mspire 0.8.7 → 0.9.0

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checksums.yaml CHANGED
@@ -1,7 +1,7 @@
1
1
  ---
2
2
  SHA1:
3
- metadata.gz: b2a81f049d60fc8583b6983a65bba777cb099859
4
- data.tar.gz: 801edda8a819a0555966b7039dea2dcedf75f22c
3
+ metadata.gz: 4387e931e6ccbee8bcb2a382e99121b54cd7a93c
4
+ data.tar.gz: 8e36b2bcc731e4a9188a8f92080deefa9ec8fcd4
5
5
  SHA512:
6
- metadata.gz: 078df42a60519c0a9431be10957c4bab2f8a2060c7a53e6d6d1e58962654149eaff385328d5f19c79b4885938d488e0db25c68a7259a2d75702d96868bf991ec
7
- data.tar.gz: cc584e4bb9df969d60d497db14e9af86dd5332254a5fc9fefbf9186cc040891a8e9ae40b09dd5caa3a7685df8cf08ae635d33a1aa4cf663c0a6e6c267a08602b
6
+ metadata.gz: 082c1074fbabc423dd4a461221e95496953ad998ccc36f0fa71d12c402503a0fc92359c5f915c9637fc863899f2b05a6e3d2bd0f7b6ea8e45eab743cc86a4786
7
+ data.tar.gz: 9a036dfd6ff0fc44b90ef208ce1a7d5d68fc33a3b7196cea111b8a6bf48b3fcc50670a688e060259c9835f07e61fc12895cf7166dcc3073846b3cf0a1c53e7a5
data/.gitignore CHANGED
@@ -2,6 +2,5 @@ pkg
2
2
  test_files_large
3
3
  doc/output/*
4
4
  .*.swp
5
- *.gemspec
6
5
  playing_around_with
7
6
  coverage
data/Gemfile CHANGED
@@ -2,5 +2,3 @@ source 'https://rubygems.org'
2
2
 
3
3
  # Specify your gem's dependencies in mspire.gemspec
4
4
  gemspec
5
-
6
- gem 'coveralls', require: false
data/README.md CHANGED
@@ -119,8 +119,8 @@ aa_to_mass = Mspire::Mass::AA::MONO # a hash with residue masses
119
119
  aa_to_mass['A'] # or access by symbol - Alanine
120
120
 
121
121
  # elements
122
- Mspire::Mass::MONO[:c] # carbon
123
- Mspire::Mass::MONO[:e] # electron (includes other useful symbols)
122
+ Mspire::Mass::Element::MONO[:C] # carbon
123
+ Mspire::Mass::Subatomic::MONO[:electron]
124
124
  ```
125
125
 
126
126
  ### Isotopes and molecular formulas
@@ -19,7 +19,7 @@ module Mspire
19
19
  # atomic_number and mass_number are ints
20
20
  [0,2].each {|i| args[i] = args[i].to_i }
21
21
  # element is a downcase sym
22
- args[1] = args[1].downcase.to_sym
22
+ args[1] = args[1].to_sym
23
23
  # atomic_mass, relative_abundance, and average_mass as floats
24
24
  [3, 4, 5].each {|i| args[i] = args[i][/([\w.]*)/].to_f }
25
25
  # by default call every isotope the non-monoisotopic peak
@@ -63,7 +63,7 @@ module Mspire
63
63
  end.compact!
64
64
 
65
65
  # deuterium should be grouped with hydrogen, not as its own element!
66
- isotopes.find {|iso| iso.element == :d }.element = :h if deuterium_is_kind_of_hydrogen
66
+ isotopes.find {|iso| iso.element == :D }.element = :H if deuterium_is_kind_of_hydrogen
67
67
 
68
68
  # update the mono boolean if this is the highest abundance peak
69
69
  isotopes.group_by(&:element).values.each do |set|
@@ -7,28 +7,28 @@ module Mspire
7
7
  # These represent counts for the individual residues (i.e., no extra H
8
8
  # and OH on the ends)
9
9
  aa_to_el_hash = {
10
- 'A' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
11
- 'C' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
12
- 'D' => { :c =>4, :h =>5 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
13
- 'E' => { :c =>5, :h =>7 , :o =>3 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
14
- 'F' => { :c =>9, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
15
- 'G' => { :c =>2, :h =>3 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
16
- 'I' => { :c =>6, :h =>11 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
17
- 'H' => { :c =>6, :h =>7 , :o =>1 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
18
- 'K' => { :c =>6, :h =>12 , :o =>1 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
19
- 'L' => { :c =>6, :h =>11 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
20
- 'M' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>1 , :p =>0, :se =>0 },
21
- 'N' => { :c =>4, :h =>6 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
22
- 'O' => { :c =>12, :h =>19 , :o =>2 , :n =>3 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
23
- 'P' => { :c =>5, :h =>7 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
24
- 'Q' => { :c =>5, :h =>8 , :o =>2 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
25
- 'R' => { :c =>6, :h =>12 , :o =>1 , :n =>4 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
26
- 'S' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
27
- 'T' => { :c =>4, :h =>7 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
28
- 'U' => { :c =>3, :h =>5 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>1 },
29
- 'V' => { :c =>5, :h =>9 , :o =>1 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
30
- 'W' => { :c =>11, :h =>10 , :o =>1 , :n =>2 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
31
- 'Y' => { :c =>9, :h =>9 , :o =>2 , :n =>1 , :s =>0 , :p =>0, :se =>0 },
10
+ 'A' => { :C =>3, :H =>5 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
11
+ 'C' => { :C =>3, :H =>5 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>1 , :P =>0, :Se =>0 },
12
+ 'D' => { :C =>4, :H =>5 , :O =>3 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
13
+ 'E' => { :C =>5, :H =>7 , :O =>3 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
14
+ 'F' => { :C =>9, :H =>9 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
15
+ 'G' => { :C =>2, :H =>3 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
16
+ 'I' => { :C =>6, :H =>11 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
17
+ 'H' => { :C =>6, :H =>7 , :O =>1 , :N =>3 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
18
+ 'K' => { :C =>6, :H =>12 , :O =>1 , :N =>2 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
19
+ 'L' => { :C =>6, :H =>11 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
20
+ 'M' => { :C =>5, :H =>9 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>1 , :P =>0, :Se =>0 },
21
+ 'N' => { :C =>4, :H =>6 , :O =>2 , :N =>2 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
22
+ 'O' => { :C =>12, :H =>19 , :O =>2 , :N =>3 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
23
+ 'P' => { :C =>5, :H =>7 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
24
+ 'Q' => { :C =>5, :H =>8 , :O =>2 , :N =>2 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
25
+ 'R' => { :C =>6, :H =>12 , :O =>1 , :N =>4 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
26
+ 'S' => { :C =>3, :H =>5 , :O =>2 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
27
+ 'T' => { :C =>4, :H =>7 , :O =>2 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
28
+ 'U' => { :C =>3, :H =>5 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>1 },
29
+ 'V' => { :C =>5, :H =>9 , :O =>1 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
30
+ 'W' => { :C =>11, :H =>10 , :O =>1 , :N =>2 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
31
+ 'Y' => { :C =>9, :H =>9 , :O =>2 , :N =>1 , :S =>0 , :P =>0, :Se =>0 },
32
32
  }
33
33
 
34
34
  #
@@ -68,7 +68,7 @@ module Mspire
68
68
  # (by removing or adding electrons to the m/z and as the z)
69
69
  def isotope_distribution_spectrum(*args)
70
70
  intensities = isotope_distribution(*args)
71
- mono = self.map {|el,cnt| Mspire::Mass::MONO[el]*cnt }.reduce(:+)
71
+ mono = self.map {|el,cnt| Mspire::Mass::Element::MONO[el]*cnt }.reduce(:+)
72
72
  masses = Array.new(intensities.size)
73
73
  neutron = Mspire::Mass::NEUTRON
74
74
  masses[0] = mono
@@ -1,2015 +1,2015 @@
1
1
  ---
2
2
  - - 1
3
- - :h
3
+ - :H
4
4
  - 1
5
5
  - 1.00782503207
6
6
  - 0.999885
7
7
  - 1.00794
8
8
  - true
9
9
  - - 1
10
- - :h
10
+ - :H
11
11
  - 2
12
12
  - 2.0141017778
13
13
  - 0.000115
14
14
  - 1.00794
15
15
  - false
16
16
  - - 2
17
- - :he
17
+ - :He
18
18
  - 3
19
19
  - 3.0160293191
20
20
  - 1.34e-06
21
21
  - 4.002602
22
22
  - false
23
23
  - - 2
24
- - :he
24
+ - :He
25
25
  - 4
26
26
  - 4.00260325415
27
27
  - 0.99999866
28
28
  - 4.002602
29
29
  - true
30
30
  - - 3
31
- - :li
31
+ - :Li
32
32
  - 6
33
33
  - 6.015122795
34
34
  - 0.0759
35
35
  - 6.941
36
36
  - false
37
37
  - - 3
38
- - :li
38
+ - :Li
39
39
  - 7
40
40
  - 7.01600455
41
41
  - 0.9241
42
42
  - 6.941
43
43
  - true
44
44
  - - 4
45
- - :be
45
+ - :Be
46
46
  - 9
47
47
  - 9.0121822
48
48
  - 1.0
49
49
  - 9.012182
50
50
  - true
51
51
  - - 5
52
- - :b
52
+ - :B
53
53
  - 10
54
54
  - 10.012937
55
55
  - 0.199
56
56
  - 10.811
57
57
  - false
58
58
  - - 5
59
- - :b
59
+ - :B
60
60
  - 11
61
61
  - 11.0093054
62
62
  - 0.801
63
63
  - 10.811
64
64
  - true
65
65
  - - 6
66
- - :c
66
+ - :C
67
67
  - 12
68
68
  - 12.0
69
69
  - 0.9893
70
70
  - 12.0107
71
71
  - true
72
72
  - - 6
73
- - :c
73
+ - :C
74
74
  - 13
75
75
  - 13.0033548378
76
76
  - 0.0107
77
77
  - 12.0107
78
78
  - false
79
79
  - - 7
80
- - :n
80
+ - :N
81
81
  - 14
82
82
  - 14.0030740048
83
83
  - 0.99636
84
84
  - 14.0067
85
85
  - true
86
86
  - - 7
87
- - :n
87
+ - :N
88
88
  - 15
89
89
  - 15.0001088982
90
90
  - 0.00364
91
91
  - 14.0067
92
92
  - false
93
93
  - - 8
94
- - :o
94
+ - :O
95
95
  - 16
96
96
  - 15.99491461956
97
97
  - 0.99757
98
98
  - 15.9994
99
99
  - true
100
100
  - - 8
101
- - :o
101
+ - :O
102
102
  - 17
103
103
  - 16.9991317
104
104
  - 0.00038
105
105
  - 15.9994
106
106
  - false
107
107
  - - 8
108
- - :o
108
+ - :O
109
109
  - 18
110
110
  - 17.999161
111
111
  - 0.00205
112
112
  - 15.9994
113
113
  - false
114
114
  - - 9
115
- - :f
115
+ - :F
116
116
  - 19
117
117
  - 18.99840322
118
118
  - 1.0
119
119
  - 18.9984032
120
120
  - true
121
121
  - - 10
122
- - :ne
122
+ - :Ne
123
123
  - 20
124
124
  - 19.9924401754
125
125
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126
126
  - 20.1797
127
127
  - true
128
128
  - - 10
129
- - :ne
129
+ - :Ne
130
130
  - 21
131
131
  - 20.99384668
132
132
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133
133
  - 20.1797
134
134
  - false
135
135
  - - 10
136
- - :ne
136
+ - :Ne
137
137
  - 22
138
138
  - 21.991385114
139
139
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140
140
  - 20.1797
141
141
  - false
142
142
  - - 11
143
- - :na
143
+ - :Na
144
144
  - 23
145
145
  - 22.9897692809
146
146
  - 1.0
147
147
  - 22.98976928
148
148
  - true
149
149
  - - 12
150
- - :mg
150
+ - :Mg
151
151
  - 24
152
152
  - 23.9850417
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153
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154
154
  - 24.305
155
155
  - true
156
156
  - - 12
157
- - :mg
157
+ - :Mg
158
158
  - 25
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159
  - 24.98583692
160
160
  - 0.1
161
161
  - 24.305
162
162
  - false
163
163
  - - 12
164
- - :mg
164
+ - :Mg
165
165
  - 26
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166
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168
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169
  - false
170
170
  - - 13
171
- - :al
171
+ - :Al
172
172
  - 27
173
173
  - 26.98153863
174
174
  - 1.0
175
175
  - 26.9815386
176
176
  - true
177
177
  - - 14
178
- - :si
178
+ - :Si
179
179
  - 28
180
180
  - 27.9769265325
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181
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182
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183
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184
184
  - - 14
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- - :si
185
+ - :Si
186
186
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187
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188
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189
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190
  - false
191
191
  - - 14
192
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