SAMBA-ilum 1.0.0.495__tar.gz → 1.0.0.497__tar.gz

{samba_ilum-1.0.0.495 → samba_ilum-1.0.0.497}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.495
+Version: 1.0.0.497
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.495 → samba_ilum-1.0.0.497}/SAMBA_ilum.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.495
+Version: 1.0.0.497
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.495 → samba_ilum-1.0.0.497}/SAMBA_ilum.egg-info/SOURCES.txt

@@ -12,14 +12,13 @@ samba_ilum/__init__.py
 samba_ilum/__main__.py
 samba_ilum/src/BZ_2D.py
 samba_ilum/src/HeteroStructure_Generator.py
-samba_ilum/src/HeteroStructure_Generator_OLD_1.py
-samba_ilum/src/HeteroStructure_Generator_OLD_2.py
 samba_ilum/src/_info_pseudo.py
 samba_ilum/src/a-scan.py
 samba_ilum/src/a-scan_analysis.py
 samba_ilum/src/bader
 samba_ilum/src/bader_poscar.py
 samba_ilum/src/bader_update.py
+samba_ilum/src/cell_check.py
 samba_ilum/src/charge_transfer.py
 samba_ilum/src/chgsum.pl
 samba_ilum/src/contcar_update.py
@@ -33,7 +32,6 @@ samba_ilum/src/lattice_plot3d.py
 samba_ilum/src/make_files.py
 samba_ilum/src/output.py
 samba_ilum/src/potcar.py
-samba_ilum/src/rotation_axis_check.py
 samba_ilum/src/vdW_DF.py
 samba_ilum/src/xy-scan.py
 samba_ilum/src/xy-scan_analysis.py

{samba_ilum-1.0.0.495 → samba_ilum-1.0.0.497}/samba_ilum/__main__.py

@@ -16,7 +16,7 @@ dir_samba = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
 print(f'{dir_samba}')
 #--------------------
 
-version = '1.0.0.495'
+version = '1.0.0.497'
 
 print(" ")
 print("=============================================================")
@@ -125,7 +125,7 @@ if (tarefa == 1):
    # Checagem da estrutura dos arquivos POSCAR, com relação
    # ao ângulo de rotação em relação ao eixo-z ============
    #=======================================================
-   exec(open(dir_codes + '/rotation_axis_check.py').read())
+   exec(open(dir_codes + '/cell_check.py').read())
    #=======================================================
 
 

{samba_ilum-1.0.0.495 → samba_ilum-1.0.0.497}/samba_ilum/src/HeteroStructure_Generator.py

@@ -1,12 +1,6 @@
 # SAMBA_ilum Copyright (C) 2024 - Closed source
 
 
-print("==================================")
-print("Espere um momento ================")
-print("==================================")
-print("")
-
-
 # from pymatgen.io.vasp import Poscar
 # from pymatgen.core import Structure
 # from pymatgen.analysis.structure_matcher import StructureMatcher
@@ -48,11 +42,10 @@ alphabet    = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'J', 'K', 'L', 'M',
 for k in range(40):
     for i in range(len(letters)):
         alphabet.append(letters[i] + str(k+1))      
-#--------------------------------------------------------------------------------------------
-vLattice = [dir_poscar + '/' + Lattice1, dir_poscar + '/' + Lattice2, dir_poscar + '/' + Lattice3];  n = n_Lattice -2
+#-------------------------------------------------------
 label_htstructure = '';  label_material = ['']*n_Lattice
 dZ = [0]*3;  dens_ions = [0]*3;  n = 0
-#--------------------------------------------------------------------------------------------
+#--------------------------------------------------------------------------------
 orig = 0   # [0] O centro da SuperCélula será a origem do sistema de coordenadas.
            # [1] O centro do vetor A1 da SuperCélula será a origem do sistema de coordenadas.
 #--------------------------------------------------------------------------------------------
@@ -70,9 +63,7 @@ d_origin_y = [0]*3
 #-----------------
 
 
-#---------------------------------------------------
-# Testando a compatibilidade dos arquivos POSCAR ---
-#---------------------------------------------------
+#-----------------------------------------------------------------------------------------------------
 A1x0 = [];  A1y0 = [];  A2x0 = [];  A2y0 = []  # Listas para armazenar os vetores A1 e A2 de cada rede
 #-----------------------------------------------------------------------------------------------------
 for k in range(n_Lattice):
@@ -89,17 +80,6 @@ for k in range(n_Lattice):
     #--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     A1x0.append(A1x);  A1y0.append(A1y);  A2x0.append(A2x);  A2y0.append(A2y)   # Armazenando os vetores A1 e A2 de cada rede
     #------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-    if ((A1z != 0.0) or (A2z != 0.0) or (A3x != 0.0) or (A3y != 0.0)):
-       print(f' ')
-       print(f'========================================')
-       print(f'Verifique os arquivos POSCAR utilizados!')
-       print(f'INCOMPATIBILIDADE com o código detectada')
-       print(f'========================================')
-       print(f' ')
-       #==========
-       sys.exit()   
-       #=========
-    #-------------------------------------------------------
     # Vetores A1 e A2
     A1 = np.array([A1x, A1y])
     A2 = np.array([A2x, A2y])

samba_ilum-1.0.0.495/samba_ilum/src/rotation_axis_check.py → samba_ilum-1.0.0.497/samba_ilum/src/cell_check.py

@@ -1,6 +1,11 @@
 # SAMBA_ilum Copyright (C) 2024 - Closed source
 
 
+print("==================================")
+print("Espere um momento ================")
+print("==================================")
+print("")
+
 from pymatgen.io.vasp import Poscar
 from pymatgen.core import Structure
 from pymatgen.analysis.structure_matcher import StructureMatcher
@@ -12,6 +17,48 @@ import sys
 import os
 
 
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+vLattice = [dir_poscar + '/' + Lattice1, dir_poscar + '/' + Lattice2, dir_poscar + '/' + Lattice3];  n = n_Lattice -2
+#--------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+
+
+#---------------------------------------------------
+# Testando a compatibilidade dos arquivos POSCAR ---
+#---------------------------------------------------
+A1x0 = [];  A1y0 = [];  A2x0 = [];  A2y0 = []  
+#--------------------------------------------
+for k in range(n_Lattice):
+    #---------------------
+    Lattice = dir_files + '/' + vLattice[k]
+    poscar = open(Lattice, "r")
+    #-------------------------------------------
+    for i in range(2): VTemp = poscar.readline()
+    param = float(VTemp)
+    #-------------------------------------------
+    A1 = poscar.readline().split();  A1x = float(A1[0])*param;  A1y = float(A1[1])*param;  A1z = float(A1[2])*param  
+    A2 = poscar.readline().split();  A2x = float(A2[0])*param;  A2y = float(A2[1])*param;  A2z = float(A2[2])*param  
+    A3 = poscar.readline().split();  A3x = float(A3[0])*param;  A3y = float(A3[1])*param;  A3z = float(A3[2])*param  
+    #--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+    A1x0.append(A1x);  A1y0.append(A1y);  A2x0.append(A2x);  A2y0.append(A2y)   # Armazenando os vetores A1 e A2 de cada rede
+    #------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+    if ((A1z != 0.0) or (A2z != 0.0) or (A3x != 0.0) or (A3y != 0.0)):
+       print(f' ')
+       print(f'========================================')
+       print(f'Verifique os arquivos POSCAR utilizados!')
+       print(f'INCOMPATIBILIDADE com o código detectada')
+       if (A1z != 0.0):
+          print(f'O vetor A1 deve possuir a forma A1 = [A1x, A1y, 0.0]')
+       if (A2z != 0.0):
+          print(f'O vetor A2 deve possuir a forma A2 = [A2x, A2y, 0.0]')
+       if ((A3x != 0.0) or (A3y != 0.0)):
+          print(f'O vetor A3 deve possuir a forma A3 = [0.0, 0.0, A3z]')
+       print(f'========================================')
+       print(f' ')
+       #==========
+       sys.exit()   
+       #=========
+
+
 # Listando os arquivos dentro do diretório "dir_poscar"
 poscar_dir_path = os.path.join(dir_files, dir_poscar)
 files0 = [name for name in os.listdir(poscar_dir_path) if os.path.isfile(os.path.join(poscar_dir_path, name))]
@@ -85,8 +132,7 @@ for name in files0:
     
             print(f"POSCAR file: {name}")
             print(f"Discrepância encontrada em relação ao ângulo de rotação em torno do eixo Z")
-            print(f"Movendo arquivo original para a pasta 'POSCAR_original' e criando versão corrigida.")
-            
+            print(f"Min. Rotation Angle: {int(menor_0)}º / Angle at Origin: {int(menor_1)}º")
             op_alvo = None
             for op_cart in operacoes_1:
                 R_cart = op_cart.rotation_matrix
@@ -110,6 +156,7 @@ for name in files0:
                     
                     deslocamento_frac = np.array([-p_direto[0], -p_direto[1], 0.0])
                     print(f"Coordenadas diretas do eixo de rotação apropriado: ({p_direto[0]:.9f}, {p_direto[1]:.9f})")
+                    print(f"Movendo arquivo original para a pasta 'POSCAR_original' e criando versão corrigida.")
 
                     estrutura_corrigida = estrutura.copy()
                     indices_dos_sites = list(range(len(estrutura_corrigida)))
@@ -118,7 +165,6 @@ for name in files0:
                     # Salvar o arquivo corrigido com o nome_original no diretório original.
                     Lattice_new_file = os.path.join(poscar_dir_path, name)
                     estrutura_corrigida.to(fmt="poscar", filename=Lattice_new_file)
-                    print(f"Estrutura corrigida salva como '{name}' no diretório '{dir_poscar}'.")
 
                     print(f"-------------------------------------------------------------")
 

{samba_ilum-1.0.0.495 → samba_ilum-1.0.0.497}/setup.py

@@ -6,7 +6,7 @@ import json
 
 setup(
     name = "SAMBA_ilum",
-    version = "1.0.0.495",
+    version = "1.0.0.497",
     entry_points={'console_scripts': ['samba_ilum = samba_ilum:main']},
     description = "...",
     author = "Augusto de Lelis Araujo",