cvmcore 0.2.1__tar.gz → 0.2.2__tar.gz

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  1. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/PKG-INFO +1 -1
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  3. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore/cvmcore.py +2 -4
  4. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore.egg-info/PKG-INFO +1 -1
  5. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore.egg-info/SOURCES.txt +0 -4
  6. cvmcore-0.2.1/cvmcore/inputdir/CPF_RS14355.fasta +0 -260
  7. cvmcore-0.2.1/cvmcore/inputdir/CPF_RS14360.fasta +0 -449
  8. cvmcore-0.2.1/cvmcore/inputdir/CPF_RS14365.fasta +0 -491
  9. cvmcore-0.2.1/cvmcore/test.py +0 -4
  10. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/README.md +0 -0
  11. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore.egg-info/dependency_links.txt +0 -0
  12. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore.egg-info/requires.txt +0 -0
  13. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore.egg-info/top_level.txt +0 -0
  14. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/demo.ipynb +0 -0
  15. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/gene_feature.csv +0 -0
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  20. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/circular_dendrogram_tippoints.png +0 -0
  21. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/dendrogram.png +0 -0
  22. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/dendrogram_heatmap_cmap.png +0 -0
  23. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/dendrogram_heatmap_minimumvalue.png +0 -0
  24. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/dendrogram_with_heatmap.png +0 -0
  25. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/gene_arrow_all.png +0 -0
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  27. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/gene_arrow_top.png +0 -0
  28. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/multiple_heatmap.png +0 -0
  29. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/phylogenetic_tree.png +0 -0
  30. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/phylotree_heatmap_withgenes.png +0 -0
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  33. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/demodata/screenshots/phylotree_with_heatmap.png +0 -0
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  37. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/screenshots/output_15_1.png +0 -0
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  45. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/screenshots/output_41_1.png +0 -0
  46. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/screenshots/output_7_0.png +0 -0
  47. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/setup.cfg +0 -0
  48. {cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/setup.py +0 -0
{cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: cvmcore
3
- Version: 0.2.1
3
+ Version: 0.2.2
4
4
  Summary: SZQ lab data analysis core function
5
5
  Home-page: https://github.com/hbucqp/cvmplot
6
6
  Author: Qingpo Cui
{cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore/__init__.py RENAMED
@@ -3,7 +3,7 @@
3
3
  __title__ = 'cvmplot'
4
4
  __description__ = 'Major plot function used by SZQ lab from China Agricultural University'
5
5
  __url__ = 'https://github.com/hbucqp/cvmplot'
6
- __version__ = "0.2.1"
6
+ __version__ = "0.2.2"
7
7
  __author__ = 'Qingpo Cui'
8
8
  __author_email__ = 'cqp@cau.edu.cn'
9
9
  __license__ = 'MIT'
{cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore/cvmcore.py RENAMED
@@ -47,11 +47,9 @@ class cfunc():
47
47
  """
48
48
  try:
49
49
  with open(file, "r") as handle:
50
- records = SeqIO.parse(handle, "fasta")
50
+ fasta = SeqIO.parse(handle, "fasta")
51
51
  # False when `fasta` is empty, i.e. wasn't a FASTA file
52
- for record in records:
53
- pass
54
- return true
52
+ return any(fasta)
55
53
  except:
56
54
  print(f'The input file {file} is not a valid fasta file.')
57
55
  return False
{cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore.egg-info/PKG-INFO RENAMED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  Metadata-Version: 2.1
2
2
  Name: cvmcore
3
- Version: 0.2.1
3
+ Version: 0.2.2
4
4
  Summary: SZQ lab data analysis core function
5
5
  Home-page: https://github.com/hbucqp/cvmplot
6
6
  Author: Qingpo Cui
{cvmcore-0.2.1 → cvmcore-0.2.2}/cvmcore.egg-info/SOURCES.txt RENAMED
@@ -3,15 +3,11 @@ requirements.txt
3
3
  setup.py
4
4
  cvmcore/__init__.py
5
5
  cvmcore/cvmcore.py
6
- cvmcore/test.py
7
6
  cvmcore.egg-info/PKG-INFO
8
7
  cvmcore.egg-info/SOURCES.txt
9
8
  cvmcore.egg-info/dependency_links.txt
10
9
  cvmcore.egg-info/requires.txt
11
10
  cvmcore.egg-info/top_level.txt
12
- cvmcore/inputdir/CPF_RS14355.fasta
13
- cvmcore/inputdir/CPF_RS14360.fasta
14
- cvmcore/inputdir/CPF_RS14365.fasta
15
11
  demodata/demo.ipynb
16
12
  demodata/gene_feature.csv
17
13
  demodata/screenshots/circular_dendrogram.png
cvmcore-0.2.1/cvmcore/inputdir/CPF_RS14355.fasta DELETED
@@ -1,260 +0,0 @@
1
- >1
2
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-
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-
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-
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-
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- ATGCTTGGTATTATTTTAGCAATTATTTCTGGAGCAGCAATGAGTATCCAAGGAGTTTTTAACACAAGAGTTTCAGAAAAGATAGGTGTTTGGGAAACAAATACAATAGTTCAAGGTTCTGCTTTTGTTTTAGCACTTTTTATTATGCTTATGCTAAGAAACGGTAATTACTCTGAACTTCGTTCTGTAAACAAAATATATCTACTTGGAGGAGCAATTGGTGTTGTTATAACATATACTGTTATGGCTGCTGTGGGAAGCTTAGGACCAACCTTTGGTATATCAATAATCTTAATATCCCAACTCTTAACAGCAGGAATAATAGATACTTTTGCCCTTTTTGATAGTGAAAAAATCAGATTTGCTGCCCACAATTATTTAGGAATAATATTAATGATAGTTGGAATTATCATTTTTAAATGGAAAAGTTAA
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