ddi-fw 0.0.195__tar.gz → 0.0.196__tar.gz

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  1. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/PKG-INFO +1 -1
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  9. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/dataset_splitter.py +0 -0
  10. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/db_utils.py +0 -0
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  23. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl/indexes/validation_fold_3.txt +0 -0
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  35. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl/indexes_old/validation_fold_3.txt +0 -0
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  37. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl/readme.md +0 -0
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  39. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/data/event.db +0 -0
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  42. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/train_fold_1.txt +0 -0
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  44. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/train_fold_3.txt +0 -0
  45. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/train_fold_4.txt +0 -0
  46. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/train_indexes.txt +0 -0
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  48. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/validation_fold_1.txt +0 -0
  49. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/validation_fold_2.txt +0 -0
  50. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/validation_fold_3.txt +0 -0
  51. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl_text/indexes/validation_fold_4.txt +0 -0
  52. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/__init__.py +0 -0
  53. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/base.py +0 -0
  54. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/df_extraction_cleanxiaoyu50.csv +0 -0
  55. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/drug_information_del_noDDIxiaoyu50.csv +0 -0
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  59. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/indexes/train_fold_2.txt +0 -0
  60. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/indexes/train_fold_3.txt +0 -0
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  67. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/indexes/validation_fold_4.txt +0 -0
  68. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/mdf_sa_ddi/mdf-sa-ddi.zip +0 -0
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  73. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/drugbank/drugbank_processor.py +0 -0
  74. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/drugbank/drugbank_processor_org.py +0 -0
  75. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/drugbank/event_extractor.py +0 -0
  76. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/langchain/__init__.py +0 -0
  77. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/langchain/embeddings.py +0 -0
  78. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/langchain/sentence_splitter.py +0 -0
  79. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/langchain/storage.py +0 -0
  80. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ml/__init__.py +0 -0
  81. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ml/evaluation_helper.py +0 -0
  82. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ml/ml_helper.py +0 -0
  83. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ml/model_wrapper.py +0 -0
  84. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ml/pytorch_wrapper.py +0 -0
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  87. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ner/mmlrestclient.py +0 -0
  88. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ner/ner.py +0 -0
  89. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/pipeline/__init__.py +0 -0
  90. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/pipeline/multi_modal_combination_strategy.py +0 -0
  91. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/pipeline/multi_pipeline.py +0 -0
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  93. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/pipeline/pipeline.py +0 -0
  94. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/__init__.py +0 -0
  95. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/categorical_data_encoding_checker.py +0 -0
  96. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/enums.py +0 -0
  97. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/json_helper.py +0 -0
  98. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/kaggle.py +0 -0
  99. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/numpy_utils.py +0 -0
  100. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/package_helper.py +0 -0
  101. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/py7zr_helper.py +0 -0
  102. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/utils.py +0 -0
  103. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/utils/zip_helper.py +0 -0
  104. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/vectorization/__init__.py +0 -0
  105. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/vectorization/feature_vector_generation.py +0 -0
  106. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/vectorization/idf_helper.py +0 -0
  107. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw.egg-info/SOURCES.txt +0 -0
  108. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  109. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw.egg-info/requires.txt +0 -0
  110. {ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw.egg-info/top_level.txt +0 -0
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: ddi_fw
3
- Version: 0.0.195
3
+ Version: 0.0.196
4
4
  Summary: Do not use :)
5
5
  Author-email: Kıvanç Bayraktar <bayraktarkivanc@gmail.com>
6
6
  Maintainer-email: Kıvanç Bayraktar <bayraktarkivanc@gmail.com>
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/pyproject.toml RENAMED
@@ -6,7 +6,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
6
6
 
7
7
  [project]
8
8
  name = "ddi_fw"
9
- version = "0.0.195"
9
+ version = "0.0.196"
10
10
  description = "Do not use :)"
11
11
  readme = "README.md"
12
12
  authors = [
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/core.py RENAMED
@@ -258,7 +258,7 @@ class BaseDataset(BaseModel):
258
258
  # return X_train, X_test, y_train, y_test, folds
259
259
 
260
260
 
261
- class TextDatasetMixin(BaseDataset):
261
+ class TextDatasetMixin(BaseModel):
262
262
  embedding_size: Optional[int] = None
263
263
  embedding_dict: Dict[str, Any] | None = Field(
264
264
  default_factory=dict, description="Dictionary for embeddings")
@@ -346,9 +346,10 @@ class TextDatasetMixin(BaseDataset):
346
346
  else:
347
347
  print(
348
348
  f"There is no configuration of Embeddings")
349
+ self.embedding_dict = embedding_dict
349
350
 
350
- else:
351
- embedding_dict = self.embedding_dict
351
+ # else:
352
+ # embedding_dict = self.embedding_dict
352
353
  # TODO make generic
353
354
  # embedding_size = list(embedding_dict['all_text'].values())[
354
355
  # 0][0].shape
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/datasets/ddi_mdl/base.py RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  import pathlib
2
2
  from typing import List, Optional, Tuple
3
- from ddi_fw.datasets.core import TextDatasetMixin, generate_sim_matrices_new, generate_vectors
3
+ from ddi_fw.datasets.core import BaseDataset, TextDatasetMixin, generate_sim_matrices_new, generate_vectors
4
4
  from ddi_fw.datasets.db_utils import create_connection
5
5
  import numpy as np
6
6
  import pandas as pd
@@ -32,7 +32,7 @@ LIST_OF_NER_COLUMNS = ['tui', 'cui', 'entities']
32
32
  HERE = pathlib.Path(__file__).resolve().parent
33
33
 
34
34
 
35
- class DDIMDLDataset(TextDatasetMixin):
35
+ class DDIMDLDataset(BaseDataset,TextDatasetMixin):
36
36
  dataset_name: str = "DDIMDLDataset"
37
37
  index_path: str = Field(default_factory=lambda: str(
38
38
  pathlib.Path(__file__).resolve().parent.joinpath('indexes')))
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw.egg-info/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.4
2
2
  Name: ddi_fw
3
- Version: 0.0.195
3
+ Version: 0.0.196
4
4
  Summary: Do not use :)
5
5
  Author-email: Kıvanç Bayraktar <bayraktarkivanc@gmail.com>
6
6
  Maintainer-email: Kıvanç Bayraktar <bayraktarkivanc@gmail.com>
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/README.md RENAMED
File without changes
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/setup.cfg RENAMED
File without changes
{ddi_fw-0.0.195 → ddi_fw-0.0.196}/src/ddi_fw/ner/ner.py RENAMED
File without changes