VedatMSA 1.0.0__tar.gz

vedatmsa-1.0.0/PKG-INFO

@@ -0,0 +1,47 @@
+Metadata-Version: 2.4
+Name: VedatMSA
+Version: 1.0.0
+Summary: MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması
+Author: Vedat Ersoy
+License-Expression: MIT
+Project-URL: Homepage, https://github.com/ersoy0710-tech/VedatMSA
+Keywords: bioinformatics,MSA,MUSCLE,alignment
+Requires-Python: >=3.8
+Description-Content-Type: text/markdown
+
+# VedatMSA
+
+MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması (Multiple Sequence Alignment)
+
+Vedat Ersoy — İstanbul Rumeli Üniversitesi Yazılım Mühendisliği
+
+## Kurulum
+
+```bash
+pip install VedatMSA
+```
+
+## Kullanım
+
+```python
+from vedatmsa import muscle
+
+diziler = [
+    ("Insan",  "ATCGATCGTTGCA"),
+    ("Fare",   "ATCGTTCGTTGCA"),
+    ("Tavuk",  "ATCGAACGTTGTA"),
+]
+
+sonuc = muscle(diziler, verbose=True)
+
+for isim, hizalanmis in sonuc:
+    print(f"{isim:10} {hizalanmis}")
+```
+
+## Algoritma
+
+MUSCLE 3 aşamada çalışır:
+
+1. **Aşama 1** — k-mer mesafe matrisi + UPGMA ağacı + progressive alignment
+2. **Aşama 2** — Hizalanmış dizilerle yeni mesafe matrisi + yeni ağaç + tekrar hizalama  
+3. **Aşama 3** — Refinement: hizalamayı bölerek iteratif iyileştirme

vedatmsa-1.0.0/README.md

@@ -0,0 +1,36 @@
+# VedatMSA
+
+MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması (Multiple Sequence Alignment)
+
+Vedat Ersoy — İstanbul Rumeli Üniversitesi Yazılım Mühendisliği
+
+## Kurulum
+
+```bash
+pip install VedatMSA
+```
+
+## Kullanım
+
+```python
+from vedatmsa import muscle
+
+diziler = [
+    ("Insan",  "ATCGATCGTTGCA"),
+    ("Fare",   "ATCGTTCGTTGCA"),
+    ("Tavuk",  "ATCGAACGTTGTA"),
+]
+
+sonuc = muscle(diziler, verbose=True)
+
+for isim, hizalanmis in sonuc:
+    print(f"{isim:10} {hizalanmis}")
+```
+
+## Algoritma
+
+MUSCLE 3 aşamada çalışır:
+
+1. **Aşama 1** — k-mer mesafe matrisi + UPGMA ağacı + progressive alignment
+2. **Aşama 2** — Hizalanmış dizilerle yeni mesafe matrisi + yeni ağaç + tekrar hizalama  
+3. **Aşama 3** — Refinement: hizalamayı bölerek iteratif iyileştirme

vedatmsa-1.0.0/VedatMSA.egg-info/PKG-INFO

@@ -0,0 +1,47 @@
+Metadata-Version: 2.4
+Name: VedatMSA
+Version: 1.0.0
+Summary: MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması
+Author: Vedat Ersoy
+License-Expression: MIT
+Project-URL: Homepage, https://github.com/ersoy0710-tech/VedatMSA
+Keywords: bioinformatics,MSA,MUSCLE,alignment
+Requires-Python: >=3.8
+Description-Content-Type: text/markdown
+
+# VedatMSA
+
+MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması (Multiple Sequence Alignment)
+
+Vedat Ersoy — İstanbul Rumeli Üniversitesi Yazılım Mühendisliği
+
+## Kurulum
+
+```bash
+pip install VedatMSA
+```
+
+## Kullanım
+
+```python
+from vedatmsa import muscle
+
+diziler = [
+    ("Insan",  "ATCGATCGTTGCA"),
+    ("Fare",   "ATCGTTCGTTGCA"),
+    ("Tavuk",  "ATCGAACGTTGTA"),
+]
+
+sonuc = muscle(diziler, verbose=True)
+
+for isim, hizalanmis in sonuc:
+    print(f"{isim:10} {hizalanmis}")
+```
+
+## Algoritma
+
+MUSCLE 3 aşamada çalışır:
+
+1. **Aşama 1** — k-mer mesafe matrisi + UPGMA ağacı + progressive alignment
+2. **Aşama 2** — Hizalanmış dizilerle yeni mesafe matrisi + yeni ağaç + tekrar hizalama  
+3. **Aşama 3** — Refinement: hizalamayı bölerek iteratif iyileştirme

vedatmsa-1.0.0/VedatMSA.egg-info/SOURCES.txt

@@ -0,0 +1,11 @@
+README.md
+pyproject.toml
+VedatMSA.egg-info/PKG-INFO
+VedatMSA.egg-info/SOURCES.txt
+VedatMSA.egg-info/dependency_links.txt
+VedatMSA.egg-info/top_level.txt
+vedatmsa/__init__.py
+vedatmsa/align.py
+vedatmsa/distance.py
+vedatmsa/muscle.py
+vedatmsa/tree.py

vedatmsa-1.0.0/VedatMSA.egg-info/dependency_links.txt

@@ -0,0 +1 @@
+

vedatmsa-1.0.0/VedatMSA.egg-info/top_level.txt

@@ -0,0 +1 @@
+vedatmsa

vedatmsa-1.0.0/pyproject.toml

@@ -0,0 +1,20 @@
+[build-system]
+requires = ["setuptools>=61.0", "wheel"]
+build-backend = "setuptools.build_meta"
+
+[project]
+name = "VedatMSA"
+version = "1.0.0"
+description = "MUSCLE algoritmasıyla Çoklu Dizi Hizalaması"
+readme = "README.md"
+license = "MIT"
+authors = [{ name = "Vedat Ersoy" }]
+requires-python = ">=3.8"
+keywords = ["bioinformatics", "MSA", "MUSCLE", "alignment"]
+
+[project.urls]
+Homepage = "https://github.com/ersoy0710-tech/VedatMSA"
+
+[tool.setuptools.packages.find]
+where = ["."]
+include = ["vedatmsa*"]

vedatmsa-1.0.0/setup.cfg

@@ -0,0 +1,4 @@
+[egg_info]
+tag_build = 
+tag_date = 0
+

vedatmsa-1.0.0/vedatmsa/__init__.py

@@ -0,0 +1,4 @@
+from .muscle import muscle
+
+__version__ = "1.0.0"
+__author__ = "Vedat Ersoy"

vedatmsa-1.0.0/vedatmsa/align.py

@@ -0,0 +1,91 @@
+# Needleman-Wunsch global alignment
+# İki diziyi en iyi şekilde hizalar (gap ekleyerek)
+
+ESLEME = 1      # aynı karakter
+UYUMSUZ = -1    # farklı karakter
+GAP = -2        # boşluk cezası
+
+
+def needleman_wunsch(dizi1, dizi2):
+    m, n = len(dizi1), len(dizi2)
+
+    # DP tablosunu olustur
+    tablo = [[0] * (n + 1) for _ in range(m + 1)]
+    for i in range(m + 1):
+        tablo[i][0] = i * GAP
+    for j in range(n + 1):
+        tablo[0][j] = j * GAP
+
+    # Tabloyu doldur
+    for i in range(1, m + 1):
+        for j in range(1, n + 1):
+            eslesme = ESLEME if dizi1[i-1].upper() == dizi2[j-1].upper() else UYUMSUZ
+            capraz = tablo[i-1][j-1] + eslesme
+            yukari = tablo[i-1][j] + GAP
+            sol    = tablo[i][j-1] + GAP
+            tablo[i][j] = max(capraz, yukari, sol)
+
+    # Geri izleme
+    hiz1, hiz2 = [], []
+    i, j = m, n
+    while i > 0 or j > 0:
+        if i > 0 and j > 0:
+            eslesme = ESLEME if dizi1[i-1].upper() == dizi2[j-1].upper() else UYUMSUZ
+            if tablo[i][j] == tablo[i-1][j-1] + eslesme:
+                hiz1.append(dizi1[i-1])
+                hiz2.append(dizi2[j-1])
+                i -= 1; j -= 1
+            elif tablo[i][j] == tablo[i-1][j] + GAP:
+                hiz1.append(dizi1[i-1])
+                hiz2.append('-')
+                i -= 1
+            else:
+                hiz1.append('-')
+                hiz2.append(dizi2[j-1])
+                j -= 1
+        elif i > 0:
+            hiz1.append(dizi1[i-1]); hiz2.append('-'); i -= 1
+        else:
+            hiz1.append('-'); hiz2.append(dizi2[j-1]); j -= 1
+
+    return ''.join(reversed(hiz1)), ''.join(reversed(hiz2))
+
+
+def iki_grubu_hizala(grup1, grup2):
+    # Her iki grubun ilk dizisini temsil olarak kullan
+    temsilci1 = grup1[0]
+    temsilci2 = grup2[0]
+
+    hiz1, hiz2 = needleman_wunsch(temsilci1, temsilci2)
+
+    # Hizalamayı tüm gruba uygula (aynı gap pozisyonlarını ekle)
+    def gap_ekle(diziler, referans_oncesi, referans_sonrasi):
+        sonuc = []
+        for dizi in diziler:
+            yeni = []
+            dizi_idx = 0
+            for c in referans_sonrasi:
+                if c == '-':
+                    yeni.append('-')
+                else:
+                    yeni.append(dizi[dizi_idx] if dizi_idx < len(dizi) else '-')
+                    dizi_idx += 1
+            sonuc.append(''.join(yeni))
+        return sonuc
+
+    yeni_grup1 = gap_ekle(grup1, temsilci1, hiz1)
+    yeni_grup2 = gap_ekle(grup2, temsilci2, hiz2)
+
+    return yeni_grup1, yeni_grup2
+
+
+def progressive_hizala(agac, dizi_sozlugu):
+    # Ağacın yapraklarından köküne doğru hizala
+    if agac.yaprak_mi():
+        return [dizi_sozlugu[agac.isim]]
+
+    sol_diziler = progressive_hizala(agac.sol, dizi_sozlugu)
+    sag_diziler = progressive_hizala(agac.sag, dizi_sozlugu)
+
+    yeni_sol, yeni_sag = iki_grubu_hizala(sol_diziler, sag_diziler)
+    return yeni_sol + yeni_sag

vedatmsa-1.0.0/vedatmsa/distance.py

@@ -0,0 +1,38 @@
+# k-mer mesafe hesabı
+# İki dizi arasındaki benzerliği hızlıca ölçmek için kullanılır
+# Örnek: k=3 ise "ATCG" -> ["ATC", "TCG"]
+
+def kmer_mesafe(dizi1, dizi2, k=3):
+    def kmer_bul(dizi, k):
+        kmers = {}
+        for i in range(len(dizi) - k + 1):
+            parca = dizi[i:i+k]
+            kmers[parca] = kmers.get(parca, 0) + 1
+        return kmers
+
+    kmers1 = kmer_bul(dizi1.upper(), k)
+    kmers2 = kmer_bul(dizi2.upper(), k)
+
+    tum_kmers = set(kmers1) | set(kmers2)
+    ortak = sum(min(kmers1.get(kmer, 0), kmers2.get(kmer, 0)) for kmer in tum_kmers)
+    toplam = sum(kmers1.values()) + sum(kmers2.values())
+
+    if toplam == 0:
+        return 1.0
+
+    benzerlik = (2 * ortak) / toplam
+    return 1.0 - benzerlik  # mesafe = 1 - benzerlik
+
+
+def mesafe_matrisi_olustur(diziler, k=3):
+    # diziler: [("isim", "ATCG..."), ...]
+    n = len(diziler)
+    matris = [[0.0] * n for _ in range(n)]
+
+    for i in range(n):
+        for j in range(i + 1, n):
+            d = kmer_mesafe(diziler[i][1], diziler[j][1], k)
+            matris[i][j] = d
+            matris[j][i] = d
+
+    return matris

vedatmsa-1.0.0/vedatmsa/muscle.py

@@ -0,0 +1,92 @@
+# MUSCLE - Multiple Sequence Alignment
+# 3 aşama: kaba hizalama -> iyileştirilmiş ağaç -> refinement
+
+from .distance import mesafe_matrisi_olustur
+from .tree import upgma
+from .align import progressive_hizala, iki_grubu_hizala
+
+
+def hizalama_skoru(diziler):
+    # Toplam match sayısını skor olarak kullan
+    if not diziler or len(diziler) < 2:
+        return 0
+    skor = 0
+    uzunluk = len(diziler[0])
+    for pos in range(uzunluk):
+        sutun = [dizi[pos] for dizi in diziler if pos < len(dizi)]
+        en_sik = max(set(sutun), key=sutun.count)
+        if en_sik != '-':
+            skor += sutun.count(en_sik)
+    return skor
+
+
+def refine(isimler, diziler, tekrar=3):
+    # Aşama 3: hizalamayı ikiye bölüp tekrar hizala, iyileşiyorsa güncelle
+    guncel = list(diziler)
+    guncel_skor = hizalama_skoru(guncel)
+
+    for _ in range(tekrar):
+        n = len(guncel)
+        if n < 2:
+            break
+        ortadan = n // 2
+        grup1 = guncel[:ortadan]
+        grup2 = guncel[ortadan:]
+
+        yeni1, yeni2 = iki_grubu_hizala(grup1, grup2)
+        yeni = yeni1 + yeni2
+        yeni_skor = hizalama_skoru(yeni)
+
+        if yeni_skor > guncel_skor:
+            guncel = yeni
+            guncel_skor = yeni_skor
+
+    return guncel
+
+
+def muscle(diziler, verbose=False):
+    """
+    MUSCLE ile çoklu dizi hizalaması yapar.
+
+    diziler: [("isim", "ATCG..."), ...]
+    Döndürür: [("isim", "hizalanmis_dizi"), ...]
+    """
+    if len(diziler) < 2:
+        raise ValueError("En az 2 dizi gerekli.")
+
+    isimler = [isim for isim, _ in diziler]
+    dizi_sozlugu = {isim: dizi for isim, dizi in diziler}
+
+    # --- AŞAMA 1: k-mer mesafesiyle kaba hizalama ---
+    if verbose:
+        print("Aşama 1: k-mer mesafe matrisi hesaplanıyor...")
+    matris = mesafe_matrisi_olustur(diziler)
+
+    if verbose:
+        print("Aşama 1: UPGMA ağacı oluşturuluyor...")
+    agac = upgma(isimler, matris)
+
+    if verbose:
+        print("Aşama 1: Progressive hizalama yapılıyor...")
+    hizalanmis = progressive_hizala(agac, dizi_sozlugu)
+
+    # --- AŞAMA 2: Hizalanmış dizilerle yeni mesafe matrisi ---
+    if verbose:
+        print("Aşama 2: Yeni mesafe matrisi hesaplanıyor...")
+    hizalanmis_diziler = list(zip(isimler, hizalanmis))
+    matris2 = mesafe_matrisi_olustur(hizalanmis_diziler)
+
+    if verbose:
+        print("Aşama 2: Yeni UPGMA ağacı ve hizalama...")
+    agac2 = upgma(isimler, matris2)
+    hizalanmis = progressive_hizala(agac2, dizi_sozlugu)
+
+    # --- AŞAMA 3: Refinement ---
+    if verbose:
+        print("Aşama 3: Refinement yapılıyor...")
+    hizalanmis = refine(isimler, hizalanmis)
+
+    if verbose:
+        print(f"Tamamlandı! Skor: {hizalama_skoru(hizalanmis)}")
+
+    return list(zip(isimler, hizalanmis))

vedatmsa-1.0.0/vedatmsa/tree.py

@@ -0,0 +1,69 @@
+# UPGMA algoritması ile rehber ağaç oluşturma
+# En yakın iki diziyi bulup birleştirir, ta ki tek ağaç kalana kadar
+
+import copy
+
+class Dugum:
+    def __init__(self, isim=None, sol=None, sag=None):
+        self.isim = isim  # yaprak dugum ise dizi adi
+        self.sol = sol
+        self.sag = sag
+
+    def yaprak_mi(self):
+        return self.sol is None and self.sag is None
+
+    def yapraklari_getir(self):
+        if self.yaprak_mi():
+            return [self.isim]
+        yapraklar = []
+        if self.sol:
+            yapraklar += self.sol.yapraklari_getir()
+        if self.sag:
+            yapraklar += self.sag.yapraklari_getir()
+        return yapraklar
+
+
+def upgma(isimler, matris):
+    dugumler = [Dugum(isim=isim) for isim in isimler]
+    mat = copy.deepcopy(matris)
+    kume_boyutlari = [1] * len(isimler)
+
+    while len(dugumler) > 1:
+        n = len(dugumler)
+
+        # En kucuk mesafeyi bul
+        min_dist = float('inf')
+        min_i, min_j = 0, 1
+        for i in range(n):
+            for j in range(i + 1, n):
+                if mat[i][j] < min_dist:
+                    min_dist = mat[i][j]
+                    min_i, min_j = i, j
+
+        # Yeni ic dugum olustur
+        yeni = Dugum(sol=dugumler[min_i], sag=dugumler[min_j])
+        boy_i = kume_boyutlari[min_i]
+        boy_j = kume_boyutlari[min_j]
+        yeni_boy = boy_i + boy_j
+
+        # Yeni mesafeleri hesapla (agirlikli ortalama)
+        yeni_mesafeler = []
+        for k in range(n):
+            if k == min_i or k == min_j:
+                continue
+            d = (boy_i * mat[min_i][k] + boy_j * mat[min_j][k]) / yeni_boy
+            yeni_mesafeler.append(d)
+
+        # Guncelle
+        kalan = [k for k in range(n) if k != min_i and k != min_j]
+        dugumler = [dugumler[k] for k in kalan] + [yeni]
+        kume_boyutlari = [kume_boyutlari[k] for k in kalan] + [yeni_boy]
+
+        yeni_mat = []
+        for i, ki in enumerate(kalan):
+            satir = [mat[ki][kj] for kj in kalan] + [yeni_mesafeler[i]]
+            yeni_mat.append(satir)
+        yeni_mat.append(yeni_mesafeler + [0.0])
+        mat = yeni_mat
+
+    return dugumler[0]