nysol-take 3.0.0 → 3.0.1

checksums.yaml

@@ -1,7 +1,7 @@
 ---
 SHA1:
-  metadata.gz: e30036a31f3107df33aae6da18928c97c03ce52d
-  data.tar.gz: b2bc758258baffa71e8a76c75299e24458357d44
+  metadata.gz: bf638296f1c835d6aec7d5b8636ab9fad33cd30e
+  data.tar.gz: 5c01613d4e66b3f62498dc8d8d5b909c12177dcb
 SHA512:
-  metadata.gz: e1d5c04b64285de5052506231838b388a83e5258b9d015e28beece15c7129e044aefc910ffe80ec9b09c98462077e331aa36ac9dcd437c1b86e7ecf21fbda861
-  data.tar.gz: 3bb9949747aa25c85c272347bf3d84ab1d25f03b8410ba5417d97e9e288e7eb3d35eabc550ece20182e6e3dd9e51e81286d9c55b01751b12cb90c74a18d1801d
+  metadata.gz: 037fb1e858907bdf772554f3f24afd96e1440999bd143726c0c116dd7351796acb73843b5e7a3be3f98ce4843641de784ce8343f1be3b50f738aadc738fd8196
+  data.tar.gz: 1fa831a85396c424abfa2eed15e0f0c509cb43920ff353d374fe2e8ff58a841a8f7db5bdb5ffa9f0b8b5547cb23d4cc88d6615260c0a93715e1755072266c5e6

data/bin/mbiclique.rb

@@ -229,7 +229,6 @@ pair2tra(ei,ef1,ef2,xxtra,xxmap1,xxmap2)
 
 # 利用コマンドファイル名
 #CMD="lcm_20140215"
-#{TAKE::LcmIs::CMD} 
 
 run=""
 run << "#{type}If"

data/bin/mtra2g.rb

@@ -340,7 +340,7 @@ eArgs["nomodel"] = true
 # クラスありパターン列挙
 if clsFN then
 	# ノードはクラス関係なく全体でfrequentな2アイテムセットを求める
-	lcm=TAKE::LcmIs.new(db);
+	lcm=TAKE::LcmIs.new(db,false);
 	eArgs["minLen"] = 1
 	eArgs["maxLen"] = 1
 	if node_support
@@ -371,7 +371,7 @@ if clsFN then
 	eArgs["minSup"] = minSup
 	eArgs["minCnt"] = minCnt
 
-	lcm=TAKE::LcmEp.new(db);
+	lcm=TAKE::LcmEp.new(db,false);
 	lcm.enumerate(eArgs)
 	# system "head #{lcm.pFile}"
 	# class%0nr,pid,pattern,size,pos%2nr,neg,posTotal,negTotal,total,support,growthRate,postProb%1nr
@@ -410,7 +410,7 @@ if clsFN then
 
 # クラスなしパターン列挙
 else
-	lcm=TAKE::LcmIs.new(db);
+	lcm=TAKE::LcmIs.new(db,false);
 	# 1 itemset
 	eArgs["minLen" ] = 1
 	eArgs["maxLen" ] = 1

data/ext/lcmrun/lcmrun.cpp

@@ -5,9 +5,9 @@
 #include <sys/stat.h>
 #include <string>
 #include <ruby.h>
-
+namespace {
 #include "src/lcm.c"
-
+}
 
 #include <kgMethod.h>
 

data/ext/lcmseq0run/lcmseq0run.cpp

@@ -5,9 +5,9 @@
 #include <sys/stat.h>
 #include <string>
 #include <ruby.h>
-
+namespace {
 #include "src/lcm_seq_zero.c"
-
+}
 
 #include <kgMethod.h>
 

data/ext/lcmseqrun/lcmseqrun.cpp

@@ -5,9 +5,9 @@
 #include <sys/stat.h>
 #include <string>
 #include <ruby.h>
-
+namespace {
 #include "src/lcm_seq.c"
-
+}
 
 #include <kgMethod.h>
 

data/ext/macerun/macerun.cpp

@@ -6,8 +6,9 @@
 #include <string>
 #include <ruby.h>
 
+namespace {
 #include "src/mace.c"
-
+}
 
 #include <kgMethod.h>
 

data/ext/sspcrun/sspcrun.cpp

@@ -5,12 +5,13 @@
 #include <sys/stat.h>
 #include <string>
 #include <ruby.h>
+// sspc Core
+namespace{
 #include "src/sspc.c"
+}
 #include <kgMethod.h>
 
-extern "C" {
-	void Init_sspcrun(void);
-}
+
 
 VALUE sspcrun(VALUE self,VALUE argvV){
 
@@ -41,6 +42,10 @@ VALUE sspcrun(VALUE self,VALUE argvV){
 }
 
 
+extern "C" {
+	void Init_sspcrun(void);
+}
+
 // -----------------------------------------------------------------------------
 // ruby Mcsvin クラス init
 // -----------------------------------------------------------------------------

data/lib/nysol/enumLcmEp.rb

@@ -76,11 +76,12 @@ class LcmEp
 		return pat
 	end
 
-	def initialize(db)
+	def initialize(db,outtf=true)
 		@temp=MCMD::Mtemp.new
 		@db      = db         # 入力データベース
 		@file=@temp.file
 		items=@db.items
+		@outtf = outtf
 
 		# 重みファイルの作成
 		# pos,negのTransactionオブジェクトに対してLCMが扱う整数アイテムによるトランザクションファイルを生成する。
@@ -196,7 +197,6 @@ class LcmEp
 #system("cp #{@file} xxtra_#{cName}")
 #system("cp #{@weightFile[cName]} xxw_#{cName}")
 #system("echo '#{run}' >xxscp_#{cName}")
-
 			# パターンのサポートを計算しCSV出力する
 			MCMD::msgLog("output patterns to CSV file ...")
 			pFiles << @temp.file
@@ -219,28 +219,30 @@ class LcmEp
 			s = MCMD::mrecount("i=#{pFiles.last}") # 列挙されたパターンの数
 			MCMD::msgLog("the number of contrast patterns on class `#{cName}' enumerated is #{s}")
 
-			# トランザクション毎に出現するパターンを書き出す
-			MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
-			tFiles << @temp.file
-
-			xxw= tf.file
-			f=""
-			f << "mcut    f=#{@db.idFN}                  i=#{@db.file} |"
-			f << "muniq   k=#{@db.idFN}                  |"
-			f << "mnumber S=0 a=__tid -q                 |"
-			f << "msortf  f=__tid                        o=#{xxw};"
-			system(f)
-
-			translt = @temp.file
-			TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",translt)
-
-			f=""
-			#f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
-			f << "msortf   f=__tid i=#{translt}           |"
-			f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw} f=#{@db.idFN} |"
-			f << "msetstr  v=#{cName} a=class             |"
-			f << "mcut     f=#{@db.idFN},class,pid        o=#{tFiles.last}"
-			system(f)
+			if @outtf then
+				# トランザクション毎に出現するパターンを書き出す
+				MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
+				tFiles << @temp.file
+
+				xxw= tf.file
+				f=""
+				f << "mcut    f=#{@db.idFN}                  i=#{@db.file} |"
+				f << "muniq   k=#{@db.idFN}                  |"
+				f << "mnumber S=0 a=__tid -q                 |"
+				f << "msortf  f=__tid                        o=#{xxw};"
+				system(f)
+
+				translt = @temp.file
+				TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",translt)
+
+				f=""
+				#f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
+				f << "msortf   f=__tid i=#{translt}           |"
+				f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw} f=#{@db.idFN} |"
+				f << "msetstr  v=#{cName} a=class             |"
+				f << "mcut     f=#{@db.idFN},class,pid        o=#{tFiles.last}"
+				system(f)
+			end
 		}
 
 		# クラス別のパターンとtid-pidファイルを統合して最終出力
@@ -314,16 +316,18 @@ class LcmEp
 		f << "msortf  f=class,pid o=#{xxp4}"
 		system(f)
 
-		# tid-pidファイル計算
-		f=""
-		f << "mcat                                       i=#{tFiles.join(",")} |"
-		f << "msortf  f=class,pid                        |"
-		f << "mjoin   k=class,pid m=#{xxpCat} f=ppid     |" # 全クラス統一pid(ppid)結合
-		f << "msortf  f=class,ppid                       |"
-		f << "mcommon k=class,ppid K=class,pid m=#{xxp4} |" # 列挙されたパターンの選択
-		f << "mcut    f=#{@db.idFN},class,ppid:pid       |"
-		f << "msortf  f=#{@db.idFN},class,pid            o=#{@tFile}"
-		system(f)
+		if @outtf then
+			# tid-pidファイル計算
+			f=""
+			f << "mcat                                       i=#{tFiles.join(",")} |"
+			f << "msortf  f=class,pid                        |"
+			f << "mjoin   k=class,pid m=#{xxpCat} f=ppid     |" # 全クラス統一pid(ppid)結合
+			f << "msortf  f=class,ppid                       |"
+			f << "mcommon k=class,ppid K=class,pid m=#{xxp4} |" # 列挙されたパターンの選択
+			f << "mcut    f=#{@db.idFN},class,ppid:pid       |"
+			f << "msortf  f=#{@db.idFN},class,pid            o=#{@tFile}"
+			system(f)
+		end
 
 		@size = MCMD::mrecount("i=#{@pFile}") # 列挙されたパターンの数
 		MCMD::msgLog("the number of emerging patterns enumerated is #{@size}")
@@ -331,7 +335,7 @@ class LcmEp
 
   def output(outpath)
 		system "mv #{@pFile} #{outpath}/patterns.csv"
-		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv"
+		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv" if @outtf
 	end
 end
 

data/lib/nysol/enumLcmEsp.rb

@@ -49,11 +49,12 @@ class LcmEsp
 	#	return lcmq*minSup.to_f*negCnt.to_f/minGR.to_f/(1-lcmq)
 	#end
 
-	def initialize(db)
+	def initialize(db,outtf=true)
 		@temp=MCMD::Mtemp.new
 		@db      = db         # 入力データベース
 		@file=@temp.file
 		items=@db.items
+		@outtf = outtf
 
 		# 重みファイルの作成
 		# pos,negのTransactionオブジェクトに対してLCMが扱う整数アイテムによるトランザクションファイルを生成する。
@@ -195,27 +196,29 @@ class LcmEsp
 			s = MCMD::mrecount("i=#{pFiles.last}") # 列挙されたパターンの数
 			MCMD::msgLog("the number of contrast patterns on class `#{cName}' enumerated is #{s}")
 
-			# トランザクション毎に出現するシーケンスを書き出す
-			MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
-			tFiles << @temp.file
-
-			xxw= tf.file
-			f=""
-			f << "mcut    f=#{@db.idFN} i=#{@db.file} |"
-			f << "muniq   k=#{@db.idFN} |"
-			f << "mnumber S=0 a=__tid -q|"
-			f << "msortf  f=__tid       o=#{xxw}"
-			system(f)
-			translt = @temp.file
-			TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",translt)
-
-			f=""
-			#f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
-			f << "msortf   f=__tid i=#{translt}          |"
-			f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw} f=#{@db.idFN} |"
-			f << "msetstr  v=#{cName} a=class             |"
-			f << "mcut     f=#{@db.idFN},class,pid        o=#{tFiles.last}"
-			system(f)
+			if @outtf then
+				# トランザクション毎に出現するシーケンスを書き出す
+				MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
+				tFiles << @temp.file
+
+				xxw= tf.file
+				f=""
+				f << "mcut    f=#{@db.idFN} i=#{@db.file} |"
+				f << "muniq   k=#{@db.idFN} |"
+				f << "mnumber S=0 a=__tid -q|"
+				f << "msortf  f=__tid       o=#{xxw}"
+				system(f)
+				translt = @temp.file
+				TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",translt)
+
+				f=""
+				#f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
+				f << "msortf   f=__tid i=#{translt}          |"
+				f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw} f=#{@db.idFN} |"
+				f << "msetstr  v=#{cName} a=class             |"
+				f << "mcut     f=#{@db.idFN},class,pid        o=#{tFiles.last}"
+				system(f)
+			end
 		}
 
 		# クラス別のパターンとtid-pidファイルを統合して最終出力
@@ -258,16 +261,18 @@ class LcmEsp
 		f << "msortf  f=class,pid o=#{xxp4}"
 		system(f)
 
-		# tid-pidファイル計算
-		f=""
-		f << "mcat                                       i=#{tFiles.join(",")} |"
-		f << "msortf  f=class,pid                        |"
-		f << "mjoin   k=class,pid m=#{xxpCat} f=ppid     |" # 全クラス統一pid(ppid)結合
-		f << "msortf  f=class,ppid                       |"
-		f << "mcommon k=class,ppid K=class,pid m=#{xxp4} |" # 列挙されたパターンの選択
-		f << "mcut    f=#{@db.idFN},class,ppid:pid       |"
-		f << "msortf  f=#{@db.idFN},class,pid            o=#{@tFile}"
-		system(f)
+		if @outtf then
+			# tid-pidファイル計算
+			f=""
+			f << "mcat                                       i=#{tFiles.join(",")} |"
+			f << "msortf  f=class,pid                        |"
+			f << "mjoin   k=class,pid m=#{xxpCat} f=ppid     |" # 全クラス統一pid(ppid)結合
+			f << "msortf  f=class,ppid                       |"
+			f << "mcommon k=class,ppid K=class,pid m=#{xxp4} |" # 列挙されたパターンの選択
+			f << "mcut    f=#{@db.idFN},class,ppid:pid       |"
+			f << "msortf  f=#{@db.idFN},class,pid            o=#{@tFile}"
+			system(f)
+		end
 
 		@size = MCMD::mrecount("i=#{@pFile}") # 列挙されたパターンの数
 		MCMD::msgLog("the number of emerging sequence patterns enumerated is #{@size}")
@@ -275,7 +280,7 @@ class LcmEsp
 
   def output(outpath)
 		system "mv #{@pFile} #{outpath}/patterns.csv"
-		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv"
+		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv" if @outtf
 	end
 end
 

data/lib/nysol/enumLcmIs.rb

@@ -53,11 +53,12 @@ class LcmIs
 		return pat
 	end
 
-	def initialize(db)
+	def initialize(db,outtf=true)
 		@temp=MCMD::Mtemp.new
 		@db = db # 入力データベース
 		@file=@temp.file
 		items=@db.items
+		@outtf = outtf
 
 		# アイテムをシンボルから番号に変換する。
 		f=""
@@ -96,13 +97,6 @@ class LcmIs
 			end
 		end
 
-		# lcmのパラメータ設定と実行
-		#run=""
-		#run << "#{CMD} #{@type}If"
-		#run << " -U #{@maxCnt}"         if @maxCnt # windowサイズ上限
-		#run << " -l #{eArgs['minLen']}" if eArgs["minLen"] # パターンサイズ下限
-		#run << " -u #{eArgs['maxLen']}" if eArgs['maxLen'] # パターンサイズ上限
-
 		run=""
 		run << "#{@type}If"
 		run << " -U #{@maxCnt}"         if @maxCnt # windowサイズ上限
@@ -235,39 +229,41 @@ class LcmIs
 		@size = MCMD::mrecount("i=#{@pFile}") # 列挙されたパターンの数
 		MCMD::msgLog("the number of patterns enumerated is #{@size}")
 
-		# トランザクション毎に出現するシーケンスを書き出す
-		MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
-		@tFile = @temp.file
+		if @outtf then
+			# トランザクション毎に出現するシーケンスを書き出す
+			MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
+			@tFile = @temp.file
 
-		xxw1= tf.file
-		f=""
-		f << "mcut    f=#{@db.idFN} i=#{@db.file} |"
-		f << "muniq   k=#{@db.idFN}  |"
-		f << "mnumber S=0 a=__tid -q |"
-		f << "msortf  f=__tid       o=#{xxw1}"
-		system(f)
+			xxw1= tf.file
+			f=""
+			f << "mcut    f=#{@db.idFN} i=#{@db.file} |"
+			f << "muniq   k=#{@db.idFN}  |"
+			f << "mnumber S=0 a=__tid -q |"
+			f << "msortf  f=__tid       o=#{xxw1}"
+			system(f)
 
-		xxw2= tf.file
-		f=""
-		f << "mcut    f=pid i=#{@pFile} |"
-		f << "msortf  f=pid o=#{xxw2}"
-		system(f)
+			xxw2= tf.file
+			f=""
+			f << "mcut    f=pid i=#{@pFile} |"
+			f << "msortf  f=pid o=#{xxw2}"
+			system(f)
 
-		xxw3 = tf.file
-		TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",xxw3)
-		f=""
-#		f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
-		f << "msortf   f=pid  i=#{xxw3}                 |"
-		f << "mcommon  k=pid m=#{xxw2}                 |"
-		f << "msortf   f=__tid                         |"
-		f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw1} f=#{@db.idFN} |"
-		f << "mcut     f=#{@db.idFN},pid               o=#{@tFile}"
-		system(f)
+			xxw3 = tf.file
+			TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",xxw3)
+			f=""
+			#f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
+			f << "msortf   f=pid  i=#{xxw3}                 |"
+			f << "mcommon  k=pid m=#{xxw2}                 |"
+			f << "msortf   f=__tid                         |"
+			f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw1} f=#{@db.idFN} |"
+			f << "mcut     f=#{@db.idFN},pid               o=#{@tFile}"
+			system(f)
+		end
 	end
 
   def output(outpath)
 		system "mv #{@pFile} #{outpath}/patterns.csv"
-		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv"
+		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv" if @outtf
 	end
 end
 

data/lib/nysol/enumLcmSeq.rb

@@ -13,11 +13,12 @@ module TAKE
 class LcmSeq
 	attr_reader :size  # 列挙されたパターン数
 
-	def initialize(db)
+	def initialize(db,outtf=true)
 		@temp=MCMD::Mtemp.new
 		@db = db # 入力データベース
 		@file=@temp.file
 		items=@db.items
+		@outtf = outtf
 
 		# アイテムをシンボルから番号に変換する。
 		f=""
@@ -107,28 +108,30 @@ class LcmSeq
 		f << "msortf   f=support%nr                                                   o=#{@pFile}"
 		system(f)
 
-		# トランザクション毎に出現するシーケンスを書き出す
-		MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
-		@tFile = @temp.file
-
-		xxw = tf.file #Mtemp.new.name
-		f=""
-		f << "mcut    f=#{@db.idFN} i=#{@db.file} |"
-		f << "muniq   k=#{@db.idFN}  |"
-		f << "mnumber S=0 a=__tid -q |"
-		f << "msortf  f=__tid       o=#{xxw}"
-		system(f)
-
-		translt = @temp.file
-		TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",translt)
-
-		f=""
-#		f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
-		f << "msortf   f=__tid i=#{translt}           |"
-		f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw} f=#{@db.idFN} |"
-		f << "mcut     f=#{@db.idFN},pid              |"
-		f << "msortf   f=#{@db.idFN},pid              o=#{@tFile}"
-		system(f)
+		if @outtf then
+			# トランザクション毎に出現するシーケンスを書き出す
+			MCMD::msgLog("output tid-patterns ...")
+			@tFile = @temp.file
+
+			xxw = tf.file #Mtemp.new.name
+			f=""
+			f << "mcut    f=#{@db.idFN} i=#{@db.file} |"
+			f << "muniq   k=#{@db.idFN}  |"
+			f << "mnumber S=0 a=__tid -q |"
+			f << "msortf  f=__tid       o=#{xxw}"
+			system(f)
+
+			translt = @temp.file
+			TAKE::run_lcmtrans(lcmout,"t",translt)
+
+			f=""
+			#		f << "lcm_trans #{lcmout} t |" #__tid,pid
+			f << "msortf   f=__tid i=#{translt}           |"
+			f << "mjoin    k=__tid m=#{xxw} f=#{@db.idFN} |"
+			f << "mcut     f=#{@db.idFN},pid              |"
+			f << "msortf   f=#{@db.idFN},pid              o=#{@tFile}"
+			system(f)
+		end
 
 		@size = MCMD::mrecount("i=#{@pFile}") # 列挙されたパターンの数
 		MCMD::msgLog("the number of contrast patterns enumerated is #{@size}")
@@ -136,7 +139,7 @@ class LcmSeq
 
   def output(outpath)
 		system "mv #{@pFile} #{outpath}/patterns.csv"
-		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv"
+		system "mv #{@tFile} #{outpath}/tid_pats.csv" if @outtf
 	end
 end
 

metadata

@@ -1,14 +1,14 @@
 --- !ruby/object:Gem::Specification
 name: nysol-take
 version: !ruby/object:Gem::Version
-  version: 3.0.0
+  version: 3.0.1
 platform: ruby
 authors:
 - NYSOL
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 bindir: bin
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-date: 2017-07-06 00:00:00.000000000 Z
+date: 2017-10-26 00:00:00.000000000 Z
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 - !ruby/object:Gem::Dependency
   name: nysol