SAMBA-ilum 1.0.0.494__tar.gz → 1.0.0.496__tar.gz

{samba_ilum-1.0.0.494 → samba_ilum-1.0.0.496}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.494
+Version: 1.0.0.496
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.494 → samba_ilum-1.0.0.496}/SAMBA_ilum.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.494
+Version: 1.0.0.496
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.494 → samba_ilum-1.0.0.496}/samba_ilum/__main__.py

@@ -16,7 +16,7 @@ dir_samba = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
 print(f'{dir_samba}')
 #--------------------
 
-version = '1.0.0.494'
+version = '1.0.0.496'
 
 print(" ")
 print("=============================================================")

{samba_ilum-1.0.0.494 → samba_ilum-1.0.0.496}/samba_ilum/src/HeteroStructure_Generator.py

@@ -1,12 +1,6 @@
 # SAMBA_ilum Copyright (C) 2024 - Closed source
 
 
-print("==================================")
-print("Espere um momento ================")
-print("==================================")
-print("")
-
-
 # from pymatgen.io.vasp import Poscar
 # from pymatgen.core import Structure
 # from pymatgen.analysis.structure_matcher import StructureMatcher
@@ -70,9 +64,7 @@ d_origin_y = [0]*3
 #-----------------
 
 
-#---------------------------------------------------
-# Testando a compatibilidade dos arquivos POSCAR ---
-#---------------------------------------------------
+#-----------------------------------------------------------------------------------------------------
 A1x0 = [];  A1y0 = [];  A2x0 = [];  A2y0 = []  # Listas para armazenar os vetores A1 e A2 de cada rede
 #-----------------------------------------------------------------------------------------------------
 for k in range(n_Lattice):
@@ -89,17 +81,6 @@ for k in range(n_Lattice):
     #--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
     A1x0.append(A1x);  A1y0.append(A1y);  A2x0.append(A2x);  A2y0.append(A2y)   # Armazenando os vetores A1 e A2 de cada rede
     #------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-    if ((A1z != 0.0) or (A2z != 0.0) or (A3x != 0.0) or (A3y != 0.0)):
-       print(f' ')
-       print(f'========================================')
-       print(f'Verifique os arquivos POSCAR utilizados!')
-       print(f'INCOMPATIBILIDADE com o código detectada')
-       print(f'========================================')
-       print(f' ')
-       #==========
-       sys.exit()   
-       #=========
-    #-------------------------------------------------------
     # Vetores A1 e A2
     A1 = np.array([A1x, A1y])
     A2 = np.array([A2x, A2y])

{samba_ilum-1.0.0.494 → samba_ilum-1.0.0.496}/samba_ilum/src/rotation_axis_check.py

@@ -1,6 +1,10 @@
 # SAMBA_ilum Copyright (C) 2024 - Closed source
 
 
+print("==================================")
+print("Espere um momento ================")
+print("==================================")
+print("")
 
 from pymatgen.io.vasp import Poscar
 from pymatgen.core import Structure
@@ -8,17 +12,57 @@ from pymatgen.analysis.structure_matcher import StructureMatcher
 from pymatgen.symmetry.analyzer import SpacegroupAnalyzer
 #--------------------------------------------------------
 import numpy as np
-import sys  
+import shutil
+import sys
 import os
 
+
+#---------------------------------------------------
+# Testando a compatibilidade dos arquivos POSCAR ---
+#---------------------------------------------------
+A1x0 = [];  A1y0 = [];  A2x0 = [];  A2y0 = []  
+#--------------------------------------------
+for k in range(n_Lattice):
+    #---------------------
+    Lattice = dir_files + '/' + vLattice[k]
+    poscar = open(Lattice, "r")
+    #-------------------------------------------
+    for i in range(2): VTemp = poscar.readline()
+    param = float(VTemp)
+    #-------------------------------------------
+    A1 = poscar.readline().split();  A1x = float(A1[0])*param;  A1y = float(A1[1])*param;  A1z = float(A1[2])*param  
+    A2 = poscar.readline().split();  A2x = float(A2[0])*param;  A2y = float(A2[1])*param;  A2z = float(A2[2])*param  
+    A3 = poscar.readline().split();  A3x = float(A3[0])*param;  A3y = float(A3[1])*param;  A3z = float(A3[2])*param  
+    #--------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+    A1x0.append(A1x);  A1y0.append(A1y);  A2x0.append(A2x);  A2y0.append(A2y)   # Armazenando os vetores A1 e A2 de cada rede
+    #------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+    if ((A1z != 0.0) or (A2z != 0.0) or (A3x != 0.0) or (A3y != 0.0)):
+       print(f' ')
+       print(f'========================================')
+       print(f'Verifique os arquivos POSCAR utilizados!')
+       print(f'INCOMPATIBILIDADE com o código detectada')
+       if (A1z != 0.0):
+          print(f'O vetor A1 deve possuir a forma A1 = [A1x, A1y, 0.0]')
+       if (A2z != 0.0):
+          print(f'O vetor A2 deve possuir a forma A2 = [A2x, A2y, 0.0]')
+       if ((A3x != 0.0) or (A3y != 0.0)):
+          print(f'O vetor A3 deve possuir a forma A3 = [0.0, 0.0, A3z]')
+       print(f'========================================')
+       print(f' ')
+       #==========
+       sys.exit()   
+       #=========
+
+
 # Listando os arquivos dentro do diretório "dir_poscar"
-files0 = [name for name in os.listdir(dir_files + '/' + dir_poscar + '/') if os.path.isfile(os.path.join(dir_files + '/' + dir_poscar + '/', name))]
+poscar_dir_path = os.path.join(dir_files, dir_poscar)
+files0 = [name for name in os.listdir(poscar_dir_path) if os.path.isfile(os.path.join(poscar_dir_path, name))]
 
 #------------
 stop_code = 0
 #------------
 for name in files0:
-    Lattice = dir_files + '/' + dir_poscar + '/' + name
+    Lattice = os.path.join(poscar_dir_path, name)
 
     try:
         estrutura = Structure.from_file(Lattice)
@@ -66,14 +110,24 @@ for name in files0:
         if (menor_0 != menor_1 and menor_0 != 0.0):
             stop_code += 1
 
+            # 1. Definindo os diretórios de backup e criando se necessário
+            backup_dir = os.path.join(dir_files, 'POSCAR_original')
+            os.makedirs(backup_dir, exist_ok=True)
+            
+            # 2. Definindo os caminhos do arquivo original e do backup
+            original_filepath = os.path.join(poscar_dir_path, name)
+            backup_filepath = os.path.join(backup_dir, name)
+            
+            # 3. Movendo o arquivo original para a pasta de backup
+            shutil.move(original_filepath, backup_filepath)
+
             if (stop_code == 1):
-               print(" ")
-               print(f"-------------------------------------------------------------")
- 
+                print(" ")
+                print(f"-------------------------------------------------------------")
+    
             print(f"POSCAR file: {name}")
             print(f"Discrepância encontrada em relação ao ângulo de rotação em torno do eixo Z")
-            print(f"Menor ângulo geral: {int(menor_0)}°, Menor ângulo na origem: {int(menor_1)}°")
-            
+            print(f"Min. Rotation Angle: {int(menor_0)}º / Angle at Origin: {int(menor_1)}º")
             op_alvo = None
             for op_cart in operacoes_1:
                 R_cart = op_cart.rotation_matrix
@@ -97,39 +151,21 @@ for name in files0:
                     
                     deslocamento_frac = np.array([-p_direto[0], -p_direto[1], 0.0])
                     print(f"Coordenadas diretas do eixo de rotação apropriado: ({p_direto[0]:.9f}, {p_direto[1]:.9f})")
+                    print(f"Movendo arquivo original para a pasta 'POSCAR_original' e criando versão corrigida.")
 
                     estrutura_corrigida = estrutura.copy()
                     indices_dos_sites = list(range(len(estrutura_corrigida)))
                     estrutura_corrigida.translate_sites(indices_dos_sites, deslocamento_frac, frac_coords=True)
                     
-                    name_base, extensao = os.path.splitext(name)
-                    if not extensao: extensao = '.vasp'
-                    new_name_file = f"{name_base}_fixed{extensao}"
-                    Lattice_new_file = os.path.join(dir_files + '/' + dir_poscar + '/' , new_name_file)
-
+                    # Salvar o arquivo corrigido com o nome_original no diretório original.
+                    Lattice_new_file = os.path.join(poscar_dir_path, name)
                     estrutura_corrigida.to(fmt="poscar", filename=Lattice_new_file)
-                    print(f"Estrutura corrigida salva como '{new_name_file}'")
+
                     print(f"-------------------------------------------------------------")
 
                 except np.linalg.LinAlgError:
                     print("ERRO: Não foi possível calcular o deslocamento devido a um erro numérico.")
 
     except Exception as e:
-        print(f"ERRO CRÍTICO ao processar o file {name}: {e}")
-
-if (stop_code == 1):
-   print(" ")
-   print(f"Remova a versão anterior do arquivo POSCAR corrigido")
-   print(f"Faça um Backup da versão corrigida do arquivo POSCAR para evitar ambiguidades em relação ao cálculo do xy-scan")
-   print(f"Após isso, reinicie a execução do código")
-   confirmacao = input (" "); confirmacao = str(confirmacao)
-   sys.exit() 
-
-if (stop_code > 1):
-   print(" ")
-   print(f"Remova a versão anterior dos arquivos POSCAR corrigidos")
-   print(f"Faça um Backup da versão corrigida dos arquivos POSCAR para evitar ambiguidades em relação ao cálculo do xy-scan")
-   print(f"Após isso, reinicie a execução do código")
-   confirmacao = input (" "); confirmacao = str(confirmacao)
-   sys.exit() 
-
+        print(f"Erro Crítico ao processar o file {name}: {e}")
+        if (stop_code > 0): sys.exit()

{samba_ilum-1.0.0.494 → samba_ilum-1.0.0.496}/setup.py

@@ -6,7 +6,7 @@ import json
 
 setup(
     name = "SAMBA_ilum",
-    version = "1.0.0.494",
+    version = "1.0.0.496",
     entry_points={'console_scripts': ['samba_ilum = samba_ilum:main']},
     description = "...",
     author = "Augusto de Lelis Araujo",