SAMBA-ilum 1.0.0.475__tar.gz → 1.0.0.476__tar.gz

{samba_ilum-1.0.0.475 → samba_ilum-1.0.0.476}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.475
+Version: 1.0.0.476
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.475 → samba_ilum-1.0.0.476}/SAMBA_ilum.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.1
 Name: SAMBA_ilum
-Version: 1.0.0.475
+Version: 1.0.0.476
 Summary: ...
 Author: Augusto de Lelis Araujo
 Author-email: augusto-lelis@outlook.com

{samba_ilum-1.0.0.475 → samba_ilum-1.0.0.476}/SAMBA_ilum.egg-info/SOURCES.txt

@@ -32,6 +32,7 @@ samba_ilum/src/lattice_plot3d.py
 samba_ilum/src/make_files.py
 samba_ilum/src/output.py
 samba_ilum/src/potcar.py
+samba_ilum/src/rotation_axis_check.py
 samba_ilum/src/vdW_DF.py
 samba_ilum/src/xy-scan.py
 samba_ilum/src/xy-scan_analysis.py

{samba_ilum-1.0.0.475 → samba_ilum-1.0.0.476}/samba_ilum/__main__.py

@@ -16,7 +16,7 @@ dir_samba = os.path.dirname(os.path.realpath(__file__))
 print(f'{dir_samba}')
 #--------------------
 
-version = '1.0.0.475'
+version = '1.0.0.476'
 
 print(" ")
 print("=============================================================")

{samba_ilum-1.0.0.475 → samba_ilum-1.0.0.476}/samba_ilum/src/HeteroStructure_Generator.py

@@ -22,6 +22,13 @@ import sys
 import os
 
 
+#=======================================================
+# Checagem da estrutura dos arquivos POSCAR, com relação
+# ao ângulo de rotação em relação ao eixo-z ============
+#=======================================================
+exec(open(dir_codes + '/rotation_axis_check.py').read())
+
+
 #---------------------------------------------
 crit_mod_vector =       float(crit_mod_vector)
 crit_distorc_lattice =  float(crit_distorc_lattice)
@@ -37,9 +44,9 @@ if (crit_area <= 0.0):             crit_area = 0.01
 #--------------------------------------------------
 
 
-#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
-# Rotulo temporário para os ions inequivalentes da célula unitária ----------------------------------------------------------------------------
-#----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+#-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
+# Rotulo temporário para os ions inequivalentes da célula unitária -----------------------------------------------------------------------------
+#-----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
 letters     = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'J', 'K', 'L', 'M', 'N', 'O', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V', 'X', 'Z', 'Y', 'W']
 alphabet    = ['A', 'B', 'C', 'D', 'E', 'F', 'G', 'H', 'I', 'J', 'K', 'L', 'M', 'N', 'O', 'P', 'Q', 'R', 'S', 'T', 'U', 'V', 'X', 'Z', 'Y', 'W']
 #------------------------------------------------------

samba_ilum-1.0.0.476/samba_ilum/src/rotation_axis_check.py

@@ -0,0 +1,123 @@
+# SAMBA_ilum Copyright (C) 2024 - Closed source
+
+
+#------------
+stop_code = 0
+#------------
+for k in range(n_Lattice):
+    name = vLattice[k]
+    Lattice = dir_files + '/' + vLattice[k]
+
+    try:
+        estrutura = Structure.from_file(Lattice)
+        sga = SpacegroupAnalyzer(estrutura, symprec=1e-3)
+        operacoes_0 = sga.get_symmetry_operations()
+        operacoes_1 = sga.get_symmetry_operations(cartesian=True)
+        
+        angulos_z = []
+        angulos_z_na_origem = []
+        # =========================================================
+        # Loop 1: Encontra todos os ângulos de rotação em Z
+        for op in operacoes_0:
+            R = op.rotation_matrix
+            if int(round(np.linalg.det(R))) != 1: continue
+            z = np.array([0, 0, 1])
+            if np.allclose(R @ z, z, atol=1e-3):
+                Rxy = R[:2, :2]
+                trace = np.trace(Rxy)
+                cos_theta = np.clip(trace / 2.0, -1.0, 1.0)
+                angle = np.arccos(cos_theta)
+                angle_deg = round(np.degrees(angle), 4)
+                if 0.1 < angle_deg < 360.0 and angle_deg not in angulos_z:
+                    angulos_z.append(angle_deg)
+        # =========================================================
+        # Loop 2: Encontra rotações em Z que fixam a origem
+        z = np.array([0, 0, 1])
+        for op in operacoes_1:
+            R = op.rotation_matrix
+            if not np.allclose(op.translation_vector, 0, atol=1e-3): continue
+            if int(round(np.linalg.det(R))) != 1: continue
+            if np.allclose(R @ z, z, atol=1e-3):
+                trace_3d = np.trace(R)
+                cos_theta_3d = np.clip((trace_3d - 1.0) / 2.0, -1.0, 1.0)
+                angle = np.arccos(cos_theta_3d)
+                angle_deg = round(np.degrees(angle), 4)
+                if 0.1 < angle_deg < 360.0 and angle_deg not in angulos_z_na_origem:
+                    angulos_z_na_origem.append(angle_deg)
+        # =========================================================
+
+        temp_name = name.replace('_',' ').split()
+        menor_0 = min(angulos_z) if angulos_z else 0.0
+        menor_1 = min(angulos_z_na_origem) if angulos_z_na_origem else 0.0
+
+        # Se houver diferença, calcula, corrige e salva o new file.
+        if (menor_0 != menor_1 and menor_0 != 0.0):
+            stop_code += 1
+
+            if (stop_code == 1):
+               print(" ")
+               print(f"-------------------------------------------------------------")
+ 
+            print(f"POSCAR file: {name}")
+            print(f"Discrepância encontrada em relação ao ângulo de rotação em torno do eixo Z")
+            print(f"Menor ângulo geral: {int(menor_0)}°, Menor ângulo na origem: {int(menor_1)}°")
+            
+            op_alvo = None
+            for op_cart in operacoes_1:
+                R_cart = op_cart.rotation_matrix
+                if int(round(np.linalg.det(R_cart))) != 1 or not np.allclose(R_cart @ z, z, atol=1e-3):
+                    continue
+                trace_3d = np.trace(R_cart)
+                cos_theta_3d = np.clip((trace_3d - 1.0) / 2.0, -1.0, 1.0)
+                if np.isclose(np.degrees(np.arccos(cos_theta_3d)), menor_0, atol=1e-4):
+                    op_alvo = op_cart
+                    break
+            
+            if op_alvo:
+                R = op_alvo.rotation_matrix
+                t = op_alvo.translation_vector
+                celula = estrutura.lattice.matrix.T
+
+                try:
+                    M = R - np.eye(3)
+                    p_cart, *_ = np.linalg.lstsq(M, -t, rcond=None)
+                    p_direto = np.linalg.solve(celula, p_cart)
+                    
+                    deslocamento_frac = np.array([-p_direto[0], -p_direto[1], 0.0])
+                    print(f"Coordenadas diretas do eixo de rotação apropriado: ({p_direto[0]:.9f}, {p_direto[1]:.9f})")
+
+                    estrutura_corrigida = estrutura.copy()
+                    indices_dos_sites = list(range(len(estrutura_corrigida)))
+                    estrutura_corrigida.translate_sites(indices_dos_sites, deslocamento_frac, frac_coords=True)
+                    
+                    name_base, extensao = os.path.splitext(name)
+                    if not extensao: extensao = '.vasp'
+                    new_name_file = f"{name_base}_fixed{extensao}"
+                    Lattice_new_file = os.path.join(dir_files, new_name_file)
+
+                    estrutura_corrigida.to(fmt="poscar", filename=Lattice_new_file)
+                    print(f"Estrutura corrigida salva como '{new_name_file}' no diretório Structures")
+                    print(f"-------------------------------------------------------------")
+
+                except np.linalg.LinAlgError:
+                    print("ERRO: Não foi possível calcular o deslocamento devido a um erro numérico.")
+
+    except Exception as e:
+        print(f"ERRO CRÍTICO ao processar o file {name}: {e}")
+
+if (stop_code == 1):
+   print(" ")
+   print(f"Remova a versão anterior do file POSCAR corrigido no diretório Structures")
+   print(f"Faça um Backup da versão corrigida do file POSCAR para evitar ambiguidades em relação ao cálculo do xy-scan")
+   print(f"Após isso, reinicie a execução do código")
+   confirmacao = input (" "); confirmacao = str(confirmacao)
+   sys.exit() 
+
+if (stop_code > 1):
+   print(" ")
+   print(f"Remova a versão anterior dos files POSCAR corrigidos no diretório Structures")
+   print(f"Faça um Backup da versão corrigida dos files POSCAR para evitar ambiguidades em relação ao cálculo do xy-scan")
+   print(f"Após isso, reinicie a execução do código")
+   confirmacao = input (" "); confirmacao = str(confirmacao)
+   sys.exit() 
+

{samba_ilum-1.0.0.475 → samba_ilum-1.0.0.476}/setup.py

@@ -6,7 +6,7 @@ import json
 
 setup(
     name = "SAMBA_ilum",
-    version = "1.0.0.475",
+    version = "1.0.0.476",
     entry_points={'console_scripts': ['samba_ilum = samba_ilum:main']},
     description = "...",
     author = "Augusto de Lelis Araujo",