ngoto-bio 1.2.9.9501 → 1.3.0

Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
data/doc/Tutorial.rd.ja CHANGED
@@ -1,6 +1,6 @@
1
1
  =begin
2
2
 
3
- $Id: Tutorial.rd.ja,v 1.20 2006/02/27 09:12:18 k Exp $
3
+ # $Id:$
4
4
 
5
5
  Copyright (C) 2001-2003, 2005, 2006 Toshiaki Katayama <k@bioruby.org>
6
6
  Copyright (C) 2005, 2006 Naohisa Goto <ng@bioruby.org>
@@ -39,12 +39,13 @@ Windows
39
39
 
40
40
  ruby 1.8.2 (2004-12-25) [powerpc-darwin7.7.0]
41
41
 
42
- �Τ褦�ʴ����ǥС������ɽ������ޤ����С������ 1.8.2 �ʹߤ򤪴��ᤷ�ޤ���
42
+ �Τ褦�ʴ����ǥС������ɽ������ޤ����С������ 1.8.5 �ʹߤ򤪴��ᤷ�ޤ���
43
43
 
44
44
  Ruby ɸ�������Υ��饹��᥽�åɤˤĤ��Ƥϡ�Ruby �Υ�ե���󥹥ޥ˥奢���
45
45
  ���Ȥ��Ƥ���������
46
46
 
47
47
  * ((<URL:http://www.ruby-lang.org/ja/man/>))
48
+ * ((<URL:http://doc.okkez.net/>))
48
49
 
49
50
  ���ޥ�ɥ饤��ǥإ�פ򻲾Ȥ���ˤϡ�Ruby ɸ��ź�դ� ri ���ޥ�ɤ䡢
50
51
  ���ܸ��Ǥ� refe ���ޥ�ɤ������Ǥ���
@@ -66,16 +67,15 @@ RubyGems
66
67
  === BioRuby �Υ��󥹥ȡ���
67
68
 
68
69
  BioRuby �Υ��󥹥ȡ�����ˡ�� ((<URL:http://bioruby.org/archive/>)) ����
69
- �ǿ��Ǥ�������ưʲ��Τ褦�˹Ԥ��ޤ���Ʊ������Ƥ��� README �ե�����ˤ�
70
+ �ǿ��Ǥ�������ưʲ��Τ褦�˹Ԥ��ޤ�(��1)��Ʊ������Ƥ��� README �ե�����ˤ�
70
71
  �ܤ��̤���ĺ�������ΤǤ���������ʤ��ȣ���������ˤʤ� BioPerl ����٤�
71
72
  BioRuby �Υ��󥹥ȡ���Ϥ����˽����Ϥ��Ǥ���
72
73
 
73
74
  % wget http://bioruby.org/archive/bioruby-x.x.x.tar.gz
74
75
  % tar zxvf bioruby-x.x.x.tar.gz
75
76
  % cd bioruby-x.x.x
76
- % ruby install.rb config
77
- % ruby install.rb setup
78
- # ruby install.rb install
77
+ % su
78
+ # ruby setup.rb
79
79
 
80
80
  RubyGems ���Ȥ���Ķ��Ǥ����
81
81
 
@@ -157,13 +157,13 @@ BioRuby
157
157
 
158
158
  === ����, ���ߥλ����������
159
159
 
160
- --- seq(str)
160
+ --- getseq(str)
161
161
 
162
- seq ���ޥ�ɤ�Ȥä�ʸ���󤫤��������䥢�ߥλ�������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
163
- ����ȥ��ߥλ��� ATGC �δ��̤� 90% �ʾ夫�ɤ����Ǽ�ưȽ�ꤵ��ޤ���
162
+ getseq ���ޥ��(��2)��Ȥä�ʸ���󤫤��������䥢�ߥλ�������뤳�Ȥ�
163
+ �Ǥ��ޤ�������ȥ��ߥλ��� ATGC �δ��̤� 90% �ʾ夫�ɤ����Ǽ�ưȽ�ꤵ��ޤ���
164
164
  �����Ǥϡ��Ǥ������������ dna �Ȥ����ѿ����������ޤ���
165
165
 
166
- bioruby> dna = seq("atgcatgcaaaa")
166
+ bioruby> dna = getseq("atgcatgcaaaa")
167
167
 
168
168
  �ѿ�����Ȥ��ǧ����ˤ� Ruby �� puts �᥽�åɤ�Ȥ��ޤ���
169
169
 
@@ -176,14 +176,14 @@ GenBank, EMBL, UniProt, FASTA
176
176
  �ʲ��� UniProt �ե����ޥåȤΥ���ȥ��ե����뤫���ɤ߹���Ǥ��ޤ���
177
177
  ������ˡ�Ǥϡ�ʣ���Υ���ȥ꤬������ǽ�Υ���ȥ�������ɤ߹��ޤ�ޤ���
178
178
 
179
- bioruby> cdc2 = seq("p04551.sp")
179
+ bioruby> cdc2 = getseq("p04551.sp")
180
180
  bioruby> puts cdc2
181
181
  MENYQKVEKIGEGTYGVVYKARHKLSGRIVAMKKIRLEDESEGVPSTAIREISLLKEVNDENNRSN...(ά)
182
182
 
183
183
  �ǡ����١���̾�ȥ���ȥ�̾��ʬ���äƤ���С����󥿡��ͥåȤ��̤���
184
184
  �����ưŪ�˼������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
185
185
 
186
- bioruby> psaB = seq("genbank:AB044425")
186
+ bioruby> psaB = getseq("genbank:AB044425")
187
187
  bioruby> puts psaB
188
188
  actgaccctgttcatattcgtcctattgctcacgcgatttgggatccgcactttggccaaccagca...(ά)
189
189
 
@@ -194,28 +194,61 @@ GenBank, EMBL, UniProt, FASTA
194
194
  EMBOSS �� USA ɽ���Ǥ⥨��ȥ������Ǥ��ޤ���EMBOSS �Υޥ˥奢��򻲾Ȥ�
195
195
  ~/.embossrc ��Ŭ�ڤ����ꤷ�Ƥ���������
196
196
 
197
- �ɤ���ˡ�Ǽ����������⡢seq ���ޥ�ɤˤ�ä��֤��������ϡ�
198
- DNA ����Τ���� Bio::Sequence::NA ���饹�������ߥλ�����Τ����
199
- Bio::sequence::AA ���饹�Τɤ��餫�Υ��֥������Ȥˤʤ�ޤ���
197
+ �ɤ���ˡ�Ǽ����������⡢getseq ���ޥ�ɤˤ�ä��֤��������ϡ�
198
+ ���Ѥ����󥯥饹 Bio::Sequence �ˤʤ�ޤ�(��3)��
200
199
 
201
- ���󤬤ɤ���Υ��饹��°���뤫�� Ruby �� class �᥽�åɤ��Ѥ���
200
+ ���󤬱�������ȥ��ߥλ�����Τɤ����Ƚ�ꤵ��Ƥ���Τ��ϡ�
201
+ moltype �᥽�åɤ��Ѥ���
202
202
 
203
- bioruby> p cdc2.class
203
+ bioruby> p cdc2.moltype
204
204
  Bio::Sequence::AA
205
205
 
206
- bioruby> p psaB.class
206
+ bioruby> p psaB.moltype
207
207
  Bio::Sequence::NA
208
208
 
209
209
  �Τ褦��Ĵ�٤뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ�����ưȽ�꤬�ְ�äƤ�����ʤɤˤ�
210
- to_naseq, to_aaseq �᥽�åɤǶ���Ū���Ѵ��Ǥ��ޤ���
210
+ na, aa �᥽�åɤǶ���Ū���Ѵ��Ǥ��ޤ����ʤ��������Υ᥽�åɤ�
211
+ ���Υ��֥������Ȥ���Ū�˽񤭴����ޤ���
212
+
213
+ bioruby> dna.aa
214
+ bioruby> p dna.moltype
215
+ Bio::Sequence::AA
216
+
217
+ bioruby> dna.na
218
+ bioruby> p dna.moltype
219
+ Bio::Sequence::NA
220
+
221
+ �ޤ��ϡ�to_naseq, to_aaseq �᥽�åɤǶ���Ū���Ѵ����뤳�Ȥ�Ǥ��ޤ���
211
222
 
212
223
  bioruby> pep = dna.to_aaseq
224
+
225
+ to_naseq, to_aaseq �᥽�åɤ��֤����֥������Ȥϡ����줾�졢
226
+ DNA ����Τ���� Bio::Sequence::NA ���饹�����ߥλ�����Τ����
227
+ Bio::Sequence::AA ���饹�Υ��֥������Ȥˤʤ�ޤ���
228
+ ���󤬤ɤ���Υ��饹��°���뤫�� Ruby �� class �᥽�åɤ��Ѥ���
229
+
213
230
  bioruby> p pep.class
214
231
  Bio::Sequence::AA
215
232
 
233
+ �Τ褦��Ĵ�٤뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
234
+
235
+ ����Ū���Ѵ������ˡ�Bio::Sequence::NA ���饹�ޤ��� Bio::sequence::AA ���饹
236
+ �Τɤ��餫�Υ��֥������Ȥ����������ˤ� seq �᥽�åɤ�Ȥ��ޤ�(��4)��
237
+
238
+ bioruby> pep2 = cdc2.seq
239
+ bioruby> p pep2.class
240
+ Bio::Sequence::AA
241
+
242
+ �ޤ����ʲ��Dz��⤹�� complement �� translate �ʤɤΥ᥽�åɤη�̤ϡ�
243
+ ����������֤����Ȥ����Ԥ����᥽�åɤ� Bio::Sequence::NA ���饹��
244
+ ���ߥλ�������֤����Ȥ����Ԥ����᥽�åɤ� Bio::sequence::AA ���饹
245
+ �Υ��֥������Ȥˤʤ�ޤ���
246
+
216
247
  ��������䥢�ߥλ�����Υ��饹�� Ruby ��ʸ���󥯥饹�Ǥ��� String ��
217
- �Ѿ����Ƥ��ޤ��Τǡ�length ��Ĺ����Ĵ�٤��ꡢ+ ��­����碌���ꡢ* ��
218
- �����֤�����ʤɡ�Ruby ��ʸ������Ф��ƹԤ��������������Ѳ�ǽ�Ǥ���
248
+ �Ѿ����Ƥ��ޤ����ޤ���Bio::Sequence ���饹�Υ��֥������Ȥ� String ��
249
+ ���֥������Ȥȸ�������Ʊ�ͤ�Ư���褦�˹��פ���Ƥ��ޤ������Τ��ᡢ
250
+ length ��Ĺ����Ĵ�٤��ꡢ+ ��­����碌���ꡢ* �Ƿ����֤�����ʤɡ�
251
+ Ruby ��ʸ������Ф��ƹԤ��������������Ѳ�ǽ�Ǥ���
219
252
  ���Τ褦����ħ�ϥ��֥������Ȼظ��ζ��Ϥ�¦�̤ΰ�Ĥȸ�����Ǥ��礦��
220
253
 
221
254
  bioruby> puts dna.length
@@ -414,7 +447,7 @@ randomize
414
447
  to_re �᥽�åɤϡ�ۣ��ʱ����ɽ����ޤ��������� atgc ������
415
448
  �ѥ����󤫤�ʤ�����ɽ�����Ѵ����ޤ���
416
449
 
417
- bioruby> ambiguous = seq("atgcyatgcatgcatgc")
450
+ bioruby> ambiguous = getseq("atgcyatgcatgcatgc")
418
451
 
419
452
  bioruby> p ambiguous.to_re
420
453
  /atgc[tc]atgcatgcatgc/
@@ -426,7 +459,7 @@ seq
426
459
  ۣ��ʱ���¿���ޤޤ������ξ��� to_naseq �᥽�åɤ�Ȥä�
427
460
  ����Ū�� Bio::Sequence::NA ���֥������Ȥ��Ѵ�����ɬ�פ�����ޤ���
428
461
 
429
- bioruby> s = seq("atgcrywskmbvhdn").to_naseq
462
+ bioruby> s = getseq("atgcrywskmbvhdn").to_naseq
430
463
  bioruby> p s.to_re
431
464
  /atgc[ag][tc][at][gc][tg][ac][tgc][agc][atc][atg][atgc]/
432
465
 
@@ -650,14 +683,14 @@ GenBank
650
683
  % wget ftp://ftp.hgc.jp/pub/mirror/ncbi/genbank/gbphg.seq.gz
651
684
  % gunzip gbphg.seq.gz
652
685
 
653
- --- ent(str)
686
+ --- getent(str)
654
687
 
655
- seq ���ޥ�ɤ������������ޤ���������������Ǥʤ�����ȥ����Τ��������ˤ�
656
- ent ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���seq ���ޥ��Ʊ�͡�ent ���ޥ�ɤǤ� OBDA, EMBOSS,
657
- KEGG API �Υǡ����١��������Ѳ�ǽ�Ǥ�������ˤĤ��Ƥ� seq ���ޥ�ɤ�������
658
- ���Ȥ��Ƥ���������
688
+ getseq ���ޥ�ɤ������������ޤ���������������Ǥʤ�����ȥ����Τ��������
689
+ �ˤ� getent ���ޥ��(��2)��Ȥ��ޤ���getseq ���ޥ��Ʊ�͡�getent ���ޥ�ɤǤ�
690
+ OBDA, EMBOSS, NCBI, EBI, TogoWS, KEGG API �Υǡ����١��������Ѳ�ǽ�Ǥ�(��5)��
691
+ ����ˤĤ��Ƥ� getseq ���ޥ�ɤ������򻲾Ȥ��Ƥ���������
659
692
 
660
- bioruby> entry = ent("genbank:AB044425")
693
+ bioruby> entry = getent("genbank:AB044425")
661
694
  bioruby> puts entry
662
695
  LOCUS AB044425 1494 bp DNA linear PLN 28-APR-2001
663
696
  DEFINITION Volvox carteri f. kawasakiensis chloroplast psaB gene for
@@ -665,7 +698,7 @@ KEGG API
665
698
  strain:NIES-732.
666
699
  (ά)
667
700
 
668
- ent ���ޥ�ɤΰ����ˤ� db:entry_id ������ʸ����EMBOSS �� USA��
701
+ getent ���ޥ�ɤΰ����ˤ� db:entry_id ������ʸ����EMBOSS �� USA��
669
702
  �ե����롢IO ��Ϳ����졢�ǡ����١����Σ�����ȥ�ʬ��ʸ�����֤���ޤ���
670
703
  ����ǡ����١����˸¤餺����¿���Υǡ����١�������ȥ���б����Ƥ��ޤ���
671
704
 
@@ -674,7 +707,7 @@ ent
674
707
  ������������ȥ��ѡ��������ߤ����ǡ�����Ȥ�����ˤ� flatparse
675
708
  ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���
676
709
 
677
- bioruby> entry = ent("gbphg.seq")
710
+ bioruby> entry = getent("gbphg.seq")
678
711
  bioruby> gb = flatparse(entry)
679
712
  bioruby> puts gb.entry_id
680
713
  AB000833
@@ -684,20 +717,20 @@ ent
684
717
  acggtcagacgtttggcccgaccaccgggatgaggctgacgcaggtcagaaatctttgtgacgacaaccgtatcaat
685
718
  (ά)
686
719
 
687
- --- obj(str)
720
+ --- getobj(str)
688
721
 
689
- obj ���ޥ�ɤϡ�ent �ǥ���ȥ��ʸ����Ȥ��Ƽ����� flatparse �ǥѡ�������
690
- ���֥������Ȥ��Ѵ�����Τ�Ʊ���Ǥ���ent ���ޥ�ɤ�Ʊ������������դ��ޤ���
691
- ��������������� seq������ȥ������������ ent���ѡ����������֥������Ȥ�
692
- ����������� obj ��Ȥ����Ȥˤʤ�ޤ���
722
+ getobj ���ޥ��(��2)�ϡ�getent �ǥ���ȥ��ʸ����Ȥ��Ƽ����� flatparse ��
723
+ �ѡ����������֥������Ȥ��Ѵ�����Τ�Ʊ���Ǥ���getent ���ޥ�ɤ�Ʊ��������
724
+ �����դ��ޤ������������������ getseq������ȥ������������ getent��
725
+ �ѡ����������֥������Ȥ����������� getobj ��Ȥ����Ȥˤʤ�ޤ���
693
726
 
694
- bioruby> gb = obj("gbphg.seq")
727
+ bioruby> gb = getobj("gbphg.seq")
695
728
  bioruby> puts gb.entry_id
696
729
  AB000833
697
730
 
698
731
  --- flatfile(file)
699
732
 
700
- ent ���ޥ�ɤϣ�����ȥꤷ�������ʤ����ᡢ��������Υե�����򳫤���
733
+ getent ���ޥ�ɤϣ�����ȥꤷ�������ʤ����ᡢ��������Υե�����򳫤���
701
734
  �ƥ���ȥ���˽�����Ԥ��ˤ� flatfile ���ޥ�ɤ�Ȥ��ޤ���
702
735
 
703
736
  bioruby> flatfile("gbphg.seq") do |entry|
@@ -911,7 +944,7 @@ bget
911
944
 
912
945
  bioruby> script
913
946
  -- 8< -- 8< -- 8< -- Script -- 8< -- 8< -- 8< --
914
- bioruby> seq = seq("gbphg.seq")
947
+ bioruby> seq = getseq("gbphg.seq")
915
948
  bioruby> p seq
916
949
  bioruby> p seq.translate
917
950
  bioruby> script
@@ -922,7 +955,7 @@ bget
922
955
 
923
956
  #!/usr/bin/env bioruby
924
957
 
925
- seq = seq("gbphg.seq")
958
+ seq = getseq("gbphg.seq")
926
959
  p seq
927
960
  p seq.translate
928
961
 
@@ -990,7 +1023,7 @@ bget
990
1023
 
991
1024
  �ƥ����Ȥ����äƤ����ѿ�����Ƭ�򸫤뤳�Ȥ�Ǥ��ޤ���
992
1025
 
993
- bioruby> entry = ent("gbphg.seq")
1026
+ bioruby> entry = getent("gbphg.seq")
994
1027
  bioruby> head entry, 2
995
1028
  GBPHG.SEQ Genetic Sequence Data Bank
996
1029
  October 15 2005
@@ -1125,7 +1158,7 @@ disp
1125
1158
  DNA ����򥢥����������Ȥ�ɽ�����륪�ޥ���ǽ������ޤ���
1126
1159
  Ŭ���ʱ������� seq ����������äݤ�ɽ�����Ƥߤޤ��礦��
1127
1160
 
1128
- bioruby> dna = seq("atgc" * 10).randomize
1161
+ bioruby> dna = getseq("atgc" * 10).randomize
1129
1162
  bioruby> doublehelix dna
1130
1163
  ta
1131
1164
  t--a
@@ -1915,7 +1948,7 @@ br_bioflat.rb
1915
1948
  �����ޤǤν����� BioRuby ������ǻ�Ȱʲ��Τ褦�ˤʤ�ޤ���
1916
1949
 
1917
1950
  # PDB ����ȥ� 1bl8 ��ͥåȥ����ͳ�Ǽ���
1918
- bioruby> ent_1bl8 = ent("pdb:1bl8")
1951
+ bioruby> ent_1bl8 = getent("pdb:1bl8")
1919
1952
  # ����ȥ����Ȥ��ǧ
1920
1953
  bioruby> head ent_1bl8
1921
1954
  # ����ȥ��ե��������¸
@@ -1926,8 +1959,8 @@ br_bioflat.rb
1926
1959
  bioruby> pdb_1bl8 = flatparse(ent_1bl8)
1927
1960
  # PDB �Υ���ȥ� ID ��ɽ��
1928
1961
  bioruby> pdb_1bl8.entry_id
1929
- # ent("pdb:1bl8") ���� flatparse ��������ˡ��ʲ��Ǥ�OK
1930
- bioruby> obj_1bl8 = obj("pdb:1bl8")
1962
+ # getent("pdb:1bl8") ���� flatparse ��������ˡ��ʲ��Ǥ�OK
1963
+ bioruby> obj_1bl8 = getobj("pdb:1bl8")
1931
1964
  bioruby> obj_1bl8.entry_id
1932
1965
  # �� HETEROGEN ���Ȥ˻Ĵ�̾��ɽ��
1933
1966
  bioruby> pdb_1bl8.each_heterogen { |heterogen| p heterogen.resName }
@@ -2636,5 +2669,38 @@ to be written...
2636
2669
  ¾�Υ��塼�ȥꥢ��Ū�ʥɥ�����ȤȤ��Ƥϡ�BioRuby Wiki���֤��Ƥ���
2637
2670
  BioRuby in Anger ������ޤ���
2638
2671
 
2672
+
2673
+ == ����
2674
+
2675
+ * (��1) BioRuby 1.2.1 �����ΥС������Ǥϡ�setup.rb �Τ����� install.rb
2676
+ ����Ѥ��ޤ����ޤ����ʲ��Τ褦��3�ʳ���Ƨ��ɬ�פ�����ޤ���
2677
+
2678
+ % ruby install.rb config
2679
+ % ruby install.rb setup
2680
+ # ruby install.rb install
2681
+
2682
+ * (��2) BioRuby 1.0.0 �����ΥС������Ǥϡ�getseq, getent, getobj
2683
+ �γƥ��ޥ�ɤΤ����ˡ�seq, ent, obj �γƥ��ޥ�ɤ���Ѥ��Ƥ���������
2684
+
2685
+ * (��3) BioRuby 0.7.1 �����ΥС������Ǥϡ�Bio::Sequence::NA ���饹����
2686
+ Bio::sequence::AA ���饹�Τɤ��餫�Υ��֥������Ȥˤʤ�ޤ���
2687
+ ���󤬤ɤ���Υ��饹��°���뤫�� Ruby �� class �᥽�åɤ��Ѥ���
2688
+
2689
+ bioruby> p cdc2.class
2690
+ Bio::Sequence::AA
2691
+
2692
+ bioruby> p psaB.class
2693
+ Bio::Sequence::NA
2694
+
2695
+ �Τ褦��Ĵ�٤뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ�����ưȽ�꤬�ְ�äƤ�����ʤɤˤ�
2696
+ to_naseq, to_aaseq �᥽�åɤǶ���Ū���Ѵ��Ǥ��ޤ���
2697
+
2698
+ * (��4) seq �᥽�åɤϡ��ɤ߹�����ǡ����μ���ˤ�äƤϡ����𡦥��ߥλ���
2699
+ �ɤ���ˤ����ƤϤޤ�ʤ�����Τ���� Bio::Sequence::Generic ���饹��
2700
+ String ���饹�Υ��֥������Ȥ��֤���礬���뤫�⤷��ޤ���
2701
+
2702
+ * (��5) NCBI, EBI, TogoWS �����̤�����̵���� getseq, getent, getobj ���ޥ��
2703
+ �������Ѳ�ǽ�Ȥʤä��Τ� BioRuby 1.3.0 �ʹߤǤ���
2704
+
2639
2705
  =end
2640
2706