dcicutils 8.10.0.1b2__tar.gz → 8.10.0.1b3__tar.gz

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  49. {dcicutils-8.10.0.1b2 → dcicutils-8.10.0.1b3}/dcicutils/license_policies/park-lab-pipeline.jsonc +0 -0
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  73. {dcicutils-8.10.0.1b2 → dcicutils-8.10.0.1b3}/dcicutils/submitr/ref_lookup_strategy.py +0 -0
  74. {dcicutils-8.10.0.1b2 → dcicutils-8.10.0.1b3}/dcicutils/task_utils.py +0 -0
  75. {dcicutils-8.10.0.1b2 → dcicutils-8.10.0.1b3}/dcicutils/tmpfile_utils.py +0 -0
  76. {dcicutils-8.10.0.1b2 → dcicutils-8.10.0.1b3}/dcicutils/trace_utils.py +0 -0
  77. {dcicutils-8.10.0.1b2 → dcicutils-8.10.0.1b3}/dcicutils/validation_utils.py +0 -0
  78. {dcicutils-8.10.0.1b2 → dcicutils-8.10.0.1b3}/dcicutils/variant_utils.py +0 -0
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@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: dcicutils
3
- Version: 8.10.0.1b2
3
+ Version: 8.10.0.1b3
4
4
  Summary: Utility package for interacting with the 4DN Data Portal and other 4DN resources
5
5
  Home-page: https://github.com/4dn-dcic/utils
6
6
  License: MIT
@@ -57,6 +57,7 @@ class StructuredDataSet:
57
57
  ref_lookup_nocache: bool = False,
58
58
  norefs: bool = False, merge: bool = False,
59
59
  progress: Optional[Callable] = None,
60
+ row_reader_hook: Optional[Callable] = None,
60
61
  debug_sleep: Optional[str] = None) -> None:
61
62
  self._progress = progress if callable(progress) else None
62
63
  self._data = {}
@@ -75,6 +76,7 @@ class StructuredDataSet:
75
76
  self._autoadd_properties = autoadd if isinstance(autoadd, dict) and autoadd else None
76
77
  self._norefs = True if norefs is True else False
77
78
  self._merge = True if merge is True else False # New merge functionality (2024-05-25)
79
+ self._row_reader_hook = row_reader_hook if callable(row_reader_hook) else None # Testing support (2024-06-12)
78
80
  self._debug_sleep = None
79
81
  if debug_sleep:
80
82
  try:
@@ -377,6 +379,8 @@ class StructuredDataSet:
377
379
  structured_row_template = _StructuredRowTemplate(reader.header, schema)
378
380
  structured_row = structured_row_template.create_row()
379
381
  for column_name, value in row.items():
382
+ if self._row_reader_hook:
383
+ value = self._row_reader_hook(reader.sheet_name, column_name, value)
380
384
  structured_row_template.set_value(structured_row, column_name, value, reader.file, reader.row_number)
381
385
  if self._autoadd_properties:
382
386
  self._add_properties(structured_row, self._autoadd_properties, schema)
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  [tool.poetry]
2
2
  name = "dcicutils"
3
- version = "8.10.0.1b2" # TODO: To become 8.10.1
3
+ version = "8.10.0.1b3" # TODO: To become 8.10.1
4
4
  description = "Utility package for interacting with the 4DN Data Portal and other 4DN resources"
5
5
  authors = ["4DN-DCIC Team <support@4dnucleome.org>"]
6
6
  license = "MIT"