SigProfilerAssignment 1.0.2__tar.gz → 1.0.4__tar.gz

{sigprofilerassignment-1.0.2 → sigprofilerassignment-1.0.4}/MANIFEST.in

@@ -5,7 +5,9 @@ include SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/GRCh37/*
 include SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/GRCh38/*
 include SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/mm9/*
 include SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/mm10/*
+include SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/mm39/*
 include SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/rn6/*
+include SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/rn7/*
 include SigProfilerAssignment/DecompositionPlots/ReferenceFiles/Fonts/*
 include SigProfilerAssignment/DecompositionPlots/ReferenceFiles/*
 include SigProfilerAssignment/DecompositionPlots/*

{sigprofilerassignment-1.0.2/SigProfilerAssignment.egg-info → sigprofilerassignment-1.0.4}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: SigProfilerAssignment
-Version: 1.0.2
+Version: 1.0.4
 Summary: Mutational signatures attribution and decomposition tool
 Home-page: https://github.com/AlexandrovLab/SigProfilerAssignment.git
 Author: Raviteja Vangara
@@ -124,8 +124,8 @@ exclude_signature_subgroups = ['MMR_deficiency_signatures',
                                'HR_deficiency_signatures' ,
                                'BER_deficiency_signatures',
                                'Chemotherapy_signatures',
-                               'Immunosuppressants_signatures'
-                               'Treatment_signatures'
+                               'Immunosuppressants_signatures',
+                               'Treatment_signatures',
                                'APOBEC_signatures',
                                'Tobacco_signatures',
                                'UV_signatures',

{sigprofilerassignment-1.0.2 → sigprofilerassignment-1.0.4}/README.md

@@ -90,8 +90,8 @@ exclude_signature_subgroups = ['MMR_deficiency_signatures',
                                'HR_deficiency_signatures' ,
                                'BER_deficiency_signatures',
                                'Chemotherapy_signatures',
-                               'Immunosuppressants_signatures'
-                               'Treatment_signatures'
+                               'Immunosuppressants_signatures',
+                               'Treatment_signatures',
                                'APOBEC_signatures',
                                'Tobacco_signatures',
                                'UV_signatures',

{sigprofilerassignment-1.0.2 → sigprofilerassignment-1.0.4}/SigProfilerAssignment/Analyzer.py

@@ -25,6 +25,7 @@ def decompose_fit(
     export_probabilities_per_mutation=False,
     volume=None,
     cpu=-1,
+    add_background_signatures=True,
 ):
     decomp.spa_analyze(
         samples=samples,
@@ -53,6 +54,7 @@ def decompose_fit(
         export_probabilities_per_mutation=export_probabilities_per_mutation,
         volume=volume,
         cpu=cpu,
+        add_background_signatures=add_background_signatures,
     )
 
 
@@ -79,6 +81,7 @@ def denovo_fit(
     export_probabilities_per_mutation=False,
     volume=None,
     cpu=-1,
+    add_background_signatures=True,
 ):
     decomp.spa_analyze(
         samples=samples,
@@ -106,6 +109,7 @@ def denovo_fit(
         export_probabilities_per_mutation=export_probabilities_per_mutation,
         volume=volume,
         cpu=cpu,
+        add_background_signatures=add_background_signatures,
     )
 
 
@@ -133,6 +137,7 @@ def cosmic_fit(
     sample_reconstruction_plots=False,
     volume=None,
     cpu=-1,
+    add_background_signatures=True,
 ):
     decomp.spa_analyze(
         samples=samples,
@@ -161,4 +166,5 @@ def cosmic_fit(
         sample_reconstruction_plots=sample_reconstruction_plots,
         volume=volume,
         cpu=cpu,
+        add_background_signatures=add_background_signatures,
     )

{sigprofilerassignment-1.0.2 → sigprofilerassignment-1.0.4}/SigProfilerAssignment/controllers/cli_controller.py

@@ -154,6 +154,14 @@ def parse_arguments_common(args: List[str], description: str) -> argparse.Namesp
             "'png' (PNG only, PDF removed)."
         ),
     )
+    parser.add_argument(
+        "--add_background_signatures",
+        type=str2bool,
+        nargs="?",
+        const=True,
+        default=True,
+        help="Automatically add background signatures SBS1 and SBS5 (default: True).",
+    )
     
 
     return parser.parse_args(args)
@@ -189,6 +197,7 @@ class CliController:
             context_type=parsed_args.context_type,
             export_probabilities=parsed_args.export_probabilities,
             export_probabilities_per_mutation=parsed_args.export_probabilities_per_mutation,
+            add_background_signatures=parsed_args.add_background_signatures,
         )
 
     def dispatch_denovo_fit(self, user_args: List[str]) -> None:
@@ -219,6 +228,7 @@ class CliController:
             context_type=parsed_args.context_type,
             export_probabilities=parsed_args.export_probabilities,
             export_probabilities_per_mutation=parsed_args.export_probabilities_per_mutation,
+            add_background_signatures=parsed_args.add_background_signatures,
         )
 
     def dispatch_cosmic_fit(self, user_args: List[str]) -> None:
@@ -250,4 +260,5 @@ class CliController:
             export_probabilities=parsed_args.export_probabilities,
             export_probabilities_per_mutation=parsed_args.export_probabilities_per_mutation,
             sample_reconstruction_plots=parsed_args.sample_reconstruction_plots,
+            add_background_signatures=parsed_args.add_background_signatures,
         )

sigprofilerassignment-1.0.4/SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/mm39/COSMIC_v1_SBS_mm39.txt

@@ -0,0 +1,97 @@
+Type	Signature_1A	Signature_1B	Signature_2	Signature_3	Signature_4	Signature_5	Signature_6	Signature_7	Signature_8	Signature_9	Signature_10	Signature_11	Signature_12	Signature_13	Signature_14	Signature_15	Signature_16	Signature_17	Signature_18	Signature_19	Signature_20	Signature_21
+A[C>A]A	0.0135373207541047	0.0121011311141129	0.0116464448051069	0.0268645928121077	0.0412815942770446	0.0169727473857836	0.00205864818980871	0.000447659838344086	0.0417395313611501	0.0138448671467317	0.000793427033856875	0.000223521072968933	0.00871108524538569	0.000770793532069118	0.000115647548464167	0.00155664937311541	0.0182865975158385	0.00200133311365336	0.0564940108421038	0.0122070684392295	0.00148120675233942	0.000113344081324979
+A[C>A]C	0.00996381552166897	0.00969613670358496	0.0060625741429568	0.0197587015294594	0.0313144818744936	0.00908404004016148	0.00303818628446558	0.000501396503064176	0.0291678757186968	0.00692636706619765	0.00101562201893289	0.00100140932688836	0.00476433784886318	9.86650126370243e-05	0.00435220030869771	0.00429171223504379	0.0098719266231285	0.000298876167036169	0.00769430063135804	0.00756453916311703	0.00245022928789241	0.000710918868410597
+A[C>A]G	0.00145218063905164	0.00149117047641206	0.00115494715325766	0.00170348105603863	0.0165778945632949	0.00200725822667754	0.000484973383761311	0	0.00154441267782468	0.000462053471621843	0.000272360984391749	0	0.00154044127457347	8.81971818448727e-05	0.000463149417205102	0	0.00200144839927533	0	0.00153849472905518	0.000456890673388906	0	0
+A[C>A]T	0.00677075674550501	0.00693185380855914	0.0036491167874223	0.0171190410207768	0.024437222068403	0.00931827818151175	0.00204582640369226	0.000398043098806879	0.0302554049268569	0.00697587073514507	0.0092721136493033	0.000198746934418554	0.00462723264552981	0.000195817716786281	0.0304375790872603	0.00606882018065487	0.00888733738683368	0.00316357998668563	0.0181841474603886	0.00750656563999736	0.0029380033986755	0.000604688991474851
+A[C>G]A	0.00217564083548111	0.00593420852711307	0.00532408905376313	0.0241781335308969	0.0109707250544475	0.0133275935848099	0.00157426038044195	0	0.00964092436330912	0.00553794685869266	0.000566733595612053	0.000782323755391266	0.00350706029359683	0.00198204051103488	0.000115647548464167	0.00131716485417458	0.00545190484944253	0.00177896276769188	0.00158183230357891	0.00661691560257297	0.000569694904745931	0.000566720406624892
+A[C>G]C	0.00281586090829775	0.00448315998122746	0.00308098030215837	0.0109324795264522	0.00547243372563965	0.00745095419024481	0.00130207983619953	0	0.00376031847244523	0.00237770809735143	0.000304686605679867	0.000300422798066507	0.00152053335602016	0.00138131017691834	0	0.000107292805876095	0.0024425385459287	0.0015940062241929	0.00172109356227746	0.0019422465418814	0.00224604351390137	0.000812478706754968
+A[C>G]G	0.000580872255620657	0.00111837785730904	0.000177684177424255	0.00340696211207726	0.00280827722110461	0.00209849723698106	0	0	0.00072678243662338	0	0	0	0	0.000617380272914109	0	0.000575457673855275	0	0	0.0024434916284994	0	0	0
+A[C>G]T	0.00322416987881191	0.00558686724868946	0.00611473623838331	0.0207020961181487	0.00543049379297844	0.0118504189917052	0.00193815132981372	9.95107747017198e-05	0.00816895933025137	0.00389828070493401	0.000201567688028333	0.000894361204883494	0.00251480035083142	0.00137072401750397	0.000102829659078582	0.00106470529485173	0.00737245033225976	0.00118634249500711	0.004319990833131	0.007303685487565	0.000607862772139758	0.00181406697442455
+A[C>T]A	0.0358980737854383	0.0308346129349993	0.0082079706245515	0.0207081236259997	0.0135720309951928	0.0249465213254134	0.0377822491306069	0	0.0259737844611504	0.010729772038717	0	0.025146120709005	0.0136888482427489	0.00143147370241408	0.0338847317000008	0.0140098443580387	0.0153334823890571	0.0105625914331705	0.00395458075894727	0.0252127301408384	0.0337259383609591	0.0057805481475739
+A[C>T]C	0.0155955373382645	0.0172028231837798	0.00357791260895811	0.00952830784415556	0.00760060239672174	0.0130646867993334	0.0176865844417103	0.0197550222207285	0.0065043346550404	0.00578920232398609	0.00324999046058525	0.11005488502503	0.00547392008167259	0.00157864020219239	0.0332632452164754	0.01813248419306	0.00773470539544089	0.00428389172751842	0.00141737116893438	0.0207513709474697	0.0227667138000003	0.006296709977351
+A[C>T]G	0.165548592851887	0.0627223581640821	0.00426442025818213	0.00179313795372487	0.0025365084577719	0.015145675710385	0.088071166491054	8.96402024896515e-05	0.0266184067413313	0.0115513367905461	0.0114391613444535	0.00644518905575434	0.00172166965981741	0.00352788727379491	0.0459444221867461	0.0296360702035467	0.00318412245339257	0.0083712327371652	0.00814497209499801	0.0336271535614235	0.0311201295723259	0.023240929794111
+A[C>T]T	0.0136489858203038	0.0196574958750185	0.00453673978976826	0.0146308083142685	0.0059333172923283	0.0167121293472765	0.0160435860079024	0.00427896331217395	0.0209770807492875	0.00779656140986802	0.00473684066866582	0.0634996455467281	0.00673966494022821	0.00117490630071769	0.0284838155647673	0.00702705494602143	0.0102002395007977	0.0057339887258677	0.00482231534861135	0.026983060273504	0.0184385040882393	0.00302344495737425
+A[T>A]A	0.00407449853647087	0.00451076224896635	0.00196301151300567	0.00915040324338492	0.00457513920243729	0.00835188700288976	0.0006123277505228	0.000943164879159488	0.0108013408670381	0.0117650125612127	0	0.00018837269526448	0.00552979473085129	0.000185596377622038	0	0.00211917207148231	0.00775338817155353	0.000562208755433299	0.00276140356227712	0.00105759591626595	9.6022234736094e-05	0.00792823322675132
+A[T>A]C	0.00236895456582804	0.0124392222484399	0.00237156301895641	0.00877548335600354	0.00392959287663051	0.00740812144319054	0.0035601353329743	0.000797622659552211	0.00949832351445076	0.00431694177486421	0.000201956717610312	9.95652599454366e-05	0.00655110030826094	0.000588586946433761	0.000824224978661415	0.00960084177213543	0.00738667930565812	0.00188200091878985	0.000805270418598775	0.00538670045005252	0.00192861387074955	0.0294849945822717
+A[T>A]G	0.0030449796912829	0.00837518264185504	0.00289410140550933	0.00795623833801491	0.010175957143586	0.0116837539595033	0	0.000906238115361693	0.0107152108546505	0.00705875538154207	0	0.000703879295008143	0.00468221166624032	0.000594433045556297	0	0.000969620146877798	0.00817539395813146	0.00110040165209214	0.00447297791224229	0.00461904069020926	0.000205028388903643	0.00275343154375353
+A[T>A]T	0.00760028309850986	0.00793363318944015	0.00210078236384751	0.00839539618507516	0.00257052499926674	0.00940652810422611	0.00486234828149088	0.00296751666801799	0.0226850978685445	0.0161702321686148	0.00103045060899335	0.000254007601131951	0.00514244634814026	0.0010844770216489	0.000788525823681695	0.00716657285918861	0.00722808575949731	0.00168466615966926	0	0.00285219045446567	0.00457493766358293	0.00369236208515086
+A[T>C]A	0.014260744877648	0.0315753357427645	0.00476731367444235	0.013018099459661	0.00800649360426525	0.0337915428162896	0.00765409688153499	0.000471582439579744	0.0156762823203031	0.0245023402101289	0.00296121626298164	0.000565118085793441	0.0444290404237362	0.00278394566433058	0.00253401544205528	0.0116049899152603	0.0686318434444923	0.00252993939944985	0.00180919543735398	0.0139410370780511	0.0158436687314555	0.0253130337962542
+A[T>C]C	0.00678382443850757	0.0119209213214215	0.00177867226421731	0.00887520475777631	0.00201517583416949	0.0140043939610999	0.0060414417771685	9.97028324440264e-05	0.00757844961259369	0.0107923544371605	0.00525087465786812	0.00149347889918155	0.0319492122725957	0	0.00473929362730314	0.00778734943739874	0.0173030433050348	0.00812231975477726	0.00140922323254786	0.00487852116231171	0.0210117405918504	0.0166610414591604
+A[T>C]G	0.0110924260182448	0.018948850727197	0.00249491500474942	0.0128911203451381	0.00824252528630467	0.0292093848987581	0.0236431109210561	0.000704851867503539	0.00867421831090752	0.0182697198110501	0.00265151430355599	0.000804433480009307	0.049570371336066	0.000792577394075062	0.00364180047103172	0.00786469674689769	0.0355629637178719	0.00450164312219513	0.00355805061201092	0.0138571220706278	0.0594582327820565	0.0228432839185478
+A[T>C]T	0.00842441018148081	0.0270625043239792	0.00579815932421913	0.0148403467917995	0.00308462999912008	0.0233868726261034	0.00211007566932623	0.000932648095662796	0.0170138234014084	0.02158944511161	0.00343483536331118	0.000254007601131951	0.0214268597839177	0.0010844770216489	0.00219034951022693	0.00571511506492256	0.0427661740770258	0.00261123254748736	0.00462235338567393	0.0138288022034699	0.00690556628465347	0.0162292193975235
+A[T>G]A	0.00162979941458835	0.000980600488905729	9.34767387145559e-05	0.000754672432444117	0	0.00316795713902715	0	0	0.00516170271522175	0.0325725554380682	0	0	0.00114409546155544	9.27981888110192e-05	0	0	0.00497748376445412	0	0	0.00134603116615666	0	0
+A[T>G]C	0.00193823555385931	0.000932941668632989	0.000494075628949253	0.000997214017727676	0.000201517583416949	0.00223258454452318	0.00183400911092615	0	0.000808367958676661	0.00524200072662083	0.00403913435220624	0	0.0010078615858863	0	0.00206056244665354	0.000640056118142362	0.00424987028544713	0.00643842419586002	0.00110724682557332	0	0.000406023972789379	0.00313025627414528
+A[T>G]G	0.00152248984564145	0.00387352197185796	0.00169654220322961	0.00815766209340769	0.0015263935715379	0.00563689884011122	0.000762680997453422	0.000906238115361693	0.00622502725841599	0.0053978717623557	0.00152971979051307	0.000100554185001163	0.00183216978244186	0	0.000728360094206345	0.00129282686250373	0.00623373789307524	0.00350127798392954	0.00284644048960873	0.00102645348671317	0.00071759936116275	0.00163166313703913
+A[T>G]T	0.00293022962834115	0.00317345327577606	0.000504187767323403	0.00542732682671525	0.000171368333284449	0.0031930416500584	0.00266053019175916	0	0.00360899284272298	0.0168694854515819	0.0117643111193408	0	0.00257122317407013	0	0.00490638290290832	0.00263076725210721	0.00653969663954519	0.0257753922429397	0	0.00146931023411868	0.000345278314232674	0.00154563994262129
+C[C>A]A	0.00712791797291055	0.00921739779263123	0.00595534742743144	0.0191136638805613	0.0458920772679495	0.00972547467479574	0.0107653407559397	0.0011820683310697	0.0302493169509184	0.00995191862723808	0.0030927430640393	0.000688588415192113	0.0134427617327477	0.0033921985177502	0.00570029920204341	0.0111718863243978	0.0158956154814262	0.000978633481701955	0.0959694292449528	0.0112465370534473	0.0178511223733037	0.00199527167091938
+C[C>A]C	0.00807566924400204	0.00493767603397194	0.00120175912019695	0.0162714780078071	0.0626994996020695	0.00514242528229361	0.026350105770104	0.00060627756753503	0.0207887269373678	0.00593764883863196	0.000921050770314462	0.00171541619602134	0.0114401486633078	0.00109361589491389	0.0106504684339897	0.00908152623205843	0.0102550819947821	0.000401549393516144	0.022341309569562	0.0163778478797538	0.0385776443967018	0.00143271229994852
+C[C>A]G	0.000771170701387014	0.00107233207070034	0.000471789900115742	0.00142835066410272	0.00705569150951278	0.00226108675345435	0.00781210228606436	0	0	0	0.000562471224312647	0.000792285655817417	0.00224560251071225	0.00109285205362285	0.000737857091552252	0.00127330376478773	0.00177142604755085	0.000236462047686566	0.0153789593372516	0.00145577220180242	0.0106620220760388	0.00216948137600229
+C[C>A]T	0.00796001923699208	0.010287154525082	0.00110071103264769	0.0158542328970076	0.0440782053836512	0.0114068418003111	0.0623800735110515	0.00131252642303864	0.0302878204188767	0.0094716469053334	0.0163608362154993	0.00141153962467452	0.00724630229937531	0.00109272094468254	0.131143952684588	0.024629684938157	0.00860721947009988	0	0.0411803781511117	0.00988041975712344	0.109368062746053	0.00572615941351622
+C[C>G]A	0.00138302886041548	0.00215072615161395	0.00410040314675608	0.0150741782150819	0.010452642327841	0.00761995953901522	0	9.85056942558084e-05	0.0053909673773914	0.00182790342132944	0	0	0.0018919442438682	0.0050398377978003	0	0.000948556386033776	0.00399889697645943	0.00185940361523371	9.94501857460651e-05	0.00020083101881156	0	9.97635835459691e-05
+C[C>G]C	0.000763914658216409	0.00325676504368362	0.00180263868029543	0.0125320700184353	0.00990529553974062	0.00791933493473216	0	0.000404185045023353	0.00399389335249923	0.00208338555741472	0	0.000201813670120158	0.00194073950538258	0.000397678507241415	0	0.000324340222573515	0.00512754099739106	0.000702711438653251	0.00397858937540145	0.0028841493121579	0.000617242310347229	0
+C[C>G]G	0.00042842816743723	0.000989844988338775	0.000157263300038581	0.00230123162549883	0.00505123369431029	0.00209958055677904	0	0.000476028229322511	0.000884475383904232	0	0	0.000633828524653934	0	7.80608609730609e-05	0	0.00033954767061006	0.00225454224233745	0	0.00464572729979474	0.000161752466866935	0	0
+C[C>G]T	0.00152657903175191	0.00388392568804117	0.00440284413059075	0.0220141577805583	0.00959109098625743	0.00976261235161764	0.000218494127884594	0.000302890713008918	0.00706033651656247	0.00405927724514289	0	0.000201648517810645	0.00193915131955114	0.0040728689756349	0	0.00183642387696785	0.0081973518762856	0.000902746776071657	0.00591203448704079	0.00082336831309362	0.000102789532656064	0.000306758540009798
+C[C>T]A	0.0224476222728974	0.0253990516952505	0.0132774959037816	0.0150741782150819	0.020905284655682	0.022960141242559	0.00905994024014725	0.0742732934688796	0.00529113464818045	0.00995191862723808	0.00119719086349908	0.0304946298156507	0.0186207144001765	0.00523367771310032	0.0061074634307608	0.0053751528541914	0.020994209126412	0.0211384832047622	0.0065637122592403	0.0439819931197316	0.0110315924778843	0.00339196184056295
+C[C>T]C	0.0202983037754646	0.0192254194514226	0.0061089421943345	0.0099043779177956	0.014704768636316	0.0181013369936735	0.010824317308051	0.101753585084629	0.00256018804647387	0.0071876801730808	0.00245613538750523	0.1531765756212	0.00960155334241908	0.00198839253620707	0.0174375316517282	0.00951397986215645	0.0100499803548865	0.0039151065867824	0.00357052892664233	0.0775630154305322	0.0191345116207641	0.00931262994966538
+C[C>T]G	0.0814013518130737	0.0368717258156194	0.00385295085094522	0.00174576192279222	0.00609355175821558	0.0104171496855575	0.077348397359824	0.016502311949847	0.0104528909006864	0.00621604935724873	0.00875848049286836	0.0106958563535351	0.00368920412474156	0.00335661702184162	0.02402134753609	0.0131574722361398	0.00128830985276426	0.0105619714633333	0.0149784656045106	0.0192485435571653	0.0373978501606513	0.0255516695395825
+C[C>T]T	0.0187551138186663	0.0237234379864136	0.0103066578511556	0.016662091898129	0.0205086094493377	0.0210666898113854	0.00950449456297982	0.0795592939503424	0.0165764422562771	0.0100961510968938	0.00439697473291543	0.0822725952667432	0.0209224221319991	0.00327816283404761	0.0194055490845929	0.0103703936581714	0.0216205155737033	0.00982990933944693	0.00193670095265129	0.119285484359438	0.014390534571849	0.0040901138667973
+C[T>A]A	0.00134447038873638	0.00150999657356488	0.000308447054557597	0.00736686426940728	0.00786285304877221	0.0052794804048453	0.000112250558962517	0	0.0098828659001664	0.00588200697362549	0	0.00041438475362896	0.00178273076327121	0.00010206934331347	0	0.00177591726920602	0.00568533538038854	0	0.000314202009502308	0.00454727643447336	0	0
+C[T>A]C	0.00213259795247503	0.00475429355741546	0.00164802860980438	0.0138248794160762	0.011658086300574	0.00655840540530241	0.00292379723935995	0.00145497947964733	0.013903187237432	0.00524981883938784	0.000105256674365258	0.0011416207487418	0.00903484445630586	0.00102254095645652	0.00365137164179726	0.00478141670749846	0.0135007436263101	0.0106346889318087	0.00241324231037644	0.00561492761303838	0.0048671065397755	0.00389440631903628
+C[T>A]G	0.00164435007492526	0.00295487412700782	0.00321915863746995	0.0116749542607077	0.0350814899150537	0.0108478458439591	0.0008786411260191	0.000710517058287626	0.0124472509961359	0.00533661717457254	0.000308402958314998	0.000608174287558464	0.00318076481880418	0.000399473835898334	0.000209775494426136	0.0029322401749013	0.0133917924341001	0.00453782472049242	0.00666091801256246	0.00217287740232056	0.00124005772956432	0.0025699648431794
+C[T>A]T	0.00249062364842941	0.00653904923862571	0.00259725632421218	0.0170894212451661	0.0121823807004027	0.0104559304249439	0.001247661082209	0.00188682393739636	0.0217783183048741	0.00745636857391754	0.00095548130319934	0.000418715655520302	0.00572197595359228	0.000103136111113523	0.00216639256519764	0.000785084166811965	0.0102128979722012	0.0328041024738207	0.00402148757521575	0.00235082885411361	0.0026679830711132	0.00106162118588996
+C[T>C]A	0.00470564636057733	0.00862855184894216	0.00174786664249305	0.00798941617949804	0.0054515781138154	0.0150993139578576	0.00695953465567604	0.00103739330568385	0.00641334914798032	0.0164696195261514	0.000525332484923236	0.00010359618840724	0.032718352831801	0.000816554746507761	0.000643195474702883	0.00355183453841204	0.0153714623247542	0.00772971423356947	0	0.00697954057384283	0.0156310929356468	0.0230090273625966
+C[T>C]C	0.00594882586743035	0.0105891083778799	0.0019570339741427	0.0144485581867262	0.00273072291725156	0.013328372275292	0.00449814959901531	0.000831416845512758	0.0113753350124444	0.0126424208785258	0.00199987681293991	0.00041513481772429	0.0404466873916018	0.00112479505210217	0.00569184402986043	0.00555978686918425	0.0204620645586263	0.0415062616561854	0.00356740167620865	0.00741594213042805	0.020738106126	0.0105254224838818
+C[T>C]G	0.0077832570213129	0.0125582150397832	0.00110658578163029	0.00903539938437382	0.010257745589197	0.0195261225191264	0.0296541380031446	0.00101502436898232	0.00833245727840501	0.0161144910761602	0.00154201479157499	0.000101362381259744	0.0425812064452818	0.000399473835898334	0.00167820395540909	0.0139009904587914	0.0195726197113771	0.02924375930984	0.00256189154329325	0.00413881409965821	0.0816371338629841	0.0216905032764341
+C[T>C]T	0.00769829127696362	0.0173284804823581	0.00374004910686554	0.012266639789475	0.00572042224192824	0.0203783950118805	0.00374298324662699	0.00471705984349091	0.0126420481867318	0.0297174109830047	0.00212329178488742	0.00094211022492068	0.0343318557215537	0.000412544444454094	0.00292462996301681	0.00392542083405983	0.0279790850696761	0.107055928073294	0.000952457583603731	0.00566336042127369	0.0117391255128981	0.0216570721921551
+C[T>G]A	0.000336117597184095	0.000970712083005994	0.000102815684852532	0.000726310561772549	0	0.00211179216193812	0.000112250558962517	0	0.00294383239579425	0.0231002455691474	0.00231146293366224	0	0.00136326470132504	0	0	0	0.000210567977051427	0	0	0	0	0
+C[T>G]C	0.0023570819474724	0.00248519890501263	0.00123602145735329	0.0059249483211755	0.00136536145862578	0.00370232563202555	0.00449814959901531	0.000831416845512758	0.00126392611249382	0.00685690623920044	0.00189462013857465	0.000103783704431073	0.00514776021347659	0.000204508191291303	0.00214786567164545	0.00211271901029002	0.00864891388560494	0.020133634385463	0.00251816588908846	0.00116536233478155	0.00962840641564284	0.000526271124194092
+C[T>G]G	0.00175397341325361	0.00337699900229465	0.0014083819038931	0.00974604877415603	0.00471856297103062	0.0074385228644291	0.00549150703761937	0.000913521932084091	0.0061721905765963	0.0131845836077675	0.00380363648588497	0.00111498619385718	0.00461723925310284	9.98684589745835e-05	0.00052443873606534	0.000760210415715152	0.0069019237929593	0.013512633612133	0.00655844235083073	0.00134511458238892	0.0172574700697701	0.000411194374908704
+C[T>G]T	0.00316988464345561	0.00773787493237376	0.00114279278265336	0.0109036798128667	0.00127120494265072	0.0123764074417703	0.00975444118817944	0.00136270617700849	0.0081801488267088	0.055004226146725	0.0193219552424755	0.00094211022492068	0.00667563861252433	0.000618816666681141	0.00682413658037255	0.00504696964379121	0.0197874898211397	0.269826760348157	0.0022224010284087	0.00203026128309812	0.00181422848835698	0.00339718779484786
+G[C>A]A	0.00859593486806159	0.0168492144952607	0.00883867875336696	0.0102624989459323	0.0364377682129024	0.0116148382902846	0.00249026051337015	0.000287680035834128	0.0259484450793234	0.0116651380062634	0.00135968190118658	0.000383044116826106	0.00600998731338148	0.000849146958470936	0.00178364846001102	0.00246240235426839	0.0093428330954949	0.006287690248418	0.136118781425732	0.00312808040183767	0.00117153132141094	9.7117875625595e-05
+G[C>A]C	0.00551193301622585	0.00612955111363865	0.00375002160957177	0.0102971282861476	0.035481153751471	0.00832932999745445	0.00552233117711262	8.79932550133738e-05	0.0102555470488101	0.00834558173736721	0.00196061750409721	0.000878718396869032	0.00498116360867924	0.00034630698717722	0.010365792792944	0.00932060030250524	0.00839452496211893	0.00113645297382829	0.0135032165854175	0.00278067694856643	0.00304587789412784	0.00338644233254214
+G[C>A]G	0.000481560319378523	0.00115896049634906	0.000810179977104082	0.000743282259851485	0.0170480299943648	0.00211791563886758	0.00168864070941638	0	0	0	0.0001505302199819	0	0.00112682777797601	0.000146236156561209	0.0008447221123827	0.00103365485293266	0.00271515281604887	0.000959787247492983	0.00727761179785142	0	0.00310199386441499	0.000225790075278702
+G[C>A]T	0.00494209209378648	0.00856369654720465	0.00272114360411647	0.0137305019073996	0.026513491724518	0.010764226857958	0.00957273616969826	0.000101688482386699	0.0209208541388787	0.00891066458015465	0.00906306823186125	0.000609289020227546	0.00277542136018905	0.00100051509518	0.0773388783017325	0.033619368533357	0.0065017640282697	0.00313178683109244	0.078845561134099	0.00746352036034756	0.0138726922784577	0.00236870134414541
+G[C>G]A	0.000621392882028548	0.00229308836326033	0.00237598891219542	0.010646143766341	0.00678362706091269	0.00546580625425158	0	0	0.0032071111895793	0.00108742811922794	0	0	0.00116322335097706	0.000943496620523262	0.000198183162223447	0.00225720215807936	0.00301695652042023	0.00123848444287021	0.000871315101587188	0.00195505025114854	0.0013667865416461	0.00038847150250238
+G[C>G]C	0.00228079986878311	0.00265308928799285	0.00200582551209653	0.00792086791242127	0.0080921929608618	0.00483638515981226	0.00285637819505825	0.000351973020053495	0.00222946674974132	0.0026306725041701	0.000178237954917928	0.000175743679373806	0.000978442851704852	0.000952344214737356	9.09280069556488e-05	0.000470737389015416	0.00285771062540219	0.000174838919050506	0.000266510853659556	0	0.00170210823495379	0.00374290994649394
+G[C>G]G	0	0.000154528066179875	7.36527251912802e-05	0.000817610485836634	0.00465629013061947	0.000832038286697978	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.000477071470584304	0	0	0.000375134628755228	0	0	0
+G[C>G]T	0.000988418418757296	0.00380608735431318	0.00393054076150157	0.0166800171319522	0.00616592830802745	0.00631363306091768	0.00187053465384908	0	0.00453456937000327	0.00461257931208005	0.000411957646902784	0	0.000925140453396349	0.00130066962373401	0.000315239993077714	0.00195840981747711	0.00299287550507653	0.00181845686966658	0.00153995236590037	0	0.00124233065180219	0.000411948059851376
+G[C>T]A	0.0258913700845228	0.0230305831266581	0.00522717560682992	0.017359928123493	0.00843107934713434	0.0197159439885503	0.0677558381346129	0	0.00349866675226832	0.00612914030837569	0	0.0249936286229034	0.012019974626763	0.0035852871579884	0.05519401067923	0.0488376466929897	0.012165147259759	0.00200062871540573	0.00309800925008778	0.0365594396964778	0.0532070475140802	0.015830213726972
+G[C>T]C	0.0258490651795419	0.0232374027293167	0.0025290843413391	0.00862494506019204	0.00711401578976861	0.0163004092423302	0.073599344826001	0.0184785835528085	0.00222946674974132	0.0062591863030254	0.0119419429795012	0.0856750436947306	0.00818334021425876	0.00199126517626902	0.056193508298591	0.126628357645147	0.0082159180480313	0.000262258378575759	0.00453068451221245	0.0550753434328964	0.0473902766468713	0.0349338261672768
+G[C>T]G	0.0823468146137275	0.0378593762140693	0.0014730545038256	0.000668954033866337	0.00172733343555238	0.010060099284621	0.107670948090882	0.000148628770344517	0.0133308475890155	0.00674178604282806	0.0203215796975565	0.00667906598677987	0.00172780259289655	0.00233977850497935	0.0751034750827528	0.145427286616449	0.000678788204012218	0.00561106390842051	0.0100536080506401	0.0210599407282598	0	0.00143000381009845
+G[C>T]T	0.0194388955688935	0.0244223938568429	0.00413210695439909	0.0118997683197464	0.00842676868763751	0.0202864275399978	0.0576564799186424	0.0163718456642586	0.00546209492295849	0.0105879661481838	0.0156543905823058	0.0530081447597965	0.0118212391267311	0.00240123622843201	0.0583193987193771	0.0870404363323159	0.0119715020203061	0.000909228434833288	0.0016426158569604	0.0950562245894266	0.0509355567238896	0.0170958444838321
+G[T>A]A	0.000754473654985997	0.00176389565930616	0.000395635640742343	0.00449172208374742	0.00695895503637807	0.00680568783135977	0	0	0.00637193948105266	0.00308645638490111	0	0.000298979268856808	0.0015132272050627	0.000196381856036337	0	0	0.00303850270899992	0	0.00211584106722606	0.00264504029583861	0	0
+G[T>A]C	0.000592500827459939	0.0034223005116355	0.00130493710475642	0.00680401042589197	0.00576595436322064	0.00446714583415197	0.00332426398887005	0	0.00611598905793215	0.00328027160680994	0.00011112536848398	0.000328710814789205	0.00432564033132516	0	0.00283452766362614	0.00446103166259789	0.0044542160845403	0.00283416078330868	0.00166160551110089	0	0.00446824093037698	0.0157794350981977
+G[T>A]G	0.00137555922237512	0.002207018497951	0.00147270397744716	0.00912958049647838	0.0142658807059605	0.00734612209287888	0.000689077094852674	0.000636828869189813	0.00666921609790298	0.00306371898866835	0	0.000423966771035909	0.00203853649019164	0.000417718166775171	0	0.00295259681599032	0.00549364455514407	0.00379605701911063	0.00150018144857835	0.00173113499105103	0.000864461524034692	0.003332298448755
+G[T>A]T	0.00231116207812889	0.002330836013142	0.00191890770344184	0.00896908426809548	0.0046341759834225	0.00528971735158361	0.00231552204314534	0.00101902433140221	0.01435525666386	0.00378186880638775	0.000412824398445391	0.000101761825576767	0.00319329943386419	0.000100262016109799	0.000947709757204341	0.00468826677237606	0.00341285142201072	0.00394827955273192	0.00401230023536191	0.00540166139795253	0.00186741674000848	0.00423135161003573
+G[T>C]A	0.0121793604304882	0.0120359939105597	0.00128581583241261	0.00808509975074537	0.00615211966984149	0.0166586985722836	0.0131742040858535	0.000199594918705605	0.00687764896367588	0.00936225103420005	0.00646874856336482	0.000996597562856026	0.0578052792333952	0.000785527424145349	0.00804382060864854	0.0208215666316679	0.0163066312049662	0	0.000403017346138297	0.00396756044375792	0.000203204662934023	0.144128449701561
+G[T>C]C	0.00829501158443914	0.0112935916883972	0.000869958069837613	0.0070234946331788	0.00177413980406789	0.0107211500019647	0.00700469911940475	0.00010972166833903	0.00633838866003877	0.0109719429607091	0.0112236622168819	0.00175312434554243	0.0303903961739255	0.00107955377900194	0.0143994005312208	0.0585803894641145	0.0110241848092373	0.0106826060293943	0.00276934251850148	0.0033554681185751	0.00145217830237252	0.0738966502838134
+G[T>C]G	0.00573149675989631	0.0111454434146526	0.00105193141246226	0.00732489597973265	0.004505014959777	0.0153404314292471	0.0132073109846763	0.000318414434594906	0.00570110408369126	0.0102853423191009	0.005804783999288	0.00201384216242057	0.0439894716304512	0.000104429541693793	0.00899360135946929	0.0174884580639427	0.0159423410619867	0.00495596333050554	0.00707228397186936	0.00649175621644137	0.0310125571747446	0.095024252538691
+G[T>C]T	0.011775921064752	0.0153623282684359	0.00171691741886902	0.00876524144382058	0.002471560524492	0.0162840318470319	0.00463104408629069	0.00825409708435792	0.00733254117362635	0.0132365408223571	0.0127975563518071	0.00234052198826563	0.0417189119585483	0.000701834112768593	0.00905589323550815	0.0102487692233337	0.0146856030886522	0.00830151085446198	0.00493821567429158	0.0102839322768712	0.000726217621114409	0.103513308899167
+G[T>G]A	0.000107781950712285	0.000518792840972399	0	0.00359337766699794	0	0.00162523888510084	0	0	0.000202283793049291	0.00740749532376267	0	0	0	0	0	0	0	0	0.00161206938455319	0	0	0
+G[T>G]C	0.000237000330983976	0.00102669015349065	0.000543723793648508	0.00504813676759727	0	0.000335035937561398	0.00189957942221146	0	0	0.000678676884167575	0.00222250736967959	0	0.000443655418597452	0	0.00215424102435587	0.00258270254150404	0.00356337286763224	0.00991956274158038	0	0	0.00346288672104216	0.000666736694290045
+G[T>G]G	0.00137555922237512	0.00518649347018485	0.00178828340118584	0.0187899505567055	0.00193072069704728	0.00648187243489313	0.00114846182475446	0.00180434846270447	0.00623894409158666	0.0054709267654792	0.000967463999881333	0.00105991692758977	0.00118020533642674	0.000313288625081378	0.00131613678431258	0.00420177239198623	0.000861748165512796	0.00506140935881417	0.0126443864951604	0.00465242528844965	0.00324173071513009	0.000429973993387742
+G[T>G]T	0.000880442696430053	0.002330836013142	0.000504975711432063	0.00703257743748395	0.000205963377041	0.0034227582863188	0.00385920340524224	0.000917121898261992	0.00774564208481656	0.0194346035883815	0.00309618298834043	0	0.0032963090930211	0.00110288217720779	0.004001441197085	0.0207155973663128	0.00455046856268096	0.0640836142789565	0.00329214378286105	0.00259695259516949	0.00373483348001696	0.000825629582445995
+T[C>A]A	0.0128989256186132	0.0134188278768603	0.0235786091634352	0.013294293536218	0.0321214168426642	0.014509242893151	0.00177173714921287	0.00096317521581789	0.0279179123722225	0.0220433541324572	0.0364836022773434	0.000865661581989392	0.00642602825441376	0.0335475215402277	0.00049764952273948	0.00587407464647263	0.0119257037744582	0.00172240999844612	0.0628177069644753	0.00500743054944896	0.000686416204591625	9.75474685383367e-05
+T[C>A]C	0.0127748345724153	0.012950953184669	0.0143167784724568	0.0183218453988622	0.0569125463905312	0.0128917950986338	0.00328468219350187	0.00209353527429566	0.0176104309116738	0.00464021546439491	0.0109196400666096	0.00261330820148978	0.0104755993016379	0.0173026032039477	0.0179558787388782	0.00694386522903345	0.015404130080401	0.00135192429688282	0.0414267264442367	0.0067224920319483	0.00447593495003016	0.000530067278905841
+T[C>A]G	0.00224296547312899	0.00319191707515269	0.00250577551283516	0.00144500403250418	0.0094902355493854	0.00358435108403123	0.00107474628919404	0.000180591869413846	0.00164722267070831	0	0.00283498459541403	9.01713420845709e-05	0.00173426394488244	0.0034648519674041	0	0.00241528015619965	0.00366561692716359	0.00197355672068904	0.0143123883833305	0.00165683844257539	0.00101121865250717	0
+T[C>A]T	0.018316075705463	0.0217276136183507	0.0162660224731666	0.0198076808874483	0.0409120607912015	0.0203799448270434	0.00686668684874045	0.00142238619865307	0.0516739549000484	0.0363203022113223	0.341639843054318	0.000437053401254484	0.00541955532054812	0.0197004953683697	0.0583407714662689	0.0169746757132242	0.0174338264285381	0.00532634129607485	0.124271334549029	0.00970360008400749	0.0134785674528195	0.000443246049217308
+T[C>G]A	0.00197644828027137	0.00200281013087467	0.122284203799031	0.0168587055712909	0.00311480405747047	0.00264695647375053	0	0.000192635043163578	0.00517359914590137	0.00327671480347336	0	9.61846202210436e-05	0.00233673754705955	0.214836811671458	0	0.000927485470495679	0.00488758351412221	0.000382757777432471	0.00213930271396046	0.000490924563671467	0	0.000195094937076673
+T[C>G]C	0.00237408430106833	0.00391793541721078	0.0351694775519047	0.0187406304365505	0.0111074672323527	0.00852350089165873	0.000226529806448405	0.00104676763714783	0.00519825972693985	0.00269779968860169	0	0.0011498556086555	0.00285698162771943	0.0613830446997191	0	0.00291194348314306	0.00679906431134943	0.000623965060099764	0.00887715566662215	0.00117376845002272	0.000106569879762623	0.000318040367343504
+T[C>G]G	0.00029256071388639	0.000751039311800632	0.00492205904306907	0.00180625504063022	0.00282882021183603	0.00119478369467708	0	0.000270887804120769	0	0	0	0.000270514026253713	0	0.00941728996268805	0	0	0	0	0.00127626393227151	0	0	0
+T[C>G]T	0.00378138337145042	0.00784924261605341	0.161250502783991	0.0330492797127591	0.00552865686367588	0.00746150985470988	0.00011839115256449	0.000765900260813194	0.0115323847845602	0.0055270025104186	0.000110814091162607	0.000874106802508967	0.00165904754710657	0.283019684827563	0.000113063510593544	0.00175600093585078	0.0187663481937766	0.00304362359775706	0.00364529248010486	0.0117112414806987	0.000556965597223946	0.000332434536912981
+T[C>T]A	0.0150834210862815	0.022932175998515	0.2019932671653	0.0102115588031819	0.00340681693785832	0.0108819321698633	0.0077122675906913	0.11577366094131	0.00624736500637147	0.00496471939920207	0.00360934033225055	0.0290477553067552	0.0134362408955924	0.143572020150975	0.00915675121840643	0.0115420414106129	0.0168132872885804	0.0156930688747313	0.0159475293222507	0.021404310976076	0.010492361984472	0.00624303798645355
+T[C>T]C	0.0201231907423887	0.0254665802118701	0.0531173230282455	0.0148668688379339	0.00740497815490182	0.0221611023183127	0.00758874851602157	0.302201816844578	0.00700173759138837	0.00906460695370168	0.0223693597481031	0.16610186928669	0.010052342764198	0.0315154558357618	0.0306115282114611	0.0174716608988583	0.0139168347622934	0.01767901003616	0.00507266038092694	0.0352130535006816	0.00831245062148459	0.00911715719718046
+T[C>T]G	0.0739203403752945	0.0358621271384802	0.023804867371934	0.000903127520315111	0.0010037749138773	0.00680107641585413	0.0382023453704426	0.0895735672292676	0.00860216283592116	0.00437507457693664	0.19579683931553	0.00721370736676567	0.000912770497306546	0.0191899493579304	0.00877090365071621	0.0100475654497905	0.00329905523444723	0.0148016754051678	0.0121245073565793	0.00828419221287693	0.0224306682919773	0.0115225724548254
+T[C>T]T	0.0163072157893799	0.0303731562099458	0.113103076263418	0.00995855779424197	0.00851413157006086	0.0131411666097876	0.00556438417053105	0.0923456885894765	0.0160788057092425	0.0108284130816364	0.043439123735742	0.104237236199194	0.0099542852826394	0.0807397351162694	0.0258915439259217	0.00889707140831064	0.0214313917242538	0.0218488693981846	0.00165695112732039	0.0297800140509196	0.0109165257055893	0.00709193678747693
+T[T>A]A	0.00527207380754104	0.00406021843970004	0.00175929296063455	0.0058589130349396	0.00403626996378505	0.00794973490506763	0.000192073435578721	0.000887548793122712	0.0172705064889785	0.0196720718576792	0	0.00026589723923179	0.00511399724549934	8.73261105275594e-05	0	0.000759698959080205	0.0076564958510227	0.000529056704075459	0.000806452903067484	0.00352855023197528	9.03600424868605e-05	0.00242698284475287
+T[T>A]C	0.00219601151402614	0.00581360120643952	0.00241827249373655	0.00976180603996982	0.00472619187303148	0.00703662994816718	0.000880061699843266	0.00152499816778922	0.0102005799752292	0.00282983576683809	0.000823737545607788	0	0.0135657993868696	0.000500149624022885	0.00168091725045079	0.00206676439117769	0.008976689502173	0.00262609325772124	0.00246339222835502	0.00497460680683135	0.000724536537867737	0.00463341586298353
+T[T>A]G	0.00115408014911747	0.00232299915831183	0.000481396210597017	0.00650987144836923	0.00805018828900306	0.00702025386016113	0	0.000971441676376906	0.00659634165837958	0.0140205216234284	0	0	0.00363338862179874	0.000573482092655869	0	0.000623630415648001	0.00621120937080237	0	0.00186343648644216	0.00514943445602209	0	0
+T[T>A]T	0.00357113840096074	0.00484822419834584	0.00243685366274415	0.01229601547443	0.00385570224855682	0.00871594800908637	0.000642182744050273	0.00423921579583592	0.0207082867808107	0.0121492571690624	0.00240433159406826	0.000677338626926831	0.0080563211518907	0.000583936254556571	0.00105134451947258	0.000272142319304099	0.00688373899868341	0.00320079493315926	0.0017975421281927	0.00734638874047778	0.000863176700573223	0.0006869358973202
+T[T>C]A	0.0077643268801968	0.00784360380396599	0.00211115155276146	0.00807819827544702	0.00251145686635514	0.0153574424302443	0.00566616634957227	0.00204136222418224	0.00593673660558637	0.0142736893478975	0.00269671036294812	0.000177264826154527	0.0448596249605205	0.000436630552637797	0.00165087059320732	0.00645744115218174	0.0221587997570775	0.00149899399488047	0.000179211756237219	0.0047047336426337	0.00361440169947442	0.0349665306151432
+T[T>C]C	0.00527042763366274	0.0109929913721765	0.00151142030858534	0.010676975356217	0.00164389282540225	0.0146941390094079	0.00385026993681429	0.00182999780134706	0.00762467594108043	0.0143587962984007	0.00998781774049443	0.000913736361968392	0.0351477529568893	0.000600179548827462	0.00588321037657777	0.010768930248768	0.0188820020562949	0.0113124017255684	0.0070822526565207	0.00207275283617973	0.0116960898255792	0.0322279814469743
+T[T>C]G	0.00881297568416975	0.00757499725536466	0.000770233936955228	0.00641270918794581	0.00353422900492817	0.0124584786814127	0.0111421158021609	0.00184573918511612	0.00285513295661206	0.00981436513639988	0.00639515241824762	0.000679070879548163	0.031423901593935	0.000191160697551956	0.00341306011099165	0.004053597701712	0.0162674531140062	0.00579064199611216	0.00107883165004546	0.00564457238448575	0.0239340550774505	0.0244977829858315
+T[T>C]T	0.00558562672970783	0.0124290838539411	0.0020167064795124	0.00915841152578234	0.00188500998818334	0.0149292970848707	0.00266047136820827	0.00203482358200124	0.0101393271374924	0.0270080609010091	0.00850102956474136	0.000423336641829269	0.0317967568867175	0.00100103357923984	0.00227791312552392	0.00426356300243088	0.0149721323221364	0.00606466408388071	0.00119836141879513	0.00328426790750771	0.00353902447235021	0.0235275544832169
+T[T>G]A	0.00134198242373772	0.000830499226302281	0.00035185859212691	0.0028406851078495	0	0.00460723272907329	0.000864330460104244	0	0.0026085660842728	0.045932000337465	0.00449451727158019	0	0.00170466574849978	8.73261105275594e-05	0	0	0.00612519668081816	0	0	0.0028952207031592	0	0
+T[T>G]C	0.00142740748411699	0.00369956440409787	0.00141065895467965	0.00569438685664906	0.000308229904762922	0.00527747246112539	0.00209014653712776	0.00101666544519281	0.0031941210023445	0.00848950730051428	0.00947298177448956	0	0.00277482260185969	0.000400119699218308	0.00157585992229762	0.000435108292879514	0.00711944339827513	0.0096963443362015	0.00369508834253254	0.00186547755256176	0.000414020878781564	0.00185336634519341
+T[T>G]G	0.00209832754384994	0.002928998938741	0.00231070181086568	0.00961906378191871	0.00294519083744014	0.00593260889591081	0.00115625730022424	0.000971441676376906	0.00659634165837958	0.00881289930615499	0.00216451312617612	0.000291030376949213	0.00108019661729152	9.55803487759782e-05	0.000200768241823038	0.000935445623472001	0.00483094062173518	0.00434298149708412	0.000784604836396698	0.00108930344262006	0.000395604216156206	0.000295154011877488
+T[T>G]T	0.00366270605226743	0.0074927101247163	0.001680588732927	0.00958241205938337	0.000942504994091668	0.0113911399722713	0.00660530822451709	0.00118698042283406	0.00962376813050126	0.0476355766700646	0.0543550678230433	0.000254001985097562	0.0027425774134096	0.000250258394809959	0.00219030108223454	0.00299356551234508	0.0140256182098174	0.0481803868886079	0.00128395866299478	0.00112356533677895	0	0.000257600961495075

sigprofilerassignment-1.0.4/SigProfilerAssignment/data/Reference_Signatures/mm39/COSMIC_v1_SBS_mm39_exome.txt

@@ -0,0 +1,97 @@
+Type	Signature_1A	Signature_1B	Signature_2	Signature_3	Signature_4	Signature_5	Signature_6	Signature_7	Signature_8	Signature_9	Signature_10	Signature_11	Signature_12	Signature_13	Signature_14	Signature_15	Signature_16	Signature_17	Signature_18	Signature_19	Signature_20	Signature_21
+A[C>A]A	0.0116907321638349	0.0111899553498557	0.0114127469021487	0.0258422715742592	0.0376925226026429	0.0163431637491415	0.00175030980826387	0.000409722370858683	0.0402990137769058	0.0139745460286503	0.000744412413164339	0.000201773505780505	0.00863840292695615	0.000759476980103252	0.000102291300284561	0.00134789354056874	0.0181558532018761	0.00196439808537064	0.0519605918494064	0.0111151420697846	0.00134143567937391	0.000109909710746776
+A[C>A]C	0.00949962849963293	0.0098985839125353	0.00655882175096595	0.0209836375827823	0.0315657363711728	0.00965683868132571	0.00285180051172758	0.000506634541904533	0.0310902061821861	0.00771838381874113	0.0010519877256429	0.000997997033506733	0.00521597734263835	0.000107327664994293	0.00424994290641986	0.00410267709984093	0.0108207565707028	0.000323871966282639	0.00781290931265145	0.00760427941323216	0.00244981251576653	0.00076107807512382
+A[C>A]G	0.00156710459904098	0.00172305061388248	0.00141425354897102	0.00204765168579622	0.0189145697610115	0.00241521380511301	0.000515251241997381	0	0.00186328187124977	0.000582786529092683	0.000319315396135562	0	0.00190886269838319	0.000108592445293705	0.000511907793443858	0	0.00248311312396907	0	0.00176821896437494	0.000519857462497294	0	0
+A[C>A]T	0.00582574366598997	0.0063864122750643	0.00356278606587205	0.0164072209010348	0.0222308335548112	0.0089397387013382	0.00173303263090405	0.00036297508121341	0.0291041545530007	0.00701540114213338	0.0086674336894325	0.000178752149886037	0.00457180499484173	0.000192235549965178	0.0268236296527288	0.00523569367618142	0.00879145166536949	0.0030938133517247	0.0166636368975918	0.00681004676273019	0.0026510116304521	0.000584217348457355
+A[C>G]A	0.00187886766918775	0.00548738195040998	0.00521725572669654	0.0232580444168333	0.0100169169656339	0.0128332225412722	0.00133847220631943	0	0.00930819611694836	0.00558981841146012	0.000531723152260243	0.000706207270231767	0.00347779858098234	0.00195294080597978	0.000102291300284561	0.00114052530355816	0.00541292517819909	0.00174613163144057	0.00145489657178338	0.00602503028081782	0.000515936799759198	0.000549548553733879
+A[C>G]C	0.00268467761946147	0.00457676460472063	0.00333317170950728	0.0116102360229608	0.00551634227845737	0.00792077779479523	0.00122220021931182	0	0.00400814504787766	0.0026495944452395	0.000315596317692871	0.00029939911005202	0.00166467361999096	0.00150258730992011	0	0.000102566927496023	0.00267730059481305	0.0017273171535074	0.00174762445151414	0.00195245011961366	0.00224566147278599	0.000869803514427223
+A[C>G]G	0.000626841839616392	0.00129228796041186	0.000217577469072465	0.00409530337159244	0.00320410744585441	0.00252499625079996	0	0	0.000876838527646948	0	0	0	0	0.000760147117055935	0	0.000622653635312806	0	0	0.00280834776694844	0	0	0
+A[C>G]T	0.00277416365047142	0.00514725765452943	0.00597007394821802	0.019841290391949	0.00494018523440249	0.011369015522354	0.00164182038717226	9.07437703033526e-05	0.0078581217293102	0.00392037122648631	0.000188422471509403	0.000804384674487163	0.00248467662763137	0.00134564884975624	9.06203704484083e-05	0.000918542750207268	0.00729290876786333	0.00116018000689676	0.0039587645668312	0.00662599144481856	0.000548485164921124	0.00175265204537207
+A[C>T]A	0.0310013165415978	0.0285128669972283	0.00804326924532383	0.0199200843384914	0.0123920622255265	0.0240211601413557	0.0321233329516663	0	0.025077375420955	0.010830273172204	0	0.0226995194003069	0.0135746331709311	0.00141045724876318	0.0299713509833764	0.0121310418651186	0.0152238520636849	0.0103676565616784	0.00363724142945845	0.0229574429665645	0.0305434585457446	0.00560539524808558
+A[C>T]C	0.0148689837385559	0.0175620037157884	0.00387078004975039	0.0101190130475346	0.00766158649785745	0.0138884870922436	0.0166015529789855	0.0199614009510386	0.00693300765038298	0.00645118647536572	0.00336636072205729	0.10967987398239	0.00599282503196747	0.0017172426399087	0.0324817064990661	0.0173338107468279	0.00847811855024132	0.00464216485005115	0.00143922013654105	0.0208603881200828	0.0227628412923307	0.00674097723681097
+A[C>T]G	0.178649924290672	0.0724758164464318	0.00522185925773916	0.00215542282715392	0.00289403253173947	0.0182238859840345	0.0935696255467243	0.000102520974025838	0.0321142110750695	0.014569663227317	0.0134112466376937	0.00727025558177269	0.00213343478054592	0.0043436978117482	0.0507812531096307	0.0320666622186095	0.00395040724267807	0.0102675751107996	0.00936115922316147	0.0382615092398008	0.0352179374720601	0.0281617129933409
+A[C>T]T	0.0117439594536623	0.018110721377048	0.0044294097035166	0.0140224504212332	0.00539760979314346	0.0160332270187044	0.013590624316037	0.00390198212304416	0.0201788804900806	0.00784074245297261	0.00442792808047095	0.0571113118885885	0.00665893336205208	0.00115341329979107	0.0251018426142091	0.00606238215136796	0.0100901888432082	0.00560753670000101	0.00441908602809064	0.0244793572822463	0.0166373833359408	0.00292108674228677
+A[T>A]A	0.00291951912390429	0.00346083178555134	0.00159605490291693	0.00730329466695127	0.00346602125533504	0.00667262565868116	0.000431961360458208	0.000716237953547178	0.0086527207434723	0.00985302256931109	0	0.00014108855472782	0.0045498635302023	0.000151730963399245	0	0.00152250658381831	0.00638709609593248	0.000457863361368064	0.00210731630573427	0.000799008814488234	7.2152958959942e-05	0.00637884136931636
+A[T>A]C	0.00193979963246659	0.010906534162293	0.00220354859481422	0.00800410210744448	0.00340202460399223	0.00676368272876245	0.00287005651511557	0.000692197739090901	0.00869530773189216	0.00413158085675586	0.000179661932076329	8.52206118358882e-05	0.00615979972991426	0.000549893174266789	0.0006912564392054	0.00788252311348317	0.00695383129832977	0.00175154420214462	0.000702270742495331	0.00465069237570642	0.0016561154387578	0.0271099939113573
+A[T>A]G	0.00248732542633943	0.00732547669680539	0.00268256204033477	0.00723931418859219	0.00878846908427831	0.0106415675183916	0	0.000784554440941292	0.00978558487611524	0.00673932289743582	0	0.000601011904095161	0.00439188999461529	0.000554011417451538	0	0.000794155666510712	0.00767770928169197	0.00102164631310659	0.00389141591913453	0.00397827356532852	0.000175633512418683	0.00252551945811221
+A[T>A]T	0.0055207545582337	0.0061706964473449	0.00173156003996697	0.00679283863741315	0.00197415047786516	0.00761856225530736	0.0034772709615156	0.00228451697405775	0.0184224414635694	0.0137285556952803	0.000813192700441476	0.000192864394452404	0.00428934167004926	0.000898786594508379	0.000586648369244037	0.00521958518966624	0.00603624323611341	0.00139086075097457	0	0.00218444864596831	0.00348496988776069	0.00301162698310859
+A[T>C]A	0.010218316933665	0.0242258224988593	0.00387613333565542	0.0103902542684461	0.0060655371968363	0.0269972900213307	0.00539951700572758	0.000358118976773589	0.0125579309905262	0.0205203445245156	0.00230518032989836	0.000423265664183461	0.0365558000874874	0.00227596445098868	0.00185968630136221	0.00833753605424313	0.0565376284047357	0.00206038512615628	0.00138065551065348	0.010532388918254	0.0119052382283904	0.0203661802755281
+A[T>C]C	0.00555488076569981	0.0104520952388641	0.00165266144611067	0.0080950578132109	0.00174462800204729	0.0127861399530029	0.00487039893474158	8.65247173863626e-05	0.00693774553076502	0.0103289521418896	0.00467121023398458	0.00127830917753832	0.0300408694520434	0	0.00397472452543104	0.00639360208093634	0.0162891116714301	0.00755929603030834	0.00122897379936683	0.00421194781196054	0.0180429418854139	0.0153190034088149
+A[T>C]G	0.00906097119595078	0.0165738910265221	0.00231255348304722	0.0117295217232886	0.00711865995826543	0.0266039187959789	0.0190141374392038	0.000610209009621005	0.00792166394733138	0.0174429533815985	0.00235309685958055	0.000686870747537326	0.0464967484212532	0.000738681889935386	0.00304689601930552	0.00644148485058688	0.0333980353753601	0.00417946218998153	0.00309544448112975	0.0119348206959855	0.0509337186014181	0.0209524577265606
+A[T>C]T	0.00611939059466869	0.0210489312148321	0.00477910571030881	0.0120075430459324	0.00236898057343819	0.0189415630384248	0.00150900437952563	0.000717991048989577	0.0138168310976771	0.0183294770634284	0.00271064233480493	0.000192864394452404	0.0178722569585386	0.000898786594508379	0.00162957880345566	0.00416245401201231	0.0357144391470043	0.00215583416401059	0.00357597524582567	0.0105912661622706	0.00526033190605388	0.0132371511583145
+A[T>G]A	0.00116780764956172	0.000752354735989419	7.60026144246159e-05	0.000602333580779487	0	0.00253099593949976	0	0	0.00413492849688056	0.0272790294274316	0	0	0.000941351075214269	7.58654816996227e-05	0	0	0.0041003579875122	0	0	0.00101692030934866	0	0
+A[T>G]C	0.00158710879019994	0.000817990062171973	0.000459072623919628	0.000909557057664146	0.000174462800204729	0.00203837013743526	0.00147851396233227	0	0.000740026189948269	0.00501691961177497	0.00359323864152659	0	0.000947661496909887	0	0.00172814109801349	0.000525501540898877	0.00400083444561438	0.00599212490207369	0.000965622270931079	0	0.000348655881843747	0.00287811579195917
+A[T>G]G	0.00124366271316972	0.00338803297227249	0.00157253636847211	0.00742258796551857	0.00131827036264175	0.00513408959220645	0.000613359272232381	0.000784554440941292	0.00568495883279076	0.00515359986274504	0.00135755588052724	8.58588434421658e-05	0.00171856565006685	0	0.000609379203861103	0.00105887422201428	0.00585425332729012	0.00325069281443008	0.0024763555849038	0.000884060792295225	0.000614717293465392	0.00149660412332576
+A[T>G]T	0.00212848368510215	0.00246827857893796	0.000415574409592071	0.0043913300282267	0.000131610031857677	0.00258611746281076	0.00190265769592362	0	0.00293084296011332	0.0143222229685898	0.00928394999670684	0	0.00214467083502463	0	0.00365025651974067	0.00191605025949773	0.00546136292791214	0.0212801694899109	0	0.00112532202974125	0.000263016595302694	0.00126068106269662
+C[C>A]A	0.00676012245560783	0.00936038249675363	0.00640894868278073	0.0201919027758341	0.0460171096439155	0.0102843694604983	0.0100517910214389	0.00118813832237916	0.0320734221035782	0.0110316026427709	0.0031866424144641	0.000682634535792813	0.0146397133330795	0.0036706306888342	0.00553710549977597	0.0106236603436012	0.0173318125365739	0.00105490431590147	0.0969365302003294	0.0112461878938323	0.0177542600002377	0.00212481993707384
+C[C>A]C	0.00829648891780255	0.0054316503030559	0.00140094492582149	0.0186201960761142	0.0681035326444374	0.00589059002314058	0.0266515196440873	0.000660115401489203	0.0238770993591022	0.00712968344137425	0.00102800920945497	0.00184213729448363	0.0134958326478545	0.00128188241374314	0.0112067014007518	0.00935471272612453	0.0121123863762424	0.000468873748389552	0.0244448360691011	0.0177405587531921	0.041562024914862	0.0016527342609934
+C[C>A]G	0.000956571992811635	0.00142426181258312	0.000664054311718974	0.00197352854785579	0.00925329643150895	0.00312722665045418	0.00954023034940861	0	0	0	0.000757992781729191	0.00102727237094078	0.00319854324565627	0.00154666434526706	0.000937416669717004	0.0015836345287329	0.0025261837136094	0.000333372456544656	0.0203168688459957	0.00190394855270041	0.0138692154867833	0.00302169963812707
+C[C>A]T	0.00771662602571621	0.0106782969782732	0.00121080575702306	0.0171198518399744	0.0451779989833933	0.0123297351417526	0.0595364613907615	0.00134850929124952	0.0328260944948014	0.0107319529439689	0.0172312369322115	0.00143035251813924	0.00806644145006897	0.00120862108095429	0.13021316104156	0.0239402119917162	0.00959292342320547	0	0.0425173663279486	0.0100991164148184	0.111185725477691	0.00623311295212853
+C[C>G]A	0.00131166555108809	0.00218408924924251	0.00441271876519329	0.0159245418799103	0.0104811204178116	0.00805785648451417	0	9.90115268649304e-05	0.00571605542440008	0.00202621273030486	0	0	0.00206040409872971	0.00545350845198224	0	0.000902008897098211	0.00436020441171671	0.00200431820021279	0.000100452362901896	0.000200824783818433	0	0.000106240996853692
+C[C>G]C	0.000784803005738079	0.00358257785946241	0.00210141738873223	0.0143410205803612	0.0107590271441537	0.00907150863563653	0	0.000440076934326135	0.00458722598524624	0.0025016433127629	0	0.000216722034645133	0.00228947160990389	0.000466139059542958	0	0.000334096883075877	0.00605619318812118	0.000820529059681718	0.00435318998490843	0.00312412355402126	0.000664992398637792	0
+C[C>G]G	0.000531428884895354	0.00131470321161518	0.000221351437239659	0.00317957377154544	0.00662451903619391	0.00290385331827889	0	0.00062579544778888	0.00122656550827666	0	0	0.000821817896752624	0	0.000110476024661933	0	0.00042230254099544	0.00321514290823014	0	0.00613738746389455	0.000211549839188934	0	0
+C[C>G]T	0.0014799008816442	0.00403160192036848	0.00484322302809227	0.0237715140198371	0.00983039792694206	0.0105524760222207	0.0002085340153792	0.000311194451826814	0.00765202878426114	0.00459940840455814	0	0.000204336074019891	0.00215862517677902	0.00450486039264781	0	0.00178501580639988	0.00913611754590992	0.000994673188197162	0.00610397833421044	0.0008415930345682	0.000104497862291063	0.0003339167652926
+C[C>T]A	0.0212893408676604	0.0257930539910544	0.0142888036206259	0.0159245418799103	0.0209622408356232	0.0242795938809703	0.00845942808734957	0.0746546912561575	0.00561020254617045	0.0110316026427709	0.00123353899914739	0.0302309580136817	0.0202787140243398	0.00566325877705848	0.00593261303547426	0.0051113837502232	0.0228910731615128	0.0227859332234717	0.00662985595152512	0.0439806276562368	0.0109717337080121	0.00361219389302553
+C[C>T]C	0.0208533370096118	0.0211487660736007	0.00712147003959257	0.0113340323941565	0.015972164007816	0.0207348768814549	0.0109481346255794	0.110789368216605	0.00294052947772195	0.00863066942903201	0.00274135789187991	0.164492024295656	0.011326859543735	0.00233069529771479	0.0183482268031915	0.00980017523689237	0.0118701386487175	0.00457151904679814	0.00390670896081525	0.0840166084349287	0.0206147643577715	0.0107427726964571
+C[C>T]G	0.100971488130117	0.0489726946326654	0.00542311021237162	0.0024120904473793	0.00799148328175774	0.0144075799253068	0.0944587642287601	0.0216942421900145	0.0144957741887242	0.00901200695458647	0.0118030304583545	0.0138681770077005	0.00525474961786386	0.00475046906046314	0.0305181204696758	0.0163642234635733	0.00183722451898865	0.014890636392328	0.0197877837197979	0.0251744308634832	0.0486473240180353	0.0355889068490522
+C[C>T]T	0.0181816394030574	0.0246254603784668	0.0113375448157614	0.0179922009783171	0.0210203189714399	0.0227711324690025	0.00907122966899518	0.0817404093465098	0.0179656327978305	0.0114395542369779	0.00463089492553185	0.0833691182001154	0.0232904295389315	0.00362586324286287	0.019267818578942	0.01008008925967	0.0240965100273375	0.0108308858270357	0.00199957910948273	0.121925790883067	0.0146297007207488	0.00445222353723467
+C[T>A]A	0.00110929182533621	0.00133402487664697	0.000288777279090605	0.00677046771429364	0.00685905809350627	0.00485691772108265	9.11815317069143e-05	0	0.0091162312048145	0.00567231094798668	0	0.00035738392469413	0.00168901120919236	9.60854112189568e-05	0	0.0014691735490855	0.00539293796619776	0	0.000276099880002654	0.00395585691203555	0	0
+C[T>A]C	0.00203341957319652	0.00485397350322202	0.00178307897951659	0.0146832027559875	0.0117526290522275	0.00697254400217013	0.00274466322615917	0.00147030499259679	0.0148207520272858	0.00585062487007796	0.000109034836555868	0.0011378277983392	0.00989215457045021	0.00111241358861141	0.00356588494827557	0.00457120192400986	0.0147996166698221	0.0115250795642399	0.0024506519258745	0.00564490737905829	0.00486669403467871	0.00416953380683851
+C[T>A]G	0.00161962241353924	0.00311639053470026	0.00359790503639956	0.0128090262519691	0.0365331631619184	0.0119134622694864	0.000852029875380195	0.000741697058666122	0.0137066335049843	0.00614363589969025	0.000330016498506742	0.000626158420844175	0.00359752033029703	0.000448926659895836	0.000211625270306645	0.00289584181495386	0.0151646702036974	0.00508005415233198	0.00698741073008367	0.00225657288875952	0.00128087449556057	0.0028423326545618
+C[T>A]T	0.00212665812840646	0.00597857354460099	0.00251647260584881	0.0162539290678089	0.01099794367528	0.00995467878121705	0.00104884183477844	0.00170747165235225	0.0207898699031884	0.0074414379453703	0.000886358445579619	0.000373719231275674	0.00561032219766961	0.000100477283773434	0.00189461078949191	0.000672142862349104	0.0100256682795108	0.0318360268411499	0.00365711816308089	0.00211643645020733	0.00238900919433136	0.00101785842623708
+C[T>C]A	0.00388252138867674	0.00762299929512554	0.00163640458151343	0.00734261991550155	0.00475561361149769	0.0138907846822964	0.00565325496582868	0.000907132160179075	0.00591585216482643	0.0158824706543627	0.000470897569704268	8.93459811735324e-05	0.0309983233687069	0.000768683289751654	0.000543539146277167	0.002938347098171	0.0145809063530532	0.00724868352074322	0	0.0060717803766127	0.0135247452912439	0.0213167532487606
+C[T>C]C	0.0056721703883903	0.0108111228026308	0.00211740628817595	0.0153456028803177	0.00275286806628752	0.0141700087786038	0.00422255880947564	0.000840174281483878	0.0121260698405066	0.0140892598912081	0.0020716618945615	0.000413755563032437	0.0442846454607362	0.00122365494747256	0.00555858536054722	0.00531535107443007	0.0224306690151992	0.0449813784934413	0.00362270284694492	0.00745553804781284	0.0207363484955875	0.0112690102887527
+C[T>C]G	0.00766621275741904	0.0132446597724762	0.00123677985626235	0.0099130724906543	0.0106822114508533	0.0214442320850755	0.0287560082940816	0.00105956722666589	0.00917551499093988	0.0185513711480843	0.00165008249253371	0.000104359736807363	0.0481603528088151	0.000448926659895836	0.00169300216245316	0.0137284352708923	0.02216374875925	0.0327381267594727	0.0026874656654168	0.00429823407382767	0.0843242376244046	0.0239892876045016
+C[T>C]T	0.00657330694234724	0.0158432198931926	0.0036237205524223	0.0116669306805745	0.00516425181274019	0.0194014657878822	0.00314652550433533	0.00426867913088063	0.012068265943802	0.0296579048547367	0.00196968543462138	0.000840868270370267	0.0336619331860177	0.000401909135093735	0.00255772456581408	0.00336071431174551	0.0274661537240766	0.103896620929213	0.00086615956494021	0.00509868781186312	0.010511640455058	0.0207643118952365
+C[T>G]A	0.000277322956334054	0.000857587420701625	9.62590930302016e-05	0.000667510901409232	0	0.00194276708843305	9.11815317069143e-05	0	0.00271547312483836	0.0222767120866387	0.00207194930669878	0	0.00129159680702946	0	0	0	0.00019973844319251	0	0	0	0	0
+C[T>G]C	0.00224746373879615	0.00253730433122968	0.00133730923463744	0.00629280118113749	0.00137643403314376	0.00393611354961217	0.00422255880947564	0.000840174281483878	0.00134734109338962	0.00764163248336714	0.00196262705800562	0.000103438890758109	0.0056362276040937	0.000222482717722282	0.00209757938133857	0.00201983340828342	0.00948100442910484	0.0218193253886096	0.00255720200960818	0.00117158455037059	0.00962759037295136	0.000563450514437638
+C[T>G]G	0.00172759724110852	0.00356158918251459	0.00157408345342481	0.0106927523494698	0.00491381726739253	0.00816923127050495	0.00532518672112622	0.000953610503999301	0.00679667777106658	0.0151783945757053	0.00407020348158315	0.00114795710488099	0.00522220693107634	0.000112231664973959	0.000529063175766613	0.000750773803876926	0.0078156377203671	0.0151272723647218	0.006879912103467	0.00139692607399399	0.0178255033965513	0.000454773224729888
+C[T>G]T	0.00270665579979004	0.00707464536111118	0.00110724794657348	0.0103706050493996	0.00114761151394226	0.0117830891696038	0.00820003616281328	0.00123317397114329	0.00780887796363661	0.0548940857129491	0.0179241374550545	0.000840868270370267	0.00654537589728121	0.000602863702640604	0.00596802398689953	0.00432091840081566	0.0194247322915522	0.261863954112443	0.00202103898486049	0.00182783147972451	0.00162452625214533	0.00325714696395867
+G[C>A]A	0.0080948092516281	0.0169897331519689	0.0094447110209916	0.010764851939622	0.0362789762419605	0.0121955576602262	0.00230877752227553	0.000287114931876588	0.0273188679812385	0.0128393580014891	0.00139106825821809	0.000377050025331431	0.00649889111052808	0.000912355139884539	0.00172034695501062	0.00232502871123705	0.0101150226223323	0.00672985599607015	0.136519360213132	0.00310588990734751	0.00115694466029793	0.000102693014776488
+G[C>A]C	0.00592631786831207	0.00705672311185098	0.00457512119228488	0.0123321434048786	0.0403337400816234	0.00998541392514746	0.00584557529341897	0.000100268137034689	0.0123275763148995	0.0104876346536863	0.00229018996495494	0.000987568898674915	0.00614984286510893	0.000424824765433733	0.01141502352034	0.0100480247119656	0.0103765241295261	0.00138878049870358	0.0154625434471096	0.00315229021824639	0.00343430354648505	0.00408839568890679
+G[C>A]G	0.00061057471264641	0.0015734398619749	0.00116562122602096	0.00104974380309903	0.0228534658152379	0.00299413770395206	0.00210789597692821	0	0	0	0.000207352577016193	0	0.0016405817129903	0.000211548741294457	0.00109697128539533	0.00131407292494392	0.00395783024066799	0.00138313389585503	0.00982742400828179	0	0.00412452777979008	0.000321455747209416
+G[C>A]T	0.0048181821404712	0.00893978439204302	0.00301031305972135	0.0149107752596431	0.0273293345427718	0.0117011949350973	0.00918823870128807	0.00010506950767194	0.0228028772117891	0.0101536549239277	0.00959942566838696	0.000620915363810912	0.0031070876716473	0.00111291907556653	0.0772259972195085	0.0328637963500284	0.00728749630467844	0.00347028946961219	0.0818676485280274	0.00767203805416328	0.0141833333771021	0.00259305012770981
+G[C>G]A	0.000585166933852634	0.00231221220411411	0.00253890081209452	0.0111672763111966	0.0067540647258969	0.00573908595775351	0	0	0.00337648930105195	0.00119688930522356	0	0	0.00125784989236027	0.00101372793320504	0.000191149661667847	0.00213127631863396	0.00326630938846148	0.00132557769619564	0.000873879261677229	0.00194118119209219	0.00134976877034757	0.00041077205910595
+G[C>G]C	0.00245226946274982	0.00305440254095042	0.0024471578470361	0.00948626415759894	0.00919892317651055	0.00579798227911788	0.0030235734276305	0.000401072548138754	0.00267990789454339	0.00330588483648807	0.000208199087723176	0.000197513779734983	0.00120800484850354	0.00116826810494277	0.00010013178526614	0.00050747599555382	0.00353243374622165	0.000213658538262089	0.000305181778561374	0	0.00191916962891811	0.00451875312984435
+G[C>G]G	0	0.000209791981596653	0.000105965566001905	0.00115471818340894	0.0062419157733249	0.00117626838369545	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0.000606495196127962	0	0	0.000506568247849576	0	0	0
+G[C>G]T	0.000963636428094241	0.00397323750757468	0.00434822997515305	0.0181138306857886	0.00635565919599343	0.00686320087539363	0.0017954029646195	0	0.00494249555329419	0.00525600960768022	0.000436337530381226	0	0.0010356958905491	0.0014467947982365	0.000314779879970823	0.00191439590388515	0.00335456179104245	0.00201500678880709	0.00159897751031303	0	0.00127014925765094	0.000450965239601707
+G[C>T]A	0.0243819555771931	0.0232226530065374	0.00558558178660794	0.0182097028137531	0.00839433758790043	0.0207017029190394	0.0628179884185801	0	0.00368344287387485	0.00674610335671463	0	0.0246025141528759	0.0129977822210561	0.00385216614617917	0.0532351807744953	0.0461130694395348	0.0131706023728285	0.00214131781693141	0.00310712626374126	0.036300088292124	0.0525445699885308	0.0167389614085675
+G[C>T]C	0.027792387244498	0.0267523532897037	0.00308554685061074	0.0103294876382744	0.00808696542989941	0.0195413476814714	0.0779074086519459	0.0210563087772846	0.00267990789454339	0.00786572599026471	0.0139493388774528	0.0962879676208042	0.0101033132783933	0.00244274240124396	0.0618814432944747	0.136511042803978	0.0101557470203873	0.000320487807393133	0.00518809023554335	0.0624356836775252	0.0534337228261939	0.0421750292118806
+G[C>T]G	0.104408275862536	0.0513990354911803	0.0021193113200381	0.00094476942278913	0.00231554939978181	0.0142221540937723	0.134403462528899	0.00019972091937693	0.0188966030753039	0.00999086313773805	0.027992597897186	0.00885198213520523	0.00251555862658513	0.0033847798607113	0.0975307197378758	0.184879952286341	0.000989457560166999	0.00808601354499865	0.0135760290423687	0.0281539873698357	0	0.00203588639899297
+G[C>T]T	0.0189515164191867	0.0254949406736042	0.004571216127725	0.0129226718916907	0.00868606756785769	0.0220522519930681	0.0553406560859189	0.0169161907351823	0.00595346055283164	0.0120649311449023	0.0165808261544866	0.0540196366515493	0.013233891934794	0.00267100578135968	0.0582342777946022	0.0850842623948956	0.0134182471641698	0.00100750339440354	0.00170557601100057	0.0977119291064961	0.0520761195636884	0.0187150574434709
+G[T>A]A	0.000623925803847946	0.00156190694027826	0.00037125481706832	0.00413754925848996	0.00608446853018178	0.00627532012304933	0	0	0.00589112676158781	0.00298324510121208	0	0.000258444097478372	0.0014369617573007	0.000185292478051066	0	0	0.00288883847961565	0	0.00186352231906981	0.00230630004432841	0	0
+G[T>A]C	0.000558340481281958	0.00345319968851854	0.00139536413823475	0.00714194593045427	0.00574474964727311	0.0046936994708848	0.00308410716624479	0	0.00644339436263326	0.00361293280440273	0.000113768227129302	0.000323788054978424	0.0046807210852848	0	0.00273579865637247	0.00421503573014848	0.00482565424702653	0.00303553866517094	0.00166763410343367	0	0.0044156222853837	0.0166966688337524
+G[T>A]G	0.00131015880123716	0.00225083683802196	0.00159165129565579	0.00968583128814349	0.0143659048233891	0.00780149403538264	0.000646154331335985	0.000642835630660316	0.00710161776291706	0.00341062128565222	0	0.000422097849875329	0.00222954035447622	0.000453936986836998	0	0.00281971095825544	0.00601561407880781	0.00410940081021416	0.00152177738193436	0.00173848211611774	0.000863446617562637	0.00356382822566932
+G[T>A]T	0.0019433805932799	0.00209861403848707	0.00183091999105361	0.0084007293900639	0.00411992900056402	0.00495946601259381	0.0019169031824178	0.000908122768247221	0.013495105314454	0.00371683979020415	0.000377129440081861	8.94435489301308e-05	0.0030833250019021	9.61903385798895e-05	0.000816199054287489	0.0039527156562014	0.00329928327169641	0.00377343160529889	0.00359321803207385	0.00478905100658485	0.00164669772253986	0.00399516573471807
+G[T>C]A	0.0100719451192597	0.0106577179454282	0.00120657815547204	0.00744758866528192	0.00537902290349403	0.0153604850773148	0.0107259817763791	0.000174932660168743	0.00635867650457097	0.00904917680700999	0.00581174779342244	0.000861480324927905	0.0548919391288868	0.000741169912204261	0.00681309619586989	0.0172646615937855	0.0155034331739373	0	0.000354956632203774	0.00345945006649262	0.000176225079771304	0.133834108221313
+G[T>C]C	0.0078167667379474	0.0113955589721112	0.000930242758823172	0.00737233128304957	0.00176761527608404	0.0112648787301235	0.00649865438601581	0.000109580962267825	0.00667769961218356	0.0120846373112781	0.0114905909400595	0.0017268696265516	0.0328850660863599	0.00116070538378823	0.0138978571743722	0.0553500744564235	0.0119434942613907	0.0114416457379521	0.00277939017238946	0.003333941070529	0.0014350772427497	0.0781921462989106
+G[T>C]G	0.00545899500515485	0.0113667260320109	0.00113689378261128	0.00777119021955698	0.00453660152317549	0.0162913551915343	0.0123846246839397	0.000321417815330157	0.00607073776507427	0.0114499428875468	0.00600659472868312	0.00200496478690781	0.0481111339650132	0.00011348424670925	0.00877347324419982	0.01670136490659	0.0174570761502658	0.00536505105777959	0.00717409337197629	0.0065193079354415	0.0309761474050596	0.10162658553199
+G[T>C]T	0.00990198683242616	0.0138317743445739	0.00163819157094271	0.00820980372210792	0.00219729546696748	0.0152673757642593	0.00383380636483559	0.0073557944228025	0.00689318329011674	0.0130089392657146	0.0116910126425377	0.00205720162539301	0.0402821492183983	0.000673332370059226	0.00779923540763602	0.00864082027169607	0.0141969158963906	0.0079338818367823	0.00442242219332166	0.00911761633945962	0.000640382447654391	0.0977353959005422
+G[T>G]A	8.91322576925639e-05	0.00045938439419949	0	0.00331003940679196	0	0.00149858390998193	0	0	0.000187019897193264	0.00715978824290901	0	0	0	0	0	0	0	0	0.00141982652881509	0	0	0
+G[T>G]C	0.000223336192512782	0.00103595990655556	0.000581401724264483	0.00529886310969188	0	0.000352027460316359	0.00176234695213989	0	0	0.000747503338841944	0.00227536454258605	0	0.000480073957465108	0	0.00207920697884308	0.00244028384377017	0.00386052339762122	0.0106243853280983	0	0	0.00342210727117237	0.000705493049313479
+G[T>G]G	0.00131015880123716	0.00528946656935159	0.00193271943043917	0.0199347923023418	0.00194425779564664	0.00688367120769057	0.00107692388555998	0.00182136762020423	0.00664344887498694	0.00609039515295039	0.00100109912144719	0.00105524462468832	0.00129078652101255	0.000340452740127748	0.00128392291378534	0.00401266559444044	0.000943625737852206	0.00547920108028555	0.0128264093620182	0.0046721706870664	0.00323792481585989	0.000459848803312172
+G[T>G]T	0.000740335464106628	0.00209861403848707	0.000481821050277267	0.00658693554448192	0.000183107955580624	0.00320906624344305	0.00319483863736301	0.000817310491422499	0.00728153164448952	0.0191004266996603	0.00282847080061395	0	0.00318278709873764	0.00105809372437878	0.0034461737847694	0.0174654877832155	0.00439904436226187	0.0612456975936975	0.00294828146221444	0.0023024283685504	0.00329339544507973	0.000779544533603527
+T[C>A]A	0.0109149491785983	0.0121583924426385	0.022639883349942	0.0125306868080895	0.0287377408365914	0.0136895106394611	0.0014760166992594	0.00086378574037619	0.0264112512660652	0.0218014701912317	0.0335400351305397	0.00076569004051343	0.00624400169366863	0.0323888987142375	0.000431305551440433	0.00498383252464023	0.011601842403024	0.00165655495062113	0.0566125799998601	0.00446763578622013	0.000609117231735874	9.26856306849615e-05
+T[C>A]C	0.0118250412209619	0.0128363782897757	0.0150376684428806	0.0188911338316766	0.0556987112665893	0.0133056398996926	0.00299339848560766	0.00205380975858607	0.0182244830847404	0.0050202512116028	0.0109812890381379	0.00252856827372904	0.0111346984081083	0.0182736956819441	0.0170234397844721	0.00644472604457331	0.0163930332759685	0.00142233167241586	0.0408404654970606	0.00656103450058363	0.00434486536250496	0.000550942912933984
+T[C>A]G	0.00241208525035909	0.00367548843132439	0.0030577364278677	0.00173093418808283	0.010790381695738	0.00429789300374227	0.00113788879018155	0.000205826273041743	0.00198043335922104	0	0.00331221400403533	0.000101362023768266	0.00214159557997725	0.00425130546114749	0	0.00260431418973245	0.00453202092816975	0.00241224162171779	0.0163924876842808	0.0018786456631325	0.00114040815722763	0
+T[C>A]T	0.0157556924445364	0.0200129214067521	0.0158772123901346	0.0189792972453483	0.0372088435038775	0.0195471327197542	0.005815353331993	0.00129674668477886	0.0496952207651819	0.0365169454216865	0.319279621133718	0.000392985244203248	0.00535329184493939	0.0193352491578799	0.0514008746510496	0.0146407171462168	0.0172414007819302	0.00520757082675085	0.113851489186517	0.00880101175974583	0.012158891408445	0.000428132468145907
+T[C>G]A	0.0016724518902691	0.00181468543919977	0.117415751300712	0.0158903637059105	0.00278669002051795	0.00249741072476655	0	0.000172757148075239	0.00489439271713794	0.00324075908248039	0	8.50766711681589e-05	0.00227054607042496	0.20741704346095	0	0.000786920924943194	0.00475485344386233	0.000368123322360253	0.00192798260061443	0.000438003508452954	0	0.000185371261369923
+T[C>G]C	0.00219757403221415	0.00388327410446998	0.0369403594357719	0.0193229311764007	0.0108705663252637	0.00879711728905298	0.000206441274869494	0.00102690487929304	0.00537951609127881	0.00291875070442023	0	0.00111257004044078	0.00303673592948409	0.0648281108716586	0	0.0027026270509501	0.00723554572180679	0.000656460771884246	0.00875152832079871	0.00114557745248286	0.000103449175297737	0.000330565747760391
+T[C>G]G	0.000314619815264228	0.000864820807370446	0.00600626798331155	0.00216366773510353	0.00321636377469112	0.00143263100124742	0	0.000308739409562615	0	0	0	0.000304086071304797	0	0.0115548302277342	0	0	0	0	0.00146175049413969	0	0	0
+T[C>G]T	0.00325278811758171	0.0072297988328057	0.157396098827533	0.0316671147408573	0.00502822209511859	0.0071566005039537	0.000100264712620569	0.000698248214880927	0.0110907788832166	0.00555692647721316	0.000103561343215607	0.000785970488406496	0.00163876280967533	0.277772513858285	9.96140981609489e-05	0.00151455694616036	0.0185592148544344	0.00297575475814335	0.00333964368280451	0.0106219107445208	0.000502433529274586	0.000321099351109431
+T[C>T]A	0.0127634486362642	0.0207781482788374	0.193951389346062	0.00962502030186581	0.00304794220994151	0.0102671329795958	0.00642501386736443	0.103827045993218	0.00591021007352506	0.00491024103406119	0.00331813181772719	0.0256931546927839	0.0130556399049435	0.138613507209237	0.00793602214650397	0.00979279373262641	0.0163566958468864	0.0150930562167703	0.014372233931853	0.0190969529685488	0.00931079197081978	0.00593188036383754
+T[C>T]C	0.0186270560825771	0.0252412816790548	0.0557919292953252	0.0153288057377033	0.00724704421684248	0.0228725049515378	0.00691578270812803	0.296467438651899	0.00724587881682451	0.00980700236685196	0.0224956503596806	0.160715799478218	0.0106848116037403	0.0332842314206838	0.0290218883072628	0.0162157623057005	0.0148102576493233	0.0185997218700536	0.0050008733261707	0.0343673235744857	0.0080690356732235	0.00947621810246456
+T[C>T]G	0.0794939399900955	0.0412951935519387	0.0290484960647431	0.00108183386755177	0.00114129037166459	0.0081549764686392	0.0404467742691806	0.102089831428704	0.0103422630981543	0.00549914851949892	0.228756457504505	0.00810896190146125	0.00112715556840908	0.0235456917848169	0.00966067966196615	0.010833947029287	0.00407881883535279	0.0180918121628834	0.013886629694327	0.00939322831566246	0.0252963263966857	0.0139138635116429
+T[C>T]T	0.0140276487570711	0.0279761780921612	0.110399550152735	0.00954207762058947	0.00774346202648263	0.0126041620815901	0.00471244149316674	0.0841887847656432	0.0154631051737154	0.0108870396288258	0.0405960465405181	0.0937269807424746	0.00983257685805195	0.0792428244175406	0.0228116284788574	0.00767375519387918	0.0211948429994428	0.0213616680852433	0.00151801985582023	0.0270100016074959	0.0098476971737819	0.00685011949033452
+T[T>A]A	0.00401133828765718	0.00330788651724385	0.0015189161291282	0.00496553778615003	0.00324696617458839	0.00674427774073875	0.000143879497332052	0.000715702603241128	0.0146909790389048	0.0174943509059093	0	0.000211474647649158	0.00446807545711687	7.58087762309366e-05	0	0.000579568986665584	0.00669749847542561	0.000457521132518804	0.000653505888822593	0.0028307320268075	7.2099028407295e-05	0.00207349379564351
+T[T>A]C	0.00181072111748012	0.00513281470517459	0.00226261161099673	0.00896578995263813	0.00412019768579716	0.006469290585732	0.000714420445397302	0.00133265835836786	0.00940328667598657	0.00272720703979826	0.000737910068380918	0	0.01284442141575	0.000470526905189786	0.00141956918871966	0.00170869175337002	0.0085095760102968	0.00246109414784521	0.00216328236160437	0.00432484314014307	0.000626501945374539	0.00428989301371599
+T[T>A]G	0.000949140590682921	0.00204567681792473	0.000449246874925303	0.00596359882443314	0.00699987629768349	0.00643757624506014	0	0.000846727878428745	0.00606506661572024	0.0134771689103068	0	0	0.00343129952000545	0.000538123549979664	0	0.000514253982303644	0.00587280403405336	0	0.00163219430859101	0.00446528062094432	0	0
+T[T>A]T	0.00277938013627155	0.00404033483506968	0.00215208063234523	0.0106597519968573	0.00317274017112607	0.00756364072587127	0.000492066386757616	0.00349670781552027	0.0180186934178882	0.0110517465534698	0.00203298068211549	0.000551040837256868	0.00719996258881889	0.000518530454945697	0.000838068658244195	0.000212369990984642	0.00615942863481526	0.00283139361138607	0.00148998890229011	0.00602850770368525	0.000704508366971156	0.000600323999905593
+T[T>C]A	0.00590760729636783	0.0063902353174029	0.00182269935495384	0.00684642331120686	0.00202033450863277	0.0130287183627908	0.00424444517129554	0.0016461159874546	0.00505002404462353	0.0126935755410318	0.00222915225338765	0.000140983098432772	0.0391936443606743	0.000379043881154684	0.001286512811575	0.00492633638665747	0.0193833485288788	0.00129630987546994	0.000145223530849465	0.00377430936907666	0.00288396113629179	0.0298736698705675
+T[T>C]C	0.00434573068195227	0.00970568598796652	0.00141413225687296	0.00980633276069797	0.00143311223853814	0.0135094009290286	0.0031255894486132	0.00159919003004143	0.00702871933356572	0.0138380505352726	0.00894715957911863	0.000787543472655497	0.0332787282135341	0.000564632286227743	0.00496849216051883	0.00890318334650698	0.017899452987176	0.0106016363291794	0.00621943678961254	0.00180201797505962	0.0101135314039033	0.0298385891842913
+T[T>C]G	0.00724798269248777	0.00667068527584154	0.000718794999880485	0.00587458988675503	0.00307311642337324	0.0114244310827828	0.00902165143958385	0.00160878296901461	0.00262517808740129	0.00943401823721474	0.00571403763368401	0.00058377616277198	0.0296761039568039	0.000179374516659888	0.00287495988726697	0.00334265088497369	0.0153811534225207	0.00541280548819585	0.000944954599710586	0.00489463452680436	0.0206422028007666	0.022622968216326
+T[T>C]T	0.00434723559775808	0.0103579493044514	0.00178103224745812	0.00793967734938339	0.00155111741699497	0.0129555430255023	0.00203856074513869	0.00167841975144973	0.00882243080211951	0.0245682711152674	0.00718803884033689	0.000344400523285543	0.0284168736218279	0.00088890935133548	0.00181581542619575	0.0033271298587594	0.0133967572807232	0.00536474578999465	0.000993325934860076	0.00269509756164751	0.00288848430458174	0.0205610969967665
+T[T>G]A	0.00102106792776728	0.000676613151254425	0.00030378322582564	0.00240753347207274	0	0.00390861550883723	0.000647457737994236	0	0.00221894995900124	0.0408472751384486	0.00371525375564609	0	0.00148935848570562	7.58087762309366e-05	0	0	0.0053579987803405	0	0	0.0023226519194318	0	0
+T[T>G]C	0.00117696872636207	0.00326633663056565	0.00131985677308142	0.00523004413903892	0.000268708544725902	0.004851967939299	0.00169674855781859	0.000888438905578573	0.00294446350460186	0.00818162111939477	0.00848596578638055	0	0.00262726801685796	0.000376421524151829	0.00133084611442469	0.000359724579656847	0.00674897407713195	0.00908711685358233	0.00324492354240654	0.00162181617755364	0.000358001111642593	0.0017159572054864
+T[T>G]G	0.00172571016487804	0.00257933163999206	0.00215638499964146	0.00881188483013256	0.00256093035281104	0.0054402052775156	0.000936209111654928	0.000846727878428745	0.00606506661572024	0.00847136331504998	0.00193398196832381	0.000250189784045134	0.00102011607351513	8.9687258329944e-05	0.000169115287486292	0.000771380973455465	0.00456773647093039	0.00405960411614689	0.000687239708880426	0.000944578592892068	0.000341193434723416	0.00027256588212441
+T[T>G]T	0.00285064629361184	0.00624415383601677	0.00148419353954843	0.00830725500444743	0.000775558708497483	0.00988515421599018	0.00506125426379263	0.000979078188345677	0.00837383262574057	0.0433323875657628	0.0459598847063965	0.000206640313971326	0.002451051094066	0.00022222733783387	0.00174597637134207	0.00233606990083105	0.0125498358434361	0.0426199248871797	0.00106427778735008	0.000922007060563626	0	0.000225121499964597