MoleditPy-linux 4.4.0__tar.gz → 4.4.1__tar.gz

{moleditpy_linux-4.4.0 → moleditpy_linux-4.4.1}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: MoleditPy-linux
-Version: 4.4.0
+Version: 4.4.1
 Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 License:                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
@@ -757,7 +757,7 @@ This application combines a modern GUI built with **PyQt6**, powerful cheminform
       * **Mirror:** Create a mirror image of the molecule across a selected plane (XY, XZ, or YZ).
       * **Set Bond Length, Angle, & Dihedral Angle:** Set precise numerical values for distances, angles, and torsional angles.
       * **Constrained Optimization:** Perform force field optimization (MMFF/UFF) while applying fixed constraints to specific distances, angles, or dihedral angles.
-  * **3D Measurement Tools:** A dedicated "Measure" mode allows you to click on atoms in the 3D view to instantly measure and display:
+  * **3D Measurement Tools:** The "Select" mode allows you to click on atoms in the 3D view to instantly measure and display:
       * **Distance** (between 2 atoms)
       * **Angle** (between 3 atoms)
       * **Dihedral Angle** (between 4 atoms)
@@ -893,7 +893,7 @@ Additionally, please cite the plugins you used.
       * **鏡像作成:** 選択した平面 (XY, XZ, YZ) に対して分子の鏡像を作成します。
       * **結合長・角度・二面角:** 原子を選択し、目標値を入力することで、距離、角度、ねじれ角を正確に設定します。
       * **制約付き最適化:** 特定の距離、角度、二面角を固定したまま、力場計算 (MMFF/UFF) による構造最適化を実行します。
-  * **3D測定ツール:** 専用の「Measure」モードで3Dビュー内の原子をクリックするだけで、以下の値を即座に測定・表示します。
+  * **3D測定ツール:** 「Select」モードで3Dビュー内の原子をクリックするだけで、以下の値を即座に測定・表示します。
       * **距離** (2原子間)
       * **角度** (3原子間)
       * **二面角** (4原子間)

{moleditpy_linux-4.4.0 → moleditpy_linux-4.4.1}/README.md

@@ -54,7 +54,7 @@ This application combines a modern GUI built with **PyQt6**, powerful cheminform
       * **Mirror:** Create a mirror image of the molecule across a selected plane (XY, XZ, or YZ).
       * **Set Bond Length, Angle, & Dihedral Angle:** Set precise numerical values for distances, angles, and torsional angles.
       * **Constrained Optimization:** Perform force field optimization (MMFF/UFF) while applying fixed constraints to specific distances, angles, or dihedral angles.
-  * **3D Measurement Tools:** A dedicated "Measure" mode allows you to click on atoms in the 3D view to instantly measure and display:
+  * **3D Measurement Tools:** The "Select" mode allows you to click on atoms in the 3D view to instantly measure and display:
       * **Distance** (between 2 atoms)
       * **Angle** (between 3 atoms)
       * **Dihedral Angle** (between 4 atoms)
@@ -190,7 +190,7 @@ Additionally, please cite the plugins you used.
       * **鏡像作成:** 選択した平面 (XY, XZ, YZ) に対して分子の鏡像を作成します。
       * **結合長・角度・二面角:** 原子を選択し、目標値を入力することで、距離、角度、ねじれ角を正確に設定します。
       * **制約付き最適化:** 特定の距離、角度、二面角を固定したまま、力場計算 (MMFF/UFF) による構造最適化を実行します。
-  * **3D測定ツール:** 専用の「Measure」モードで3Dビュー内の原子をクリックするだけで、以下の値を即座に測定・表示します。
+  * **3D測定ツール:** 「Select」モードで3Dビュー内の原子をクリックするだけで、以下の値を即座に測定・表示します。
       * **距離** (2原子間)
       * **角度** (3原子間)
       * **二面角** (4原子間)

{moleditpy_linux-4.4.0 → moleditpy_linux-4.4.1}/pyproject.toml

@@ -5,7 +5,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
 [project]
 name = "MoleditPy-linux"
 
-version = "4.4.0"
+version = "4.4.1"
 
 license = {file = "LICENSE"}
 

{moleditpy_linux-4.4.0 → moleditpy_linux-4.4.1}/src/MoleditPy_linux.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: MoleditPy-linux
-Version: 4.4.0
+Version: 4.4.1
 Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 License:                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
@@ -757,7 +757,7 @@ This application combines a modern GUI built with **PyQt6**, powerful cheminform
       * **Mirror:** Create a mirror image of the molecule across a selected plane (XY, XZ, or YZ).
       * **Set Bond Length, Angle, & Dihedral Angle:** Set precise numerical values for distances, angles, and torsional angles.
       * **Constrained Optimization:** Perform force field optimization (MMFF/UFF) while applying fixed constraints to specific distances, angles, or dihedral angles.
-  * **3D Measurement Tools:** A dedicated "Measure" mode allows you to click on atoms in the 3D view to instantly measure and display:
+  * **3D Measurement Tools:** The "Select" mode allows you to click on atoms in the 3D view to instantly measure and display:
       * **Distance** (between 2 atoms)
       * **Angle** (between 3 atoms)
       * **Dihedral Angle** (between 4 atoms)
@@ -893,7 +893,7 @@ Additionally, please cite the plugins you used.
       * **鏡像作成:** 選択した平面 (XY, XZ, YZ) に対して分子の鏡像を作成します。
       * **結合長・角度・二面角:** 原子を選択し、目標値を入力することで、距離、角度、ねじれ角を正確に設定します。
       * **制約付き最適化:** 特定の距離、角度、二面角を固定したまま、力場計算 (MMFF/UFF) による構造最適化を実行します。
-  * **3D測定ツール:** 専用の「Measure」モードで3Dビュー内の原子をクリックするだけで、以下の値を即座に測定・表示します。
+  * **3D測定ツール:** 「Select」モードで3Dビュー内の原子をクリックするだけで、以下の値を即座に測定・表示します。
       * **距離** (2原子間)
       * **角度** (3原子間)
       * **二面角** (4原子間)

{moleditpy_linux-4.4.0 → moleditpy_linux-4.4.1}/src/moleditpy_linux/ui/compute_logic.py

@@ -455,7 +455,8 @@ class ComputeManager:
                 if item:
                     item.has_problem = True
                     item.update()
-        self.host.init_manager.view_2d.setFocus()
+        # Defer so Qt finishes routing the modal result before restoring focus.
+        QTimer.singleShot(0, self.host.init_manager.view_2d.setFocus)
 
     def _setup_mol_block_for_worker(self, mol: Chem.Mol) -> str:
         mol_block = self.host.state_manager.data.to_mol_block()
@@ -617,6 +618,9 @@ class ComputeManager:
         with suppress_log(TypeError, RuntimeError):
             QMessageBox.critical(self.host, "Calculation Error", msg)
 
+        # Restore 2D editor focus so keyboard shortcuts remain active.
+        QTimer.singleShot(0, self.host.init_manager.view_2d.setFocus)
+
     def create_atom_id_mapping(self) -> None:
         """Map 2D atom IDs to 3D RDKit indices."""
         if not self.host.view_3d_manager.current_mol:

{moleditpy_linux-4.4.0 → moleditpy_linux-4.4.1}/src/moleditpy_linux/ui/molecular_scene_handler.py

@@ -426,11 +426,12 @@ class TemplateMixin:
         else:
             angle_step = 2 * math.pi / n
             start_angle = -math.pi / 2 if n % 2 != 0 else -math.pi / 2 - angle_step / 2
+            circumradius = bond_len / (2 * math.sin(math.pi / n))
             points = [
                 pos
                 + QPointF(
-                    bond_len * math.cos(start_angle + i * angle_step),
-                    bond_len * math.sin(start_angle + i * angle_step),
+                    circumradius * math.cos(start_angle + i * angle_step),
+                    circumradius * math.sin(start_angle + i * angle_step),
                 )
                 for i in range(n)
             ]