
 Homepage = "https://github.com/mapengsen/DNAKit"
-Documentation = "https://github.com/mapengsen/DNAKit/tree/main/docs"
+Documentation = "https://mapengsen.github.io/DNAKit/"
 Repository = "https://github.com/mapengsen/DNAKit"
 Issues = "https://github.com/mapengsen/DNAKit/issues"
 Changelog = "https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CHANGELOG.md"

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/src/dnakit/_version.py

@@ -2,4 +2,4 @@
 
 from typing import Final
 
-__version__: Final = "0.1.0.dev0"
+__version__: Final = "0.1.1"

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/src/dnakit.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,11 +1,11 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: dnakit
-Version: 0.1.0.dev0
+Version: 0.1.1
 Summary: Deterministic tools for DNA sequence analysis
 Author: DNAKit contributors
 License-Expression: MIT
 Project-URL: Homepage, https://github.com/mapengsen/DNAKit
-Project-URL: Documentation, https://github.com/mapengsen/DNAKit/tree/main/docs
+Project-URL: Documentation, https://mapengsen.github.io/DNAKit/
 Project-URL: Repository, https://github.com/mapengsen/DNAKit
 Project-URL: Issues, https://github.com/mapengsen/DNAKit/issues
 Project-URL: Changelog, https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CHANGELOG.md
@@ -24,7 +24,6 @@ Requires-Python: >=3.10
 Description-Content-Type: text/markdown
 License-File: LICENSE
 License-File: DISCLAIMER.md
-License-File: THIRD_PARTY_NOTICES.md
 Requires-Dist: PyYAML>=6.0
 Requires-Dist: rich>=13.7
 Requires-Dist: tomli>=2.0; python_version < "3.11"
@@ -71,29 +70,36 @@ Dynamic: license-file
 
 <p align="center">
   <a href="https://pypi.org/project/dnakit/">
-    <img src="https://img.shields.io/pypi/v/dnakit?include_prereleases&amp;label=PyPI" alt="PyPI version">
+    <img src="https://img.shields.io/pypi/v/dnakit?include_prereleases=true&amp;label=PyPI&amp;cacheSeconds=300" alt="PyPI version">
   </a>
   <a href="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml">
-    <img src="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml/badge.svg" alt="CI status">
+    <img src="https://github.com/mapengsen/DNAKit/actions/workflows/ci.yml/badge.svg?branch=main&amp;event=push" alt="CI status">
   </a>
-  <a href="https://pypi.org/project/dnakit/">
-    <img src="https://img.shields.io/pypi/pyversions/dnakit" alt="Supported Python versions">
+  <a href="https://mapengsen.github.io/DNAKit/">
+    <img src="https://img.shields.io/badge/docs-GitHub%20Pages-4051b5" alt="Documentation">
+  </a>
+  <a href="https://www.python.org/downloads/">
+    <img src="https://img.shields.io/badge/Python-3.10%2B-3776AB" alt="Python 3.10+">
   </a>
   <a href="https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/LICENSE">
     <img src="https://img.shields.io/github/license/mapengsen/DNAKit" alt="MIT license">
   </a>
 </p>
 
+<p align="center">
+  <strong>DNAkit: A Comprehensive Toolkit for Efficient DNA Research</strong>
+</p>
+
 # DNAKit 是什么？
 
-DNAKit 是面向 DNA 序列的可复现 Python 工具包，定位类似“DNA 领域的 RDKit”。它覆盖标准化、文件与注释格式、基础操作、描述符、模式扫描、热力学、指纹、相似度、聚类与数据划分、综合评价、分子生物学模拟和可视化，并可选用 DNA 基础模型提取 rep 后进行 k-means 聚类；不集成启动子活性、表达量、TF 结合强度或 CRISPR 编辑效率等任务型深度学习预测模型。
+DNAKit 是面向 DNA 序列的可复现 Python 工具包，定位类似“DNA 领域的 RDKit”。它覆盖标准化、文件与注释格式、基础操作、描述符、模式扫描、热力学、指纹、相似度、聚类与数据划分、综合评价、分子生物学模拟和可视化，并可选用 DNA 基础模型提取 rep 后进行 k-means 聚类等各种各样的操作。
 
 # 安装与快速入门
 
-安装当前开发预览版：
+安装当前版本：
 
 ```bash
-pip install dnakit==0.1.0.dev0
+pip install dnakit==0.1.1
 ```
 
 如果需要参与开发，克隆仓库后通过 Conda 创建完整环境：
@@ -103,24 +109,33 @@ conda env create -f environment-dev.yml
 conda activate dnakit-dev
 ```
 
-随后可以阅读 [Python 快速入门指南](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/quickstart.md)。
-
-更详细的依赖、可选后端和安装说明见 [安装文档](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/installation.md)。
+随后可以阅读 [Python 快速入门指南](https://mapengsen.github.io/DNAKit/quickstart/)。
 
 # 文档
 
-完整文档位于 [DNAKit 文档首页](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/index.md) 和仓库的 [`docs`](https://github.com/mapengsen/DNAKit/tree/main/docs) 目录。
-
-所有功能模块可在 [功能树总览](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/api/features/function_tree.md) 中查看，常见问题见 [FAQ](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/faq.md)。
+完整文档位于 [DNAKit 文档首页](https://mapengsen.github.io/DNAKit/)，所有功能模块可在 [功能树总览](https://mapengsen.github.io/DNAKit/api/features/function_tree/) 中查看，常见问题见 [FAQ](https://mapengsen.github.io/DNAKit/faq/)。
 
 # 支持与社区
 
+**Github仓库：**
+
+[github.com/mapengsen/DNAKit](https://github.com/mapengsen/DNAKit)
+
 如果有问题、意见或建议，可以先查看：
 
-- [常见问题](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/docs/faq.md)
-- [贡献指南](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CONTRIBUTING.md)
+- [常见问题](https://mapengsen.github.io/DNAKit/faq/)
 - [GitHub Issues](https://github.com/mapengsen/DNAKit/issues)
 
-如果发现缺陷或希望增加功能，请按照 [贡献指南](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CONTRIBUTING.md) 中的要求记录问题和复现信息。
+# 更新日志
+
+详细版本更新记录请查看 [CHANGELOG.md](https://github.com/mapengsen/DNAKit/blob/main/CHANGELOG.md)。
+
+# 引用
+
+DNAKit 的项目论文尚未发表。当前版本可引用为：
+
+```text
+DNAKit contributors. DNAKit 0.1.1, 2026. https://github.com/mapengsen/DNAKit
+```
 
-DNAKit 当前处于开发预览阶段，公开接口在正式版本发布前可能调整。
+正式论文发表后，此处将更新为论文引用信息。使用具体算法、数据库或可选后端时，还应引用其对应来源。

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/src/dnakit.egg-info/SOURCES.txt

@@ -1,11 +1,8 @@
 CHANGELOG.md
-CITATION.cff
-CONTRIBUTING.md
 DISCLAIMER.md
 LICENSE
 MANIFEST.in
 README.md
-THIRD_PARTY_NOTICES.md
 environment-dev.yml
 mkdocs.yml
 pyproject.toml

{dnakit-0.1.0.dev0 → dnakit-0.1.1}/tests/test_import.py

@@ -9,7 +9,7 @@ runner = CliRunner()
 
 
 def test_import_exposes_version() -> None:
-    assert dnakit.__version__ == "0.1.0.dev0"
+    assert dnakit.__version__ == "0.1.1"
 
 
 def test_import_exposes_core_and_standardization_api() -> None: