unipept 2.1.1 → 2.2.0

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checksums.yaml CHANGED
@@ -1,7 +1,7 @@
1
1
  ---
2
2
  SHA256:
3
- metadata.gz: 7d025bbebf7189fd0afe9cc8cd945f8ec2f14c231a3081f0e24284dc2997d988
4
- data.tar.gz: 889ea0bbd83199ec503a7736a21d5e216e054af1a691603c413958ee1c5efab1
3
+ metadata.gz: ae8f504a45da4b1347a4dae8c3989d56051ece08b84b77ed5a7b07bd8fd7e389
4
+ data.tar.gz: b718c39e60d721878b539b4b1e80edfa9df66ed1b1f841b0c45a78946a9a2df5
5
5
  SHA512:
6
- metadata.gz: 7394e17376d8e22f57d07046b2a0930a133717b44c3ceeaf50c61ef05011d711ea36a88e0212b8dde1c6efefce5b7d4e9fd4d7461363b8aea83e24bbaea214d8
7
- data.tar.gz: 470253cdb07286db4f9e9d37f0323a64f4f9726d007d7b4a8dc73fdc171335ec6e50d91505e94c533b11fb141ec6ccaff4f6437d41d8997108e0ed9df3a537bf
6
+ metadata.gz: 852005f9d3c107a5dfef6eec2dbb2ec0a9800e48857eed1e043492efe7d8ac0532424eed809fc599b5b11d35b6972291bb4b6d3af06414edd36572bafb5b330e
7
+ data.tar.gz: 16a34b6be468f68572bb0c9cc09eb23142570ec01549df41fdd5d4b5413d65c77978717ea0db3af6701eb81e80a73c60c6d5760261b3831266b32dbef7e631e3
data/.rakeTasks ADDED
@@ -0,0 +1,7 @@
1
+ <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
2
+ <Settings><!--This file was automatically generated by Ruby plugin.
3
+ You are allowed to:
4
+ 1. Remove rake task
5
+ 2. Add existing rake tasks
6
+ To add existing rake tasks automatically delete this file and reload the project.
7
+ --><RakeGroup description="" fullCmd="" taksId="rake"><RakeTask description="Build gem into pkg/" fullCmd="build" taksId="build" /><RakeTask description="Remove any temporary products" fullCmd="clean" taksId="clean" /><RakeTask description="Remove any generated files" fullCmd="clobber" taksId="clobber" /><RakeTask description="Remove RDoc HTML files" fullCmd="clobber_rdoc" taksId="clobber_rdoc" /><RakeTask description="Start IRB with all runtime dependencies loaded" fullCmd="console[script]" taksId="console[script]" /><RakeGroup description="" fullCmd="" taksId="gemcutter"><RakeTask description="Release gem to Gemcutter" fullCmd="gemcutter:release" taksId="release" /></RakeGroup><RakeTask description="Generate and validate gemspec" fullCmd="gemspec" taksId="gemspec" /><RakeGroup description="" fullCmd="" taksId="gemspec"><RakeTask description="Display the gemspec for debugging purposes, as jeweler knows it (not from the filesystem)" fullCmd="gemspec:debug" taksId="debug" /><RakeTask description="Regenerate the gemspec on the filesystem" fullCmd="gemspec:generate" taksId="generate" /><RakeTask description="Regenerate and validate gemspec, and then commits and pushes to git" fullCmd="gemspec:release" taksId="release" /><RakeTask description="Validates the gemspec on the filesystem" fullCmd="gemspec:validate" taksId="validate" /></RakeGroup><RakeGroup description="" fullCmd="" taksId="git"><RakeTask description="Tag and push release to git" fullCmd="git:release" taksId="release" /></RakeGroup><RakeTask description="Build and install gem using `gem install`" fullCmd="install" taksId="install" /><RakeTask description="Build RDoc HTML files" fullCmd="rdoc" taksId="rdoc" /><RakeTask description="Release gem" fullCmd="release" taksId="release" /><RakeTask description="Rebuild RDoc HTML files" fullCmd="rerdoc" taksId="rerdoc" /><RakeTask description="Run RuboCop" fullCmd="test_style" taksId="test_style" /><RakeGroup description="" fullCmd="" taksId="test_style"><RakeTask description="Auto-correct RuboCop offenses" fullCmd="test_style:auto_correct" taksId="auto_correct" /></RakeGroup><RakeTask description="Displays the current version" fullCmd="version" taksId="version" /><RakeGroup description="" fullCmd="" taksId="version"><RakeGroup description="" fullCmd="" taksId="bump"><RakeTask description="Bump the major version by 1" fullCmd="version:bump:major" taksId="major" /><RakeTask description="Bump the a minor version by 1" fullCmd="version:bump:minor" taksId="minor" /><RakeTask description="Bump the patch version by 1" fullCmd="version:bump:patch" taksId="patch" /></RakeGroup><RakeTask description="Writes out an explicit version" fullCmd="version:write" taksId="write" /></RakeGroup><RakeTask description="" fullCmd="console" taksId="console" /><RakeTask description="" fullCmd="default" taksId="default" /><RakeTask description="" fullCmd="gemspec_required" taksId="gemspec_required" /><RakeTask description="" fullCmd="rdoc/created.rid" taksId="rdoc/created.rid" /><RakeTask description="" fullCmd="test" taksId="test" /><RakeTask description="" fullCmd="test_unit" taksId="test_unit" /><RakeTask description="" fullCmd="version_required" taksId="version_required" /></RakeGroup></Settings>
data/VERSION CHANGED
@@ -1 +1 @@
1
- 2.1.1
1
+ 2.2.0
@@ -20,6 +20,8 @@ module Unipept
20
20
  first_line = lines.next rescue return
21
21
  if fasta? first_line
22
22
  fasta_iterator(first_line, lines, &block)
23
+ elsif csv_taxa2tree? first_line
24
+ csv_taxa_iterator(first_line, lines, &block)
23
25
  else
24
26
  normal_iterator(first_line, lines, &block)
25
27
  end
@@ -34,6 +36,10 @@ module Unipept
34
36
  line.start_with? '>'
35
37
  end
36
38
 
39
+ def csv_taxa2tree?(line)
40
+ line.include? 'taxon_id'
41
+ end
42
+
37
43
  private
38
44
 
39
45
  # Splits the input lines in fasta format into slices, based on the
@@ -69,5 +75,15 @@ module Unipept
69
75
  end
70
76
  end.each_slice(batch_size).with_index(&block)
71
77
  end
78
+
79
+ def csv_taxa_iterator(first_line, next_lines, &block)
80
+ # Find index of taxon_id in the first_line and only parse this part from the next lines
81
+ taxon_idx = first_line.rstrip.split(',').find_index('taxon_id')
82
+ Enumerator.new do |y|
83
+ loop do
84
+ y << next_lines.next.rstrip.split(',')[taxon_idx]
85
+ end
86
+ end.each_slice(batch_size).with_index(&block)
87
+ end
72
88
  end
73
89
  end
@@ -19,6 +19,7 @@ require_relative 'unipept/pept2taxa'
19
19
  require_relative 'unipept/peptinfo'
20
20
  require_relative 'unipept/taxa2lca'
21
21
  require_relative 'unipept/taxonomy'
22
+ require_relative 'unipept/taxa2tree'
22
23
 
23
24
  module Unipept
24
25
  class Commands::Unipept
@@ -35,6 +36,7 @@ module Unipept
35
36
  add_taxa2lca_command
36
37
  add_pept2prot_command
37
38
  add_taxonomy_command
39
+ add_taxa2tree_command
38
40
  end
39
41
 
40
42
  def run(args)
@@ -66,7 +68,7 @@ module Unipept
66
68
  option nil, :batch, 'specify the batch size', argument: :required, hidden: true
67
69
  option nil, :parallel, 'specify the number of parallel requests', argument: :required, hidden: true
68
70
  option :o, :output, 'write output to file', argument: :required
69
- option :f, :format, "define the output format (available: #{Unipept::Formatter.available.join ', '}) (default: #{Unipept::Formatter.default})", argument: :required
71
+ option :f, :format, "define the output format (available: #{Unipept::Formatter.available.select { |f| f != 'html' && f != 'url' }.join(', ')}) (default: #{Unipept::Formatter.default}).", argument: :required
70
72
 
71
73
  # Configuration options
72
74
  option nil, 'host', 'specify the server running the Unipept web service', argument: :required
@@ -292,6 +294,28 @@ module Unipept
292
294
  end
293
295
  end
294
296
 
297
+ def add_taxa2tree_command
298
+ @root_command.define_command('taxa2tree') do
299
+ usage 'taxa2tree [options]'
300
+ summary 'Compute lineage tree for given list of taxa'
301
+ description <<-EOS
302
+ The unipept taxa2tree command computes a lineage tree of a given list of NCBI Taxonomy Identifiers. A frequency table is computed for the given list of taxa. Secondly, the lineages for all taxa are looked up. These are then used to build a lineage tree with all counts set. The command expects a list of NCBI Taxonomy Identifiers that are passed
303
+
304
+ - as separate command line arguments
305
+
306
+ - in a text file that is passed as an argument to the -i option
307
+
308
+ - to standard input
309
+
310
+ The command will give priority to the first way NCBI Taxonomy Identifiers are passed, in the order as listed above. Text files and standard input should have one NCBI Taxonomy Identifier per line.
311
+ EOS
312
+
313
+ option :f, :format, "define the output format (available: json, url, html) (default: 'json'). Note that xml and csv are not available for taxa2tree. html and url are used as an output format for visualizations.", argument: :required
314
+
315
+ runner Commands::Taxa2Tree
316
+ end
317
+ end
318
+
295
319
  def add_pept2prot_command
296
320
  @root_command.define_command('pept2prot') do
297
321
  usage 'pept2prot [options]'
@@ -115,6 +115,8 @@ module Unipept
115
115
  batch_order = Unipept::BatchOrder.new
116
116
  last_id = 0
117
117
 
118
+ # puts input_iterator.inspect
119
+
118
120
  batch_iterator.iterate(input_iterator) do |input_slice, batch_id, fasta_mapper|
119
121
  last_id = batch_id
120
122
  @fasta = !fasta_mapper.nil?
@@ -150,7 +152,7 @@ module Unipept
150
152
  warn "API request failed! log can be found in #{path}"
151
153
  end
152
154
 
153
- private
155
+ protected
154
156
 
155
157
  def error_file_path
156
158
  File.expand_path(File.join(Dir.home, '.unipept', "unipept-#{Time.now.strftime('%F-%T')}.log"))
@@ -0,0 +1,74 @@
1
+ require_relative 'api_runner'
2
+ module Unipept::Commands
3
+ class Taxa2Tree < ApiRunner
4
+ def initialize(args, opts, cmd)
5
+ super
6
+
7
+ # JSON is the default format for this command
8
+ args[:format] = 'json' unless args[:format]
9
+
10
+ unless %w[url html json].include? args[:format]
11
+ warn "Format #{args[:format]} is not supported by taxa2tree. Use html, url or json (default)."
12
+ exit 1
13
+ end
14
+
15
+ if options[:format] == 'html'
16
+ # Overwrite the URL for this command, since it's possible that it uses HTML generated by the server.
17
+ @url = "#{@host}/api/v1/#{cmd.name}.html"
18
+ elsif args[:format] == 'url'
19
+ @link = true
20
+ end
21
+ end
22
+
23
+ def required_fields
24
+ ['taxon_id']
25
+ end
26
+
27
+ def batch_size
28
+ return arguments.length unless arguments.empty?
29
+ return File.foreach(options[:input]).inject(0) { |c, _| c + 1 } if options[:input]
30
+
31
+ @stdin_contents = $stdin.readlines
32
+ @stdin_contents.length
33
+ end
34
+
35
+ def input_iterator
36
+ return arguments.each unless arguments.empty?
37
+ return IO.foreach(options[:input]) if options[:input]
38
+
39
+ @stdin_contents.each
40
+ end
41
+
42
+ protected
43
+
44
+ def filter_result(response)
45
+ return response if response.start_with?('<!DOCTYPE')
46
+
47
+ # We do not filter here, since select is not supported by the taxa2tree-command
48
+ [JSON[response]] rescue []
49
+ end
50
+
51
+ def construct_request_body(input)
52
+ data = nil
53
+
54
+ if input[0].include?(',')
55
+ data = input.map do |item|
56
+ splitted = item.rstrip.split ','
57
+ splitted[1] = splitted[1].to_i
58
+ splitted
59
+ end
60
+ data = Hash[data]
61
+ else
62
+ data = Hash.new 0
63
+ input.each do |i|
64
+ data[i.rstrip] += 1
65
+ end
66
+ end
67
+
68
+ {
69
+ counts: data,
70
+ link: @link
71
+ }
72
+ end
73
+ end
74
+ end
data/lib/formatters.rb CHANGED
@@ -169,20 +169,7 @@ module Unipept
169
169
  'csv'
170
170
  end
171
171
 
172
- # Returns the header row for the given data and fasta_mapper. This row
173
- # contains all the keys of the first element of the data, preceded by
174
- # 'fasta_header' if a fasta_mapper is given.
175
- #
176
- # @param [Array] data The data that we will use to extract the keys from.
177
- #
178
- # @param [Array<Array<String>>] fasta_mapper Optional mapping between input
179
- # data and corresponding fasta header. The data is represented as a list
180
- # containing tuples where the first element is the fasta header and second
181
- # element is the input data If a fasta_mapper is given, the output will be
182
- # preceded with 'fasta_header'.
183
- #
184
- # @return [String] The header row
185
- def header(data, fasta_mapper = nil)
172
+ def get_keys(data, fasta_mapper = nil)
186
173
  # This global variable is necessary because we need to know how many items should be
187
174
  # nil in the convert function.
188
175
  $keys_length = 0 # rubocop:disable Style/GlobalVars
@@ -196,23 +183,42 @@ module Unipept
196
183
  end
197
184
  end
198
185
 
199
- CSV.generate do |csv|
200
- keys = fasta_mapper ? ['fasta_header'] : []
201
- keys += (data.first.keys - %w[ec go ipr])
202
- processed_keys = keys
186
+ keys = fasta_mapper ? ['fasta_header'] : []
187
+ keys += (data.first.keys - %w[ec go ipr])
188
+ processed_keys = keys
203
189
 
204
- non_empty_items.each do |annotation_type, non_empty_item|
205
- next unless non_empty_item
190
+ non_empty_items.each do |annotation_type, non_empty_item|
191
+ next unless non_empty_item
206
192
 
207
- keys += (non_empty_item.keys - processed_keys)
208
- processed_keys += non_empty_item.keys
193
+ keys += (non_empty_item.keys - processed_keys)
194
+ processed_keys += non_empty_item.keys
209
195
 
210
- idx = keys.index(annotation_type)
211
- keys.delete_at(idx)
212
- keys.insert(idx, *non_empty_item[annotation_type].first.keys.map { |el| %w[ec_number go_term ipr_code].include?(el) ? el : annotation_type + '_' + el })
213
- $keys_length = *non_empty_item[annotation_type].first.keys.length # rubocop:disable Style/GlobalVars
214
- end
196
+ idx = keys.index(annotation_type)
197
+ keys.delete_at(idx)
198
+ keys.insert(idx, *non_empty_item[annotation_type].first.keys.map { |el| %w[ec_number go_term ipr_code].include?(el) ? el : annotation_type + '_' + el })
199
+ $keys_length = *non_empty_item[annotation_type].first.keys.length # rubocop:disable Style/GlobalVars
200
+ end
215
201
 
202
+ keys
203
+ end
204
+
205
+ # Returns the header row for the given data and fasta_mapper. This row
206
+ # contains all the keys of the first element of the data, preceded by
207
+ # 'fasta_header' if a fasta_mapper is given.
208
+ #
209
+ # @param [Array] data The data that we will use to extract the keys from.
210
+ #
211
+ # @param [Array<Array<String>>] fasta_mapper Optional mapping between input
212
+ # data and corresponding fasta header. The data is represented as a list
213
+ # containing tuples where the first element is the fasta header and second
214
+ # element is the input data If a fasta_mapper is given, the output will be
215
+ # preceded with 'fasta_header'.
216
+ #
217
+ # @return [String] The header row
218
+ def header(data, fasta_mapper = nil)
219
+ keys = get_keys(data, fasta_mapper)
220
+
221
+ CSV.generate do |csv|
216
222
  csv << keys.map(&:to_s) if keys.length.positive?
217
223
  end
218
224
  end
@@ -229,23 +235,25 @@ module Unipept
229
235
  #
230
236
  # @return [String] The converted input data in the CSV format
231
237
  def convert(data, _first)
238
+ keys = get_keys(data)
239
+
232
240
  CSV.generate do |csv|
233
241
  data.each do |o|
234
- row = []
242
+ row = {}
235
243
  o.each do |k, v|
236
244
  if %w[ec go ipr].include? k
237
245
  if v && !v.empty?
238
246
  v.first.keys.each do |key|
239
- row << (v.map { |el| el[key] }).join(' ').strip
247
+ row[key == 'protein_count' ? k + '_protein_count' : key] = (v.map { |el| el[key] }).join(' ').strip
240
248
  end
241
249
  else
242
- row = row.concat(Array.new($keys_length[0], nil)) # rubocop:disable Style/GlobalVars
250
+ row[k] = row.concat(Array.new($keys_length[0], nil)) # rubocop:disable Style/GlobalVars
243
251
  end
244
252
  else
245
- row << (v == '' ? nil : v)
253
+ row[k] = (v == '' ? nil : v)
246
254
  end
247
255
  end
248
- csv << row
256
+ csv << keys.map { |k| row[k] }
249
257
  end
250
258
  end
251
259
  end
@@ -336,4 +344,68 @@ module Unipept
336
344
  .join
337
345
  end
338
346
  end
347
+
348
+ class HtmlFormatter < Formatter
349
+ register :html
350
+
351
+ # @return [String] The type of the current formatter: html
352
+ def type
353
+ 'html'
354
+ end
355
+
356
+ def self.hidden?
357
+ false
358
+ end
359
+
360
+ def header(_data, _fasta_mapper = nil)
361
+ ''
362
+ end
363
+
364
+ def footer
365
+ ''
366
+ end
367
+
368
+ # Converts the given input data to an HTML page that contains the Unipept visualizations
369
+ #
370
+ # @param [Array] data The data we wish to convert
371
+ #
372
+ # @param [Boolean] Is this the first output batch?
373
+ #
374
+ # @return [String] The converted input data in the Blast format
375
+ def convert(data, _first)
376
+ data
377
+ end
378
+ end
379
+
380
+ class UrlFormatter < Formatter
381
+ register :url
382
+
383
+ # @return [String] The type of the current formatter: html
384
+ def type
385
+ 'url'
386
+ end
387
+
388
+ def self.hidden?
389
+ false
390
+ end
391
+
392
+ def header(_data, _fasta_mapper = nil)
393
+ ''
394
+ end
395
+
396
+ def footer
397
+ ''
398
+ end
399
+
400
+ # Converts the given input data to an HTML page that contains the Unipept visualizations
401
+ #
402
+ # @param [Array] data The data we wish to convert
403
+ #
404
+ # @param [Boolean] Is this the first output batch?
405
+ #
406
+ # @return [String] The converted input data in the Blast format
407
+ def convert(data, _first)
408
+ data[0]['gist'].sub!('https://gist.github.com/', 'https://bl.ocks.org/') + "\n"
409
+ end
410
+ end
339
411
  end
data/test.taxa ADDED
@@ -0,0 +1,4 @@
1
+ 14,7
2
+ 45,9
3
+ 12,6
4
+ 78,4
@@ -51,7 +51,7 @@ module Unipept
51
51
  lines = out.each_line
52
52
  assert_equal('', err)
53
53
  assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count'))
54
- assert(lines.next.start_with?('AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
54
+ assert(lines.next.start_with?('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
55
55
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
56
56
  end
57
57
 
@@ -62,9 +62,9 @@ module Unipept
62
62
  lines = out.each_line
63
63
  assert_equal('', err)
64
64
  assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count'))
65
- assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
66
- assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,41797,2.3.1.9 6.1.1.16 2.7.7.38 1.3.5.1 2.7.7.7 2.1.2.10 6.3.4.2 3.1.-.- 2.3.1.16 6.3.5.3 3.6.4.12 2.7.13.3 2.2.1.1 2.1.1.191 2.6.1.- 2.7.7.- 6.1.1.7 5.3.1.5 4.2.1.2 1.18.1.- 4.2.1.19 3.5.4.26 1.1.1.193 5.2.1.8 6.1.1.9 3.6.1.- 2.1.1.- 2.4.2.18 4.1.1.48 1.11.1.7 3.4.24.- 3.1.1.4 2.6.1.11 2.5.1.72 2.6.1.76 5.99.1.3 3.1.3.16 3.6.3.- 3.1.21.3 5.4.99.27 2.3.1.180 2.8.1.7 2.1.1.297 1.1.1.3 5.4.3.8 3.6.3.14 4.3.1.19 3.1.11.6 1.1.1.23 2.7.7.85 1.2.1.88 2.1.1.174 4.2.99.18 2.1.3.15 2.3.1.179 2.7.7.6 1.5.5.2 2.2.1.9 3.1.4.- 6.1.1.6 1.20.4.1 3.6.4.- 3.5.1.5 3.1.1.5 6.1.1.20 2.4.1.21 3.4.11.1 1.1.1.94 2.7.8.7 4.99.1.1 1.6.5.11 3.4.11.10 3.6.-.- 5.4.99.2 3.1.1.61 4.2.1.20 6.5.1.1 6.1.1.- 4.2.2.n1 2.7.7.59 2.7.7.89 3.2.2.27 1.2.1.27 4.2.1.126 5.1.3.11 2.7.7.42 6.1.1.17 2.9.1.1 1.14.99.29 3.6.3.17 2.1.1.198 2.5.1.75 3.5.4.2 1.2.1.- 4.1.3.27 3.1.4.16 1.4.3.16 2.6.1.9 3.4.-.- 6.5.1.2 1.-.-.- 1.14.13.- 2.6.1.16 6.3.4.19 2.4.99.16 6.2.1.5 6.1.1.18 1.5.1.20 1.2.4.1 4.1.1.20 3.1.11.5 6.1.1.1 2.7.9.1 3.1.1.31 2.3.1.234 3.4.21.- 2.2.1.6 4.2.1.46 4.1.99.22 2.1.2.9 6.3.5.1 1.3.1.9 6.1.1.5 4.2.1.1 3.6.4.13 4.1.1.31 4.1.1.47 2.7.4.1 3.1.3.12 4.2.1.24 2.7.11.1 2.6.1.62 3.1.26.- 3.1.26.4 2.5.1.61 6.3.2.13 5.3.1.24 2.3.1.- 3.4.19.12 2.7.1.25 2.3.1.157 1.8.99.2 3.4.21.53 5.3.1.9 3.7.1.3 6.3.2.2 2.5.1.17 3.4.11.2 1.3.99.- 2.7.7.23 3.5.1.4 4.3.1.3 2.7.1.71 2.3.3.9 6.3.5.5 3.6.5.- 3.1.13.1 6.3.2.4 6.3.2.1 2.1.1.197 1.3.99.1 2.7.1.130 2.7.1.100 2.7.3.9 4.1.3.40 6.1.1.19 1.7.-.- 2.3.1.30 2.7.1.23 4.1.1.86 3.6.3.41 2.3.2.31 1.11.1.15 4.2.3.4 6.1.1.3 4.2.1.113 2.4.2.21 3.1.26.3 1.8.4.11 2.4.1.- 1.4.1.13 3.1.4.52 2.7.4.16 4.2.1.17 2.7.7.4 1.4.99.6 1.4.3.5 6.1.1.2 2.4.2.17 3.4.25.1 6.3.2.- 3.1.3.- 6.2.1.3 2.7.1.180 2.7.1.167 4.6.1.1 4.3.2.1 2.7.7.56 2.7.7.70 5.1.1.8 3.1.1.- 2.3.1.20 4.1.1.32 2.4.1.25 5.4.99.15 4.2.1.33 2.7.6.5 2.1.1.182 2.7.1.- 2.7.1.2 5.99.1.2 3.2.1.23 1.1.1.100 2.1.3.- 1.5.8.4 1.4.7.1 2.1.1.228 2.3.1.94 2.3.1.41 2.3.1.39 2.7.1.15 2.7.1.30 2.7.1.24 2.3.1.181 2.4.1.182 2.4.-.- 1.3.98.3 3.6.3.28 2.7.7.3 6.3.5.9 2.5.1.- 2.6.1.37 5.3.3.2 3.1.26.8 4.2.2.- 3.2.1.21 1.1.1.25 1.1.1.157 1.17.1.8 2.10.1.1 3.2.2.4 3.2.2.- 2.7.7.18 6.3.5.11 5.3.1.23 3.5.1.2 3.5.1.- 6.3.1.1 4.3.1.7 2.3.1.47 3.6.1.7 1.2.4.4 4.1.1.36 3.4.16.4 1.13.12.4 2.4.1.129 3.2.1.- 2.6.1.1 6.2.1.30 2.1.1.72 2.1.1.33 3.2.2.23 3.5.1.94 2.4.1.227 6.3.5.7 1.3.1.- 1.2.1.38 1.2.1.12 4.2.1.109 6.3.4.18 2.4.2.4 2.4.2.- 2.1.1.107 6.3.2.5 3.1.3.6 3.5.4.16 4.2.1.- 1.1.1.133 1.1.1.37 6.3.2.10 6.3.2.17 1.2.1.2 1.5.8.3 4.3.3.7 3.6.3.4 1.1.1.267 5.4.99.- 2.7.7.77 4.1.-.- 2.3.1.1 2.1.1.298 1.5.1.2 3.5.2.3 1.1.1.- 2.3.1.29 3.1.1.29 2.3.1.35 2.7.1.35 2.7.1.26 1.14.14.18 1.8.1.9 5.4.99.12 2.4.1.173 2.4.1.57 1.4.1.2 2.7.4.9 3.1.3.48 5.1.3.2 3.5.1.28 3.6.3.25 2.1.1.37 4.2.1.10 3.1.11.1 3.5.1.98 2.7.7.2 4.1.2.- 2.7.11.5 2.7.-.- 1.2.1.70 4.2.1.70 6.1.1.4 2.7.6.3 2.4.2.19 1.4.4.2 1.6.99.5 5.99.1.4 3.6.1.31 2.4.99.17 3.1.3.3 3.1.3.5 3.2.1.52 2.5.1.48 3.5.4.25 6.6.1.2 1.3.3.4 1.1.1.49 1.1.1.40 3.4.21.92 2.8.1.13 3.6.3.8 3.6.3.3 2.7.3.- 2.7.7.48 2.7.7.72 2.7.7.60 2.7.7.65 1.3.5.4 6.1.1.22 6.1.1.15 6.1.1.10 2.7.2.4 5.1.1.1 4.1.99.3 1.7.99.4 2.3.1.31 3.-.-.- 2.7.1.33 2.7.1.36 3.1.6.1 2.7.1.40 2.7.1.45 2.3.1.225 1.14.-.- 4.1.1.37 4.1.1.23 4.1.1.49 1.1.2.3 2.7.7.87 1.7.1.13 1.8.1.4 5.4.99.16 1.17.99.6 2.4.1.54 5.4.2.7 5.4.99.25 5.4.99.61 2.7.4.23 1.4.1.1 2.7.4.25 5.1.1.11 6.2.1.13 1.1.99.14 1.13.11.27 3.5.1.10 3.6.3.54 3.5.1.46 5.3.1.1 4.2.1.32 1.3.8.7 2.1.1.14 1.3.8.4 4.4.1.1 3.7.1.- 4.1.99.17 3.5.1.87 3.5.1.88 2.8.1.8 2.1.2.3 2.1.2.2 1.14.11.- 6.3.5.- 2.4.1.301 1.4.3.- 1.2.7.8 5.4.4.2 1.14.13.7 1.17.7.3 4.2.1.75 1.2.1.10 4.2.1.138 4.2.1.136 2.6.1.83 2.6.1.85 6.3.4.13 3.1.2.6 2.4.2.10 1.1.-.- 2.4.2.30 2.1.1.166 1.6.99.3 3.1.26.5 2.1.1.131 6.3.2.8 6.3.2.9 5.1.99.6 3.2.1.141 2.1.1.192 2.7.13.- 2.5.1.10 3.6.1.11 2.5.1.18 2.5.1.15 3.4.11.- 4.6.1.12 2.5.1.78 2.5.1.47 3.5.4.10 3.5.4.19 3.2.1.28 3.5.4.9 4.2.1.8 1.1.1.22 1.1.1.27 1.1.1.47 6.3.2.12 6.3.3.2 6.3.3.3 1.1.1.60 1.17.1.4 1.2.1.3 3.6.5.n1 2.7.1.165 2.3.2.3 2.7.1.148 3.4.14.- 3.4.14.4 4.3.3.6 3.6.3.5 1.4.1.21 1.1.1.262 3.1.4.11 2.7.7.49 5.3.1.16 2.1.1.200 3.6.4.4 2.1.1.269 6.1.1.23 6.1.1.14 3.5.2.5 3.5.1.1 2.3.1.15 5.1.1.- 4.1.99.1 3.1.1.2 3.1.1.3 2.1.3.12 5.4.2.12 5.4.2.10 5.4.2.11 3.1.22.4 2.7.1.11 1.3.1.10 2.7.1.39 3.3.2.1 2.7.1.29 1.14.14.1 3.1.6.- 2.7.1.69 2.7.1.92 3.5.3.11 3.5.3.12 4.1.1.79 4.1.1.71 4.1.1.68 2.3.1.174 1.12.1.2 1.17.4.2 4.1.1.28 4.1.1.50 2.3.1.189 1.14.13.236 4.1.1.19 1.9.3.1 2.8.3.15 5.1.2.3 1.3.1.91 2.4.1.14 2.4.1.15 2.4.1.12 2.4.1.13 2.4.1.18 2.4.1.20 3.2.1.1 1.8.1.8 5.4.99.13 2.3.3.1 5.3.3.14 1.15.1.1 2.4.1.187 2.4.1.83 1.3.7.7 4.3.99.3 5.4.2.- 2.6.1.7 1.5.3.1 1.5.3.4 5.4.99.24 2.3.1.129 2.3.1.128 1.4.1.- 2.7.4.8 2.7.4.7 6.2.1.17 6.4.1.1 3.1.3.18 1.13.11.11 2.2.1.2 5.1.3.3 5.1.3.1 1.13.11.39 1.14.11.40 2.4.1.250 2.1.1.77 3.5.1.25 2.1.1.71 3.5.1.11 3.5.1.13 1.3.98.1 2.1.1.63 2.7.10.- 3.6.3.24 2.4.1.266 3.5.1.32 2.1.1.43 5.3.1.6 3.6.3.34 3.6.3.31 3.6.3.32 2.4.1.287 2.4.1.278 2.1.1.11 2.1.1.17 4.2.1.11 4.4.1.8 3.1.11.- 4.1.99.11 2.8.1.4 2.1.2.1 1.5.99.2 6.3.4.4 1.11.1.6 1.11.1.- 1.97.1.- 2.7.7.1 2.7.11.25 2.7.7.9 2.7.7.8 1.14.99.3 3.1.26.12 1.8.3.2 2.7.11.7 2.1.1.80 1.7.1.4 3.3.1.1 1.4.99.- 1.4.99.5 6.3.5.4 6.3.5.2 1.2.7.5 1.2.7.1 1.2.7.- 2.5.1.6 2.5.1.3 2.5.1.1 2.4.1.345 1.14.13.2 1.2.1.84 1.2.1.83 1.2.1.86 2.6.1.18 2.6.1.19 1.11.2.4 1.14.13.25 1.2.1.79 1.2.1.41 1.14.13.48 1.1.5.2 4.2.3.1 2.6.1.52 4.2.3.5 1.2.1.22 1.14.13.50 4.2.1.151 1.2.1.16 1.13.11.2 1.13.11.- 2.6.1.84 4.2.1.51 4.2.1.59 3.4.17.- 1.18.1.3 6.3.4.21 2.7.6.1 3.1.2.- 2.4.2.9 3.1.2.4 2.4.2.14 2.4.2.29 3.6.5.5 2.4.2.31 5.3.3.- 5.1.3.14 4.3.1.12 2.1.1.176 2.1.1.171 3.1.13.5 3.5.3.1 3.5.3.8 6.3.2.6 2.1.1.199 2.1.1.193 2.5.1.21 2.5.1.32 3.1.2.28 3.6.1.15 2.5.1.16 3.6.1.66 3.6.1.40 3.4.11.4 3.4.11.6 3.4.11.5 3.4.11.9 2.5.1.89 1.7.3.3 2.5.1.83 2.4.99.18 3.1.3.7 3.1.3.2 3.1.3.1 3.2.1.50 3.5.4.33 3.2.1.20 3.2.1.35 3.5.4.3 3.5.4.4 4.1.2.48 1.1.1.127 3.4.19.3 4.2.1.3 4.2.1.6 4.2.1.9 1.1.1.11 1.1.1.14 1.1.1.26 6.3.2.30 2.3.3.13 1.1.1.30 1.1.1.35 6.3.2.29 1.1.1.58 4.1.2.20 1.1.1.65 1.1.1.69 1.1.1.62 1.3.99.10 1.3.99.23 1.1.1.81 1.1.1.95 2.7.8.- 1.5.3.10 1.5.3.19 2.7.8.23 2.7.8.24 2.7.8.11 6.2.1.1 6.2.1.- 2.7.1.191 2.8.1.11 3.2.2.9 2.3.2.- 2.7.1.170 2.7.1.168 1.6.2.4 4.3.3.5 5.5.1.1 5.5.1.2 2.7.1.107 2.-.-.- 2.4.99.- 4.6.1.2 4.4.1.16 4.4.1.11 3.1.4.53 1.1.1.290 4.3.2.2 1.1.1.269 1.16.8.1 2.7.7.12 1.2.99.7 2.7.7.41 2.7.7.80 5.3.1.22 3.5.2.14 2.1.1.205 3.1.21.7 3.4.13.9 2.1.1.282 6.1.1.21 3.7.1.19 6.1.1.13 6.1.1.11 1.1.1.304 1.5.1.5 3.5.2.9 1.5.1.12 1.1.1.370 1.1.1.338 6.3.1.2 2.3.1.266 2.7.2.3 2.7.2.8 2.7.2.1 5.1.1.7 5.1.1.3 2.3.1.12 3.1.1.85 1.14.13.127 3.1.1.53 2.3.1.51 3.4.23.36 3.1.1.1,810 608 278 155 153 125 123 122 91 86 83 81 79 79 72 68 68 64 59 58 57 57 57 56 50 49 49 44 43 43 41 40 37 37 36 36 35 33 33 32 31 31 29 29 28 28 28 27 27 26 26 26 26 24 24 24 23 21 21 21 21 21 21 21 20 19 19 19 19 19 18 18 18 18 18 17 17 17 17 17 16 16 16 16 16 16 16 15 15 15 15 15 15 15 15 15 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 14 13 13 13 13 13 13 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 12 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 11 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 10 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 9 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 8 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 7 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
67
- assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1'))
65
+ assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
66
+ assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,208,6.1.1.16 2.7.7.38,44 13'))
67
+ assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
68
68
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
69
69
  end
70
70
 
@@ -75,9 +75,9 @@ module Unipept
75
75
  lines = out.each_line
76
76
  assert_equal('', err)
77
77
  assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,ec_number'))
78
- assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4'))
79
- assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,2.3.1.9 6.1.1.16 2.7.7.38 1.3.5.1 2.7.7.7 2.1.2.10 6.3.4.2 3.1.-.- 2.3.1.16 6.3.5.3 3.6.4.12 2.7.13.3 2.2.1.1 2.1.1.191 2.6.1.- 2.7.7.- 6.1.1.7 5.3.1.5 4.2.1.2 1.18.1.- 4.2.1.19 3.5.4.26 1.1.1.193 5.2.1.8 6.1.1.9 3.6.1.- 2.1.1.- 2.4.2.18 4.1.1.48 1.11.1.7 3.4.24.- 3.1.1.4 2.6.1.11 2.5.1.72 2.6.1.76 5.99.1.3 3.1.3.16 3.6.3.- 3.1.21.3 5.4.99.27 2.3.1.180 2.8.1.7 2.1.1.297 1.1.1.3 5.4.3.8 3.6.3.14 4.3.1.19 3.1.11.6 1.1.1.23 2.7.7.85 1.2.1.88 2.1.1.174 4.2.99.18 2.1.3.15 2.3.1.179 2.7.7.6 1.5.5.2 2.2.1.9 3.1.4.- 6.1.1.6 1.20.4.1 3.6.4.- 3.5.1.5 3.1.1.5 6.1.1.20 2.4.1.21 3.4.11.1 1.1.1.94 2.7.8.7 4.99.1.1 1.6.5.11 3.4.11.10 3.6.-.- 5.4.99.2 3.1.1.61 4.2.1.20 6.5.1.1 6.1.1.- 4.2.2.n1 2.7.7.59 2.7.7.89 3.2.2.27 1.2.1.27 4.2.1.126 5.1.3.11 2.7.7.42 6.1.1.17 2.9.1.1 1.14.99.29 3.6.3.17 2.1.1.198 2.5.1.75 3.5.4.2 1.2.1.- 4.1.3.27 3.1.4.16 1.4.3.16 2.6.1.9 3.4.-.- 6.5.1.2 1.-.-.- 1.14.13.- 2.6.1.16 6.3.4.19 2.4.99.16 6.2.1.5 6.1.1.18 1.5.1.20 1.2.4.1 4.1.1.20 3.1.11.5 6.1.1.1 2.7.9.1 3.1.1.31 2.3.1.234 3.4.21.- 2.2.1.6 4.2.1.46 4.1.99.22 2.1.2.9 6.3.5.1 1.3.1.9 6.1.1.5 4.2.1.1 3.6.4.13 4.1.1.31 4.1.1.47 2.7.4.1 3.1.3.12 4.2.1.24 2.7.11.1 2.6.1.62 3.1.26.- 3.1.26.4 2.5.1.61 6.3.2.13 5.3.1.24 2.3.1.- 3.4.19.12 2.7.1.25 2.3.1.157 1.8.99.2 3.4.21.53 5.3.1.9 3.7.1.3 6.3.2.2 2.5.1.17 3.4.11.2 1.3.99.- 2.7.7.23 3.5.1.4 4.3.1.3 2.7.1.71 2.3.3.9 6.3.5.5 3.6.5.- 3.1.13.1 6.3.2.4 6.3.2.1 2.1.1.197 1.3.99.1 2.7.1.130 2.7.1.100 2.7.3.9 4.1.3.40 6.1.1.19 1.7.-.- 2.3.1.30 2.7.1.23 4.1.1.86 3.6.3.41 2.3.2.31 1.11.1.15 4.2.3.4 6.1.1.3 4.2.1.113 2.4.2.21 3.1.26.3 1.8.4.11 2.4.1.- 1.4.1.13 3.1.4.52 2.7.4.16 4.2.1.17 2.7.7.4 1.4.99.6 1.4.3.5 6.1.1.2 2.4.2.17 3.4.25.1 6.3.2.- 3.1.3.- 6.2.1.3 2.7.1.180 2.7.1.167 4.6.1.1 4.3.2.1 2.7.7.56 2.7.7.70 5.1.1.8 3.1.1.- 2.3.1.20 4.1.1.32 2.4.1.25 5.4.99.15 4.2.1.33 2.7.6.5 2.1.1.182 2.7.1.- 2.7.1.2 5.99.1.2 3.2.1.23 1.1.1.100 2.1.3.- 1.5.8.4 1.4.7.1 2.1.1.228 2.3.1.94 2.3.1.41 2.3.1.39 2.7.1.15 2.7.1.30 2.7.1.24 2.3.1.181 2.4.1.182 2.4.-.- 1.3.98.3 3.6.3.28 2.7.7.3 6.3.5.9 2.5.1.- 2.6.1.37 5.3.3.2 3.1.26.8 4.2.2.- 3.2.1.21 1.1.1.25 1.1.1.157 1.17.1.8 2.10.1.1 3.2.2.4 3.2.2.- 2.7.7.18 6.3.5.11 5.3.1.23 3.5.1.2 3.5.1.- 6.3.1.1 4.3.1.7 2.3.1.47 3.6.1.7 1.2.4.4 4.1.1.36 3.4.16.4 1.13.12.4 2.4.1.129 3.2.1.- 2.6.1.1 6.2.1.30 2.1.1.72 2.1.1.33 3.2.2.23 3.5.1.94 2.4.1.227 6.3.5.7 1.3.1.- 1.2.1.38 1.2.1.12 4.2.1.109 6.3.4.18 2.4.2.4 2.4.2.- 2.1.1.107 6.3.2.5 3.1.3.6 3.5.4.16 4.2.1.- 1.1.1.133 1.1.1.37 6.3.2.10 6.3.2.17 1.2.1.2 1.5.8.3 4.3.3.7 3.6.3.4 1.1.1.267 5.4.99.- 2.7.7.77 4.1.-.- 2.3.1.1 2.1.1.298 1.5.1.2 3.5.2.3 1.1.1.- 2.3.1.29 3.1.1.29 2.3.1.35 2.7.1.35 2.7.1.26 1.14.14.18 1.8.1.9 5.4.99.12 2.4.1.173 2.4.1.57 1.4.1.2 2.7.4.9 3.1.3.48 5.1.3.2 3.5.1.28 3.6.3.25 2.1.1.37 4.2.1.10 3.1.11.1 3.5.1.98 2.7.7.2 4.1.2.- 2.7.11.5 2.7.-.- 1.2.1.70 4.2.1.70 6.1.1.4 2.7.6.3 2.4.2.19 1.4.4.2 1.6.99.5 5.99.1.4 3.6.1.31 2.4.99.17 3.1.3.3 3.1.3.5 3.2.1.52 2.5.1.48 3.5.4.25 6.6.1.2 1.3.3.4 1.1.1.49 1.1.1.40 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1.2.1.3 3.6.5.n1 2.7.1.165 2.3.2.3 2.7.1.148 3.4.14.- 3.4.14.4 4.3.3.6 3.6.3.5 1.4.1.21 1.1.1.262 3.1.4.11 2.7.7.49 5.3.1.16 2.1.1.200 3.6.4.4 2.1.1.269 6.1.1.23 6.1.1.14 3.5.2.5 3.5.1.1 2.3.1.15 5.1.1.- 4.1.99.1 3.1.1.2 3.1.1.3 2.1.3.12 5.4.2.12 5.4.2.10 5.4.2.11 3.1.22.4 2.7.1.11 1.3.1.10 2.7.1.39 3.3.2.1 2.7.1.29 1.14.14.1 3.1.6.- 2.7.1.69 2.7.1.92 3.5.3.11 3.5.3.12 4.1.1.79 4.1.1.71 4.1.1.68 2.3.1.174 1.12.1.2 1.17.4.2 4.1.1.28 4.1.1.50 2.3.1.189 1.14.13.236 4.1.1.19 1.9.3.1 2.8.3.15 5.1.2.3 1.3.1.91 2.4.1.14 2.4.1.15 2.4.1.12 2.4.1.13 2.4.1.18 2.4.1.20 3.2.1.1 1.8.1.8 5.4.99.13 2.3.3.1 5.3.3.14 1.15.1.1 2.4.1.187 2.4.1.83 1.3.7.7 4.3.99.3 5.4.2.- 2.6.1.7 1.5.3.1 1.5.3.4 5.4.99.24 2.3.1.129 2.3.1.128 1.4.1.- 2.7.4.8 2.7.4.7 6.2.1.17 6.4.1.1 3.1.3.18 1.13.11.11 2.2.1.2 5.1.3.3 5.1.3.1 1.13.11.39 1.14.11.40 2.4.1.250 2.1.1.77 3.5.1.25 2.1.1.71 3.5.1.11 3.5.1.13 1.3.98.1 2.1.1.63 2.7.10.- 3.6.3.24 2.4.1.266 3.5.1.32 2.1.1.43 5.3.1.6 3.6.3.34 3.6.3.31 3.6.3.32 2.4.1.287 2.4.1.278 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80
- assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4'))
78
+ assert(lines.next.start_with?('>test,AALTER,3.1.3.3 6.3.2.13'))
79
+ assert(lines.next.start_with?('>test,AALER,6.1.1.16 2.7.7.38'))
80
+ assert(lines.next.start_with?('>tost,AALTER,3.1.3.3 6.3.2.13'))
81
81
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
82
82
  end
83
83
 
@@ -122,7 +122,7 @@ module Unipept
122
122
  lines = out.each_line
123
123
  assert_equal('', err)
124
124
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125
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125
+ assert(lines.next.start_with?('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2'))
126
126
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127
127
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128
128
 
@@ -133,7 +133,7 @@ module Unipept
133
133
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134
134
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135
135
  assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count'))
136
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136
+ assert(lines.next.start_with?('MDGTEYIIVK,35'))
137
137
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
138
138
  end
139
139
  end
@@ -50,8 +50,8 @@ module Unipept
50
50
  end
51
51
  lines = out.each_line
52
52
  assert_equal('', err)
53
- assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count,go_term,go_protein_count'))
54
- assert(lines.next.start_with?('AALTER,1425,2.3.2.27 2.7.13.3 6.2.1.3 6.1.1.6 6.3.2.13 2.7.4.25 6.1.1.22 3.1.26.- 2.3.1.29 2.7.1.15 2.3.1.234 2.1.1.13 4.2.1.17 6.3.2.8 3.1.3.3 2.7.4.16 2.4.-.- 5.3.1.1 3.1.4.- 2.8.1.7 6.5.1.2 6.1.1.2 3.4.11.10 3.4.11.1 1.1.1.100 6.3.2.10 3.6.4.- 6.1.1.23 3.1.1.61 3.1.1.4 2.7.1.50 2.7.1.48 1.8.1.2 2.6.1.- 3.4.-.- 2.4.1.227 6.3.4.2 6.3.4.4 4.1.2.- 1.10.9.1 1.14.13.- 2.5.1.- 2.6.1.16 3.1.-.- 4.2.1.153 3.1.2.6 4.6.1.17 2.4.1.- 2.5.1.75 4.2.1.3 6.3.2.31 6.3.2.34 6.3.3.2 1.2.1.2 5.2.1.8 4.99.1.1 2.3.2.2 2.-.-.- 2.7.3.9 4.1.3.27 1.1.1.262 5.4.99.2 2.7.7.59 3.1.21.3 4.2.99.20 6.1.1.12 1.7.99.4,111 11 11 8 8 7 6 4 4 3 3 3 3 3 3 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1,GO:0003677 GO:0006351 GO:0005524 GO:0006355 GO:0016021 GO:0005622 GO:0004842 GO:0000160 GO:0008152 GO:0005737 GO:0016491 GO:0046872 GO:0016740 GO:0010181 GO:0003824 GO:0004647 GO:0006564 GO:0031177 GO:0003676 GO:0008270 GO:0005634 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53
+ assert_equal('peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count,go_term,go_protein_count,ipr_code,ipr_protein_count', lines.next.rstrip)
54
+ assert_equal('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2,GO:0000287 GO:0005737,5 5,IPR013221,2', lines.next.rstrip)
55
55
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56
56
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57
57
 
@@ -61,10 +61,10 @@ module Unipept
61
61
  end
62
62
  lines = out.each_line
63
63
  assert_equal('', err)
64
- assert(lines.next.start_with?('fasta_header,peptide,total_protein_count,ec_number,ec_protein_count,go_term,go_protein_count'))
65
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69
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70
 
@@ -74,10 +74,10 @@ module Unipept
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125
+ assert_equal('AALTER,7,3.1.3.3 6.3.2.13,2 2,GO:0000287 GO:0005737,5 5,IPR013221,2', lines.next.rstrip)
126
126
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
127
127
  end
128
128
 
@@ -132,8 +132,8 @@ module Unipept
132
132
  end
133
133
  lines = out.each_line
134
134
  assert_equal('', err)
135
- assert(lines.next.start_with?('peptide,total_protein_count'))
136
- assert(lines.next.start_with?('AAEVALVGTEK,0'))
135
+ assert('peptide,total_protein_count', lines.next.rstrip)
136
+ assert_equal('AAEVALVGTEK,0', lines.next.rstrip)
137
137
  assert_raises(StopIteration) { lines.next }
138
138
  end
139
139
  end