MoleditPy-linux 4.2.4__tar.gz → 4.3.1__tar.gz

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: MoleditPy-linux
-Version: 4.2.4
+Version: 4.3.1
 Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 License:                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
@@ -770,16 +770,17 @@ This application combines a modern GUI built with **PyQt6**, powerful cheminform
   * **Stereochemistry Display:** Automatically identifies and displays R/S labels for chiral centers in the 3D view after conversion.
   * **File I/O:**
       * Save and load entire sessions, including 2D/3D data and constraints, with the native `.pmeprj` project file.
-      * Import structures from **MOL/SDF** files or **SMILES** strings.
+      * Import structures from **MOL/SDF/XYZ** files or **SMILES/InChI** strings.
       * Export 3D structures to **MOL** or **XYZ** formats, which are compatible with most DFT calculation software.
-      * Export 2D and 3D views as high-resolution PNG images.
+      * Export 2D views as high-resolution PNG or SVG images, and 3D views as PNG images.
+      * Export the 3D model as **STL** or **OBJ/MTL** files for 3D printing and rendering.
       * **Security note on `.pmeraw`:** the legacy `.pmeraw` project format uses Python pickle, which can execute arbitrary code when loaded. Only open `.pmeraw` files that you created yourself; prefer the JSON-based `.pmeprj` format for sharing.
 
 ### 4. Programmable & Extensible
 
   * **Python Plugin System:** Drop your Python scripts into the plugin folder, and they instantly become part of the application menu.
   * **Downloadable Plugins:** Explore and download specialized plugins from the [Plugin Explorer](https://hiroyokoyama.github.io/moleditpy-plugins/explorer/).
-  * **Full API Access:** Plugins have direct access to the `MainWindow`, `RDKit` molecule objects, and `PyGraphics` items, allowing for limitless customization.
+  * **Full API Access:** Plugins have direct access to the `MainWindow`, `RDKit` molecule objects, and the Qt graphics items of the 2D scene, allowing for limitless customization.
   * **Rapid Prototyping:** Ideal for researchers who need to test new algorithms or workflow automations on the fly.
 
 ## Installation and Execution
@@ -835,7 +836,7 @@ moleditpy
   * **GUI and 2D Drawing (PyQt6):** The editor is built on a `QGraphicsScene`, where custom `AtomItem` and `BondItem` objects are interactively manipulated. The Undo/Redo feature is implemented by serializing the application state.
   * **Chemical Calculations (RDKit / Open Babel):** RDKit is used to generate molecule objects from 2D data, perform 3D coordinate generation, and calculate properties. Open Babel serves as a fallback for 3D conversion. All heavy computations are run on a separate `QThread` to keep the GUI responsive.
   * **3D Visualization (PyVista / pyvistaqt):** 3D rendering is achieved by generating PyVista meshes (spheres and cylinders) from RDKit conformer coordinates. A custom `vtkInteractorStyle` enables direct drag-and-drop editing of atoms in the 3D view.
-  * **Modular Architecture:** The codebase is organized into dedicated packages for `core` logic, `ui` components, and `utils`. The main application logic is decomposed into reusable mixins, ensuring long-term maintainability and easier verification.
+  * **Modular Architecture:** The codebase is organized into dedicated packages for `core` logic, `ui` components, and `utils`. The `MainWindow` acts as a composition hub that delegates all work to specialized manager objects (state, I/O, 3D view, dialogs), ensuring long-term maintainability and easier verification.
 
 ## License & Disclaimer
 
@@ -905,16 +906,17 @@ Additionally, please cite the plugins you used.
   * **立体化学表示:** 3D変換後、キラル中心を自動的に認識し、R/Sラベルを3Dビューに表示します。
   * **ファイル入出力:**
       * 2D/3Dデータや制約情報を含むセッション全体を、独自のプロジェクトファイル (`.pmeprj`) として保存・読み込みできます。
-      * **MOL/SDF**ファイルや**SMILES**文字列から構造をインポートできます。
+      * **MOL/SDF/XYZ**ファイルや**SMILES/InChI**文字列から構造をインポートできます。
       * 3D構造を**MOL**または**XYZ**形式でエクスポートでき、これらは多くのDFT計算ソフトウェアと互換性があります。
-      * 2Dおよび3Dビューを高解像度のPNG画像としてエクスポートできます。
+      * 2Dビューを高解像度のPNG・SVG画像として、3DビューをPNG画像としてエクスポートできます。
+      * 3Dモデルを**STL**または**OBJ/MTL**ファイルとしてエクスポートでき、3Dプリントやレンダリングに利用できます。
       * **`.pmeraw` に関するセキュリティ上の注意:** 旧形式の `.pmeraw` プロジェクトは Python の pickle を使用しており、読み込み時に任意のコードが実行される可能性があります。自分で作成した `.pmeraw` ファイルのみを開き、共有には JSON ベースの `.pmeprj` 形式を使用してください。
 
 ### 4. プログラマブルで拡張可能
 
   * **Pythonプラグインシステム:** Pythonスクリプトをプラグインフォルダに入れるだけで、即座にアプリケーションメニューの一部として機能します。
   * **プラグインのダウンロード:** [Plugin Explorer](https://hiroyokoyama.github.io/moleditpy-plugins/explorer/) から特化したプラグインを探索・ダウンロードできます。
-  * **フルAPIアクセス:** プラグインは `MainWindow`、`RDKit` 分子オブジェクト、`PyGraphics` アイテムに直接アクセスでき、無限のカスタマイズが可能です。
+  * **フルAPIアクセス:** プラグインは `MainWindow`、`RDKit` 分子オブジェクト、2D シーンの Qt グラフィックスアイテムに直接アクセスでき、無限のカスタマイズが可能です。
   * **迅速なプロトタイピング:** 新しいアルゴリズムやワークフローの自動化をその場でテストしたい研究者に最適です。
 
 ## インストールと実行
@@ -970,6 +972,7 @@ moleditpy
   * **GUIと2D描画 (PyQt6):** `QGraphicsScene`上にカスタムの`AtomItem`（原子）と`BondItem`（結合）を配置し、対話的に操作します。Undo/Redo機能は、アプリケーションの状態をシリアライズしてスタックに保存することで実現しています。
   * **化学計算 (RDKit / Open Babel):** 2DデータからRDKit分子オブジェクトを生成し、3D座標生成や分子特性計算を実行します。RDKitでの3D座標生成が失敗した際は、Open Babelにフォールバックします。重い計算処理は別スレッド (`QThread`) で実行し、GUIの応答性を維持しています。
   * **3D可視化 (PyVista / pyvistaqt):** RDKitのコンフォーマ座標からPyVistaのメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。カスタムの`vtkInteractorStyle`を実装し、3Dビュー内での原子の直接的なドラッグ＆ドロップ編集を可能にしています。
+  * **モジュラーアーキテクチャ:** コードベースは `core` ロジック、`ui` コンポーネント、`utils` の専用パッケージに整理されています。`MainWindow` は、状態管理・ファイル入出力・3D ビュー・ダイアログなどを専門のマネージャーオブジェクトに委譲するコンポジションハブとして機能し、長期的な保守性と検証の容易さを確保しています。
 
 ## ライセンス & 免責事項
 

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/README.md

@@ -67,16 +67,17 @@ This application combines a modern GUI built with **PyQt6**, powerful cheminform
   * **Stereochemistry Display:** Automatically identifies and displays R/S labels for chiral centers in the 3D view after conversion.
   * **File I/O:**
       * Save and load entire sessions, including 2D/3D data and constraints, with the native `.pmeprj` project file.
-      * Import structures from **MOL/SDF** files or **SMILES** strings.
+      * Import structures from **MOL/SDF/XYZ** files or **SMILES/InChI** strings.
       * Export 3D structures to **MOL** or **XYZ** formats, which are compatible with most DFT calculation software.
-      * Export 2D and 3D views as high-resolution PNG images.
+      * Export 2D views as high-resolution PNG or SVG images, and 3D views as PNG images.
+      * Export the 3D model as **STL** or **OBJ/MTL** files for 3D printing and rendering.
       * **Security note on `.pmeraw`:** the legacy `.pmeraw` project format uses Python pickle, which can execute arbitrary code when loaded. Only open `.pmeraw` files that you created yourself; prefer the JSON-based `.pmeprj` format for sharing.
 
 ### 4. Programmable & Extensible
 
   * **Python Plugin System:** Drop your Python scripts into the plugin folder, and they instantly become part of the application menu.
   * **Downloadable Plugins:** Explore and download specialized plugins from the [Plugin Explorer](https://hiroyokoyama.github.io/moleditpy-plugins/explorer/).
-  * **Full API Access:** Plugins have direct access to the `MainWindow`, `RDKit` molecule objects, and `PyGraphics` items, allowing for limitless customization.
+  * **Full API Access:** Plugins have direct access to the `MainWindow`, `RDKit` molecule objects, and the Qt graphics items of the 2D scene, allowing for limitless customization.
   * **Rapid Prototyping:** Ideal for researchers who need to test new algorithms or workflow automations on the fly.
 
 ## Installation and Execution
@@ -132,7 +133,7 @@ moleditpy
   * **GUI and 2D Drawing (PyQt6):** The editor is built on a `QGraphicsScene`, where custom `AtomItem` and `BondItem` objects are interactively manipulated. The Undo/Redo feature is implemented by serializing the application state.
   * **Chemical Calculations (RDKit / Open Babel):** RDKit is used to generate molecule objects from 2D data, perform 3D coordinate generation, and calculate properties. Open Babel serves as a fallback for 3D conversion. All heavy computations are run on a separate `QThread` to keep the GUI responsive.
   * **3D Visualization (PyVista / pyvistaqt):** 3D rendering is achieved by generating PyVista meshes (spheres and cylinders) from RDKit conformer coordinates. A custom `vtkInteractorStyle` enables direct drag-and-drop editing of atoms in the 3D view.
-  * **Modular Architecture:** The codebase is organized into dedicated packages for `core` logic, `ui` components, and `utils`. The main application logic is decomposed into reusable mixins, ensuring long-term maintainability and easier verification.
+  * **Modular Architecture:** The codebase is organized into dedicated packages for `core` logic, `ui` components, and `utils`. The `MainWindow` acts as a composition hub that delegates all work to specialized manager objects (state, I/O, 3D view, dialogs), ensuring long-term maintainability and easier verification.
 
 ## License & Disclaimer
 
@@ -202,16 +203,17 @@ Additionally, please cite the plugins you used.
   * **立体化学表示:** 3D変換後、キラル中心を自動的に認識し、R/Sラベルを3Dビューに表示します。
   * **ファイル入出力:**
       * 2D/3Dデータや制約情報を含むセッション全体を、独自のプロジェクトファイル (`.pmeprj`) として保存・読み込みできます。
-      * **MOL/SDF**ファイルや**SMILES**文字列から構造をインポートできます。
+      * **MOL/SDF/XYZ**ファイルや**SMILES/InChI**文字列から構造をインポートできます。
       * 3D構造を**MOL**または**XYZ**形式でエクスポートでき、これらは多くのDFT計算ソフトウェアと互換性があります。
-      * 2Dおよび3Dビューを高解像度のPNG画像としてエクスポートできます。
+      * 2Dビューを高解像度のPNG・SVG画像として、3DビューをPNG画像としてエクスポートできます。
+      * 3Dモデルを**STL**または**OBJ/MTL**ファイルとしてエクスポートでき、3Dプリントやレンダリングに利用できます。
       * **`.pmeraw` に関するセキュリティ上の注意:** 旧形式の `.pmeraw` プロジェクトは Python の pickle を使用しており、読み込み時に任意のコードが実行される可能性があります。自分で作成した `.pmeraw` ファイルのみを開き、共有には JSON ベースの `.pmeprj` 形式を使用してください。
 
 ### 4. プログラマブルで拡張可能
 
   * **Pythonプラグインシステム:** Pythonスクリプトをプラグインフォルダに入れるだけで、即座にアプリケーションメニューの一部として機能します。
   * **プラグインのダウンロード:** [Plugin Explorer](https://hiroyokoyama.github.io/moleditpy-plugins/explorer/) から特化したプラグインを探索・ダウンロードできます。
-  * **フルAPIアクセス:** プラグインは `MainWindow`、`RDKit` 分子オブジェクト、`PyGraphics` アイテムに直接アクセスでき、無限のカスタマイズが可能です。
+  * **フルAPIアクセス:** プラグインは `MainWindow`、`RDKit` 分子オブジェクト、2D シーンの Qt グラフィックスアイテムに直接アクセスでき、無限のカスタマイズが可能です。
   * **迅速なプロトタイピング:** 新しいアルゴリズムやワークフローの自動化をその場でテストしたい研究者に最適です。
 
 ## インストールと実行
@@ -267,6 +269,7 @@ moleditpy
   * **GUIと2D描画 (PyQt6):** `QGraphicsScene`上にカスタムの`AtomItem`（原子）と`BondItem`（結合）を配置し、対話的に操作します。Undo/Redo機能は、アプリケーションの状態をシリアライズしてスタックに保存することで実現しています。
   * **化学計算 (RDKit / Open Babel):** 2DデータからRDKit分子オブジェクトを生成し、3D座標生成や分子特性計算を実行します。RDKitでの3D座標生成が失敗した際は、Open Babelにフォールバックします。重い計算処理は別スレッド (`QThread`) で実行し、GUIの応答性を維持しています。
   * **3D可視化 (PyVista / pyvistaqt):** RDKitのコンフォーマ座標からPyVistaのメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。カスタムの`vtkInteractorStyle`を実装し、3Dビュー内での原子の直接的なドラッグ＆ドロップ編集を可能にしています。
+  * **モジュラーアーキテクチャ:** コードベースは `core` ロジック、`ui` コンポーネント、`utils` の専用パッケージに整理されています。`MainWindow` は、状態管理・ファイル入出力・3D ビュー・ダイアログなどを専門のマネージャーオブジェクトに委譲するコンポジションハブとして機能し、長期的な保守性と検証の容易さを確保しています。
 
 ## ライセンス & 免責事項
 

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/pyproject.toml

@@ -5,7 +5,7 @@ build-backend = "setuptools.build_meta"
 [project]
 name = "MoleditPy-linux"
 
-version = "4.2.4"
+version = "4.3.1"
 
 license = {file = "LICENSE"}
 

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/MoleditPy_linux.egg-info/PKG-INFO

@@ -1,6 +1,6 @@
 Metadata-Version: 2.4
 Name: MoleditPy-linux
-Version: 4.2.4
+Version: 4.3.1
 Summary: A cross-platform, simple, and intuitive molecular structure editor built in Python. It allows 2D molecular drawing and 3D structure visualization. It supports exporting structure files for input to DFT calculation software.
 Author-email: HiroYokoyama <titech.yoko.hiro@gmail.com>
 License:                     GNU GENERAL PUBLIC LICENSE
@@ -770,16 +770,17 @@ This application combines a modern GUI built with **PyQt6**, powerful cheminform
   * **Stereochemistry Display:** Automatically identifies and displays R/S labels for chiral centers in the 3D view after conversion.
   * **File I/O:**
       * Save and load entire sessions, including 2D/3D data and constraints, with the native `.pmeprj` project file.
-      * Import structures from **MOL/SDF** files or **SMILES** strings.
+      * Import structures from **MOL/SDF/XYZ** files or **SMILES/InChI** strings.
       * Export 3D structures to **MOL** or **XYZ** formats, which are compatible with most DFT calculation software.
-      * Export 2D and 3D views as high-resolution PNG images.
+      * Export 2D views as high-resolution PNG or SVG images, and 3D views as PNG images.
+      * Export the 3D model as **STL** or **OBJ/MTL** files for 3D printing and rendering.
       * **Security note on `.pmeraw`:** the legacy `.pmeraw` project format uses Python pickle, which can execute arbitrary code when loaded. Only open `.pmeraw` files that you created yourself; prefer the JSON-based `.pmeprj` format for sharing.
 
 ### 4. Programmable & Extensible
 
   * **Python Plugin System:** Drop your Python scripts into the plugin folder, and they instantly become part of the application menu.
   * **Downloadable Plugins:** Explore and download specialized plugins from the [Plugin Explorer](https://hiroyokoyama.github.io/moleditpy-plugins/explorer/).
-  * **Full API Access:** Plugins have direct access to the `MainWindow`, `RDKit` molecule objects, and `PyGraphics` items, allowing for limitless customization.
+  * **Full API Access:** Plugins have direct access to the `MainWindow`, `RDKit` molecule objects, and the Qt graphics items of the 2D scene, allowing for limitless customization.
   * **Rapid Prototyping:** Ideal for researchers who need to test new algorithms or workflow automations on the fly.
 
 ## Installation and Execution
@@ -835,7 +836,7 @@ moleditpy
   * **GUI and 2D Drawing (PyQt6):** The editor is built on a `QGraphicsScene`, where custom `AtomItem` and `BondItem` objects are interactively manipulated. The Undo/Redo feature is implemented by serializing the application state.
   * **Chemical Calculations (RDKit / Open Babel):** RDKit is used to generate molecule objects from 2D data, perform 3D coordinate generation, and calculate properties. Open Babel serves as a fallback for 3D conversion. All heavy computations are run on a separate `QThread` to keep the GUI responsive.
   * **3D Visualization (PyVista / pyvistaqt):** 3D rendering is achieved by generating PyVista meshes (spheres and cylinders) from RDKit conformer coordinates. A custom `vtkInteractorStyle` enables direct drag-and-drop editing of atoms in the 3D view.
-  * **Modular Architecture:** The codebase is organized into dedicated packages for `core` logic, `ui` components, and `utils`. The main application logic is decomposed into reusable mixins, ensuring long-term maintainability and easier verification.
+  * **Modular Architecture:** The codebase is organized into dedicated packages for `core` logic, `ui` components, and `utils`. The `MainWindow` acts as a composition hub that delegates all work to specialized manager objects (state, I/O, 3D view, dialogs), ensuring long-term maintainability and easier verification.
 
 ## License & Disclaimer
 
@@ -905,16 +906,17 @@ Additionally, please cite the plugins you used.
   * **立体化学表示:** 3D変換後、キラル中心を自動的に認識し、R/Sラベルを3Dビューに表示します。
   * **ファイル入出力:**
       * 2D/3Dデータや制約情報を含むセッション全体を、独自のプロジェクトファイル (`.pmeprj`) として保存・読み込みできます。
-      * **MOL/SDF**ファイルや**SMILES**文字列から構造をインポートできます。
+      * **MOL/SDF/XYZ**ファイルや**SMILES/InChI**文字列から構造をインポートできます。
       * 3D構造を**MOL**または**XYZ**形式でエクスポートでき、これらは多くのDFT計算ソフトウェアと互換性があります。
-      * 2Dおよび3Dビューを高解像度のPNG画像としてエクスポートできます。
+      * 2Dビューを高解像度のPNG・SVG画像として、3DビューをPNG画像としてエクスポートできます。
+      * 3Dモデルを**STL**または**OBJ/MTL**ファイルとしてエクスポートでき、3Dプリントやレンダリングに利用できます。
       * **`.pmeraw` に関するセキュリティ上の注意:** 旧形式の `.pmeraw` プロジェクトは Python の pickle を使用しており、読み込み時に任意のコードが実行される可能性があります。自分で作成した `.pmeraw` ファイルのみを開き、共有には JSON ベースの `.pmeprj` 形式を使用してください。
 
 ### 4. プログラマブルで拡張可能
 
   * **Pythonプラグインシステム:** Pythonスクリプトをプラグインフォルダに入れるだけで、即座にアプリケーションメニューの一部として機能します。
   * **プラグインのダウンロード:** [Plugin Explorer](https://hiroyokoyama.github.io/moleditpy-plugins/explorer/) から特化したプラグインを探索・ダウンロードできます。
-  * **フルAPIアクセス:** プラグインは `MainWindow`、`RDKit` 分子オブジェクト、`PyGraphics` アイテムに直接アクセスでき、無限のカスタマイズが可能です。
+  * **フルAPIアクセス:** プラグインは `MainWindow`、`RDKit` 分子オブジェクト、2D シーンの Qt グラフィックスアイテムに直接アクセスでき、無限のカスタマイズが可能です。
   * **迅速なプロトタイピング:** 新しいアルゴリズムやワークフローの自動化をその場でテストしたい研究者に最適です。
 
 ## インストールと実行
@@ -970,6 +972,7 @@ moleditpy
   * **GUIと2D描画 (PyQt6):** `QGraphicsScene`上にカスタムの`AtomItem`（原子）と`BondItem`（結合）を配置し、対話的に操作します。Undo/Redo機能は、アプリケーションの状態をシリアライズしてスタックに保存することで実現しています。
   * **化学計算 (RDKit / Open Babel):** 2DデータからRDKit分子オブジェクトを生成し、3D座標生成や分子特性計算を実行します。RDKitでの3D座標生成が失敗した際は、Open Babelにフォールバックします。重い計算処理は別スレッド (`QThread`) で実行し、GUIの応答性を維持しています。
   * **3D可視化 (PyVista / pyvistaqt):** RDKitのコンフォーマ座標からPyVistaのメッシュ（球や円柱）を生成して描画します。カスタムの`vtkInteractorStyle`を実装し、3Dビュー内での原子の直接的なドラッグ＆ドロップ編集を可能にしています。
+  * **モジュラーアーキテクチャ:** コードベースは `core` ロジック、`ui` コンポーネント、`utils` の専用パッケージに整理されています。`MainWindow` は、状態管理・ファイル入出力・3D ビュー・ダイアログなどを専門のマネージャーオブジェクトに委譲するコンポジションハブとして機能し、長期的な保守性と検証の容易さを確保しています。
 
 ## ライセンス & 免責事項
 

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/main.py

@@ -11,20 +11,23 @@ DOI: 10.5281/zenodo.17268532
 """
 
 import ctypes
+import hashlib
 import json
 import logging
 import logging.handlers
 import os
 import sys
 import argparse
-from typing import Any, Optional
+import time
+import traceback
+from typing import Any, Dict, Optional
 
 from .utils.constants import VERSION
 
 # VERSION is resolved above (before Qt) so --version works without launching the app.
 
-from PyQt6.QtCore import QtMsgType, qInstallMessageHandler
-from PyQt6.QtWidgets import QApplication
+from PyQt6.QtCore import QtMsgType, QThread, QTimer, qInstallMessageHandler
+from PyQt6.QtWidgets import QApplication, QMessageBox
 
 from .ui.main_window import MainWindow
 
@@ -49,6 +52,109 @@ def _qt_message_handler(mode: QtMsgType, _context: Any, message: Optional[str])
     logging.log(_QT_LOG_LEVEL.get(mode, logging.WARNING), "Qt: %s", message)
 
 
+class _ErrorDialogHandler(logging.Handler):
+    """Surface ERROR/CRITICAL log records in a dialog, once per unique message.
+
+    The uncaught-exception hook routes through here too (it logs at ERROR with
+    ``exc_info``), so every genuine failure — logged explicitly or bubbling out
+    of Qt — gets one dialog. Warnings/info never reach it (handler level is
+    ERROR). All state is per-instance; the one instance is created and attached
+    in :func:`setup_logging` (only for a real GUI run, never headless).
+
+    Guards: GUI thread + live QApplication only (a worker-thread record, where a
+    QMessageBox is unsafe, stays log-only); a time-windowed dedup so a fast
+    repeating error (e.g. from a QTimer slot) collapses to one dialog while a
+    genuine retry seconds later surfaces again; and ``extra={"no_dialog": True}``
+    to opt a record out. ``emit`` never raises.
+
+    The dialog is shown non-blocking (``show``, not ``exec``): it never spins a
+    nested event loop, so it cannot freeze the app — or a GUI-enabled test run —
+    while it is on screen.
+    """
+
+    # Identical errors within this many seconds share one dialog; a repeat
+    # after it surfaces again.
+    _DEDUP_WINDOW_S = 10.0
+
+    def __init__(self, log_path: Optional[str] = None) -> None:
+        super().__init__(level=logging.ERROR)
+        # signature -> monotonic timestamp of its last shown dialog.
+        self._last_shown: Dict[str, float] = {}
+        # Held so a non-blocking box is not garbage-collected before it closes.
+        self._open_boxes: set = set()
+        self._log_path = log_path
+
+    def emit(self, record: logging.LogRecord) -> None:
+        try:
+            if getattr(record, "no_dialog", False):
+                return
+            app = QApplication.instance()
+            if app is None or QThread.currentThread() is not app.thread():
+                return
+            if app.property("moleditpy_shutting_down"):
+                return
+
+            message = record.getMessage()
+            # Source location (as the terminal log shows), then any traceback.
+            detail = f"{record.pathname}:{record.lineno}"
+            if record.exc_info:
+                detail += "\n\n" + "".join(traceback.format_exception(*record.exc_info))
+
+            signature = hashlib.sha1(
+                (message + detail).encode("utf-8", "replace")
+            ).hexdigest()
+            now = time.monotonic()
+            last = self._last_shown.get(signature)
+            if last is not None and now - last < self._DEDUP_WINDOW_S:
+                return
+            self._last_shown[signature] = now
+
+            # Defer so a site's own QMessageBox.critical (raised right after the
+            # log call) is already modal when _show checks activeModalWidget.
+            QTimer.singleShot(0, lambda: self._show(message, detail))
+        except Exception:  # pragma: no cover - logging must never raise
+            self.handleError(record)
+
+    def _details(self) -> str:
+        """Where to find the full error text, honest about file logging."""
+        if self._log_path:
+            return (
+                "Full details are in the terminal output and the log file:\n"
+                f"{self._log_path}"
+            )
+        return (
+            "Full details are in the terminal output. Enable "
+            "Settings ▸ Other ▸ 'Save log to file' to also keep them "
+            "on disk."
+        )
+
+    def _show(self, message: str, detail: str) -> None:
+        """Show one non-blocking error dialog, unless another modal is up.
+
+        Sites (and plugins) log the error and then immediately raise their own
+        ``QMessageBox.critical``; by the time this deferred call fires, that
+        modal is up, so we detect it and stay quiet — surfacing the generic
+        dialog only for errors nobody else reports.
+        """
+        if QApplication.activeModalWidget() is not None:
+            return
+        try:
+            box = QMessageBox()
+            box.setIcon(QMessageBox.Icon.Critical)
+            box.setWindowTitle("MoleditPy — Error")
+            box.setText(message or "An unexpected error occurred.")
+            box.setInformativeText(self._details())
+            if detail:
+                box.setDetailedText(detail)
+            box.setStandardButtons(QMessageBox.StandardButton.Ok)
+            box.setModal(True)
+            self._open_boxes.add(box)
+            box.finished.connect(lambda _result, b=box: self._open_boxes.discard(b))
+            box.show()
+        except Exception:
+            logging.debug("Failed to show error dialog", exc_info=True)
+
+
 def _read_startup_log_settings() -> tuple[bool, bool]:
     """Read log_to_file and log_level_debug from settings.json before Qt starts.
 
@@ -78,6 +184,7 @@ def setup_logging() -> None:
         force=True,
     )
 
+    active_log_path: Optional[str] = None
     if log_to_file:
         log_dir = os.path.join(os.path.expanduser("~"), ".moleditpy")
         try:
@@ -90,11 +197,23 @@ def setup_logging() -> None:
             fh.setFormatter(logging.Formatter(fmt))
             logging.getLogger().addHandler(fh)
             logging.info("File logging enabled: %s", log_path)
+            active_log_path = log_path
         except OSError as e:
             logging.warning("Could not open log file: %s", e)
 
+    # Surface every ERROR/CRITICAL record in a dialog (see _ErrorDialogHandler);
+    # uncaught exceptions flow through here too via handle_exception's log call.
+    # It is a GUI feature, so it is skipped in headless mode (MOLEDITPY_HEADLESS),
+    # where a blocking modal would hang the run.
+    if not os.environ.get("MOLEDITPY_HEADLESS"):
+        logging.getLogger().addHandler(_ErrorDialogHandler(log_path=active_log_path))
+
     def handle_exception(exc_type: Any, exc_value: Any, exc_traceback: Any) -> None:
-        """Log unhandled exceptions using the configured logging system."""
+        """Log unhandled exceptions; the ERROR dialog handler surfaces them.
+
+        The dialog fires only for genuine failures — this log call and explicit
+        logging.error/critical calls — never for warnings/info.
+        """
         if issubclass(exc_type, KeyboardInterrupt):
             sys.__excepthook__(exc_type, exc_value, exc_traceback)
             return

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/plugins/plugin_manager.py

@@ -113,7 +113,7 @@ class PluginManager:
             try:
                 os.makedirs(self.plugin_dir)
             except OSError as e:
-                logging.error(f"Error creating plugin directory: {e}")
+                logging.warning(f"Error creating plugin directory: {e}")
 
     def open_plugin_folder(self) -> None:
         """Opens the plugin directory in the OS file explorer."""
@@ -381,7 +381,9 @@ class PluginManager:
                         module.initialize(context)
                     except Exception as e:  # plugins have full app access; catch everything to isolate faults
                         status = f"Error (Init): {e}"
-                        logging.exception("Plugin %s initialize error", plugin_name)
+                        logging.warning(
+                            "Plugin %s initialize error", plugin_name, exc_info=True
+                        )
                 elif has_autorun:
                     try:
                         if self.main_window:
@@ -390,7 +392,9 @@ class PluginManager:
                             status = "Skipped (No MW)"
                     except Exception as e:  # plugins have full app access; catch everything to isolate faults
                         status = f"Error (Autorun): {e}"
-                        logging.exception("Plugin %s autorun error", plugin_name)
+                        logging.warning(
+                            "Plugin %s autorun error", plugin_name, exc_info=True
+                        )
                 elif not has_run:
                     status = "No Entry Point"
 
@@ -409,7 +413,9 @@ class PluginManager:
                 )
 
         except Exception as e:  # plugins have full app access; isolate any load failure to prevent crashing discovery
-            logging.exception("Failed to load plugin %s: %s", module_name, e)
+            logging.warning(
+                "Failed to load plugin %s: %s", module_name, e, exc_info=True
+            )
 
     def run_plugin(self, module: Any, main_window: Any) -> None:
         """Executes the plugin's run method (Legacy manual trigger)."""
@@ -620,7 +626,7 @@ class PluginManager:
                             except (RuntimeError, ValueError, TypeError):
                                 continue
         except (RuntimeError, AttributeError) as e:
-            logging.error(f"Error retrieving selected atom indices: {e}")
+            logging.warning(f"Error retrieving selected atom indices: {e}")
 
         return selected_indices
 
@@ -640,8 +646,11 @@ class PluginManager:
             try:
                 handler["callback"]()
             except Exception as e:  # plugins have full app access; catch everything to prevent data loss on document reset
-                logging.exception(
-                    "Error in document reset handler for %s: %s", handler["plugin"], e
+                logging.warning(
+                    "Error in document reset handler for %s: %s",
+                    handler["plugin"],
+                    e,
+                    exc_info=True,
                 )
 
     def get_plugin_info_safe(self, file_path: str) -> Dict[str, str]:

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/plugins/plugin_manager_window.py

@@ -10,6 +10,7 @@ Repo: https://github.com/HiroYokoyama/python_molecular_editor
 DOI: 10.5281/zenodo.17268532
 """
 
+import logging
 import os
 import shutil
 from typing import Any, Optional
@@ -213,9 +214,7 @@ class PluginManagerWindow(QDialog):
                             f"Removed '{plugin.get('name', 'Unknown')}'.",
                         )
                     except OSError as e:
-                        QMessageBox.critical(
-                            self, "Error", f"Failed to delete plugin: {e}"
-                        )
+                        logging.exception("Failed to delete plugin: %s", e)
             else:
                 QMessageBox.warning(
                     self, "Error", f"Plugin file not found:\n{filepath}"

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/ui/align_plane_dialog.py

@@ -162,7 +162,7 @@ class AlignPlaneDialog(BasePickingDialog):
             self.update_display()
 
         except (AttributeError, RuntimeError, TypeError, KeyError) as e:
-            logging.exception("Failed to select all atoms")
+            logging.warning("Failed to select all atoms", exc_info=True)
             QMessageBox.warning(self, "Warning", f"Failed to select all atoms: {e}")
 
     def update_display(self) -> None:
@@ -285,5 +285,4 @@ class AlignPlaneDialog(BasePickingDialog):
             self.show_atom_labels()
 
         except (AttributeError, RuntimeError, ValueError, TypeError) as e:
-            logging.exception("Failed to apply align")
-            QMessageBox.critical(self, "Error", f"Failed to apply align: {str(e)}")
+            logging.exception("Failed to apply align: %s", e)

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/ui/alignment_dialog.py

@@ -276,8 +276,7 @@ class AlignmentDialog(Dialog3DPickingMixin, QDialog):
             )
 
         except (AttributeError, RuntimeError, ValueError, TypeError) as e:
-            logging.exception("Failed to apply alignment")
-            QMessageBox.critical(self, "Error", f"Failed to apply alignment: {str(e)}")
+            logging.exception("Failed to apply alignment: %s", e)
 
     def closeEvent(self, event: Optional[QCloseEvent]) -> None:
         """Clean up when the dialog is closed."""

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/ui/app_state.py

@@ -223,7 +223,11 @@ class StateManager:
                     self.host.view_3d_manager.draw_molecule_3d(
                         self.host.view_3d_manager.current_mol
                     )
-                    if self.host.view_3d_manager.plotter:
+                    # draw_molecule_3d already preserves the camera; only refit
+                    # on a fresh load, not on undo/redo (which restores state).
+                    if self.host.view_3d_manager.plotter and not getattr(
+                        self.host, "is_restoring_state", False
+                    ):
                         self.host.view_3d_manager.plotter.reset_camera()
 
                     self.host.ui_manager.enable_3d_features(True)
@@ -232,7 +236,7 @@ class StateManager:
                     self.host.clear_3d_view()
                     self.host.ui_manager.enable_3d_features(False)
             except (RuntimeError, ValueError, TypeError) as e:
-                logging.error(f"Could not load 3D model from state data: {e}")
+                logging.warning(f"Could not load 3D model from state data: {e}")
                 self.host.update_status_message(f"Error loading 3D model: {e}", 5000)
                 self.host.set_current_molecule(None)
                 self.host.ui_manager.enable_3d_features(False)
@@ -528,7 +532,9 @@ class StateManager:
                         p_state = callback()
                         plugin_data[name] = p_state
                     except Exception:  # plugins have full app access; catch everything to prevent save corruption
-                        logging.exception("Error saving state for plugin %s", name)
+                        logging.warning(
+                            "Error saving state for plugin %s", name, exc_info=True
+                        )
 
         if plugin_data:
             json_data["plugins"] = plugin_data
@@ -564,7 +570,9 @@ class StateManager:
                         try:
                             load_hand(p_state)
                         except Exception:  # plugins have full app access; catch everything to prevent load corruption
-                            logging.exception("Error loading state for plugin %s", name)
+                            logging.warning(
+                                "Error loading state for plugin %s", name, exc_info=True
+                            )
                     else:
                         # No handler found (plugin disabled or missing)
                         # Preserve data so it's not lost on next save
@@ -671,5 +679,5 @@ class StateManager:
                                 "Suppressed non-critical error", exc_info=True
                             )
             except (RuntimeError, ValueError, TypeError, binascii.Error) as e:
-                logging.error(f"Could not restore 3D molecular data: {e}")
+                logging.warning(f"Could not restore 3D molecular data: {e}")
                 self.host.set_current_molecule(None)

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/ui/bond_item.py

@@ -96,7 +96,7 @@ class BondItem(QGraphicsItem):
                     view.viewport().update()  # type: ignore[union-attr]
 
         except (AttributeError, RuntimeError, TypeError):
-            logging.exception("Error in BondItem.set_stereo")
+            logging.warning("Error in BondItem.set_stereo", exc_info=True)
             # Continue without crashing
             self.stereo = new_stereo
 
@@ -604,7 +604,7 @@ class BondItem(QGraphicsItem):
                 self.setPos(self.atom1.pos())
             self.update()
         except (AttributeError, RuntimeError):
-            logging.exception("Error updating bond position")
+            logging.warning("Error updating bond position", exc_info=True)
             # Continue without crashing
 
     def hoverEnterEvent(self, event: QGraphicsSceneHoverEvent) -> None:  # type: ignore[override]

{moleditpy_linux-4.2.4 → moleditpy_linux-4.3.1}/src/moleditpy_linux/ui/compute_logic.py

@@ -390,7 +390,9 @@ class ComputeManager:
         try:
             success = bool(entry["callback"](mol))
         except Exception:  # plugins have full app access; isolate failures
-            logging.exception("Plugin optimization method '%s' failed", label)
+            logging.warning(
+                "Plugin optimization method '%s' failed", label, exc_info=True
+            )
             self._refresh_ui_state()
             self.host.update_status_message(
                 f"Plugin optimization '{label}' failed (see log)."
@@ -431,7 +433,7 @@ class ComputeManager:
         try:
             Chem.SanitizeMol(mol)
         except (ValueError, RuntimeError) as e:
-            logging.error(f"Sanitization failed: {e}")
+            logging.warning(f"Sanitization failed: {e}")
             self.host.statusBar().showMessage("Error: Invalid chemical structure.")  # type: ignore[union-attr]
             return None
         return mol
@@ -587,7 +589,8 @@ class ComputeManager:
             msg = str(message)
 
         self._remove_calculating_text()
-        self._restore_button_ui()
+        # Full restore like the success path, else Export stays disabled on error.
+        self._refresh_ui_state()
 
         if msg == "Halt" or msg == "Halted":
             self.host.statusBar().showMessage("Halted")  # type: ignore[union-attr]