SAMBA-ilum 1.0.0.502__tar.gz → 1.0.0.504__tar.gz

{samba_ilum-1.0.0.502 → samba_ilum-1.0.0.504}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.502
+Version: 1.0.0.504
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.502 → samba_ilum-1.0.0.504}/SAMBA_ilum.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.502
+Version: 1.0.0.504
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.502 → samba_ilum-1.0.0.504}/samba_ilum/__main__.py

@@ -16,7 +16,7 @@ dir_samba = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
 print(f'{dir_samba}')
 #--------------------
 
-version = '1.0.0.502'
+version = '1.0.0.504'
 
 print(" ")
 print("=============================================================")

{samba_ilum-1.0.0.502 → samba_ilum-1.0.0.504}/samba_ilum/src/HeteroStructure_Generator.py

@@ -343,7 +343,6 @@ for k in range(n_Lattice):
     poscar.close()
     poscar_new.close()
     #=================================================
-
     os.remove(diret + 'temp0_' + label + '.vasp')
     os.remove(diret + 'temp1_' + label + '.vasp')
 
@@ -351,10 +350,13 @@ for k in range(n_Lattice):
     #==========================================================================
     # Criando a Supercélula das redes (em coordenadas diretas) ================
     #==========================================================================
-    structure = Poscar.from_file(diret + 'POSCAR_' + label + '.vasp').structure
+    fator_A1 = cell_fator[0] + (cell_fator[0] % 2)
+    fator_A2 = cell_fator[1] + (cell_fator[1] % 2)
+    #------------------------------------------------------
     # Cria uma supercélula multiplicando os vetores da rede
+    structure = Poscar.from_file(diret + 'POSCAR_' + label + '.vasp').structure
     supercell = structure.copy()
-    supercell.make_supercell(cell_fator)
+    supercell.make_supercell([fator_A1, fator_A2, 1])
     Poscar(supercell).write_file(diret + 'POSCAR_Supercell_' + label + '_direct.vasp')
     #===========================================================================================================
     # Evitando erro na escrita do rotulo das subredes (bug no pymatgen) ========================================
@@ -1645,8 +1647,8 @@ for s in range(len(files0)):
     for i in range(len(files)):
         #--------------------------
         structure = Poscar.from_file(diret2 + files0[s] + '/' + files[i]).structure   # Lendo o arquivo POSCAR
-        matcher = StructureMatcher()                                                                         # Criando um objeto StructureMatcher  
-        reduced_structure = matcher._get_reduced_structure(structure)                                        # Obtendo a correspondente célula unitária reduzida
+        matcher = StructureMatcher()                                                  # Criando um objeto StructureMatcher  
+        reduced_structure = matcher._get_reduced_structure(structure)                 # Obtendo a correspondente célula unitária reduzida
         Poscar(reduced_structure).write_file(diret2 + files0[s] + '/' + 'temp_' + str(i+1) + '.vasp')
 
         poscar1 = open(diret2 + files0[s] + '/' + files[i], "r")

{samba_ilum-1.0.0.502 → samba_ilum-1.0.0.504}/samba_ilum/src/INPUTS/SAMBA_HeteroStructure.input

@@ -37,7 +37,7 @@ separacao1 = 3.00                      # Distância de separação (em Angs.) en
 separacao2 = 3.00                      # Distância de separação (em Angs.) entre o 2º e 3º material.
 vacuum     = 15.0                      # Vacuo (em Angs.) a ser introduzido na célula da Heteroestrutura.
 #----------------------------------
-cell_fator = [10, 10, 1]               # Fator de multiplicação da célula unitária em função dos vetores A1, A2 e A3.
+cell_fator = [10, 10]                  # Fator de multiplicação da célula unitária em função dos vetores A1, A2.
                                        # Observação: Valores muito elevados pode levar a lentidão excessiva do código.
 #----------------------------------
 crit_mod_vector  = 3                   # Variação perc. % do módulo entre os vetores (A e B) das redes:  A1_com_A2 e B1_com_B2

{samba_ilum-1.0.0.502 → samba_ilum-1.0.0.504}/samba_ilum/src/cell_check.py

@@ -6,6 +6,7 @@ print("Espere um momento ================")
 print("==================================")
 print("")
 
+
 from pymatgen.io.vasp import Poscar
 from pymatgen.core import Structure
 from pymatgen.analysis.structure_matcher import StructureMatcher
@@ -22,9 +23,9 @@ poscar_dir_path = os.path.join(dir_files, dir_poscar)
 files0 = [name for name in os.listdir(poscar_dir_path) if os.path.isfile(os.path.join(poscar_dir_path, name))]
 
 
-#---------------------------------------------------
-# Testando a compatibilidade dos arquivos POSCAR ---
-#---------------------------------------------------
+#===================================================
+# Testando a compatibilidade dos arquivos POSCAR ===
+#===================================================
 A1x0 = [];  A1y0 = [];  A2x0 = [];  A2y0 = []  
 #--------------------------------------------
 for k in range(len(files0)):
@@ -53,19 +54,49 @@ for k in range(len(files0)):
        print(f'A3 = [0.0, 0.0, A3z]')
        print(f'========================================')
        print(f' ')
-       #=============
+       #-------------
        poscar.close()
        sys.exit()   
-    #=============
+    #-------------
     poscar.close()  
-    #=============
+    #-------------
+
 
-#------------
-stop_code = 0
-#------------
+#=====================================================================
+# Testando se os arquivos POSCAR correspondem há células unitárias ===
+#=====================================================================
+supercell_files = []
+#-------------------------
+for filename in files0:
+    poscar_path = os.path.join(poscar_dir_path, filename)
+    try:
+        original_structure = Structure.from_file(poscar_path)
+        primitive_structure = original_structure.get_primitive_structure()
+        if (len(original_structure) > len(primitive_structure)): supercell_files.append(filename)
+    except Exception as e: print(f"Aviso: Não foi possível analisar o arquivo '{filename}'.")
+#----------------------------
+if (len(supercell_files) > 0):
+   print(f'========================================')
+   print(f'Verifique os arquivos POSCAR utilizados!')
+   print(f'Foram identificadas as seguinte células não-unitárias: {supercell_files}')
+   print(f'----------------------------------------')
+   print(f'Deseja prosseguir com estes arquivos?   ')
+   print(f'Digite:  [0] para NÃO  e  [1] para SIM  ')
+   print(f'========================================')
+   print(f' ')
+   selected_option = input(" "); selected_option = int(selected_option)
+   if (selected_option != 1): sys.exit()    
+   #------------------------------------
+
+
+#========================================================
+# Chegando e Corrigindo o eixo de rotação das células ===
+#========================================================
+axis_correction = 0
+#------------------
 for name in files0:
     Lattice = os.path.join(poscar_dir_path, name)
-
+    #--------------------------------------------
     try:
         estrutura = Structure.from_file(Lattice)
         sga = SpacegroupAnalyzer(estrutura, symprec=1e-3)
@@ -74,7 +105,7 @@ for name in files0:
         
         angulos_z = []
         angulos_z_na_origem = []
-        # =========================================================
+        #--------------------------------------------------
         # Loop 1: Encontra todos os ângulos de rotação em Z
         for op in operacoes_0:
             R = op.rotation_matrix
@@ -88,7 +119,7 @@ for name in files0:
                 angle_deg = round(np.degrees(angle), 4)
                 if 0.1 < angle_deg < 360.0 and angle_deg not in angulos_z:
                     angulos_z.append(angle_deg)
-        # =========================================================
+        #--------------------------------------------------
         # Loop 2: Encontra rotações em Z que fixam a origem
         z = np.array([0, 0, 1])
         for op in operacoes_1:
@@ -102,34 +133,33 @@ for name in files0:
                 angle_deg = round(np.degrees(angle), 4)
                 if 0.1 < angle_deg < 360.0 and angle_deg not in angulos_z_na_origem:
                     angulos_z_na_origem.append(angle_deg)
-        # =========================================================
-
+        #------------------------------------------------
         temp_name = name.replace('_',' ').split()
         menor_0 = min(angulos_z) if angulos_z else 0.0
         menor_1 = min(angulos_z_na_origem) if angulos_z_na_origem else 0.0
-
+        #----------------------------------------------------------
         # Se houver diferença, calcula, corrige e salva o new file.
         if (menor_0 != menor_1 and menor_0 != 0.0):
-            stop_code += 1
-
+            axis_correction += 1
+            #--------------------------------------------------------------
             # 1. Definindo os diretórios de backup e criando se necessário
             backup_dir = os.path.join(dir_files, 'POSCAR_original')
             os.makedirs(backup_dir, exist_ok=True)
-            
+            #---------------------------------------------------------
             # 2. Definindo os caminhos do arquivo original e do backup
             original_filepath = os.path.join(poscar_dir_path, name)
             backup_filepath = os.path.join(backup_dir, name)
-            
+            #-----------------------------------------------------
             # 3. Movendo o arquivo original para a pasta de backup
             shutil.move(original_filepath, backup_filepath)
-
-            if (stop_code == 1):
+            #----------------------------------------------
+            if (axis_correction == 1):
                 print(" ")
                 print(f"-------------------------------------------------------------")
-    
             print(f"POSCAR file: {name}")
             print(f"Discrepância encontrada em relação ao ângulo de rotação em torno do eixo Z")
             print(f"Min. Rotation Angle: {int(menor_0)}º / Angle at Origin: {int(menor_1)}º")
+            #-------------
             op_alvo = None
             for op_cart in operacoes_1:
                 R_cart = op_cart.rotation_matrix
@@ -140,34 +170,32 @@ for name in files0:
                 if np.isclose(np.degrees(np.arccos(cos_theta_3d)), menor_0, atol=1e-4):
                     op_alvo = op_cart
                     break
-            
+            #------------
             if op_alvo:
                 R = op_alvo.rotation_matrix
                 t = op_alvo.translation_vector
                 celula = estrutura.lattice.matrix.T
-
+                #----------------------------------
                 try:
                     M = R - np.eye(3)
                     p_cart, *_ = np.linalg.lstsq(M, -t, rcond=None)
                     p_direto = np.linalg.solve(celula, p_cart)
-                    
+                    #--------------------------------------------------------------
                     deslocamento_frac = np.array([-p_direto[0], -p_direto[1], 0.0])
                     print(f"Coordenadas diretas do eixo de rotação apropriado: ({p_direto[0]:.9f}, {p_direto[1]:.9f})")
                     print(f"Movendo arquivo original para a pasta 'POSCAR_original' e criando versão corrigida.")
-
+                    #------------------------------------
                     estrutura_corrigida = estrutura.copy()
                     indices_dos_sites = list(range(len(estrutura_corrigida)))
                     estrutura_corrigida.translate_sites(indices_dos_sites, deslocamento_frac, frac_coords=True)
-                    
+                    #----------------------------------------------------------------------
                     # Salvar o arquivo corrigido com o nome_original no diretório original.
                     Lattice_new_file = os.path.join(poscar_dir_path, name)
                     estrutura_corrigida.to(fmt="poscar", filename=Lattice_new_file)
-
                     print(f"-------------------------------------------------------------")
-
                 except np.linalg.LinAlgError:
                     print("ERRO: Não foi possível calcular o deslocamento devido a um erro numérico.")
-
+    #---------------------
     except Exception as e:
         print(f"Erro Crítico ao processar o file {name}: {e}")
-        if (stop_code > 0): sys.exit()
+        if (axis_correction > 0): sys.exit()

{samba_ilum-1.0.0.502 → samba_ilum-1.0.0.504}/setup.py

@@ -6,7 +6,7 @@ import json
 
 setup(
     name = "SAMBA_ilum",
-    version = "1.0.0.502",
+    version = "1.0.0.504",
     entry_points={'console_scripts': ['samba_ilum = samba_ilum:main']},
     description = "...",
     author = "Augusto de Lelis Araujo",