bioforge 2.3.0__tar.gz
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- bioforge-2.3.0/LICENSE +280 -0
- bioforge-2.3.0/PKG-INFO +736 -0
- bioforge-2.3.0/README.md +416 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/__init__.py +74 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/aligner.py +953 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/analyze.py +385 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/bgzf.py +119 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/biocore.py +2092 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/engine/__init__.py +1 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/engine/_loader.py +543 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/engine/build.py +231 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/engine/engine.c +1538 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/engine/engine.dll +0 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/qcreport.py +298 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge/smart_translator.py +601 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge.egg-info/PKG-INFO +736 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge.egg-info/SOURCES.txt +30 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge.egg-info/dependency_links.txt +1 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge.egg-info/entry_points.txt +4 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge.egg-info/requires.txt +19 -0
- bioforge-2.3.0/bioforge.egg-info/top_level.txt +1 -0
- bioforge-2.3.0/pyproject.toml +133 -0
- bioforge-2.3.0/setup.cfg +4 -0
- bioforge-2.3.0/setup.py +110 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_aligner.py +538 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_analyze.py +394 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_bgzf.py +104 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_biocore.py +464 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_errors.py +61 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_qcreport.py +138 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_streaming.py +665 -0
- bioforge-2.3.0/tests/test_translator.py +453 -0
bioforge-2.3.0/LICENSE
ADDED
|
@@ -0,0 +1,280 @@
|
|
|
1
|
+
# PolyForm Noncommercial License 1.0.0
|
|
2
|
+
|
|
3
|
+
<https://polyformproject.org/licenses/noncommercial/1.0.0>
|
|
4
|
+
|
|
5
|
+
Required Notice: Copyright 2026 Aarón Aranda Torrijos
|
|
6
|
+
(https://github.com/erlanders177/bioforge)
|
|
7
|
+
|
|
8
|
+
## Acceptance
|
|
9
|
+
|
|
10
|
+
In order to get any license under these terms, you must agree
|
|
11
|
+
to them as both strict obligations and conditions to all
|
|
12
|
+
your licenses.
|
|
13
|
+
|
|
14
|
+
## Copyright License
|
|
15
|
+
|
|
16
|
+
The licensor grants you a copyright license for the
|
|
17
|
+
software to do everything you might do with the software
|
|
18
|
+
that would otherwise infringe the licensor's copyright
|
|
19
|
+
in it for any permitted purpose. However, you may
|
|
20
|
+
only distribute the software according to [Distribution
|
|
21
|
+
License](#distribution-license) and make changes or new works
|
|
22
|
+
based on the software according to [Changes and New Works
|
|
23
|
+
License](#changes-and-new-works-license).
|
|
24
|
+
|
|
25
|
+
## Distribution License
|
|
26
|
+
|
|
27
|
+
The licensor grants you an additional copyright license
|
|
28
|
+
to distribute copies of the software. Your license
|
|
29
|
+
to distribute covers distributing the software with
|
|
30
|
+
changes and new works permitted by [Changes and New Works
|
|
31
|
+
License](#changes-and-new-works-license).
|
|
32
|
+
|
|
33
|
+
## Notices
|
|
34
|
+
|
|
35
|
+
You must ensure that anyone who gets a copy of any part of
|
|
36
|
+
the software from you also gets a copy of these terms or the
|
|
37
|
+
URL for them above, as well as copies of any plain-text lines
|
|
38
|
+
beginning with `Required Notice:` that the licensor provided
|
|
39
|
+
with the software. For example:
|
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40
|
+
|
|
41
|
+
> Required Notice: Copyright 2026 Aarón Aranda Torrijos
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42
|
+
> (https://github.com/erlanders177/bioforge)
|
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43
|
+
|
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44
|
+
## Changes and New Works License
|
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45
|
+
|
|
46
|
+
The licensor grants you an additional copyright license to
|
|
47
|
+
make changes and new works based on the software for any
|
|
48
|
+
permitted purpose.
|
|
49
|
+
|
|
50
|
+
## Patent License
|
|
51
|
+
|
|
52
|
+
The licensor grants you a patent license for the software that
|
|
53
|
+
covers patent claims the licensor can license, or becomes able
|
|
54
|
+
to license, that you would infringe by using the software.
|
|
55
|
+
|
|
56
|
+
## Noncommercial Purposes
|
|
57
|
+
|
|
58
|
+
Any noncommercial purpose is a permitted purpose.
|
|
59
|
+
|
|
60
|
+
## Personal Uses
|
|
61
|
+
|
|
62
|
+
Personal use for research, experiment, and testing for
|
|
63
|
+
the benefit of public knowledge, personal study, private
|
|
64
|
+
entertainment, hobby projects, amateur pursuits, or religious
|
|
65
|
+
observance, without any anticipated commercial application,
|
|
66
|
+
is use for a permitted purpose.
|
|
67
|
+
|
|
68
|
+
## Noncommercial Organizations
|
|
69
|
+
|
|
70
|
+
Use by any charitable organization, educational institution,
|
|
71
|
+
public research organization, public safety or health
|
|
72
|
+
organization, environmental protection organization,
|
|
73
|
+
or government institution is use for a permitted purpose
|
|
74
|
+
regardless of the source of funding or obligations resulting
|
|
75
|
+
from the funding.
|
|
76
|
+
|
|
77
|
+
## Fair Use
|
|
78
|
+
|
|
79
|
+
You may have "fair use" rights for the software under the
|
|
80
|
+
law. These terms do not limit them.
|
|
81
|
+
|
|
82
|
+
## No Other Rights
|
|
83
|
+
|
|
84
|
+
These terms do not allow you to sublicense or transfer any of
|
|
85
|
+
your licenses to anyone else, or prevent the licensor from
|
|
86
|
+
granting licenses to anyone else. These terms do not imply
|
|
87
|
+
any other licenses.
|
|
88
|
+
|
|
89
|
+
## Patent Defense
|
|
90
|
+
|
|
91
|
+
If you make any written claim that the software infringes or
|
|
92
|
+
contributes to infringement of any patent, your patent license
|
|
93
|
+
for the software granted under these terms ends immediately. If
|
|
94
|
+
your company makes such a claim, your patent license ends
|
|
95
|
+
immediately for work on behalf of your company.
|
|
96
|
+
|
|
97
|
+
## Violations
|
|
98
|
+
|
|
99
|
+
The first time you are notified in writing that you have
|
|
100
|
+
violated any of these terms, or done anything with the software
|
|
101
|
+
not covered by your licenses, your licenses can nonetheless
|
|
102
|
+
continue if you come into full compliance with these terms,
|
|
103
|
+
and take practical steps to correct past violations, within
|
|
104
|
+
32 days of receiving notice. Otherwise, all your licenses
|
|
105
|
+
end immediately.
|
|
106
|
+
|
|
107
|
+
## No Liability
|
|
108
|
+
|
|
109
|
+
***As far as the law allows, the software comes as is, without
|
|
110
|
+
any warranty or condition, and the licensor will not be liable
|
|
111
|
+
to you for any damages arising out of these terms or the use
|
|
112
|
+
or nature of the software, under any kind of legal claim.***
|
|
113
|
+
|
|
114
|
+
## Definitions
|
|
115
|
+
|
|
116
|
+
The **licensor** is the individual or entity offering these
|
|
117
|
+
terms, and the **software** is the software the licensor makes
|
|
118
|
+
available under these terms.
|
|
119
|
+
|
|
120
|
+
**You** refers to the individual or entity agreeing to these
|
|
121
|
+
terms.
|
|
122
|
+
|
|
123
|
+
**Your company** is any legal entity, sole proprietorship,
|
|
124
|
+
or other kind of organization that you work for, plus all
|
|
125
|
+
organizations that have control over, are under the control of,
|
|
126
|
+
or are under common control with that organization. **Control**
|
|
127
|
+
means ownership of substantially all the assets of an entity,
|
|
128
|
+
or the power to direct its management and policies by vote,
|
|
129
|
+
contract, or otherwise. Control can be direct or indirect.
|
|
130
|
+
|
|
131
|
+
**Your licenses** are all the licenses granted to you for the
|
|
132
|
+
software under these terms.
|
|
133
|
+
|
|
134
|
+
**Use** means anything you do with the software requiring one
|
|
135
|
+
of your licenses.
|
|
136
|
+
|
|
137
|
+
---
|
|
138
|
+
|
|
139
|
+
# Traducción al español (informativa)
|
|
140
|
+
|
|
141
|
+
> **Nota:** Esta traducción se ofrece únicamente como referencia.
|
|
142
|
+
> El texto legalmente vinculante es el inglés que aparece arriba.
|
|
143
|
+
|
|
144
|
+
---
|
|
145
|
+
|
|
146
|
+
# Licencia PolyForm No Comercial 1.0.0
|
|
147
|
+
|
|
148
|
+
<https://polyformproject.org/licenses/noncommercial/1.0.0>
|
|
149
|
+
|
|
150
|
+
Aviso obligatorio: Copyright 2026 Aarón Aranda Torrijos
|
|
151
|
+
(https://github.com/erlanders177/bioforge)
|
|
152
|
+
|
|
153
|
+
## Aceptación
|
|
154
|
+
|
|
155
|
+
Para obtener cualquier licencia bajo estos términos, debes aceptarlos
|
|
156
|
+
como obligaciones estrictas y condiciones de todas tus licencias.
|
|
157
|
+
|
|
158
|
+
## Licencia de derechos de autor
|
|
159
|
+
|
|
160
|
+
El licenciante te otorga una licencia de derechos de autor sobre el
|
|
161
|
+
software para hacer todo lo que podrías hacer con él y que de otro modo
|
|
162
|
+
infringiría los derechos de autor del licenciante, para cualquier
|
|
163
|
+
propósito permitido. Sin embargo, solo puedes distribuir el software
|
|
164
|
+
según la [Licencia de distribución](#licencia-de-distribución) y realizar
|
|
165
|
+
cambios u obras nuevas basadas en el software según la
|
|
166
|
+
[Licencia de cambios y obras nuevas](#licencia-de-cambios-y-obras-nuevas).
|
|
167
|
+
|
|
168
|
+
## Licencia de distribución
|
|
169
|
+
|
|
170
|
+
El licenciante te otorga una licencia adicional de derechos de autor
|
|
171
|
+
para distribuir copias del software. Tu licencia de distribución cubre
|
|
172
|
+
la distribución del software con los cambios y obras nuevas permitidos
|
|
173
|
+
por la Licencia de cambios y obras nuevas.
|
|
174
|
+
|
|
175
|
+
## Avisos
|
|
176
|
+
|
|
177
|
+
Debes asegurarte de que cualquier persona que reciba una copia de
|
|
178
|
+
cualquier parte del software de tu parte también reciba una copia de
|
|
179
|
+
estos términos o la URL indicada arriba, así como copias de las líneas
|
|
180
|
+
de texto plano que comiencen con `Aviso obligatorio:` que el licenciante
|
|
181
|
+
haya proporcionado con el software. Por ejemplo:
|
|
182
|
+
|
|
183
|
+
> Aviso obligatorio: Copyright 2026 Aarón Aranda Torrijos
|
|
184
|
+
> (https://github.com/erlanders177/bioforge)
|
|
185
|
+
|
|
186
|
+
## Licencia de cambios y obras nuevas
|
|
187
|
+
|
|
188
|
+
El licenciante te otorga una licencia adicional de derechos de autor
|
|
189
|
+
para realizar cambios y obras nuevas basadas en el software para
|
|
190
|
+
cualquier propósito permitido.
|
|
191
|
+
|
|
192
|
+
## Licencia de patentes
|
|
193
|
+
|
|
194
|
+
El licenciante te otorga una licencia de patentes sobre el software que
|
|
195
|
+
cubre las reivindicaciones de patentes que el licenciante puede
|
|
196
|
+
licenciar, o llegue a poder licenciar, que infringirías al usar el
|
|
197
|
+
software.
|
|
198
|
+
|
|
199
|
+
## Propósitos no comerciales
|
|
200
|
+
|
|
201
|
+
Cualquier propósito no comercial es un propósito permitido.
|
|
202
|
+
|
|
203
|
+
## Usos personales
|
|
204
|
+
|
|
205
|
+
El uso personal para investigación, experimentación y pruebas en
|
|
206
|
+
beneficio del conocimiento público, estudio personal, entretenimiento
|
|
207
|
+
privado, proyectos de aficionado, actividades de amateur u observancia
|
|
208
|
+
religiosa, sin ninguna aplicación comercial prevista, es un uso para un
|
|
209
|
+
propósito permitido.
|
|
210
|
+
|
|
211
|
+
## Organizaciones no comerciales
|
|
212
|
+
|
|
213
|
+
El uso por parte de cualquier organización benéfica, institución
|
|
214
|
+
educativa, organización de investigación pública, organización de
|
|
215
|
+
seguridad o salud pública, organización de protección ambiental o
|
|
216
|
+
institución gubernamental es un uso para un propósito permitido,
|
|
217
|
+
independientemente de la fuente de financiación u obligaciones
|
|
218
|
+
derivadas de dicha financiación.
|
|
219
|
+
|
|
220
|
+
## Uso legítimo
|
|
221
|
+
|
|
222
|
+
Puedes tener derechos de "uso legítimo" sobre el software según la
|
|
223
|
+
ley. Estos términos no los limitan.
|
|
224
|
+
|
|
225
|
+
## Ningún otro derecho
|
|
226
|
+
|
|
227
|
+
Estos términos no te permiten sublicenciar ni transferir ninguna de
|
|
228
|
+
tus licencias a ninguna otra persona, ni impiden que el licenciante
|
|
229
|
+
otorgue licencias a otras personas. Estos términos no implican ninguna
|
|
230
|
+
otra licencia.
|
|
231
|
+
|
|
232
|
+
## Defensa de patentes
|
|
233
|
+
|
|
234
|
+
Si realizas cualquier reclamación por escrito de que el software
|
|
235
|
+
infringe o contribuye a la infracción de cualquier patente, tu licencia
|
|
236
|
+
de patentes sobre el software otorgada bajo estos términos termina
|
|
237
|
+
inmediatamente. Si tu empresa realiza dicha reclamación, tu licencia
|
|
238
|
+
de patentes termina inmediatamente para el trabajo en nombre de tu
|
|
239
|
+
empresa.
|
|
240
|
+
|
|
241
|
+
## Infracciones
|
|
242
|
+
|
|
243
|
+
La primera vez que se te notifique por escrito que has infringido
|
|
244
|
+
alguno de estos términos, o que has hecho algo con el software no
|
|
245
|
+
cubierto por tus licencias, tus licencias pueden no obstante continuar
|
|
246
|
+
si cumples completamente con estos términos y tomas medidas prácticas
|
|
247
|
+
para corregir las infracciones pasadas, dentro de los 32 días
|
|
248
|
+
siguientes a la recepción de la notificación. De lo contrario, todas
|
|
249
|
+
tus licencias terminan inmediatamente.
|
|
250
|
+
|
|
251
|
+
## Sin responsabilidad
|
|
252
|
+
|
|
253
|
+
***En la medida en que lo permita la ley, el software se proporciona
|
|
254
|
+
tal cual, sin ninguna garantía ni condición, y el licenciante no será
|
|
255
|
+
responsable ante ti por ningún daño derivado de estos términos o del
|
|
256
|
+
uso o la naturaleza del software, bajo ningún tipo de reclamación
|
|
257
|
+
legal.***
|
|
258
|
+
|
|
259
|
+
## Definiciones
|
|
260
|
+
|
|
261
|
+
El **licenciante** es la persona o entidad que ofrece estos términos,
|
|
262
|
+
y el **software** es el software que el licenciante pone a disposición
|
|
263
|
+
bajo estos términos.
|
|
264
|
+
|
|
265
|
+
**Tú** hace referencia a la persona o entidad que acepta estos
|
|
266
|
+
términos.
|
|
267
|
+
|
|
268
|
+
**Tu empresa** es cualquier entidad legal, empresa unipersonal u otro
|
|
269
|
+
tipo de organización para la que trabajas, más todas las organizaciones
|
|
270
|
+
que tienen control sobre ella, están bajo su control, o están bajo
|
|
271
|
+
control común con ella. **Control** significa la titularidad de
|
|
272
|
+
prácticamente todos los activos de una entidad, o el poder de dirigir
|
|
273
|
+
su gestión y políticas mediante voto, contrato u otro medio. El control
|
|
274
|
+
puede ser directo o indirecto.
|
|
275
|
+
|
|
276
|
+
**Tus licencias** son todas las licencias que se te otorgan sobre el
|
|
277
|
+
software bajo estos términos.
|
|
278
|
+
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**Uso** significa cualquier cosa que hagas con el software que requiera
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una de tus licencias.
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