dcicutils 8.8.1.1b2__tar.gz → 8.8.1.1b4__tar.gz

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  1. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/PKG-INFO +1 -1
  2. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/structured_data.py +6 -3
  3. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/pyproject.toml +1 -1
  4. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/LICENSE.txt +0 -0
  5. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/README.rst +0 -0
  6. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/__init__.py +0 -0
  7. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/base.py +0 -0
  8. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/beanstalk_utils.py +0 -0
  9. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/bundle_utils.py +0 -0
  10. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/captured_output.py +0 -0
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  12. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/codebuild_utils.py +0 -0
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  20. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/datetime_utils.py +0 -0
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  25. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/ecr_utils.py +0 -0
  26. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/ecs_utils.py +0 -0
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  29. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/env_scripts.py +0 -0
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  32. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/es_utils.py +0 -0
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  34. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/ff_mocks.py +0 -0
  35. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/ff_utils.py +0 -0
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  37. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/function_cache_decorator.py +0 -0
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  40. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/kibana/dashboards.json +0 -0
  41. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/kibana/readme.md +0 -0
  42. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/lang_utils.py +0 -0
  43. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/license_policies/c4-infrastructure.jsonc +0 -0
  44. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/license_policies/c4-python-infrastructure.jsonc +0 -0
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  46. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/license_policies/park-lab-common.jsonc +0 -0
  47. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/license_policies/park-lab-gpl-pipeline.jsonc +0 -0
  48. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/license_policies/park-lab-pipeline.jsonc +0 -0
  49. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/license_utils.py +0 -0
  50. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/log_utils.py +0 -0
  51. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/misc_utils.py +0 -0
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  53. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/opensearch_utils.py +0 -0
  54. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/portal_object_utils.py +0 -0
  55. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/portal_utils.py +0 -0
  56. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/project_utils.py +0 -0
  57. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/qa_checkers.py +0 -0
  58. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/qa_utils.py +0 -0
  59. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/redis_tools.py +0 -0
  60. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/redis_utils.py +0 -0
  61. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/s3_utils.py +0 -0
  62. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/schema_utils.py +0 -0
  63. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/scripts/publish_to_pypi.py +0 -0
  64. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/scripts/run_license_checker.py +0 -0
  65. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/scripts/view_portal_object.py +0 -0
  66. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/secrets_utils.py +0 -0
  67. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/sheet_utils.py +0 -0
  68. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/snapshot_utils.py +0 -0
  69. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/ssl_certificate_utils.py +0 -0
  70. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/task_utils.py +0 -0
  71. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/tmpfile_utils.py +0 -0
  72. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/trace_utils.py +0 -0
  73. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/validation_utils.py +0 -0
  74. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/variant_utils.py +0 -0
  75. {dcicutils-8.8.1.1b2 → dcicutils-8.8.1.1b4}/dcicutils/zip_utils.py +0 -0
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: dcicutils
3
- Version: 8.8.1.1b2
3
+ Version: 8.8.1.1b4
4
4
  Summary: Utility package for interacting with the 4DN Data Portal and other 4DN resources
5
5
  Home-page: https://github.com/4dn-dcic/utils
6
6
  License: MIT
@@ -99,7 +99,7 @@ class StructuredDataSet:
99
99
  self._debug_sleep = float(debug_sleep)
100
100
  except Exception:
101
101
  self._debug_sleep = None
102
- self._load_file(file) if file else None
102
+ self.load_file(file) if file else None
103
103
 
104
104
  @property
105
105
  def data(self) -> dict:
@@ -239,7 +239,7 @@ class StructuredDataSet:
239
239
  progress({"finish": True})
240
240
  return diffs
241
241
 
242
- def _load_file(self, file: str) -> None:
242
+ def load_file(self, file: str) -> None:
243
243
  # Returns a dictionary where each property is the name (i.e. the type) of the data,
244
244
  # and the value is array of dictionaries for the data itself. Handle these kinds of files:
245
245
  # 1. Single CSV, TSV, or JSON file, where the (base) name of the file is the data type name.
@@ -252,6 +252,9 @@ class StructuredDataSet:
252
252
  return self._load_normal_file(file)
253
253
  return self._load_normal_file(file)
254
254
 
255
+ def _load_file(self, file: str) -> None:
256
+ return self.load_file(file)
257
+
255
258
  def _load_normal_file(self, file: str) -> None:
256
259
  if file.endswith(".csv") or file.endswith(".tsv"):
257
260
  self._load_csv_file(file)
@@ -264,7 +267,7 @@ class StructuredDataSet:
264
267
 
265
268
  def _load_packed_file(self, file: str) -> None:
266
269
  for file in unpack_files(file, suffixes=ACCEPTABLE_FILE_SUFFIXES):
267
- self._load_file(file)
270
+ self.load_file(file)
268
271
 
269
272
  def _load_csv_file(self, file: str) -> None:
270
273
  self._load_reader(CsvReader(file), type_name=Schema.type_name(file))
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  [tool.poetry]
2
2
  name = "dcicutils"
3
- version = "8.8.1.1b2" # TODO: To become 8.8.2
3
+ version = "8.8.1.1b4" # TODO: To become 8.8.2
4
4
  description = "Utility package for interacting with the 4DN Data Portal and other 4DN resources"
5
5
  authors = ["4DN-DCIC Team <support@4dnucleome.org>"]
6
6
  license = "MIT"
File without changes
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